# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.622 0.226 0.102 0.041 0.009 0.001 0.001 2 T 0.553 0.250 0.111 0.060 0.021 0.004 0.001 3 A 0.322 0.248 0.177 0.142 0.085 0.024 0.002 4 T 0.422 0.250 0.146 0.108 0.053 0.019 0.002 5 E 0.229 0.223 0.231 0.199 0.094 0.022 0.002 6 P 0.434 0.240 0.163 0.105 0.047 0.011 0.001 7 T 0.606 0.229 0.103 0.045 0.015 0.002 0.001 8 E 0.528 0.236 0.132 0.081 0.020 0.003 0.001 9 K 0.673 0.245 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 10 I 0.642 0.224 0.090 0.037 0.006 0.001 0.001 11 L 0.762 0.172 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 12 P 0.799 0.146 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 13 S 0.730 0.194 0.054 0.019 0.003 0.001 0.001 14 P 0.590 0.271 0.097 0.035 0.007 0.001 0.001 15 D 0.419 0.356 0.155 0.057 0.012 0.002 0.001 16 Y 0.090 0.163 0.205 0.299 0.193 0.046 0.002 17 V 0.049 0.109 0.170 0.269 0.272 0.123 0.008 18 Q 0.080 0.228 0.262 0.257 0.134 0.036 0.002 19 S 0.036 0.080 0.136 0.256 0.274 0.193 0.025 20 L 0.011 0.017 0.026 0.077 0.232 0.489 0.149 21 A 0.015 0.054 0.133 0.274 0.297 0.188 0.039 22 R 0.019 0.073 0.155 0.267 0.275 0.177 0.034 23 G 0.006 0.012 0.018 0.054 0.196 0.522 0.193 24 L 0.006 0.018 0.052 0.150 0.277 0.395 0.103 25 A 0.025 0.100 0.193 0.287 0.216 0.143 0.035 26 V 0.013 0.021 0.036 0.121 0.310 0.408 0.091 27 I 0.008 0.008 0.020 0.077 0.235 0.495 0.156 28 R 0.056 0.191 0.260 0.265 0.145 0.069 0.014 29 C 0.060 0.111 0.192 0.273 0.245 0.106 0.012 30 F 0.038 0.074 0.113 0.245 0.331 0.182 0.016 31 D 0.318 0.373 0.197 0.088 0.020 0.003 0.001 32 H 0.352 0.350 0.183 0.084 0.027 0.005 0.001 33 R 0.597 0.265 0.085 0.037 0.013 0.003 0.001 34 N 0.317 0.281 0.226 0.131 0.037 0.007 0.001 35 Q 0.384 0.274 0.160 0.112 0.053 0.016 0.001 36 R 0.216 0.295 0.238 0.158 0.074 0.018 0.002 37 R 0.101 0.156 0.200 0.263 0.194 0.076 0.009 38 T 0.043 0.105 0.145 0.232 0.262 0.180 0.033 39 L 0.036 0.084 0.142 0.258 0.278 0.176 0.026 40 S 0.065 0.232 0.286 0.245 0.125 0.042 0.004 41 D 0.024 0.089 0.185 0.317 0.268 0.105 0.012 42 V 0.009 0.016 0.029 0.101 0.316 0.457 0.073 43 A 0.046 0.155 0.258 0.323 0.171 0.043 0.004 44 R 0.213 0.452 0.239 0.079 0.014 0.002 0.001 45 A 0.131 0.191 0.226 0.258 0.153 0.039 0.003 46 T 0.102 0.166 0.203 0.258 0.200 0.066 0.005 47 D 0.314 0.397 0.193 0.071 0.021 0.004 0.001 48 L 0.149 0.193 0.229 0.242 0.138 0.042 0.006 49 T 0.230 0.272 0.184 0.159 0.100 0.047 0.008 50 R 0.101 0.173 0.236 0.242 0.173 0.063 0.013 51 A 0.195 0.181 0.151 0.161 0.155 0.116 0.040 52 T 0.055 0.097 0.122 0.225 0.241 0.187 0.071 53 A 0.036 0.041 0.058 0.114 0.203 0.334 0.214 54 R 0.034 0.076 0.118 0.203 0.257 0.213 0.099 55 R 0.052 0.109 0.127 0.211 0.221 0.179 0.101 56 F 0.005 0.009 0.015 0.045 0.128 0.395 0.402 57 L 0.010 0.017 0.027 0.074 0.161 0.417 0.294 58 L 0.013 0.039 0.071 0.182 0.246 0.292 0.156 59 T 0.011 0.018 0.042 0.115 0.251 0.411 0.152 60 L 0.012 0.017 0.022 0.053 0.168 0.460 0.267 61 V 0.028 0.082 0.147 0.275 0.252 0.169 0.046 62 E 0.055 0.142 0.194 0.231 0.205 0.146 0.028 63 L 0.022 0.063 0.143 0.282 0.283 0.182 0.024 64 G 0.025 0.081 0.120 0.198 0.273 0.264 0.039 65 Y 0.019 0.066 0.171 0.281 0.305 0.146 0.012 66 V 0.027 0.069 0.104 0.241 0.370 0.181 0.008 67 A 0.153 0.371 0.287 0.152 0.033 0.004 0.001 68 T 0.363 0.355 0.178 0.083 0.019 0.003 0.001 69 D 0.540 0.282 0.114 0.051 0.011 0.001 0.001 70 G 0.660 0.252 0.062 0.021 0.005 0.001 0.001 71 S 0.503 0.317 0.126 0.044 0.009 0.001 0.001 72 A 0.145 0.369 0.289 0.153 0.037 0.006 0.001 73 F 0.020 0.065 0.123 0.264 0.378 0.143 0.007 74 W 0.022 0.151 0.332 0.326 0.138 0.029 0.002 75 L 0.008 0.017 0.036 0.148 0.377 0.375 0.039 76 T 0.024 0.131 0.231 0.347 0.198 0.063 0.006 77 P 0.108 0.177 0.153 0.205 0.205 0.131 0.021 78 R 0.059 0.160 0.267 0.278 0.161 0.065 0.009 79 V 0.043 0.071 0.110 0.201 0.268 0.271 0.036 80 L 0.140 0.170 0.181 0.205 0.187 0.105 0.013 81 E 0.218 0.264 0.234 0.163 0.080 0.036 0.006 82 L 0.270 0.152 0.123 0.164 0.170 0.107 0.012 83 G 0.308 0.197 0.143 0.147 0.123 0.071 0.010 84 Y 0.417 0.200 0.148 0.137 0.071 0.025 0.003 85 S 0.445 0.208 0.152 0.106 0.067 0.020 0.003 86 Y 0.451 0.192 0.115 0.101 0.087 0.048 0.006 87 L 0.346 0.152 0.162 0.184 0.105 0.046 0.005 88 S 0.499 0.290 0.123 0.058 0.023 0.007 0.001 89 S 0.587 0.215 0.100 0.065 0.025 0.006 0.001 90 L 0.549 0.190 0.121 0.091 0.039 0.009 0.001 91 S 0.777 0.164 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001