# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.088 0.091 0.641 2 T 0.053 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.041 0.091 0.732 3 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.106 0.046 0.090 0.742 4 T 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.052 0.088 0.763 5 E 0.045 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.057 0.099 0.659 6 P 0.048 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.029 0.072 0.760 7 T 0.083 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.112 0.055 0.068 0.644 8 E 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.029 0.079 0.803 9 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.117 0.023 0.082 0.759 10 I 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.098 0.840 11 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.023 0.151 0.721 12 P 0.010 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.095 0.823 13 S 0.162 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.020 0.141 14 P 0.048 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 0.095 15 D 0.011 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.227 0.014 0.091 16 Y 0.005 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.005 0.041 17 V 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.025 18 Q 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.032 19 S 0.010 0.689 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.008 0.024 20 L 0.020 0.914 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.022 21 A 0.014 0.874 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.008 0.061 22 R 0.004 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.011 0.081 23 G 0.008 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.007 0.050 24 L 0.009 0.867 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 0.008 0.048 25 A 0.030 0.826 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.014 0.080 26 V 0.134 0.594 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.047 0.030 0.171 27 I 0.171 0.380 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.181 0.048 0.154 28 R 0.226 0.098 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.040 0.114 0.482 29 C 0.078 0.153 0.010 0.002 0.002 0.011 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.059 0.135 0.504 30 F 0.030 0.040 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.071 0.177 0.607 31 D 0.268 0.150 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.186 0.054 0.318 32 H 0.141 0.083 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.068 0.653 33 R 0.039 0.073 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.072 0.792 34 N 0.164 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.239 0.070 0.488 35 Q 0.030 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.094 0.089 0.686 36 R 0.037 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.094 0.111 0.652 37 R 0.005 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.050 0.112 0.102 0.594 38 T 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.030 39 L 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.016 40 S 0.007 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.005 0.049 41 D 0.008 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.009 0.049 42 V 0.024 0.093 0.050 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.026 0.045 43 A 0.053 0.052 0.229 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.523 0.042 0.099 44 R 0.589 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.046 0.335 45 A 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.109 0.789 46 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.031 0.201 0.745 47 D 0.018 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.151 0.748 48 L 0.025 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.218 0.170 0.521 49 T 0.022 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.105 0.017 0.052 50 R 0.049 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.013 0.100 51 A 0.004 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.011 0.073 52 T 0.005 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.022 53 A 0.005 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.017 54 R 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.019 55 R 0.002 0.176 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.005 0.019 56 F 0.002 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.005 0.023 57 L 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.038 58 L 0.002 0.902 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.007 0.057 59 T 0.013 0.844 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.012 0.067 60 L 0.028 0.194 0.414 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.260 0.017 0.079 61 V 0.503 0.076 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.050 0.256 62 E 0.209 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.056 0.078 0.589 63 L 0.031 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.064 0.117 0.692 64 G 0.007 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.117 0.123 0.509 65 Y 0.004 0.009 0.001 0.002 0.010 0.066 0.054 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.105 0.089 0.451 66 V 0.005 0.003 0.003 0.007 0.304 0.160 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.064 0.053 0.264 67 A 0.094 0.002 0.004 0.008 0.381 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.054 0.044 0.268 68 T 0.146 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.079 0.696 69 D 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.031 0.110 0.783 70 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.025 0.132 0.796 71 S 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.110 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.049 0.078 0.352 72 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.060 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.107 0.038 0.065 0.378 73 F 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.020 0.199 0.075 0.023 0.010 0.276 0.062 0.054 0.252 74 W 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.335 0.236 0.083 0.026 0.136 0.011 0.023 0.126 75 L 0.006 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.008 0.017 0.361 0.024 0.062 0.414 76 T 0.050 0.664 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.083 0.022 0.130 77 P 0.038 0.597 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.103 0.037 0.176 78 R 0.048 0.617 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.082 0.033 0.165 79 V 0.084 0.490 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.164 0.029 0.149 80 L 0.066 0.593 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.066 0.041 0.193 81 E 0.046 0.188 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.332 0.073 0.295 82 L 0.007 0.511 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.062 0.085 0.287 83 G 0.119 0.753 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.014 0.069 84 Y 0.114 0.377 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.371 0.024 0.098 85 S 0.061 0.161 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.394 0.113 0.254 86 Y 0.226 0.113 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.161 0.099 0.377 87 L 0.452 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.131 0.078 0.320 88 S 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.103 0.860 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.060 0.925 90 L 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.032 0.162 0.775 91 S 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.034 0.142 0.780