# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.192 0.137 0.074 0.218 0.025 0.026 0.040 0.043 0.070 0.052 2 T 0.076 0.302 0.210 0.035 0.213 0.010 0.011 0.028 0.025 0.053 0.037 3 A 0.129 0.153 0.089 0.045 0.182 0.046 0.060 0.107 0.074 0.065 0.050 4 T 0.096 0.172 0.111 0.028 0.208 0.017 0.026 0.066 0.062 0.146 0.067 5 E 0.121 0.274 0.142 0.022 0.267 0.009 0.014 0.056 0.025 0.030 0.040 6 P 0.073 0.280 0.114 0.017 0.168 0.017 0.026 0.149 0.066 0.060 0.030 7 T 0.071 0.233 0.094 0.020 0.159 0.012 0.021 0.182 0.118 0.060 0.029 8 E 0.056 0.128 0.076 0.025 0.084 0.020 0.034 0.266 0.201 0.076 0.034 9 K 0.043 0.190 0.118 0.012 0.127 0.010 0.036 0.246 0.135 0.059 0.023 10 I 0.077 0.150 0.083 0.016 0.146 0.014 0.032 0.162 0.140 0.137 0.042 11 L 0.025 0.363 0.178 0.028 0.131 0.025 0.044 0.115 0.060 0.020 0.008 12 P 0.064 0.223 0.106 0.024 0.120 0.027 0.043 0.070 0.060 0.189 0.075 13 S 0.160 0.218 0.090 0.007 0.374 0.004 0.005 0.038 0.027 0.039 0.040 14 P 0.005 0.016 0.007 0.004 0.016 0.006 0.011 0.564 0.336 0.030 0.005 15 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.794 0.152 0.027 0.002 16 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.850 0.104 0.033 0.001 17 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.881 0.093 0.007 0.002 18 Q 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.919 0.060 0.003 0.002 19 S 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.910 0.052 0.013 0.001 20 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.886 0.093 0.009 0.001 21 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.892 0.071 0.007 0.001 22 R 0.003 0.023 0.008 0.003 0.009 0.002 0.016 0.862 0.051 0.021 0.003 23 G 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.009 0.808 0.104 0.059 0.004 24 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.843 0.123 0.005 0.002 25 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.913 0.069 0.002 0.001 26 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.915 0.055 0.007 0.001 27 I 0.004 0.005 0.001 0.002 0.013 0.006 0.037 0.821 0.103 0.007 0.001 28 R 0.007 0.013 0.005 0.003 0.015 0.006 0.040 0.741 0.152 0.014 0.005 29 C 0.024 0.012 0.004 0.002 0.029 0.009 0.151 0.554 0.085 0.115 0.014 30 F 0.041 0.246 0.079 0.022 0.124 0.021 0.069 0.178 0.079 0.119 0.022 31 D 0.059 0.323 0.199 0.053 0.114 0.011 0.015 0.109 0.053 0.041 0.022 32 H 0.004 0.027 0.017 0.018 0.014 0.033 0.100 0.485 0.247 0.051 0.003 33 R 0.009 0.020 0.014 0.013 0.013 0.040 0.177 0.256 0.187 0.240 0.030 34 N 0.094 0.270 0.050 0.008 0.226 0.007 0.014 0.069 0.082 0.129 0.050 35 Q 0.029 0.113 0.066 0.017 0.086 0.035 0.060 0.272 0.222 0.080 0.020 36 R 0.097 0.187 0.059 0.003 0.150 0.005 0.029 0.124 0.104 0.193 0.049 37 R 0.059 0.352 0.078 0.008 0.239 0.012 0.032 0.085 0.037 0.074 0.026 38 T 0.012 0.654 0.282 0.002 0.036 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.775 0.217 0.004 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.055 0.014 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.052 0.002 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.874 0.067 0.003 0.001 45 A 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.005 0.138 0.703 0.123 0.019 0.001 46 T 0.001 0.902 0.058 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 D 0.066 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.448 0.479 48 L 0.024 0.479 0.318 0.003 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 49 T 0.021 0.526 0.241 0.067 0.059 0.011 0.004 0.009 0.006 0.015 0.040 50 R 0.013 0.038 0.048 0.012 0.038 0.009 0.006 0.406 0.401 0.024 0.004 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.863 0.127 0.003 0.001 52 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.913 0.071 0.010 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.002 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.040 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.052 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.040 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.021 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.930 0.057 0.003 0.001 61 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.806 0.159 0.003 0.002 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.047 0.873 0.067 0.005 0.001 63 L 0.001 0.607 0.331 0.013 0.024 0.002 0.003 0.009 0.004 0.004 0.001 64 G 0.077 0.030 0.028 0.025 0.023 0.010 0.006 0.025 0.026 0.480 0.270 65 Y 0.130 0.205 0.052 0.007 0.251 0.023 0.021 0.096 0.086 0.081 0.048 66 V 0.188 0.217 0.015 0.004 0.419 0.004 0.005 0.027 0.021 0.039 0.059 67 A 0.164 0.248 0.088 0.019 0.282 0.024 0.039 0.056 0.024 0.022 0.035 68 T 0.070 0.051 0.056 0.101 0.070 0.087 0.066 0.186 0.138 0.119 0.054 69 D 0.024 0.151 0.210 0.327 0.089 0.038 0.029 0.051 0.033 0.035 0.014 70 G 0.014 0.045 0.034 0.096 0.023 0.062 0.124 0.186 0.198 0.202 0.017 71 S 0.017 0.073 0.040 0.021 0.041 0.049 0.157 0.228 0.236 0.115 0.022 72 A 0.178 0.179 0.027 0.007 0.342 0.007 0.014 0.038 0.081 0.057 0.070 73 F 0.238 0.114 0.027 0.005 0.455 0.003 0.005 0.010 0.021 0.037 0.083 74 W 0.225 0.188 0.038 0.002 0.440 0.003 0.008 0.017 0.013 0.022 0.043 75 L 0.202 0.214 0.092 0.018 0.273 0.010 0.012 0.021 0.023 0.059 0.076 76 T 0.024 0.434 0.352 0.053 0.080 0.009 0.005 0.017 0.010 0.009 0.008 77 P 0.014 0.020 0.013 0.011 0.021 0.011 0.022 0.571 0.282 0.027 0.008 78 R 0.002 0.010 0.007 0.001 0.007 0.001 0.011 0.751 0.187 0.021 0.003 79 V 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.009 0.804 0.127 0.025 0.004 80 L 0.003 0.008 0.003 0.003 0.011 0.006 0.037 0.799 0.119 0.010 0.001 81 E 0.008 0.006 0.003 0.002 0.010 0.002 0.031 0.813 0.111 0.009 0.005 82 L 0.007 0.006 0.003 0.006 0.008 0.008 0.032 0.725 0.141 0.058 0.006 83 G 0.006 0.027 0.020 0.017 0.014 0.008 0.029 0.731 0.106 0.035 0.006 84 Y 0.008 0.007 0.004 0.002 0.011 0.003 0.017 0.741 0.183 0.019 0.004 85 S 0.005 0.013 0.006 0.004 0.011 0.009 0.044 0.795 0.099 0.011 0.003 86 Y 0.009 0.008 0.002 0.002 0.014 0.005 0.031 0.730 0.170 0.025 0.004 87 L 0.024 0.012 0.002 0.002 0.025 0.005 0.037 0.598 0.234 0.050 0.012 88 S 0.010 0.036 0.011 0.017 0.025 0.040 0.115 0.505 0.191 0.044 0.006 89 S 0.057 0.051 0.018 0.008 0.073 0.009 0.055 0.142 0.109 0.419 0.059 90 L 0.060 0.322 0.231 0.034 0.152 0.017 0.022 0.044 0.034 0.051 0.032 91 S 0.081 0.302 0.122 0.024 0.180 0.017 0.029 0.099 0.052 0.047 0.047