# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.005 0.001 0.053 0.082 0.131 0.110 0.005 0.001 0.053 0.542 2 T 0.058 0.005 0.001 0.028 0.035 0.049 0.109 0.002 0.001 0.053 0.660 3 A 0.010 0.001 0.001 0.028 0.067 0.082 0.120 0.003 0.001 0.076 0.613 4 T 0.015 0.028 0.001 0.023 0.027 0.046 0.119 0.002 0.001 0.034 0.705 5 E 0.143 0.055 0.008 0.011 0.063 0.072 0.106 0.018 0.004 0.052 0.469 6 P 0.081 0.074 0.011 0.015 0.022 0.033 0.120 0.025 0.006 0.046 0.568 7 T 0.481 0.061 0.002 0.004 0.012 0.023 0.037 0.017 0.001 0.033 0.329 8 E 0.223 0.017 0.002 0.021 0.010 0.025 0.074 0.009 0.001 0.066 0.552 9 K 0.009 0.004 0.001 0.022 0.017 0.055 0.110 0.001 0.001 0.015 0.767 10 I 0.007 0.003 0.001 0.030 0.022 0.021 0.071 0.001 0.001 0.016 0.828 11 L 0.007 0.002 0.001 0.013 0.086 0.035 0.169 0.003 0.001 0.043 0.640 12 P 0.057 0.093 0.001 0.007 0.004 0.004 0.127 0.006 0.001 0.045 0.655 13 S 0.104 0.742 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.008 0.001 0.020 0.096 14 P 0.059 0.694 0.001 0.003 0.001 0.002 0.029 0.003 0.001 0.046 0.162 15 D 0.026 0.620 0.002 0.009 0.003 0.007 0.030 0.002 0.001 0.199 0.103 16 Y 0.005 0.789 0.001 0.005 0.010 0.006 0.013 0.002 0.001 0.106 0.063 17 V 0.010 0.953 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.001 0.009 0.014 18 Q 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.020 19 S 0.032 0.523 0.076 0.002 0.003 0.003 0.018 0.006 0.046 0.203 0.087 20 L 0.146 0.693 0.006 0.001 0.001 0.002 0.015 0.022 0.003 0.060 0.050 21 A 0.086 0.268 0.027 0.006 0.003 0.006 0.060 0.009 0.028 0.108 0.401 22 R 0.028 0.249 0.004 0.011 0.004 0.006 0.127 0.001 0.001 0.041 0.528 23 G 0.010 0.255 0.002 0.025 0.011 0.030 0.099 0.003 0.001 0.179 0.385 24 L 0.019 0.287 0.005 0.041 0.023 0.021 0.089 0.005 0.001 0.270 0.240 25 A 0.017 0.273 0.003 0.259 0.039 0.088 0.041 0.005 0.001 0.185 0.088 26 V 0.035 0.236 0.005 0.131 0.044 0.084 0.050 0.004 0.001 0.100 0.309 27 I 0.023 0.079 0.006 0.263 0.135 0.136 0.054 0.004 0.002 0.122 0.176 28 R 0.057 0.075 0.005 0.133 0.075 0.130 0.082 0.007 0.003 0.153 0.280 29 C 0.080 0.034 0.014 0.115 0.054 0.079 0.110 0.006 0.011 0.106 0.391 30 F 0.092 0.034 0.006 0.058 0.038 0.069 0.129 0.008 0.006 0.056 0.506 31 D 0.121 0.071 0.005 0.021 0.029 0.047 0.104 0.006 0.004 0.053 0.539 32 H 0.127 0.037 0.010 0.013 0.014 0.022 0.094 0.005 0.005 0.038 0.634 33 R 0.075 0.038 0.002 0.011 0.013 0.025 0.092 0.013 0.001 0.053 0.677 34 N 0.175 0.082 0.002 0.012 0.008 0.016 0.097 0.007 0.001 0.101 0.499 35 Q 0.096 0.121 0.003 0.036 0.015 0.031 0.107 0.009 0.001 0.078 0.502 36 R 0.056 0.038 0.002 0.022 0.022 0.030 0.110 0.002 0.001 0.108 0.609 37 R 0.010 0.103 0.002 0.045 0.043 0.044 0.130 0.004 0.001 0.064 0.557 38 T 0.029 0.781 0.001 0.007 0.008 0.008 0.026 0.006 0.001 0.016 0.118 39 L 0.018 0.912 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.015 0.001 0.003 0.037 40 S 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.007 0.050 41 D 0.027 0.819 0.013 0.003 0.001 0.002 0.011 0.014 0.003 0.054 0.053 42 V 0.145 0.324 0.013 0.006 0.003 0.002 0.026 0.021 0.005 0.360 0.095 43 A 0.056 0.059 0.139 0.010 0.002 0.004 0.051 0.010 0.083 0.393 0.193 44 R 0.267 0.076 0.009 0.012 0.002 0.004 0.097 0.008 0.005 0.061 0.459 45 A 0.111 0.030 0.004 0.014 0.002 0.004 0.083 0.006 0.003 0.113 0.630 46 T 0.025 0.040 0.001 0.005 0.002 0.006 0.151 0.005 0.001 0.034 0.731 47 D 0.069 0.117 0.002 0.009 0.001 0.005 0.080 0.006 0.001 0.034 0.676 48 L 0.031 0.104 0.003 0.013 0.004 0.005 0.091 0.005 0.001 0.283 0.460 49 T 0.021 0.784 0.001 0.003 0.001 0.002 0.018 0.003 0.001 0.051 0.116 50 R 0.015 0.918 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.038 51 A 0.008 0.890 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.053 0.035 52 T 0.007 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.082 0.028 53 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 54 R 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.006 55 R 0.003 0.606 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.347 0.027 56 F 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.009 57 L 0.007 0.950 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 0.013 58 L 0.015 0.902 0.003 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.035 0.029 59 T 0.035 0.752 0.004 0.003 0.001 0.002 0.021 0.005 0.002 0.056 0.119 60 L 0.037 0.029 0.391 0.008 0.004 0.004 0.032 0.011 0.160 0.234 0.091 61 V 0.398 0.045 0.010 0.015 0.006 0.011 0.107 0.019 0.008 0.112 0.269 62 E 0.091 0.015 0.002 0.010 0.004 0.011 0.087 0.003 0.002 0.037 0.737 63 L 0.016 0.012 0.002 0.019 0.007 0.019 0.175 0.002 0.001 0.034 0.713 64 G 0.007 0.004 0.001 0.061 0.050 0.270 0.109 0.008 0.001 0.130 0.358 65 Y 0.019 0.004 0.002 0.050 0.069 0.146 0.100 0.001 0.001 0.090 0.518 66 V 0.005 0.002 0.004 0.166 0.121 0.239 0.083 0.001 0.002 0.067 0.311 67 A 0.148 0.004 0.005 0.044 0.050 0.125 0.072 0.003 0.004 0.103 0.442 68 T 0.316 0.002 0.002 0.020 0.014 0.024 0.076 0.007 0.002 0.063 0.474 69 D 0.048 0.002 0.001 0.006 0.006 0.016 0.098 0.004 0.001 0.031 0.789 70 G 0.014 0.004 0.001 0.015 0.011 0.025 0.128 0.002 0.001 0.021 0.779 71 S 0.008 0.006 0.001 0.035 0.207 0.280 0.104 0.005 0.001 0.046 0.307 72 A 0.011 0.009 0.001 0.054 0.150 0.239 0.062 0.002 0.001 0.075 0.398 73 F 0.012 0.007 0.001 0.089 0.251 0.237 0.061 0.001 0.001 0.071 0.271 74 W 0.006 0.010 0.001 0.082 0.191 0.265 0.075 0.001 0.001 0.091 0.279 75 L 0.012 0.080 0.002 0.061 0.101 0.123 0.070 0.004 0.001 0.092 0.455 76 T 0.063 0.638 0.002 0.013 0.035 0.032 0.026 0.016 0.001 0.069 0.103 77 P 0.064 0.705 0.006 0.009 0.007 0.012 0.021 0.008 0.002 0.038 0.127 78 R 0.050 0.657 0.004 0.010 0.016 0.026 0.025 0.007 0.002 0.057 0.146 79 V 0.068 0.337 0.011 0.016 0.018 0.020 0.043 0.010 0.003 0.283 0.191 80 L 0.072 0.551 0.006 0.019 0.010 0.012 0.041 0.008 0.001 0.151 0.129 81 E 0.058 0.215 0.007 0.033 0.010 0.014 0.061 0.003 0.002 0.358 0.238 82 L 0.009 0.624 0.006 0.020 0.010 0.012 0.053 0.005 0.001 0.043 0.215 83 G 0.045 0.799 0.005 0.005 0.003 0.007 0.019 0.026 0.001 0.010 0.081 84 Y 0.094 0.363 0.010 0.026 0.011 0.014 0.040 0.022 0.004 0.203 0.212 85 S 0.071 0.150 0.022 0.025 0.007 0.016 0.099 0.007 0.015 0.290 0.296 86 Y 0.225 0.087 0.025 0.041 0.008 0.017 0.101 0.025 0.010 0.153 0.310 87 L 0.192 0.021 0.015 0.072 0.012 0.017 0.114 0.009 0.010 0.083 0.456 88 S 0.030 0.005 0.001 0.039 0.011 0.025 0.167 0.002 0.001 0.033 0.686 89 S 0.026 0.008 0.002 0.037 0.007 0.019 0.129 0.002 0.001 0.039 0.730 90 L 0.078 0.008 0.003 0.019 0.017 0.023 0.208 0.017 0.002 0.090 0.537 91 S 0.110 0.015 0.002 0.018 0.007 0.014 0.126 0.006 0.002 0.042 0.658