# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.729 0.158 0.069 0.032 0.010 0.002 0.001 2 T 0.775 0.153 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 3 A 0.767 0.158 0.051 0.018 0.005 0.001 0.001 4 T 0.761 0.159 0.053 0.020 0.006 0.001 0.001 5 E 0.755 0.171 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 6 P 0.662 0.197 0.093 0.038 0.009 0.001 0.001 7 T 0.693 0.203 0.072 0.025 0.006 0.001 0.001 8 E 0.739 0.181 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 9 K 0.734 0.185 0.058 0.019 0.004 0.001 0.001 10 I 0.478 0.280 0.153 0.071 0.016 0.002 0.001 11 L 0.528 0.243 0.135 0.071 0.019 0.003 0.001 12 P 0.646 0.220 0.085 0.038 0.010 0.002 0.001 13 S 0.631 0.226 0.090 0.040 0.011 0.002 0.001 14 P 0.443 0.269 0.157 0.090 0.033 0.007 0.001 15 D 0.412 0.318 0.167 0.075 0.023 0.005 0.001 16 Y 0.113 0.212 0.261 0.239 0.132 0.041 0.003 17 V 0.045 0.087 0.161 0.280 0.278 0.134 0.014 18 Q 0.099 0.239 0.258 0.212 0.125 0.057 0.011 19 S 0.030 0.075 0.134 0.224 0.259 0.224 0.054 20 L 0.005 0.012 0.024 0.088 0.255 0.455 0.160 21 A 0.008 0.054 0.162 0.285 0.285 0.168 0.039 22 R 0.004 0.017 0.064 0.199 0.323 0.320 0.074 23 G 0.001 0.004 0.004 0.010 0.057 0.379 0.546 24 L 0.001 0.003 0.017 0.098 0.293 0.482 0.106 25 A 0.001 0.011 0.096 0.311 0.356 0.197 0.028 26 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.079 0.492 0.418 27 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.052 0.507 0.432 28 R 0.007 0.046 0.168 0.321 0.265 0.159 0.034 29 C 0.002 0.016 0.110 0.324 0.374 0.154 0.020 30 F 0.002 0.004 0.009 0.059 0.293 0.551 0.082 31 D 0.029 0.173 0.311 0.320 0.139 0.027 0.001 32 H 0.214 0.420 0.240 0.101 0.022 0.003 0.001 33 R 0.203 0.354 0.258 0.148 0.032 0.004 0.001 34 N 0.594 0.271 0.090 0.036 0.008 0.001 0.001 35 Q 0.452 0.291 0.146 0.077 0.027 0.006 0.001 36 R 0.310 0.327 0.195 0.103 0.049 0.015 0.001 37 R 0.083 0.199 0.255 0.245 0.158 0.054 0.006 38 T 0.031 0.147 0.240 0.258 0.200 0.109 0.016 39 L 0.008 0.024 0.079 0.217 0.360 0.272 0.039 40 S 0.096 0.298 0.331 0.187 0.066 0.020 0.002 41 D 0.083 0.279 0.321 0.204 0.084 0.026 0.003 42 V 0.036 0.033 0.043 0.160 0.353 0.336 0.040 43 A 0.063 0.133 0.201 0.307 0.229 0.064 0.003 44 R 0.279 0.377 0.202 0.104 0.029 0.008 0.001 45 A 0.170 0.242 0.250 0.197 0.097 0.040 0.004 46 T 0.083 0.100 0.164 0.233 0.218 0.169 0.032 47 D 0.370 0.312 0.152 0.085 0.048 0.026 0.007 48 L 0.237 0.215 0.197 0.183 0.108 0.051 0.009 49 T 0.166 0.245 0.219 0.177 0.107 0.072 0.015 50 R 0.149 0.253 0.249 0.191 0.102 0.047 0.010 51 A 0.167 0.173 0.154 0.168 0.164 0.133 0.041 52 T 0.050 0.134 0.215 0.272 0.196 0.107 0.026 53 A 0.005 0.008 0.015 0.068 0.254 0.463 0.187 54 R 0.023 0.108 0.234 0.337 0.200 0.084 0.013 55 R 0.047 0.140 0.177 0.204 0.195 0.189 0.048 56 F 0.007 0.010 0.021 0.068 0.204 0.507 0.183 57 L 0.005 0.010 0.027 0.081 0.241 0.504 0.130 58 L 0.044 0.158 0.249 0.266 0.175 0.093 0.015 59 T 0.017 0.067 0.175 0.308 0.274 0.143 0.016 60 L 0.011 0.012 0.021 0.088 0.295 0.483 0.089 61 V 0.054 0.152 0.241 0.283 0.190 0.071 0.009 62 E 0.199 0.344 0.237 0.136 0.057 0.022 0.005 63 L 0.042 0.137 0.254 0.315 0.182 0.063 0.007 64 G 0.082 0.183 0.236 0.256 0.170 0.067 0.007 65 Y 0.049 0.106 0.164 0.237 0.256 0.168 0.021 66 V 0.025 0.032 0.056 0.153 0.324 0.361 0.049 67 A 0.100 0.252 0.287 0.232 0.098 0.029 0.002 68 T 0.097 0.190 0.261 0.278 0.141 0.032 0.002 69 D 0.487 0.324 0.125 0.051 0.011 0.002 0.001 70 G 0.698 0.223 0.055 0.019 0.004 0.001 0.001 71 S 0.526 0.302 0.121 0.043 0.008 0.001 0.001 72 A 0.167 0.348 0.277 0.144 0.053 0.011 0.001 73 F 0.037 0.083 0.155 0.267 0.293 0.154 0.010 74 W 0.012 0.073 0.217 0.331 0.258 0.099 0.010 75 L 0.004 0.009 0.021 0.076 0.246 0.511 0.134 76 T 0.017 0.057 0.086 0.149 0.265 0.327 0.099 77 P 0.032 0.089 0.154 0.224 0.254 0.186 0.061 78 R 0.026 0.077 0.182 0.277 0.216 0.164 0.058 79 V 0.034 0.037 0.054 0.111 0.183 0.363 0.218 80 L 0.040 0.047 0.068 0.121 0.198 0.353 0.173 81 E 0.056 0.090 0.128 0.196 0.229 0.217 0.086 82 L 0.073 0.045 0.061 0.126 0.208 0.310 0.175 83 G 0.073 0.072 0.061 0.089 0.164 0.353 0.188 84 Y 0.156 0.132 0.146 0.202 0.182 0.137 0.045 85 S 0.126 0.155 0.200 0.222 0.173 0.103 0.022 86 Y 0.144 0.117 0.135 0.194 0.190 0.175 0.046 87 L 0.150 0.159 0.162 0.193 0.181 0.126 0.029 88 S 0.243 0.249 0.201 0.159 0.090 0.045 0.012 89 S 0.303 0.262 0.176 0.138 0.076 0.035 0.010 90 L 0.289 0.235 0.186 0.157 0.088 0.038 0.006 91 S 0.331 0.322 0.188 0.102 0.040 0.015 0.003 92 L 0.080 0.089 0.115 0.220 0.274 0.198 0.025 93 P 0.149 0.245 0.243 0.208 0.108 0.042 0.004 94 E 0.347 0.344 0.169 0.087 0.036 0.014 0.002 95 V 0.095 0.153 0.237 0.271 0.166 0.069 0.009 96 A 0.040 0.065 0.098 0.195 0.305 0.272 0.024 97 Q 0.097 0.274 0.338 0.209 0.064 0.016 0.001 98 P 0.325 0.418 0.157 0.064 0.026 0.009 0.001 99 H 0.046 0.151 0.270 0.307 0.166 0.057 0.003 100 L 0.012 0.017 0.050 0.203 0.427 0.274 0.016 101 E 0.113 0.430 0.334 0.106 0.016 0.002 0.001 102 K 0.152 0.477 0.267 0.086 0.015 0.003 0.001 103 L 0.025 0.045 0.087 0.294 0.391 0.153 0.004 104 S 0.037 0.128 0.268 0.346 0.181 0.040 0.002 105 H 0.509 0.356 0.096 0.030 0.007 0.001 0.001 106 K 0.247 0.308 0.258 0.135 0.041 0.011 0.001 107 V 0.108 0.156 0.210 0.241 0.182 0.093 0.010 108 H 0.173 0.282 0.208 0.150 0.108 0.062 0.017 109 E 0.035 0.071 0.113 0.201 0.253 0.245 0.081 110 S 0.015 0.030 0.065 0.129 0.208 0.330 0.223 111 S 0.012 0.016 0.032 0.079 0.181 0.372 0.308 112 S 0.029 0.032 0.046 0.069 0.113 0.292 0.419 113 V 0.019 0.016 0.018 0.037 0.095 0.313 0.502 114 S 0.005 0.011 0.020 0.050 0.134 0.383 0.397 115 I 0.010 0.029 0.056 0.136 0.253 0.353 0.164 116 L 0.016 0.053 0.112 0.247 0.331 0.208 0.032 117 D 0.096 0.260 0.270 0.216 0.112 0.039 0.007 118 G 0.332 0.309 0.177 0.109 0.050 0.019 0.005 119 A 0.229 0.296 0.220 0.152 0.072 0.027 0.003 120 D 0.079 0.157 0.230 0.273 0.181 0.072 0.008 121 I 0.013 0.030 0.059 0.133 0.287 0.399 0.079 122 V 0.008 0.025 0.055 0.122 0.233 0.406 0.150 123 Y 0.009 0.022 0.054 0.127 0.233 0.380 0.176 124 V 0.008 0.013 0.023 0.067 0.188 0.457 0.244 125 A 0.025 0.063 0.111 0.201 0.258 0.263 0.079 126 R 0.049 0.135 0.197 0.242 0.201 0.141 0.034 127 V 0.059 0.107 0.161 0.241 0.236 0.158 0.038 128 P 0.226 0.253 0.184 0.147 0.096 0.070 0.024 129 V 0.204 0.181 0.163 0.178 0.151 0.102 0.021 130 S 0.389 0.267 0.158 0.101 0.053 0.026 0.006 131 R 0.325 0.250 0.182 0.128 0.071 0.036 0.008 132 I 0.233 0.185 0.169 0.161 0.132 0.097 0.023 133 M 0.196 0.133 0.131 0.168 0.180 0.152 0.041 134 T 0.223 0.203 0.183 0.165 0.113 0.080 0.033 135 V 0.157 0.109 0.096 0.141 0.182 0.215 0.100 136 G 0.180 0.180 0.181 0.190 0.136 0.098 0.034 137 I 0.163 0.125 0.128 0.172 0.177 0.163 0.073 138 T 0.239 0.213 0.184 0.159 0.102 0.074 0.030 139 I 0.153 0.139 0.134 0.167 0.165 0.163 0.080 140 G 0.172 0.159 0.145 0.163 0.147 0.143 0.071 141 T 0.118 0.147 0.144 0.172 0.175 0.163 0.080 142 R 0.079 0.088 0.106 0.159 0.187 0.226 0.154 143 L 0.056 0.067 0.074 0.113 0.177 0.297 0.216 144 P 0.063 0.066 0.086 0.123 0.148 0.230 0.285 145 A 0.046 0.048 0.045 0.068 0.122 0.285 0.386 146 Y 0.038 0.043 0.061 0.104 0.157 0.241 0.356 147 A 0.020 0.025 0.031 0.056 0.115 0.274 0.480 148 T 0.023 0.034 0.053 0.087 0.133 0.254 0.416 149 S 0.016 0.019 0.032 0.072 0.138 0.266 0.458 150 M 0.012 0.021 0.023 0.035 0.075 0.227 0.607 151 G 0.005 0.008 0.020 0.067 0.135 0.300 0.465 152 R 0.005 0.014 0.042 0.095 0.162 0.314 0.369 153 V 0.003 0.004 0.007 0.023 0.080 0.353 0.529 154 L 0.004 0.006 0.011 0.030 0.096 0.409 0.445 155 L 0.003 0.007 0.018 0.046 0.134 0.464 0.327 156 A 0.004 0.008 0.018 0.070 0.254 0.479 0.169 157 G 0.009 0.034 0.090 0.225 0.349 0.264 0.028 158 L 0.016 0.057 0.191 0.352 0.289 0.088 0.008 159 P 0.266 0.433 0.207 0.074 0.017 0.004 0.001 160 D 0.449 0.340 0.139 0.050 0.016 0.005 0.001 161 D 0.805 0.137 0.030 0.014 0.009 0.004 0.001 162 E 0.141 0.318 0.284 0.180 0.064 0.012 0.001 163 L 0.030 0.056 0.164 0.373 0.301 0.072 0.004 164 D 0.146 0.456 0.301 0.084 0.011 0.001 0.001 165 A 0.255 0.503 0.196 0.040 0.005 0.001 0.001 166 Y 0.016 0.037 0.108 0.325 0.400 0.113 0.001 167 L 0.015 0.042 0.142 0.361 0.360 0.079 0.001 168 E 0.479 0.415 0.091 0.014 0.001 0.001 0.001 169 K 0.362 0.406 0.170 0.053 0.007 0.001 0.001 170 L 0.082 0.171 0.286 0.288 0.139 0.033 0.001 171 D 0.445 0.351 0.130 0.054 0.017 0.003 0.001 172 I 0.084 0.125 0.218 0.332 0.192 0.046 0.002 173 Q 0.356 0.358 0.176 0.076 0.025 0.007 0.001 174 R 0.232 0.312 0.235 0.145 0.059 0.015 0.001 175 L 0.119 0.127 0.181 0.262 0.216 0.090 0.007 176 T 0.232 0.231 0.208 0.183 0.106 0.035 0.004 177 E 0.412 0.303 0.158 0.079 0.032 0.013 0.002 178 R 0.150 0.193 0.232 0.236 0.137 0.047 0.005 179 T 0.108 0.158 0.188 0.234 0.201 0.101 0.010 180 I 0.094 0.118 0.151 0.229 0.235 0.152 0.020 181 T 0.152 0.182 0.204 0.215 0.150 0.080 0.016 182 A 0.211 0.269 0.225 0.177 0.087 0.028 0.002 183 R 0.120 0.271 0.326 0.204 0.064 0.015 0.001 184 D 0.778 0.183 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 185 E 0.176 0.399 0.264 0.125 0.031 0.005 0.001 186 L 0.007 0.011 0.039 0.249 0.487 0.201 0.005 187 K 0.036 0.213 0.400 0.265 0.076 0.010 0.001 188 A 0.198 0.527 0.216 0.049 0.008 0.002 0.001 189 A 0.013 0.047 0.150 0.316 0.340 0.129 0.005 190 I 0.003 0.007 0.023 0.122 0.383 0.430 0.032 191 L 0.050 0.266 0.377 0.218 0.069 0.019 0.001 192 A 0.085 0.319 0.311 0.205 0.063 0.016 0.001 193 V 0.011 0.021 0.049 0.195 0.394 0.299 0.031 194 R 0.050 0.140 0.225 0.294 0.212 0.071 0.007 195 A 0.376 0.345 0.162 0.080 0.027 0.009 0.002 196 D 0.109 0.222 0.262 0.242 0.117 0.041 0.007 197 G 0.071 0.135 0.192 0.238 0.196 0.139 0.029 198 I 0.071 0.099 0.123 0.181 0.229 0.229 0.068 199 C 0.042 0.048 0.066 0.125 0.212 0.331 0.177 200 V 0.059 0.071 0.118 0.190 0.228 0.240 0.096 201 L 0.122 0.158 0.166 0.182 0.176 0.147 0.048 202 D 0.210 0.252 0.214 0.172 0.093 0.045 0.015 203 Q 0.330 0.274 0.146 0.108 0.069 0.050 0.023 204 E 0.083 0.132 0.149 0.204 0.205 0.174 0.053 205 L 0.038 0.067 0.113 0.221 0.280 0.228 0.052 206 E 0.080 0.176 0.217 0.221 0.178 0.102 0.025 207 A 0.091 0.201 0.219 0.204 0.147 0.099 0.039 208 G 0.019 0.060 0.107 0.179 0.246 0.289 0.100 209 L 0.004 0.010 0.022 0.075 0.219 0.424 0.245 210 R 0.003 0.009 0.027 0.083 0.185 0.364 0.329 211 S 0.001 0.003 0.006 0.014 0.045 0.271 0.658 212 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.167 0.793 213 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.029 0.186 0.772 214 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.046 0.216 0.720 215 P 0.001 0.004 0.008 0.022 0.069 0.313 0.583 216 I 0.001 0.004 0.008 0.028 0.107 0.374 0.477 217 R 0.006 0.025 0.062 0.165 0.286 0.341 0.115 218 G 0.024 0.109 0.182 0.265 0.251 0.139 0.030 219 A 0.090 0.180 0.200 0.228 0.175 0.098 0.030 220 S 0.194 0.272 0.190 0.146 0.104 0.071 0.022 221 G 0.056 0.154 0.197 0.238 0.203 0.125 0.027 222 L 0.013 0.064 0.143 0.247 0.280 0.200 0.052 223 T 0.001 0.005 0.014 0.050 0.189 0.477 0.265 224 V 0.001 0.001 0.006 0.033 0.131 0.381 0.447 225 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.187 0.790 226 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.897 227 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.088 0.903 228 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.120 0.860 229 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.182 0.787 230 S 0.002 0.006 0.014 0.044 0.113 0.342 0.480 231 T 0.005 0.015 0.029 0.075 0.186 0.390 0.300 232 P 0.022 0.044 0.071 0.146 0.235 0.328 0.154 233 A 0.044 0.107 0.158 0.226 0.228 0.183 0.054 234 A 0.090 0.130 0.169 0.220 0.208 0.146 0.038 235 R 0.074 0.137 0.165 0.207 0.202 0.176 0.039 236 Y 0.048 0.059 0.111 0.214 0.287 0.233 0.047 237 S 0.266 0.345 0.212 0.117 0.045 0.014 0.002 238 L 0.195 0.277 0.255 0.175 0.072 0.022 0.003 239 E 0.676 0.224 0.061 0.025 0.010 0.004 0.001 240 D 0.343 0.369 0.172 0.081 0.027 0.007 0.001 241 L 0.059 0.104 0.187 0.326 0.242 0.079 0.003 242 H 0.057 0.164 0.261 0.295 0.173 0.048 0.003 243 S 0.423 0.375 0.149 0.042 0.008 0.002 0.001 244 D 0.174 0.302 0.284 0.173 0.056 0.011 0.001 245 L 0.023 0.043 0.068 0.183 0.386 0.289 0.009 246 I 0.012 0.062 0.193 0.349 0.286 0.095 0.003 247 P 0.182 0.452 0.254 0.087 0.020 0.005 0.001 248 S 0.026 0.074 0.234 0.416 0.209 0.039 0.001 249 L 0.003 0.004 0.008 0.049 0.295 0.595 0.046 250 R 0.027 0.130 0.361 0.357 0.106 0.018 0.001 251 V 0.076 0.462 0.307 0.119 0.028 0.007 0.001 252 T 0.012 0.030 0.080 0.280 0.390 0.198 0.010 253 A 0.004 0.010 0.038 0.168 0.422 0.341 0.018 254 T 0.080 0.376 0.376 0.134 0.029 0.005 0.001 255 D 0.081 0.300 0.351 0.210 0.051 0.006 0.001 256 I 0.020 0.037 0.061 0.211 0.377 0.280 0.015 257 E 0.055 0.170 0.286 0.298 0.154 0.035 0.001 258 Q 0.422 0.404 0.123 0.041 0.008 0.002 0.001 259 D 0.162 0.243 0.316 0.214 0.055 0.009 0.001 260 L 0.182 0.144 0.176 0.248 0.188 0.059 0.003 261 A 0.431 0.308 0.156 0.070 0.027 0.008 0.001 262 T 0.617 0.234 0.091 0.044 0.012 0.003 0.001 263 V 0.543 0.232 0.135 0.069 0.018 0.004 0.001 264 N 0.810 0.142 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 265 R 0.820 0.132 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001