# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.056 0.047 0.078 0.077 0.097 0.141 0.125 0.130 0.104 0.066 2 T 0.183 0.245 0.101 0.175 0.107 0.062 0.057 0.029 0.021 0.012 0.006 3 A 0.141 0.055 0.048 0.073 0.078 0.089 0.138 0.118 0.121 0.090 0.050 4 T 0.209 0.206 0.065 0.144 0.115 0.078 0.081 0.044 0.030 0.018 0.009 5 E 0.215 0.171 0.091 0.148 0.113 0.080 0.074 0.044 0.035 0.020 0.010 6 P 0.351 0.151 0.056 0.109 0.090 0.073 0.071 0.039 0.029 0.019 0.013 7 T 0.202 0.174 0.091 0.141 0.112 0.081 0.089 0.048 0.033 0.019 0.009 8 E 0.227 0.118 0.075 0.152 0.129 0.094 0.099 0.049 0.033 0.016 0.008 9 K 0.325 0.202 0.143 0.165 0.080 0.038 0.027 0.010 0.006 0.003 0.002 10 I 0.038 0.039 0.044 0.078 0.087 0.129 0.217 0.141 0.107 0.075 0.045 11 L 0.073 0.094 0.055 0.121 0.143 0.129 0.168 0.093 0.067 0.037 0.020 12 P 0.394 0.211 0.131 0.104 0.060 0.042 0.032 0.012 0.007 0.004 0.002 13 S 0.199 0.209 0.070 0.169 0.123 0.081 0.081 0.033 0.019 0.011 0.005 14 P 0.232 0.155 0.055 0.168 0.150 0.101 0.076 0.033 0.019 0.008 0.004 15 D 0.296 0.268 0.083 0.154 0.089 0.061 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 16 Y 0.005 0.015 0.019 0.092 0.143 0.203 0.243 0.141 0.084 0.040 0.015 17 V 0.033 0.010 0.014 0.018 0.025 0.056 0.177 0.188 0.227 0.159 0.093 18 Q 0.008 0.034 0.131 0.412 0.246 0.099 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 19 S 0.008 0.026 0.059 0.052 0.052 0.078 0.188 0.179 0.160 0.126 0.072 20 L 0.005 0.003 0.025 0.039 0.046 0.067 0.158 0.149 0.182 0.176 0.149 21 A 0.024 0.029 0.164 0.108 0.130 0.154 0.236 0.078 0.046 0.020 0.010 22 R 0.007 0.028 0.174 0.215 0.149 0.152 0.161 0.061 0.029 0.017 0.005 23 G 0.018 0.019 0.047 0.031 0.033 0.047 0.140 0.136 0.199 0.206 0.124 24 L 0.003 0.007 0.041 0.033 0.030 0.045 0.147 0.167 0.190 0.192 0.145 25 A 0.004 0.021 0.207 0.148 0.177 0.166 0.163 0.063 0.029 0.014 0.007 26 V 0.001 0.003 0.020 0.013 0.012 0.019 0.102 0.151 0.231 0.255 0.193 27 I 0.002 0.002 0.011 0.016 0.022 0.038 0.152 0.189 0.246 0.204 0.119 28 R 0.014 0.044 0.154 0.179 0.167 0.140 0.145 0.068 0.052 0.025 0.013 29 C 0.002 0.008 0.032 0.039 0.044 0.066 0.178 0.175 0.203 0.165 0.087 30 F 0.003 0.007 0.021 0.034 0.049 0.064 0.180 0.185 0.215 0.155 0.086 31 D 0.059 0.116 0.080 0.192 0.187 0.142 0.140 0.049 0.023 0.009 0.003 32 H 0.116 0.147 0.166 0.201 0.134 0.097 0.074 0.033 0.019 0.009 0.003 33 R 0.370 0.192 0.111 0.135 0.076 0.046 0.039 0.016 0.008 0.004 0.002 34 N 0.269 0.164 0.071 0.126 0.102 0.082 0.095 0.042 0.027 0.014 0.008 35 Q 0.217 0.149 0.115 0.153 0.101 0.087 0.087 0.044 0.027 0.015 0.005 36 R 0.243 0.136 0.122 0.172 0.110 0.088 0.080 0.026 0.014 0.006 0.003 37 R 0.083 0.087 0.122 0.150 0.135 0.120 0.138 0.081 0.049 0.025 0.012 38 T 0.013 0.121 0.053 0.125 0.116 0.123 0.133 0.103 0.091 0.077 0.045 39 L 0.005 0.008 0.019 0.030 0.072 0.151 0.263 0.173 0.146 0.083 0.049 40 S 0.232 0.116 0.183 0.208 0.137 0.070 0.038 0.010 0.005 0.001 0.001 41 D 0.007 0.034 0.095 0.368 0.259 0.133 0.074 0.020 0.007 0.002 0.001 42 V 0.002 0.003 0.023 0.011 0.009 0.009 0.035 0.086 0.209 0.279 0.334 43 A 0.001 0.001 0.021 0.018 0.045 0.119 0.298 0.190 0.161 0.091 0.054 44 R 0.003 0.012 0.599 0.235 0.093 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.006 0.028 0.034 0.087 0.218 0.391 0.130 0.059 0.029 0.017 46 T 0.007 0.004 0.006 0.006 0.006 0.010 0.055 0.106 0.205 0.274 0.322 47 D 0.503 0.245 0.087 0.089 0.041 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 48 L 0.015 0.025 0.043 0.053 0.062 0.071 0.144 0.149 0.185 0.145 0.108 49 T 0.158 0.263 0.090 0.143 0.119 0.086 0.080 0.028 0.017 0.009 0.007 50 R 0.061 0.055 0.043 0.109 0.131 0.174 0.210 0.077 0.067 0.039 0.034 51 A 0.099 0.037 0.036 0.053 0.057 0.094 0.177 0.117 0.124 0.107 0.099 52 T 0.016 0.022 0.032 0.092 0.103 0.136 0.223 0.135 0.113 0.076 0.053 53 A 0.010 0.005 0.020 0.015 0.014 0.019 0.094 0.139 0.221 0.255 0.209 54 R 0.011 0.013 0.068 0.153 0.188 0.212 0.173 0.075 0.054 0.034 0.019 55 R 0.004 0.011 0.147 0.062 0.057 0.068 0.183 0.151 0.144 0.114 0.058 56 F 0.001 0.002 0.013 0.011 0.015 0.033 0.130 0.156 0.225 0.239 0.175 57 L 0.003 0.005 0.043 0.016 0.013 0.022 0.119 0.134 0.206 0.254 0.186 58 L 0.003 0.010 0.117 0.082 0.086 0.097 0.157 0.147 0.135 0.105 0.062 59 T 0.002 0.008 0.055 0.023 0.021 0.033 0.139 0.162 0.227 0.199 0.131 60 L 0.002 0.002 0.025 0.015 0.011 0.011 0.045 0.099 0.223 0.296 0.270 61 V 0.002 0.006 0.040 0.067 0.108 0.161 0.294 0.143 0.104 0.050 0.024 62 E 0.009 0.024 0.130 0.132 0.147 0.158 0.211 0.091 0.064 0.025 0.009 63 L 0.002 0.006 0.010 0.030 0.038 0.074 0.181 0.181 0.203 0.175 0.099 64 G 0.085 0.089 0.046 0.109 0.088 0.099 0.155 0.121 0.106 0.069 0.034 65 Y 0.010 0.031 0.028 0.077 0.106 0.133 0.219 0.162 0.121 0.074 0.039 66 V 0.006 0.011 0.009 0.027 0.031 0.038 0.098 0.140 0.213 0.227 0.202 67 A 0.035 0.058 0.031 0.177 0.195 0.162 0.160 0.085 0.056 0.025 0.015 68 T 0.127 0.123 0.072 0.156 0.127 0.120 0.125 0.068 0.048 0.024 0.011 69 D 0.254 0.201 0.062 0.179 0.105 0.079 0.062 0.028 0.016 0.009 0.004 70 G 0.526 0.185 0.040 0.096 0.058 0.036 0.028 0.014 0.009 0.006 0.004 71 S 0.181 0.186 0.060 0.187 0.135 0.086 0.076 0.039 0.026 0.016 0.010 72 A 0.038 0.080 0.042 0.179 0.184 0.166 0.149 0.074 0.048 0.025 0.014 73 F 0.010 0.011 0.010 0.039 0.057 0.094 0.190 0.189 0.186 0.130 0.085 74 W 0.029 0.063 0.059 0.236 0.226 0.166 0.125 0.053 0.026 0.012 0.007 75 L 0.003 0.004 0.004 0.011 0.014 0.024 0.078 0.132 0.229 0.262 0.239 76 T 0.024 0.080 0.034 0.227 0.230 0.149 0.130 0.059 0.038 0.018 0.011 77 P 0.021 0.017 0.010 0.032 0.041 0.061 0.144 0.163 0.218 0.173 0.121 78 R 0.067 0.074 0.060 0.203 0.204 0.156 0.142 0.051 0.025 0.011 0.007 79 V 0.008 0.018 0.018 0.039 0.032 0.043 0.115 0.157 0.205 0.203 0.161 80 L 0.009 0.010 0.017 0.039 0.052 0.076 0.160 0.171 0.201 0.154 0.111 81 E 0.085 0.109 0.223 0.213 0.120 0.095 0.077 0.036 0.023 0.012 0.007 82 L 0.011 0.021 0.042 0.053 0.052 0.067 0.160 0.165 0.173 0.154 0.102 83 G 0.037 0.053 0.059 0.092 0.070 0.062 0.117 0.123 0.151 0.128 0.108 84 Y 0.030 0.046 0.052 0.112 0.143 0.157 0.185 0.099 0.083 0.054 0.038 85 S 0.116 0.120 0.251 0.167 0.120 0.081 0.067 0.032 0.024 0.013 0.009 86 Y 0.030 0.033 0.029 0.076 0.101 0.137 0.225 0.137 0.113 0.078 0.042 87 L 0.034 0.030 0.035 0.042 0.036 0.044 0.108 0.126 0.184 0.197 0.166 88 S 0.088 0.100 0.154 0.175 0.144 0.113 0.100 0.053 0.040 0.021 0.012 89 S 0.222 0.127 0.156 0.138 0.090 0.084 0.084 0.042 0.029 0.018 0.010 90 L 0.094 0.082 0.059 0.093 0.091 0.096 0.132 0.106 0.101 0.089 0.056 91 S 0.320 0.170 0.048 0.086 0.073 0.060 0.072 0.053 0.051 0.039 0.028