# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1165 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.014 0.020 0.003 0.014 0.003 0.013 0.933 3 A 0.016 0.011 0.018 0.055 0.119 0.077 0.705 4 T 0.019 0.007 0.030 0.094 0.138 0.122 0.590 5 E 0.019 0.009 0.022 0.102 0.253 0.038 0.557 6 P 0.016 0.011 0.026 0.138 0.065 0.055 0.689 7 T 0.015 0.016 0.103 0.198 0.078 0.085 0.505 8 E 0.010 0.020 0.214 0.295 0.099 0.122 0.240 9 K 0.013 0.009 0.213 0.229 0.106 0.230 0.200 10 I 0.018 0.019 0.081 0.117 0.211 0.187 0.367 11 L 0.014 0.023 0.018 0.018 0.224 0.085 0.618 12 P 0.012 0.022 0.015 0.015 0.258 0.135 0.543 13 S 0.007 0.008 0.006 0.007 0.166 0.019 0.787 14 P 0.002 0.002 0.194 0.240 0.090 0.373 0.099 15 D 0.002 0.003 0.208 0.269 0.055 0.411 0.052 16 Y 0.005 0.007 0.193 0.528 0.049 0.121 0.098 17 V 0.007 0.006 0.032 0.794 0.026 0.034 0.101 18 Q 0.010 0.005 0.030 0.831 0.028 0.042 0.054 19 S 0.006 0.001 0.020 0.924 0.009 0.024 0.016 20 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.005 0.005 21 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 22 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 29 C 0.001 0.001 0.002 0.959 0.001 0.036 0.002 30 F 0.001 0.002 0.012 0.930 0.005 0.042 0.008 31 D 0.002 0.001 0.040 0.777 0.012 0.145 0.023 32 H 0.002 0.001 0.058 0.604 0.034 0.272 0.030 33 R 0.003 0.003 0.052 0.335 0.134 0.345 0.127 34 N 0.006 0.004 0.059 0.074 0.234 0.382 0.241 35 Q 0.022 0.006 0.051 0.047 0.380 0.191 0.304 36 R 0.072 0.031 0.037 0.027 0.191 0.124 0.517 37 R 0.119 0.069 0.005 0.012 0.171 0.011 0.613 38 T 0.074 0.050 0.002 0.012 0.029 0.004 0.829 39 L 0.001 0.001 0.024 0.968 0.001 0.003 0.003 40 S 0.001 0.001 0.015 0.981 0.001 0.002 0.001 41 D 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 45 A 0.001 0.001 0.004 0.918 0.004 0.070 0.005 46 T 0.001 0.002 0.007 0.477 0.031 0.458 0.024 47 D 0.001 0.001 0.005 0.044 0.056 0.786 0.108 48 L 0.003 0.006 0.003 0.009 0.162 0.014 0.804 49 T 0.007 0.007 0.008 0.026 0.052 0.013 0.888 50 R 0.004 0.002 0.040 0.756 0.079 0.067 0.052 51 A 0.002 0.001 0.017 0.925 0.016 0.019 0.019 52 T 0.002 0.002 0.008 0.966 0.004 0.008 0.012 53 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 54 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 61 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 62 E 0.001 0.001 0.003 0.941 0.002 0.052 0.001 63 L 0.001 0.001 0.004 0.282 0.006 0.702 0.004 64 G 0.002 0.001 0.002 0.016 0.021 0.937 0.022 65 Y 0.144 0.011 0.018 0.025 0.160 0.060 0.582 66 V 0.740 0.020 0.016 0.021 0.047 0.008 0.149 67 A 0.775 0.009 0.008 0.015 0.032 0.009 0.151 68 T 0.811 0.036 0.005 0.010 0.034 0.009 0.096 69 D 0.378 0.010 0.006 0.004 0.090 0.043 0.470 70 G 0.022 0.001 0.025 0.004 0.176 0.669 0.103 71 S 0.040 0.003 0.037 0.005 0.186 0.607 0.124 72 A 0.269 0.023 0.047 0.008 0.203 0.164 0.285 73 F 0.694 0.033 0.009 0.005 0.050 0.031 0.178 74 W 0.717 0.027 0.007 0.006 0.040 0.019 0.183 75 L 0.526 0.053 0.003 0.008 0.063 0.008 0.338 76 T 0.109 0.010 0.002 0.017 0.048 0.007 0.807 77 P 0.003 0.001 0.029 0.904 0.013 0.031 0.020 78 R 0.001 0.001 0.020 0.955 0.004 0.016 0.004 79 V 0.001 0.001 0.021 0.968 0.001 0.006 0.002 80 L 0.004 0.001 0.007 0.978 0.002 0.007 0.002 81 E 0.003 0.001 0.005 0.967 0.002 0.020 0.001 82 L 0.003 0.001 0.008 0.911 0.002 0.072 0.005 83 G 0.005 0.001 0.012 0.894 0.006 0.063 0.019 84 Y 0.008 0.001 0.037 0.873 0.014 0.038 0.029 85 S 0.006 0.002 0.067 0.834 0.013 0.058 0.020 86 Y 0.005 0.002 0.064 0.806 0.011 0.092 0.020 87 L 0.008 0.008 0.128 0.674 0.031 0.117 0.035 88 S 0.004 0.002 0.132 0.447 0.024 0.354 0.037 89 S 0.003 0.001 0.088 0.256 0.056 0.555 0.041 90 L 0.006 0.006 0.010 0.069 0.541 0.117 0.251 91 S 0.008 0.021 0.007 0.024 0.141 0.086 0.713 92 L 0.006 0.006 0.086 0.560 0.038 0.035 0.268 93 P 0.005 0.002 0.217 0.659 0.011 0.025 0.082 94 E 0.004 0.001 0.237 0.715 0.007 0.024 0.013 95 V 0.004 0.003 0.209 0.711 0.006 0.052 0.015 96 A 0.003 0.002 0.038 0.855 0.014 0.069 0.020 97 Q 0.001 0.001 0.007 0.936 0.021 0.016 0.019 98 P 0.001 0.001 0.006 0.962 0.006 0.011 0.012 99 H 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.009 0.006 100 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 101 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.002 104 S 0.001 0.001 0.005 0.978 0.002 0.014 0.002 105 H 0.001 0.001 0.013 0.884 0.004 0.093 0.006 106 K 0.001 0.001 0.024 0.698 0.017 0.237 0.022 107 V 0.012 0.010 0.029 0.330 0.142 0.332 0.145 108 H 0.020 0.003 0.025 0.048 0.222 0.455 0.227 109 E 0.134 0.007 0.018 0.013 0.332 0.093 0.402 110 S 0.440 0.015 0.011 0.009 0.112 0.036 0.377 111 S 0.747 0.006 0.006 0.002 0.063 0.017 0.159 112 S 0.887 0.002 0.002 0.002 0.023 0.006 0.078 113 V 0.962 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.028 114 S 0.979 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 115 I 0.955 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.031 116 L 0.879 0.005 0.002 0.003 0.015 0.020 0.075 117 D 0.279 0.004 0.012 0.004 0.147 0.458 0.096 118 G 0.047 0.001 0.014 0.001 0.198 0.690 0.049 119 A 0.175 0.006 0.009 0.001 0.267 0.120 0.423 120 D 0.574 0.005 0.003 0.001 0.159 0.035 0.224 121 I 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 122 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 123 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 124 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 125 A 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.044 126 R 0.848 0.004 0.001 0.001 0.038 0.006 0.102 127 V 0.618 0.013 0.001 0.002 0.143 0.003 0.220 128 P 0.335 0.014 0.002 0.002 0.046 0.014 0.586 129 V 0.099 0.013 0.022 0.007 0.111 0.061 0.686 130 S 0.080 0.004 0.059 0.017 0.352 0.175 0.313 131 R 0.143 0.007 0.074 0.021 0.355 0.145 0.255 132 I 0.399 0.018 0.023 0.027 0.118 0.039 0.375 133 M 0.598 0.015 0.014 0.019 0.043 0.022 0.289 134 T 0.804 0.014 0.008 0.015 0.025 0.019 0.114 135 V 0.754 0.010 0.009 0.016 0.036 0.038 0.135 136 G 0.653 0.014 0.006 0.009 0.082 0.062 0.173 137 I 0.480 0.017 0.004 0.006 0.079 0.019 0.395 138 T 0.422 0.028 0.005 0.005 0.064 0.030 0.446 139 I 0.195 0.017 0.060 0.040 0.152 0.269 0.267 140 G 0.112 0.007 0.074 0.021 0.217 0.413 0.156 141 T 0.221 0.023 0.056 0.028 0.206 0.123 0.343 142 R 0.379 0.073 0.021 0.020 0.160 0.056 0.291 143 L 0.258 0.030 0.017 0.041 0.209 0.013 0.433 144 P 0.184 0.018 0.035 0.052 0.086 0.043 0.581 145 A 0.079 0.013 0.227 0.305 0.074 0.174 0.129 146 Y 0.067 0.012 0.254 0.353 0.066 0.174 0.073 147 A 0.062 0.014 0.220 0.417 0.058 0.116 0.113 148 T 0.040 0.009 0.100 0.508 0.076 0.133 0.133 149 S 0.024 0.007 0.069 0.602 0.064 0.159 0.076 150 M 0.010 0.002 0.034 0.836 0.017 0.069 0.033 151 G 0.008 0.001 0.016 0.922 0.012 0.018 0.023 152 R 0.015 0.001 0.011 0.950 0.006 0.006 0.010 153 V 0.009 0.001 0.013 0.966 0.002 0.008 0.002 154 L 0.006 0.001 0.011 0.957 0.001 0.023 0.001 155 L 0.006 0.001 0.039 0.831 0.003 0.115 0.004 156 A 0.007 0.001 0.045 0.451 0.014 0.464 0.017 157 G 0.005 0.003 0.064 0.183 0.050 0.631 0.065 158 L 0.003 0.006 0.001 0.004 0.692 0.005 0.290 159 P 0.002 0.006 0.001 0.002 0.055 0.003 0.931 160 D 0.001 0.001 0.177 0.665 0.014 0.120 0.022 161 D 0.001 0.001 0.086 0.868 0.006 0.037 0.003 162 E 0.001 0.001 0.099 0.879 0.001 0.016 0.004 163 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.002 164 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 166 Y 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.017 0.003 167 L 0.001 0.002 0.014 0.956 0.006 0.017 0.005 168 E 0.001 0.001 0.032 0.812 0.004 0.147 0.004 169 K 0.001 0.001 0.029 0.423 0.023 0.513 0.012 170 L 0.003 0.007 0.015 0.159 0.282 0.279 0.254 171 D 0.007 0.021 0.012 0.017 0.086 0.132 0.725 172 I 0.021 0.011 0.139 0.063 0.068 0.040 0.658 173 Q 0.069 0.014 0.319 0.108 0.074 0.043 0.373 174 R 0.089 0.022 0.362 0.159 0.072 0.062 0.236 175 L 0.071 0.029 0.117 0.144 0.149 0.066 0.424 176 T 0.037 0.023 0.018 0.024 0.138 0.020 0.738 177 E 0.007 0.004 0.140 0.139 0.073 0.555 0.082 178 R 0.012 0.005 0.131 0.085 0.152 0.549 0.067 179 T 0.056 0.025 0.103 0.049 0.287 0.113 0.367 180 I 0.053 0.051 0.047 0.053 0.127 0.160 0.507 181 T 0.057 0.098 0.026 0.052 0.289 0.150 0.328 182 A 0.025 0.043 0.010 0.053 0.274 0.020 0.576 183 R 0.001 0.001 0.027 0.945 0.003 0.011 0.014 184 D 0.001 0.001 0.019 0.971 0.001 0.007 0.002 185 E 0.001 0.001 0.017 0.976 0.001 0.005 0.001 186 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.004 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 192 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 193 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 194 R 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.002 195 A 0.001 0.001 0.005 0.730 0.005 0.257 0.002 196 D 0.001 0.001 0.003 0.102 0.011 0.875 0.009 197 G 0.011 0.001 0.009 0.043 0.172 0.633 0.130 198 I 0.254 0.021 0.025 0.070 0.111 0.061 0.458 199 C 0.702 0.032 0.013 0.033 0.065 0.028 0.126 200 V 0.707 0.024 0.010 0.046 0.048 0.017 0.148 201 L 0.560 0.016 0.006 0.029 0.081 0.019 0.290 202 D 0.067 0.003 0.085 0.332 0.117 0.246 0.149 203 Q 0.032 0.004 0.107 0.414 0.106 0.268 0.067 204 E 0.098 0.013 0.146 0.473 0.062 0.107 0.100 205 L 0.157 0.039 0.094 0.437 0.059 0.083 0.131 206 E 0.150 0.012 0.100 0.374 0.085 0.088 0.190 207 A 0.038 0.003 0.065 0.188 0.107 0.566 0.033 208 G 0.031 0.002 0.016 0.013 0.050 0.824 0.064 209 L 0.272 0.013 0.004 0.002 0.044 0.015 0.651 210 R 0.717 0.008 0.003 0.001 0.035 0.004 0.233 211 S 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 212 M 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 213 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 214 A 0.870 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.110 215 P 0.788 0.005 0.002 0.003 0.027 0.004 0.172 216 I 0.653 0.013 0.005 0.007 0.042 0.014 0.265 217 R 0.476 0.059 0.011 0.011 0.148 0.056 0.239 218 G 0.106 0.007 0.025 0.007 0.206 0.111 0.538 219 A 0.034 0.007 0.059 0.011 0.252 0.502 0.135 220 S 0.008 0.002 0.029 0.003 0.161 0.751 0.046 221 G 0.034 0.002 0.013 0.003 0.396 0.316 0.236 222 L 0.179 0.016 0.001 0.001 0.151 0.013 0.639 223 T 0.806 0.023 0.001 0.001 0.021 0.002 0.147 224 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 225 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 226 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 227 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 228 N 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 229 I 0.933 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.052 230 S 0.754 0.014 0.003 0.007 0.085 0.013 0.125 231 T 0.331 0.011 0.007 0.010 0.312 0.016 0.314 232 P 0.116 0.012 0.067 0.020 0.200 0.133 0.451 233 A 0.041 0.010 0.418 0.050 0.117 0.178 0.186 234 A 0.046 0.003 0.377 0.042 0.156 0.270 0.106 235 R 0.101 0.015 0.201 0.036 0.160 0.251 0.236 236 Y 0.131 0.061 0.008 0.015 0.326 0.016 0.444 237 S 0.052 0.035 0.003 0.008 0.028 0.007 0.867 238 L 0.001 0.001 0.114 0.813 0.004 0.055 0.013 239 E 0.001 0.001 0.113 0.845 0.004 0.033 0.005 240 D 0.001 0.001 0.146 0.815 0.003 0.024 0.011 241 L 0.001 0.001 0.049 0.913 0.003 0.023 0.009 242 H 0.001 0.001 0.022 0.934 0.004 0.030 0.008 243 S 0.001 0.001 0.025 0.885 0.008 0.078 0.003 244 D 0.001 0.001 0.015 0.884 0.009 0.084 0.007 245 L 0.001 0.001 0.006 0.961 0.002 0.026 0.005 246 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.003 247 P 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 251 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 252 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 253 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 254 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 255 D 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 256 I 0.001 0.001 0.003 0.966 0.001 0.023 0.006 257 E 0.001 0.001 0.007 0.976 0.002 0.012 0.003 258 Q 0.001 0.001 0.016 0.921 0.004 0.053 0.006 259 D 0.001 0.001 0.020 0.864 0.005 0.097 0.013 260 L 0.003 0.002 0.027 0.757 0.024 0.141 0.046 261 A 0.010 0.003 0.041 0.474 0.067 0.227 0.178 262 T 0.022 0.005 0.079 0.338 0.139 0.158 0.259 263 V 0.026 0.012 0.061 0.243 0.117 0.231 0.310 264 N 0.014 0.013 0.011 0.036 0.024 0.073 0.829 265 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995