# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1165 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.003 0.004 0.083 0.893 2 T 0.023 0.014 0.007 0.011 0.165 0.779 3 A 0.013 0.015 0.046 0.026 0.279 0.621 4 T 0.019 0.020 0.045 0.022 0.336 0.559 5 E 0.022 0.015 0.046 0.022 0.334 0.561 6 P 0.016 0.017 0.053 0.038 0.222 0.656 7 T 0.013 0.037 0.171 0.099 0.326 0.352 8 E 0.011 0.015 0.382 0.131 0.305 0.156 9 K 0.014 0.010 0.338 0.096 0.379 0.164 10 I 0.021 0.023 0.156 0.086 0.440 0.273 11 L 0.014 0.020 0.020 0.027 0.336 0.584 12 P 0.007 0.021 0.012 0.026 0.306 0.628 13 S 0.004 0.011 0.007 0.012 0.318 0.647 14 P 0.003 0.007 0.087 0.187 0.405 0.310 15 D 0.007 0.010 0.090 0.459 0.226 0.208 16 Y 0.006 0.004 0.039 0.839 0.070 0.043 17 V 0.007 0.003 0.009 0.919 0.025 0.036 18 Q 0.007 0.002 0.009 0.946 0.019 0.017 19 S 0.007 0.002 0.009 0.948 0.014 0.021 20 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 21 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 25 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 26 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 27 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 28 R 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 29 C 0.001 0.001 0.007 0.984 0.003 0.004 30 F 0.002 0.003 0.022 0.860 0.024 0.089 31 D 0.006 0.007 0.086 0.617 0.108 0.175 32 H 0.009 0.006 0.104 0.469 0.259 0.154 33 R 0.004 0.005 0.084 0.432 0.297 0.178 34 N 0.003 0.006 0.072 0.141 0.457 0.322 35 Q 0.007 0.003 0.050 0.049 0.512 0.378 36 R 0.049 0.019 0.033 0.028 0.321 0.549 37 R 0.083 0.060 0.007 0.017 0.193 0.640 38 T 0.049 0.023 0.002 0.028 0.051 0.847 39 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.002 0.006 40 S 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 44 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.006 45 A 0.001 0.001 0.006 0.955 0.012 0.025 46 T 0.002 0.007 0.012 0.714 0.057 0.208 47 D 0.001 0.002 0.002 0.005 0.074 0.916 48 L 0.002 0.006 0.001 0.002 0.089 0.900 49 T 0.002 0.005 0.001 0.004 0.087 0.900 50 R 0.003 0.004 0.012 0.216 0.170 0.594 51 A 0.001 0.001 0.017 0.891 0.046 0.043 52 T 0.001 0.001 0.008 0.965 0.009 0.016 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 61 V 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 62 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.007 0.012 64 G 0.004 0.001 0.003 0.120 0.049 0.823 65 Y 0.104 0.012 0.007 0.027 0.081 0.768 66 V 0.733 0.019 0.010 0.026 0.072 0.141 67 A 0.852 0.011 0.004 0.010 0.054 0.069 68 T 0.635 0.014 0.006 0.010 0.183 0.153 69 D 0.157 0.017 0.007 0.008 0.602 0.209 70 G 0.026 0.008 0.010 0.004 0.795 0.156 71 S 0.035 0.007 0.006 0.001 0.617 0.334 72 A 0.290 0.035 0.013 0.003 0.355 0.305 73 F 0.485 0.067 0.008 0.005 0.135 0.300 74 W 0.396 0.109 0.009 0.013 0.126 0.347 75 L 0.128 0.039 0.006 0.041 0.145 0.640 76 T 0.032 0.005 0.004 0.090 0.141 0.728 77 P 0.002 0.001 0.010 0.935 0.027 0.025 78 R 0.003 0.002 0.027 0.928 0.025 0.016 79 V 0.002 0.001 0.019 0.960 0.012 0.005 80 L 0.005 0.001 0.014 0.959 0.015 0.007 81 E 0.005 0.001 0.016 0.953 0.018 0.007 82 L 0.006 0.001 0.020 0.926 0.030 0.017 83 G 0.006 0.001 0.024 0.899 0.034 0.036 84 Y 0.004 0.001 0.046 0.907 0.027 0.015 85 S 0.005 0.001 0.053 0.897 0.029 0.016 86 Y 0.004 0.002 0.042 0.853 0.045 0.054 87 L 0.005 0.006 0.054 0.763 0.104 0.068 88 S 0.005 0.002 0.039 0.695 0.152 0.108 89 S 0.003 0.004 0.040 0.501 0.212 0.240 90 L 0.006 0.011 0.027 0.256 0.284 0.415 91 S 0.006 0.012 0.014 0.096 0.165 0.706 92 L 0.002 0.002 0.070 0.715 0.091 0.119 93 P 0.003 0.003 0.146 0.732 0.065 0.051 94 E 0.002 0.002 0.279 0.629 0.070 0.018 95 V 0.003 0.004 0.209 0.677 0.074 0.034 96 A 0.004 0.003 0.074 0.801 0.068 0.050 97 Q 0.006 0.004 0.041 0.680 0.121 0.148 98 P 0.002 0.001 0.028 0.842 0.068 0.060 99 H 0.001 0.001 0.021 0.931 0.027 0.018 100 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 101 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 102 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 103 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 104 S 0.001 0.001 0.013 0.959 0.016 0.011 105 H 0.001 0.001 0.023 0.917 0.036 0.022 106 K 0.004 0.002 0.027 0.762 0.087 0.117 107 V 0.010 0.005 0.022 0.481 0.137 0.344 108 H 0.030 0.004 0.017 0.044 0.260 0.645 109 E 0.148 0.005 0.053 0.110 0.371 0.313 110 S 0.477 0.005 0.021 0.039 0.226 0.232 111 S 0.836 0.004 0.005 0.018 0.058 0.080 112 S 0.907 0.001 0.001 0.012 0.019 0.059 113 V 0.956 0.001 0.001 0.009 0.009 0.024 114 S 0.976 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 115 I 0.981 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 116 L 0.930 0.004 0.001 0.001 0.044 0.019 117 D 0.404 0.006 0.003 0.001 0.547 0.039 118 G 0.051 0.003 0.006 0.001 0.902 0.037 119 A 0.058 0.003 0.005 0.001 0.879 0.056 120 D 0.580 0.009 0.002 0.001 0.274 0.134 121 I 0.971 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 122 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 124 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 126 R 0.853 0.002 0.001 0.001 0.028 0.117 127 V 0.543 0.012 0.002 0.001 0.104 0.337 128 P 0.273 0.014 0.009 0.003 0.346 0.354 129 V 0.065 0.007 0.134 0.011 0.570 0.213 130 S 0.068 0.006 0.173 0.009 0.585 0.159 131 R 0.126 0.010 0.182 0.012 0.532 0.138 132 I 0.261 0.013 0.058 0.021 0.260 0.388 133 M 0.588 0.018 0.025 0.020 0.122 0.226 134 T 0.690 0.018 0.013 0.017 0.095 0.168 135 V 0.734 0.015 0.006 0.015 0.070 0.159 136 G 0.627 0.011 0.005 0.009 0.109 0.239 137 I 0.560 0.027 0.004 0.007 0.104 0.298 138 T 0.380 0.026 0.010 0.012 0.410 0.162 139 I 0.187 0.019 0.014 0.023 0.600 0.156 140 G 0.064 0.009 0.021 0.020 0.731 0.154 141 T 0.251 0.043 0.020 0.039 0.493 0.153 142 R 0.249 0.069 0.013 0.070 0.185 0.414 143 L 0.172 0.041 0.012 0.074 0.223 0.477 144 P 0.126 0.016 0.028 0.140 0.251 0.439 145 A 0.104 0.018 0.093 0.377 0.215 0.192 146 Y 0.091 0.017 0.151 0.453 0.185 0.103 147 A 0.066 0.015 0.117 0.569 0.144 0.089 148 T 0.011 0.006 0.042 0.828 0.050 0.062 149 S 0.003 0.001 0.026 0.936 0.017 0.017 150 M 0.002 0.001 0.012 0.964 0.011 0.011 151 G 0.002 0.001 0.007 0.973 0.011 0.006 152 R 0.005 0.001 0.006 0.968 0.016 0.004 153 V 0.008 0.001 0.012 0.961 0.017 0.002 154 L 0.004 0.001 0.012 0.975 0.006 0.001 155 L 0.002 0.001 0.036 0.951 0.010 0.001 156 A 0.003 0.001 0.027 0.954 0.013 0.003 157 G 0.004 0.003 0.026 0.592 0.078 0.297 158 L 0.005 0.022 0.002 0.043 0.121 0.807 159 P 0.003 0.004 0.001 0.021 0.049 0.923 160 D 0.001 0.001 0.018 0.962 0.011 0.009 161 D 0.001 0.001 0.018 0.977 0.004 0.001 162 E 0.001 0.001 0.017 0.979 0.003 0.001 163 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 164 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 165 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 166 Y 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 167 L 0.001 0.001 0.010 0.965 0.018 0.006 168 E 0.001 0.001 0.015 0.944 0.026 0.014 169 K 0.002 0.001 0.018 0.828 0.055 0.095 170 L 0.006 0.006 0.031 0.445 0.172 0.340 171 D 0.014 0.006 0.038 0.126 0.202 0.614 172 I 0.040 0.011 0.248 0.203 0.246 0.253 173 Q 0.074 0.007 0.280 0.168 0.268 0.202 174 R 0.102 0.015 0.227 0.227 0.217 0.213 175 L 0.106 0.052 0.050 0.178 0.202 0.412 176 T 0.072 0.029 0.025 0.147 0.475 0.252 177 E 0.014 0.004 0.048 0.249 0.549 0.136 178 R 0.019 0.007 0.065 0.186 0.611 0.111 179 T 0.048 0.024 0.058 0.163 0.602 0.106 180 I 0.078 0.028 0.042 0.119 0.316 0.417 181 T 0.054 0.041 0.012 0.084 0.248 0.561 182 A 0.027 0.007 0.004 0.079 0.137 0.745 183 R 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.009 184 D 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 192 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 193 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 194 R 0.001 0.001 0.006 0.983 0.009 0.001 195 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.015 0.004 196 D 0.001 0.001 0.006 0.872 0.058 0.063 197 G 0.013 0.004 0.010 0.108 0.241 0.624 198 I 0.191 0.020 0.015 0.020 0.167 0.587 199 C 0.699 0.023 0.019 0.017 0.086 0.156 200 V 0.602 0.027 0.016 0.027 0.103 0.225 201 L 0.394 0.015 0.012 0.039 0.184 0.356 202 D 0.065 0.003 0.123 0.307 0.269 0.232 203 Q 0.031 0.002 0.139 0.671 0.128 0.029 204 E 0.060 0.009 0.167 0.614 0.119 0.030 205 L 0.054 0.012 0.066 0.718 0.089 0.061 206 E 0.054 0.010 0.053 0.613 0.204 0.067 207 A 0.023 0.003 0.064 0.552 0.262 0.096 208 G 0.058 0.008 0.037 0.061 0.448 0.388 209 L 0.198 0.012 0.016 0.014 0.363 0.397 210 R 0.560 0.007 0.011 0.005 0.079 0.339 211 S 0.954 0.004 0.002 0.001 0.011 0.029 212 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 213 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 214 A 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 215 P 0.889 0.001 0.001 0.001 0.017 0.090 216 I 0.867 0.005 0.002 0.001 0.035 0.091 217 R 0.703 0.041 0.003 0.001 0.073 0.180 218 G 0.159 0.018 0.007 0.002 0.789 0.026 219 A 0.022 0.003 0.015 0.001 0.948 0.010 220 S 0.006 0.001 0.015 0.001 0.964 0.013 221 G 0.064 0.009 0.007 0.001 0.885 0.034 222 L 0.434 0.017 0.001 0.001 0.125 0.422 223 T 0.902 0.010 0.001 0.001 0.013 0.075 224 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 225 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 226 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 227 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 228 N 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 229 I 0.938 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 230 S 0.566 0.006 0.002 0.002 0.119 0.306 231 T 0.181 0.009 0.006 0.002 0.288 0.514 232 P 0.101 0.017 0.030 0.008 0.413 0.431 233 A 0.073 0.023 0.260 0.021 0.469 0.155 234 A 0.093 0.012 0.299 0.027 0.444 0.125 235 R 0.117 0.014 0.232 0.037 0.408 0.192 236 Y 0.136 0.057 0.024 0.028 0.321 0.434 237 S 0.057 0.019 0.007 0.035 0.143 0.739 238 L 0.001 0.001 0.088 0.885 0.016 0.009 239 E 0.002 0.001 0.118 0.860 0.017 0.004 240 D 0.001 0.001 0.126 0.852 0.019 0.002 241 L 0.001 0.001 0.034 0.946 0.012 0.006 242 H 0.001 0.001 0.039 0.940 0.012 0.007 243 S 0.001 0.001 0.054 0.910 0.024 0.010 244 D 0.001 0.001 0.038 0.909 0.021 0.031 245 L 0.001 0.001 0.014 0.972 0.006 0.007 246 I 0.001 0.001 0.009 0.942 0.020 0.028 247 P 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 248 S 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 251 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 252 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 253 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 254 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 255 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 256 I 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.005 257 E 0.001 0.001 0.014 0.967 0.010 0.008 258 Q 0.001 0.001 0.021 0.952 0.014 0.012 259 D 0.001 0.001 0.019 0.911 0.018 0.050 260 L 0.001 0.002 0.018 0.879 0.025 0.075 261 A 0.003 0.003 0.030 0.193 0.138 0.633 262 T 0.007 0.006 0.039 0.081 0.176 0.690 263 V 0.013 0.017 0.032 0.083 0.155 0.700 264 N 0.011 0.013 0.009 0.038 0.109 0.821 265 R 0.004 0.002 0.001 0.007 0.045 0.941