# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.022 0.587 0.003 0.012 0.016 0.003 0.002 0.025 0.139 0.030 0.107 0.049 2 T 0.009 0.053 0.614 0.012 0.011 0.019 0.004 0.001 0.019 0.064 0.026 0.018 0.151 3 A 0.020 0.039 0.476 0.007 0.017 0.039 0.006 0.001 0.016 0.110 0.082 0.124 0.062 4 T 0.016 0.029 0.408 0.009 0.015 0.058 0.005 0.001 0.012 0.176 0.075 0.017 0.179 5 E 0.002 0.007 0.584 0.003 0.007 0.039 0.001 0.001 0.006 0.184 0.014 0.130 0.022 6 P 0.002 0.018 0.551 0.003 0.017 0.058 0.001 0.001 0.006 0.072 0.050 0.005 0.215 7 T 0.002 0.025 0.510 0.002 0.048 0.143 0.001 0.001 0.006 0.144 0.056 0.042 0.021 8 E 0.001 0.010 0.480 0.002 0.112 0.201 0.001 0.001 0.002 0.091 0.070 0.008 0.023 9 K 0.001 0.019 0.379 0.001 0.125 0.287 0.001 0.001 0.002 0.064 0.102 0.010 0.011 10 I 0.001 0.011 0.311 0.001 0.155 0.268 0.001 0.001 0.001 0.138 0.094 0.003 0.017 11 L 0.001 0.007 0.341 0.001 0.072 0.284 0.001 0.001 0.002 0.147 0.134 0.007 0.004 12 P 0.001 0.018 0.262 0.001 0.042 0.256 0.001 0.001 0.001 0.157 0.254 0.001 0.007 13 S 0.001 0.004 0.535 0.001 0.011 0.201 0.001 0.001 0.001 0.195 0.050 0.001 0.002 14 P 0.001 0.001 0.036 0.001 0.019 0.834 0.001 0.001 0.001 0.027 0.082 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.017 0.888 0.001 0.001 0.001 0.016 0.059 0.001 0.001 16 Y 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.829 0.001 0.001 0.001 0.007 0.145 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.032 0.001 0.013 0.705 0.001 0.001 0.001 0.023 0.221 0.001 0.002 24 L 0.001 0.004 0.245 0.001 0.021 0.624 0.002 0.001 0.012 0.051 0.028 0.004 0.007 25 A 0.005 0.005 0.241 0.025 0.039 0.294 0.007 0.005 0.052 0.222 0.067 0.026 0.012 26 V 0.010 0.025 0.049 0.002 0.047 0.374 0.030 0.043 0.262 0.020 0.056 0.006 0.076 27 I 0.025 0.009 0.040 0.160 0.012 0.475 0.044 0.066 0.079 0.021 0.027 0.022 0.021 28 R 0.068 0.007 0.115 0.028 0.018 0.364 0.092 0.040 0.059 0.031 0.032 0.057 0.089 29 C 0.057 0.026 0.171 0.012 0.041 0.230 0.122 0.033 0.088 0.049 0.052 0.038 0.082 30 F 0.008 0.043 0.498 0.005 0.019 0.055 0.018 0.020 0.049 0.172 0.066 0.017 0.031 31 D 0.001 0.009 0.690 0.002 0.015 0.018 0.001 0.001 0.014 0.170 0.062 0.004 0.015 32 H 0.001 0.001 0.116 0.002 0.067 0.058 0.001 0.001 0.001 0.160 0.591 0.001 0.003 33 R 0.001 0.004 0.065 0.004 0.102 0.029 0.001 0.001 0.001 0.221 0.574 0.001 0.001 34 N 0.001 0.011 0.355 0.002 0.159 0.018 0.001 0.001 0.002 0.320 0.127 0.002 0.004 35 Q 0.001 0.020 0.531 0.003 0.082 0.013 0.001 0.001 0.009 0.152 0.152 0.004 0.032 36 R 0.006 0.067 0.436 0.005 0.050 0.010 0.003 0.001 0.024 0.172 0.142 0.036 0.046 37 R 0.003 0.215 0.404 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.027 0.208 0.014 0.032 0.078 38 T 0.001 0.035 0.796 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.010 0.055 0.008 0.001 0.059 39 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 40 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 46 T 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.437 0.001 0.001 0.001 0.042 0.497 0.001 0.001 47 D 0.001 0.001 0.223 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.001 0.166 0.554 0.001 0.001 48 L 0.001 0.003 0.860 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.126 0.005 0.001 0.001 49 T 0.001 0.007 0.825 0.001 0.009 0.041 0.001 0.001 0.001 0.095 0.022 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.032 0.001 0.041 0.823 0.001 0.001 0.001 0.044 0.059 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 52 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.899 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.341 0.001 0.001 0.001 0.008 0.625 0.001 0.001 64 G 0.003 0.001 0.052 0.003 0.020 0.117 0.001 0.001 0.001 0.034 0.759 0.004 0.006 65 Y 0.025 0.022 0.338 0.001 0.040 0.145 0.003 0.001 0.004 0.071 0.065 0.164 0.122 66 V 0.027 0.089 0.119 0.005 0.016 0.054 0.003 0.001 0.005 0.016 0.010 0.022 0.634 67 A 0.042 0.025 0.141 0.025 0.014 0.047 0.004 0.001 0.004 0.028 0.030 0.544 0.096 68 T 0.036 0.014 0.156 0.025 0.020 0.038 0.002 0.001 0.002 0.101 0.213 0.016 0.378 69 D 0.008 0.013 0.162 0.011 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.269 0.341 0.139 0.034 70 G 0.001 0.003 0.074 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.233 0.656 0.006 0.012 71 S 0.004 0.003 0.118 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.312 0.509 0.018 0.013 72 A 0.124 0.032 0.168 0.005 0.018 0.008 0.017 0.001 0.006 0.098 0.054 0.080 0.390 73 F 0.285 0.025 0.127 0.026 0.029 0.012 0.048 0.002 0.008 0.047 0.025 0.217 0.149 74 W 0.317 0.026 0.100 0.011 0.016 0.013 0.065 0.001 0.007 0.041 0.026 0.094 0.282 75 L 0.101 0.032 0.343 0.008 0.032 0.046 0.024 0.001 0.005 0.070 0.030 0.095 0.213 76 T 0.012 0.009 0.523 0.010 0.020 0.113 0.001 0.001 0.003 0.188 0.019 0.048 0.055 77 P 0.003 0.003 0.063 0.006 0.139 0.596 0.001 0.001 0.001 0.040 0.131 0.002 0.016 78 R 0.010 0.002 0.051 0.004 0.131 0.633 0.001 0.001 0.003 0.051 0.097 0.009 0.007 79 V 0.010 0.006 0.029 0.001 0.110 0.744 0.002 0.001 0.009 0.019 0.048 0.004 0.017 80 L 0.005 0.003 0.017 0.003 0.029 0.898 0.002 0.002 0.007 0.009 0.019 0.002 0.005 81 E 0.003 0.001 0.015 0.001 0.026 0.912 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.006 0.002 82 L 0.002 0.002 0.010 0.001 0.017 0.913 0.001 0.001 0.003 0.008 0.040 0.001 0.004 83 G 0.002 0.003 0.011 0.001 0.022 0.891 0.001 0.001 0.002 0.010 0.054 0.002 0.002 84 Y 0.004 0.002 0.017 0.002 0.030 0.893 0.001 0.001 0.002 0.014 0.031 0.001 0.003 85 S 0.005 0.001 0.032 0.001 0.047 0.836 0.001 0.001 0.002 0.019 0.042 0.009 0.005 86 Y 0.005 0.005 0.029 0.001 0.065 0.785 0.001 0.001 0.002 0.017 0.076 0.002 0.012 87 L 0.005 0.005 0.035 0.001 0.087 0.727 0.001 0.001 0.001 0.031 0.098 0.004 0.005 88 S 0.002 0.004 0.071 0.003 0.076 0.522 0.001 0.001 0.001 0.101 0.209 0.005 0.006 89 S 0.001 0.014 0.168 0.001 0.052 0.291 0.001 0.001 0.002 0.106 0.353 0.002 0.010 90 L 0.001 0.008 0.776 0.001 0.009 0.051 0.001 0.001 0.003 0.093 0.048 0.005 0.006 91 S 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002