# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1165 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.651 0.214 0.084 0.037 0.011 0.002 0.001 2 T 0.689 0.200 0.070 0.031 0.009 0.001 0.001 3 A 0.627 0.215 0.099 0.047 0.011 0.001 0.001 4 T 0.685 0.202 0.072 0.031 0.009 0.001 0.001 5 E 0.716 0.201 0.060 0.019 0.004 0.001 0.001 6 P 0.457 0.289 0.166 0.070 0.016 0.002 0.001 7 T 0.509 0.250 0.139 0.079 0.021 0.002 0.001 8 E 0.697 0.212 0.066 0.020 0.004 0.001 0.001 9 K 0.663 0.238 0.073 0.022 0.004 0.001 0.001 10 I 0.283 0.301 0.237 0.139 0.036 0.004 0.001 11 L 0.355 0.322 0.195 0.098 0.026 0.003 0.001 12 P 0.655 0.236 0.076 0.027 0.006 0.001 0.001 13 S 0.614 0.226 0.101 0.047 0.011 0.001 0.001 14 P 0.468 0.295 0.151 0.066 0.017 0.002 0.001 15 D 0.357 0.373 0.178 0.069 0.018 0.003 0.001 16 Y 0.076 0.203 0.268 0.268 0.144 0.037 0.003 17 V 0.021 0.060 0.138 0.295 0.330 0.144 0.012 18 Q 0.062 0.242 0.316 0.239 0.101 0.036 0.005 19 S 0.017 0.043 0.097 0.232 0.314 0.256 0.042 20 L 0.008 0.029 0.072 0.193 0.330 0.297 0.071 21 A 0.019 0.094 0.183 0.250 0.263 0.162 0.029 22 R 0.007 0.037 0.121 0.282 0.316 0.203 0.034 23 G 0.002 0.005 0.009 0.022 0.099 0.522 0.341 24 L 0.001 0.006 0.031 0.136 0.340 0.390 0.096 25 A 0.001 0.013 0.086 0.250 0.359 0.233 0.058 26 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.421 0.516 27 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 0.478 0.457 28 R 0.001 0.035 0.154 0.327 0.302 0.146 0.034 29 C 0.001 0.007 0.068 0.308 0.423 0.176 0.017 30 F 0.001 0.001 0.005 0.043 0.281 0.581 0.088 31 D 0.010 0.121 0.281 0.380 0.181 0.026 0.001 32 H 0.186 0.489 0.241 0.071 0.013 0.001 0.001 33 R 0.116 0.299 0.349 0.187 0.043 0.005 0.001 34 N 0.468 0.308 0.140 0.065 0.016 0.002 0.001 35 Q 0.544 0.267 0.116 0.053 0.017 0.003 0.001 36 R 0.377 0.328 0.185 0.080 0.025 0.005 0.001 37 R 0.080 0.190 0.257 0.270 0.155 0.045 0.003 38 T 0.036 0.139 0.213 0.254 0.217 0.123 0.018 39 L 0.006 0.017 0.047 0.174 0.365 0.326 0.064 40 S 0.049 0.211 0.296 0.270 0.127 0.042 0.005 41 D 0.018 0.102 0.260 0.334 0.202 0.073 0.009 42 V 0.005 0.008 0.018 0.074 0.254 0.529 0.113 43 A 0.022 0.052 0.118 0.274 0.349 0.166 0.018 44 R 0.131 0.387 0.266 0.142 0.050 0.021 0.003 45 A 0.060 0.147 0.240 0.289 0.180 0.074 0.009 46 T 0.038 0.048 0.084 0.173 0.294 0.295 0.066 47 D 0.254 0.287 0.192 0.139 0.078 0.038 0.012 48 L 0.119 0.148 0.195 0.223 0.180 0.107 0.028 49 T 0.130 0.204 0.209 0.191 0.153 0.091 0.022 50 R 0.148 0.226 0.228 0.209 0.125 0.052 0.012 51 A 0.140 0.155 0.165 0.183 0.168 0.145 0.044 52 T 0.056 0.092 0.165 0.241 0.224 0.164 0.059 53 A 0.021 0.026 0.037 0.103 0.188 0.397 0.228 54 R 0.032 0.083 0.134 0.267 0.268 0.170 0.046 55 R 0.032 0.116 0.168 0.210 0.201 0.206 0.067 56 F 0.010 0.016 0.032 0.079 0.205 0.475 0.184 57 L 0.010 0.022 0.040 0.091 0.209 0.442 0.186 58 L 0.044 0.144 0.212 0.262 0.184 0.122 0.033 59 T 0.015 0.068 0.183 0.327 0.266 0.123 0.017 60 L 0.009 0.013 0.024 0.089 0.278 0.488 0.100 61 V 0.035 0.120 0.205 0.294 0.232 0.101 0.012 62 E 0.102 0.302 0.271 0.181 0.097 0.041 0.006 63 L 0.036 0.096 0.217 0.323 0.241 0.080 0.008 64 G 0.094 0.232 0.241 0.216 0.138 0.071 0.008 65 Y 0.023 0.071 0.146 0.256 0.311 0.178 0.016 66 V 0.019 0.032 0.062 0.183 0.385 0.295 0.023 67 A 0.051 0.191 0.280 0.293 0.145 0.039 0.002 68 T 0.196 0.333 0.257 0.156 0.050 0.008 0.001 69 D 0.542 0.288 0.124 0.038 0.007 0.001 0.001 70 G 0.741 0.197 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 71 S 0.399 0.343 0.181 0.063 0.013 0.002 0.001 72 A 0.119 0.330 0.294 0.182 0.062 0.012 0.001 73 F 0.012 0.039 0.113 0.278 0.363 0.179 0.015 74 W 0.008 0.072 0.222 0.329 0.247 0.108 0.014 75 L 0.002 0.004 0.012 0.058 0.230 0.543 0.151 76 T 0.018 0.078 0.155 0.252 0.265 0.182 0.050 77 P 0.030 0.130 0.205 0.232 0.196 0.158 0.050 78 R 0.024 0.073 0.167 0.253 0.233 0.176 0.074 79 V 0.019 0.026 0.039 0.079 0.169 0.397 0.271 80 L 0.038 0.062 0.098 0.175 0.218 0.257 0.152 81 E 0.059 0.127 0.149 0.181 0.168 0.204 0.111 82 L 0.036 0.033 0.047 0.100 0.179 0.320 0.285 83 G 0.035 0.049 0.056 0.098 0.163 0.350 0.250 84 Y 0.064 0.096 0.135 0.195 0.200 0.199 0.109 85 S 0.065 0.104 0.152 0.220 0.218 0.186 0.055 86 Y 0.106 0.101 0.119 0.165 0.211 0.222 0.077 87 L 0.108 0.122 0.136 0.192 0.206 0.186 0.050 88 S 0.170 0.233 0.205 0.175 0.117 0.075 0.025 89 S 0.143 0.201 0.193 0.194 0.150 0.088 0.032 90 L 0.137 0.178 0.198 0.221 0.166 0.082 0.018 91 S 0.262 0.329 0.204 0.117 0.056 0.025 0.007 92 L 0.054 0.056 0.095 0.206 0.317 0.233 0.039 93 P 0.079 0.186 0.244 0.262 0.161 0.062 0.007 94 E 0.224 0.362 0.225 0.119 0.051 0.018 0.002 95 V 0.047 0.093 0.181 0.275 0.255 0.130 0.018 96 A 0.017 0.019 0.036 0.119 0.303 0.432 0.074 97 Q 0.034 0.156 0.289 0.317 0.150 0.050 0.005 98 P 0.137 0.359 0.287 0.145 0.056 0.014 0.002 99 H 0.014 0.066 0.147 0.230 0.303 0.218 0.022 100 L 0.008 0.009 0.022 0.115 0.377 0.426 0.043 101 E 0.071 0.321 0.354 0.197 0.049 0.008 0.001 102 K 0.065 0.288 0.351 0.230 0.058 0.008 0.001 103 L 0.005 0.010 0.028 0.150 0.408 0.363 0.037 104 S 0.014 0.076 0.211 0.379 0.259 0.056 0.004 105 H 0.299 0.464 0.163 0.052 0.016 0.005 0.001 106 K 0.067 0.217 0.331 0.261 0.099 0.023 0.002 107 V 0.022 0.042 0.094 0.222 0.320 0.251 0.048 108 H 0.107 0.230 0.198 0.191 0.155 0.091 0.029 109 E 0.028 0.064 0.112 0.193 0.217 0.254 0.132 110 S 0.017 0.035 0.054 0.111 0.188 0.337 0.259 111 S 0.012 0.020 0.050 0.124 0.213 0.332 0.249 112 S 0.021 0.031 0.044 0.080 0.151 0.345 0.328 113 V 0.012 0.015 0.019 0.039 0.113 0.366 0.436 114 S 0.005 0.013 0.024 0.069 0.190 0.441 0.259 115 I 0.008 0.020 0.046 0.116 0.256 0.406 0.148 116 L 0.015 0.047 0.099 0.233 0.336 0.235 0.035 117 D 0.083 0.214 0.276 0.234 0.137 0.048 0.008 118 G 0.200 0.310 0.241 0.159 0.065 0.021 0.004 119 A 0.203 0.234 0.207 0.179 0.114 0.053 0.009 120 D 0.068 0.162 0.240 0.254 0.185 0.080 0.011 121 I 0.009 0.020 0.060 0.165 0.312 0.361 0.073 122 V 0.006 0.021 0.049 0.114 0.259 0.434 0.117 123 Y 0.006 0.015 0.038 0.109 0.259 0.441 0.131 124 V 0.007 0.011 0.023 0.071 0.221 0.473 0.194 125 A 0.022 0.071 0.129 0.228 0.271 0.224 0.055 126 R 0.061 0.188 0.236 0.237 0.162 0.094 0.023 127 V 0.058 0.127 0.185 0.257 0.233 0.119 0.021 128 P 0.354 0.280 0.156 0.104 0.062 0.035 0.008 129 V 0.240 0.185 0.188 0.187 0.130 0.059 0.009 130 S 0.407 0.280 0.158 0.092 0.043 0.016 0.003 131 R 0.250 0.270 0.219 0.152 0.072 0.031 0.007 132 I 0.162 0.186 0.177 0.182 0.156 0.108 0.028 133 M 0.072 0.090 0.130 0.197 0.238 0.203 0.070 134 T 0.107 0.183 0.202 0.211 0.151 0.104 0.042 135 V 0.075 0.067 0.082 0.153 0.230 0.276 0.116 136 G 0.087 0.152 0.186 0.212 0.179 0.135 0.051 137 I 0.077 0.085 0.122 0.174 0.203 0.217 0.121 138 T 0.168 0.190 0.188 0.184 0.137 0.090 0.043 139 I 0.156 0.131 0.133 0.160 0.170 0.165 0.086 140 G 0.188 0.161 0.149 0.171 0.144 0.117 0.070 141 T 0.119 0.157 0.162 0.182 0.164 0.144 0.073 142 R 0.078 0.105 0.129 0.173 0.187 0.181 0.148 143 L 0.039 0.046 0.057 0.107 0.196 0.318 0.237 144 P 0.049 0.072 0.101 0.135 0.169 0.232 0.242 145 A 0.032 0.044 0.063 0.092 0.126 0.278 0.365 146 Y 0.025 0.021 0.028 0.062 0.146 0.292 0.427 147 A 0.032 0.044 0.058 0.082 0.124 0.244 0.415 148 T 0.022 0.035 0.058 0.106 0.135 0.241 0.402 149 S 0.018 0.020 0.029 0.059 0.123 0.266 0.486 150 M 0.008 0.014 0.019 0.037 0.076 0.245 0.602 151 G 0.007 0.013 0.029 0.079 0.126 0.283 0.462 152 R 0.005 0.013 0.029 0.077 0.148 0.320 0.408 153 V 0.002 0.003 0.010 0.030 0.096 0.358 0.501 154 L 0.002 0.003 0.007 0.025 0.101 0.490 0.372 155 L 0.002 0.005 0.010 0.034 0.144 0.486 0.320 156 A 0.002 0.005 0.013 0.050 0.212 0.545 0.173 157 G 0.003 0.038 0.135 0.310 0.312 0.186 0.015 158 L 0.005 0.058 0.190 0.372 0.291 0.079 0.005 159 P 0.252 0.436 0.203 0.076 0.026 0.007 0.001 160 D 0.525 0.329 0.104 0.032 0.008 0.002 0.001 161 D 0.642 0.236 0.083 0.029 0.009 0.002 0.001 162 E 0.083 0.260 0.298 0.237 0.098 0.024 0.001 163 L 0.014 0.038 0.114 0.358 0.365 0.107 0.005 164 D 0.125 0.392 0.333 0.125 0.022 0.002 0.001 165 A 0.286 0.471 0.189 0.045 0.007 0.001 0.001 166 Y 0.022 0.040 0.112 0.345 0.375 0.105 0.002 167 L 0.015 0.037 0.132 0.323 0.376 0.114 0.003 168 E 0.351 0.454 0.156 0.034 0.005 0.001 0.001 169 K 0.301 0.403 0.207 0.074 0.014 0.002 0.001 170 L 0.084 0.148 0.221 0.273 0.205 0.067 0.003 171 D 0.330 0.353 0.180 0.090 0.036 0.011 0.001 172 I 0.091 0.116 0.204 0.315 0.217 0.055 0.003 173 Q 0.327 0.366 0.178 0.084 0.032 0.012 0.002 174 R 0.286 0.311 0.194 0.129 0.058 0.021 0.002 175 L 0.115 0.125 0.202 0.266 0.217 0.069 0.007 176 T 0.289 0.242 0.208 0.162 0.072 0.024 0.003 177 E 0.408 0.289 0.150 0.086 0.042 0.021 0.004 178 R 0.197 0.217 0.215 0.194 0.123 0.049 0.006 179 T 0.142 0.144 0.165 0.216 0.198 0.119 0.017 180 I 0.098 0.128 0.172 0.241 0.217 0.125 0.019 181 T 0.109 0.188 0.205 0.209 0.163 0.103 0.024 182 A 0.189 0.286 0.225 0.177 0.093 0.028 0.003 183 R 0.103 0.320 0.315 0.184 0.064 0.014 0.001 184 D 0.741 0.198 0.043 0.012 0.004 0.001 0.001 185 E 0.107 0.369 0.331 0.144 0.040 0.008 0.001 186 L 0.006 0.010 0.027 0.183 0.470 0.292 0.012 187 K 0.019 0.157 0.360 0.346 0.103 0.014 0.001 188 A 0.155 0.565 0.227 0.046 0.006 0.001 0.001 189 A 0.005 0.032 0.151 0.344 0.350 0.114 0.005 190 I 0.001 0.001 0.005 0.053 0.332 0.558 0.049 191 L 0.018 0.198 0.402 0.289 0.079 0.014 0.001 192 A 0.055 0.367 0.332 0.190 0.047 0.009 0.001 193 V 0.003 0.011 0.039 0.183 0.398 0.337 0.030 194 R 0.017 0.079 0.206 0.332 0.263 0.093 0.010 195 A 0.305 0.373 0.174 0.089 0.040 0.016 0.003 196 D 0.116 0.214 0.277 0.241 0.112 0.035 0.005 197 G 0.085 0.148 0.196 0.217 0.188 0.141 0.024 198 I 0.099 0.110 0.122 0.183 0.236 0.211 0.039 199 C 0.046 0.056 0.087 0.163 0.274 0.305 0.069 200 V 0.033 0.054 0.097 0.210 0.299 0.262 0.046 201 L 0.082 0.154 0.193 0.217 0.211 0.125 0.019 202 D 0.155 0.268 0.280 0.189 0.081 0.023 0.004 203 Q 0.536 0.305 0.092 0.039 0.017 0.008 0.003 204 E 0.072 0.157 0.214 0.250 0.196 0.096 0.015 205 L 0.027 0.055 0.110 0.250 0.346 0.189 0.022 206 E 0.100 0.253 0.275 0.219 0.110 0.037 0.006 207 A 0.111 0.323 0.264 0.172 0.086 0.038 0.007 208 G 0.024 0.090 0.169 0.279 0.247 0.156 0.035 209 L 0.003 0.008 0.020 0.081 0.293 0.461 0.134 210 R 0.003 0.010 0.041 0.155 0.283 0.340 0.169 211 S 0.002 0.004 0.006 0.014 0.053 0.335 0.586 212 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.192 0.774 213 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.173 0.781 214 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.041 0.227 0.720 215 P 0.001 0.002 0.007 0.031 0.119 0.417 0.422 216 I 0.001 0.002 0.008 0.040 0.172 0.501 0.277 217 R 0.004 0.032 0.083 0.199 0.303 0.303 0.076 218 G 0.033 0.145 0.232 0.258 0.206 0.105 0.021 219 A 0.073 0.173 0.227 0.253 0.178 0.079 0.017 220 S 0.189 0.279 0.209 0.163 0.099 0.048 0.012 221 G 0.032 0.117 0.186 0.253 0.248 0.138 0.026 222 L 0.005 0.037 0.118 0.259 0.313 0.217 0.052 223 T 0.001 0.002 0.008 0.037 0.170 0.486 0.296 224 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.080 0.395 0.510 225 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.163 0.820 226 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.932 227 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 0.933 228 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.114 0.865 229 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.163 0.814 230 S 0.001 0.002 0.005 0.019 0.062 0.292 0.619 231 T 0.002 0.008 0.019 0.054 0.134 0.379 0.403 232 P 0.008 0.020 0.042 0.108 0.210 0.369 0.243 233 A 0.019 0.056 0.109 0.180 0.248 0.280 0.109 234 A 0.052 0.120 0.167 0.235 0.217 0.170 0.039 235 R 0.048 0.114 0.177 0.234 0.243 0.156 0.028 236 Y 0.024 0.046 0.099 0.210 0.324 0.258 0.039 237 S 0.195 0.326 0.239 0.145 0.065 0.024 0.005 238 L 0.137 0.270 0.269 0.203 0.087 0.030 0.003 239 E 0.577 0.266 0.093 0.041 0.017 0.005 0.001 240 D 0.399 0.336 0.154 0.072 0.028 0.010 0.001 241 L 0.042 0.076 0.154 0.309 0.302 0.111 0.005 242 H 0.056 0.184 0.264 0.296 0.157 0.041 0.002 243 S 0.363 0.409 0.171 0.047 0.009 0.001 0.001 244 D 0.107 0.242 0.337 0.226 0.077 0.011 0.001 245 L 0.011 0.019 0.039 0.126 0.383 0.401 0.020 246 I 0.006 0.042 0.151 0.376 0.318 0.104 0.004 247 P 0.072 0.398 0.336 0.147 0.038 0.007 0.001 248 S 0.006 0.034 0.167 0.392 0.312 0.085 0.003 249 L 0.002 0.002 0.003 0.024 0.211 0.663 0.095 250 R 0.016 0.124 0.346 0.364 0.126 0.022 0.001 251 V 0.070 0.411 0.323 0.149 0.041 0.006 0.001 252 T 0.008 0.027 0.075 0.213 0.368 0.283 0.027 253 A 0.005 0.013 0.041 0.194 0.411 0.312 0.024 254 T 0.095 0.405 0.316 0.141 0.037 0.007 0.001 255 D 0.069 0.242 0.348 0.267 0.066 0.007 0.001 256 I 0.011 0.017 0.040 0.152 0.406 0.346 0.029 257 E 0.059 0.182 0.320 0.300 0.118 0.020 0.001 258 Q 0.398 0.430 0.125 0.036 0.009 0.001 0.001 259 D 0.207 0.229 0.271 0.223 0.062 0.007 0.001 260 L 0.153 0.142 0.181 0.281 0.189 0.052 0.002 261 A 0.458 0.322 0.139 0.059 0.018 0.004 0.001 262 T 0.592 0.244 0.096 0.049 0.016 0.003 0.001 263 V 0.603 0.224 0.103 0.051 0.016 0.003 0.001 264 N 0.826 0.123 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001 265 R 0.791 0.145 0.044 0.015 0.004 0.001 0.001