# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.036 0.009 0.040 0.040 0.049 0.051 0.004 0.001 0.004 0.674 2 T 0.064 0.022 0.005 0.037 0.046 0.062 0.118 0.004 0.001 0.006 0.636 3 A 0.091 0.017 0.010 0.045 0.038 0.067 0.094 0.002 0.001 0.007 0.627 4 T 0.079 0.019 0.006 0.049 0.031 0.068 0.169 0.003 0.001 0.006 0.570 5 E 0.101 0.012 0.008 0.051 0.034 0.054 0.103 0.001 0.001 0.005 0.631 6 P 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.961 7 T 0.034 0.008 0.001 0.047 0.041 0.089 0.208 0.001 0.001 0.006 0.566 8 E 0.149 0.035 0.001 0.028 0.020 0.036 0.075 0.001 0.001 0.006 0.648 9 K 0.202 0.137 0.001 0.038 0.046 0.049 0.085 0.005 0.001 0.006 0.433 10 I 0.418 0.096 0.007 0.024 0.015 0.035 0.071 0.006 0.001 0.008 0.320 11 L 0.291 0.077 0.014 0.052 0.027 0.057 0.074 0.013 0.001 0.004 0.391 12 P 0.018 0.004 0.011 0.011 0.003 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.937 13 S 0.065 0.004 0.005 0.030 0.012 0.032 0.164 0.002 0.001 0.003 0.682 14 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.984 15 D 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.003 0.254 0.001 0.001 0.001 0.724 16 Y 0.208 0.025 0.001 0.010 0.001 0.005 0.351 0.001 0.001 0.014 0.385 17 V 0.077 0.582 0.001 0.018 0.002 0.006 0.123 0.001 0.001 0.002 0.188 18 Q 0.035 0.771 0.001 0.003 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.139 19 S 0.021 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.106 20 L 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 21 A 0.025 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.015 22 R 0.018 0.912 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.020 0.001 0.001 0.034 23 G 0.159 0.732 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.049 24 L 0.066 0.800 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 25 A 0.005 0.686 0.011 0.014 0.026 0.019 0.012 0.047 0.001 0.001 0.178 26 V 0.081 0.725 0.007 0.029 0.010 0.020 0.006 0.017 0.001 0.001 0.105 27 I 0.015 0.810 0.004 0.052 0.030 0.056 0.007 0.005 0.001 0.001 0.021 28 R 0.014 0.709 0.003 0.060 0.032 0.055 0.011 0.012 0.001 0.001 0.104 29 C 0.103 0.509 0.015 0.060 0.037 0.051 0.012 0.023 0.001 0.001 0.190 30 F 0.067 0.397 0.013 0.085 0.088 0.159 0.042 0.022 0.001 0.003 0.124 31 D 0.086 0.129 0.019 0.038 0.043 0.071 0.084 0.026 0.001 0.006 0.499 32 H 0.070 0.079 0.043 0.032 0.033 0.048 0.093 0.009 0.001 0.005 0.587 33 R 0.113 0.059 0.007 0.017 0.015 0.027 0.198 0.009 0.001 0.013 0.542 34 N 0.210 0.062 0.022 0.016 0.015 0.019 0.164 0.005 0.001 0.016 0.469 35 Q 0.130 0.110 0.010 0.017 0.015 0.018 0.121 0.004 0.001 0.007 0.568 36 R 0.193 0.092 0.009 0.016 0.010 0.021 0.145 0.006 0.001 0.012 0.496 37 R 0.200 0.118 0.020 0.039 0.026 0.037 0.120 0.006 0.001 0.010 0.424 38 T 0.134 0.073 0.011 0.017 0.018 0.026 0.280 0.005 0.001 0.006 0.429 39 L 0.028 0.060 0.016 0.021 0.009 0.019 0.056 0.002 0.001 0.003 0.786 40 S 0.010 0.092 0.002 0.014 0.012 0.020 0.194 0.001 0.001 0.005 0.649 41 D 0.027 0.121 0.001 0.004 0.005 0.010 0.494 0.003 0.001 0.017 0.318 42 V 0.035 0.778 0.001 0.005 0.005 0.006 0.037 0.004 0.001 0.002 0.127 43 A 0.024 0.898 0.001 0.004 0.005 0.011 0.025 0.004 0.001 0.003 0.025 44 R 0.018 0.942 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 0.020 45 A 0.060 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.023 46 T 0.090 0.827 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.022 47 D 0.214 0.310 0.062 0.003 0.002 0.002 0.028 0.120 0.001 0.005 0.255 48 L 0.062 0.075 0.658 0.008 0.002 0.003 0.049 0.010 0.001 0.003 0.130 49 T 0.076 0.080 0.017 0.025 0.006 0.009 0.368 0.013 0.001 0.006 0.399 50 R 0.066 0.072 0.017 0.015 0.002 0.002 0.057 0.003 0.001 0.004 0.762 51 A 0.028 0.248 0.004 0.010 0.003 0.003 0.137 0.001 0.001 0.004 0.562 52 T 0.038 0.249 0.001 0.011 0.008 0.011 0.392 0.005 0.001 0.010 0.276 53 A 0.036 0.834 0.001 0.007 0.004 0.008 0.016 0.003 0.001 0.002 0.088 54 R 0.010 0.950 0.001 0.002 0.002 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.019 55 R 0.018 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.043 56 F 0.017 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.016 57 L 0.010 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 58 L 0.006 0.963 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 59 T 0.033 0.906 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.041 60 L 0.053 0.859 0.011 0.003 0.004 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.056 61 V 0.012 0.846 0.007 0.019 0.018 0.039 0.012 0.007 0.001 0.001 0.039 62 E 0.031 0.706 0.016 0.012 0.021 0.056 0.025 0.018 0.001 0.002 0.114 63 L 0.093 0.626 0.005 0.019 0.034 0.051 0.016 0.044 0.001 0.001 0.110 64 G 0.264 0.272 0.020 0.034 0.052 0.057 0.022 0.093 0.001 0.009 0.176 65 Y 0.105 0.076 0.405 0.019 0.062 0.045 0.034 0.010 0.001 0.003 0.240 66 V 0.012 0.021 0.026 0.067 0.187 0.182 0.030 0.006 0.001 0.001 0.467 67 A 0.026 0.009 0.004 0.100 0.217 0.319 0.057 0.003 0.001 0.003 0.262 68 T 0.031 0.010 0.003 0.053 0.107 0.125 0.112 0.002 0.001 0.005 0.552 69 D 0.026 0.008 0.001 0.044 0.039 0.071 0.234 0.002 0.001 0.012 0.563 70 G 0.131 0.004 0.003 0.023 0.014 0.018 0.263 0.001 0.001 0.060 0.484 71 S 0.262 0.007 0.005 0.016 0.017 0.011 0.384 0.001 0.001 0.058 0.239 72 A 0.108 0.010 0.011 0.038 0.030 0.033 0.297 0.001 0.001 0.023 0.450 73 F 0.056 0.011 0.009 0.073 0.135 0.203 0.237 0.001 0.001 0.012 0.263 74 W 0.021 0.006 0.002 0.086 0.203 0.362 0.153 0.001 0.001 0.005 0.162 75 L 0.007 0.007 0.003 0.064 0.188 0.417 0.050 0.001 0.001 0.002 0.261 76 T 0.006 0.004 0.001 0.085 0.263 0.422 0.093 0.001 0.001 0.002 0.123 77 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 78 R 0.002 0.001 0.001 0.122 0.067 0.120 0.435 0.001 0.001 0.007 0.245 79 V 0.172 0.013 0.002 0.084 0.029 0.077 0.260 0.001 0.001 0.034 0.328 80 L 0.035 0.251 0.001 0.337 0.139 0.118 0.035 0.002 0.001 0.002 0.079 81 E 0.075 0.331 0.003 0.052 0.026 0.086 0.074 0.002 0.001 0.008 0.341 82 L 0.112 0.427 0.007 0.086 0.067 0.110 0.030 0.014 0.001 0.003 0.144 83 G 0.165 0.254 0.015 0.040 0.049 0.073 0.064 0.030 0.001 0.009 0.302 84 Y 0.036 0.093 0.127 0.036 0.037 0.080 0.047 0.005 0.001 0.006 0.532 85 S 0.010 0.042 0.003 0.062 0.079 0.089 0.097 0.006 0.001 0.002 0.610 86 Y 0.205 0.095 0.006 0.039 0.030 0.040 0.098 0.006 0.001 0.010 0.471 87 L 0.121 0.350 0.006 0.070 0.058 0.101 0.082 0.008 0.001 0.008 0.195 88 S 0.105 0.268 0.009 0.038 0.028 0.061 0.136 0.009 0.001 0.008 0.337 89 S 0.278 0.168 0.006 0.027 0.021 0.032 0.086 0.031 0.001 0.009 0.343 90 L 0.453 0.107 0.028 0.022 0.020 0.021 0.070 0.021 0.001 0.013 0.246 91 S 0.042 0.028 0.038 0.014 0.010 0.010 0.134 0.004 0.001 0.005 0.715