# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.048 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.011 0.073 0.623 2 T 0.042 0.054 0.004 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.135 0.006 0.077 0.659 3 A 0.023 0.045 0.003 0.001 0.006 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.005 0.054 0.663 4 T 0.024 0.042 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.009 0.147 0.599 5 E 0.072 0.041 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.012 0.127 0.563 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 T 0.013 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.006 0.096 0.720 8 E 0.069 0.079 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.112 0.009 0.065 0.652 9 K 0.076 0.114 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.098 0.010 0.089 0.591 10 I 0.120 0.113 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.060 0.013 0.062 0.601 11 L 0.088 0.159 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.003 0.007 0.002 0.169 0.010 0.058 0.475 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 13 S 0.018 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.012 0.081 0.803 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 15 D 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.471 0.510 16 Y 0.231 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.320 0.390 17 V 0.093 0.435 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.061 0.389 18 Q 0.030 0.645 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.068 0.239 19 S 0.025 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.097 20 L 0.030 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.045 21 A 0.028 0.904 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.043 22 R 0.071 0.781 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.090 23 G 0.279 0.535 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.003 0.115 24 L 0.060 0.443 0.307 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.011 0.163 25 A 0.016 0.434 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.006 0.044 0.284 26 V 0.035 0.489 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.028 0.396 27 I 0.026 0.810 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.006 0.098 28 R 0.014 0.867 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.009 0.007 0.060 29 C 0.069 0.729 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.019 0.053 0.007 0.088 30 F 0.125 0.550 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.092 0.011 0.154 31 D 0.121 0.315 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.055 0.025 0.381 32 H 0.044 0.114 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.030 0.091 0.655 33 R 0.032 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.043 0.539 0.314 34 N 0.186 0.061 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.084 0.413 0.235 35 Q 0.070 0.296 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.069 0.520 36 R 0.089 0.088 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.030 0.161 0.547 37 R 0.207 0.092 0.010 0.006 0.002 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.034 0.127 0.383 38 T 0.054 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.434 0.377 39 L 0.027 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.019 0.040 0.649 40 S 0.006 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.041 0.125 0.717 41 D 0.019 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.758 0.191 42 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 43 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 44 R 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 45 A 0.036 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.014 46 T 0.031 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.001 0.019 47 D 0.385 0.234 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.222 0.012 0.141 48 L 0.006 0.009 0.577 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.287 0.111 49 T 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.354 0.629 50 R 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.086 0.862 51 A 0.007 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.217 0.709 52 T 0.101 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.499 0.344 53 A 0.016 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.077 54 R 0.003 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.053 55 R 0.007 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.057 56 F 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 57 L 0.004 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 58 L 0.005 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 59 T 0.006 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 60 L 0.005 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 61 V 0.004 0.961 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.024 62 E 0.014 0.916 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.006 0.042 63 L 0.039 0.829 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.055 0.001 0.056 64 G 0.258 0.399 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.020 0.024 0.103 0.005 0.136 65 Y 0.016 0.050 0.647 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.013 0.002 0.024 0.006 0.028 0.187 66 V 0.035 0.029 0.016 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.028 0.124 0.182 0.007 0.001 0.156 0.005 0.035 0.317 67 A 0.045 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.034 0.008 0.171 0.011 0.006 0.001 0.096 0.006 0.075 0.438 68 T 0.039 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.009 0.048 0.533 69 D 0.044 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.010 0.087 0.488 70 G 0.098 0.038 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.028 0.146 0.634 71 S 0.114 0.015 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.021 0.374 0.424 72 A 0.143 0.013 0.030 0.008 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.097 0.023 0.181 0.491 73 F 0.011 0.016 0.003 0.007 0.278 0.129 0.059 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.242 0.002 0.055 0.179 74 W 0.016 0.012 0.006 0.001 0.252 0.102 0.068 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.173 0.003 0.057 0.268 75 L 0.022 0.028 0.004 0.001 0.002 0.010 0.005 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.525 0.007 0.042 0.343 76 T 0.018 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.004 0.082 0.493 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 78 R 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.004 0.353 0.515 79 V 0.319 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.011 0.118 0.381 80 L 0.071 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.004 0.007 0.144 81 E 0.046 0.760 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.012 0.123 82 L 0.043 0.830 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 0.005 0.087 83 G 0.064 0.734 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.016 0.012 0.109 84 Y 0.025 0.724 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.006 0.012 0.153 85 S 0.021 0.687 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.009 0.043 0.197 86 Y 0.101 0.573 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.020 0.041 0.222 87 L 0.119 0.698 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.014 0.122 88 S 0.198 0.522 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.033 0.025 0.184 89 S 0.343 0.306 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.097 0.017 0.218 90 L 0.400 0.176 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.034 0.266 91 S 0.056 0.090 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.017 0.213 0.560