# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 227.395 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.250 0.094 0.068 0.106 0.087 0.081 0.100 0.071 0.068 0.047 0.028 2 T 0.255 0.339 0.072 0.137 0.076 0.045 0.037 0.017 0.012 0.006 0.003 3 A 0.268 0.089 0.043 0.099 0.095 0.100 0.106 0.071 0.062 0.042 0.024 4 T 0.313 0.289 0.061 0.121 0.074 0.046 0.043 0.021 0.018 0.009 0.006 5 E 0.273 0.215 0.116 0.173 0.095 0.054 0.037 0.016 0.011 0.006 0.003 6 P 0.350 0.141 0.033 0.090 0.074 0.073 0.086 0.052 0.049 0.033 0.020 7 T 0.209 0.199 0.085 0.144 0.109 0.083 0.078 0.041 0.029 0.014 0.007 8 E 0.318 0.202 0.102 0.178 0.090 0.048 0.035 0.013 0.009 0.004 0.002 9 K 0.318 0.212 0.098 0.164 0.095 0.055 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 10 I 0.070 0.046 0.049 0.083 0.084 0.107 0.166 0.119 0.120 0.090 0.065 11 L 0.091 0.131 0.075 0.146 0.128 0.126 0.137 0.069 0.052 0.029 0.016 12 P 0.336 0.181 0.139 0.121 0.076 0.056 0.047 0.018 0.014 0.008 0.004 13 S 0.254 0.156 0.055 0.142 0.112 0.090 0.087 0.043 0.029 0.019 0.013 14 P 0.287 0.151 0.050 0.151 0.117 0.085 0.071 0.036 0.027 0.016 0.010 15 D 0.361 0.298 0.073 0.133 0.069 0.035 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 16 Y 0.021 0.040 0.028 0.116 0.174 0.200 0.203 0.106 0.069 0.032 0.011 17 V 0.027 0.019 0.018 0.041 0.062 0.107 0.201 0.154 0.172 0.118 0.081 18 Q 0.034 0.088 0.151 0.370 0.196 0.086 0.049 0.015 0.007 0.003 0.001 19 S 0.003 0.015 0.023 0.039 0.047 0.077 0.195 0.176 0.199 0.140 0.085 20 L 0.005 0.007 0.024 0.041 0.049 0.075 0.185 0.167 0.186 0.153 0.108 21 A 0.078 0.056 0.219 0.210 0.159 0.123 0.106 0.026 0.014 0.005 0.002 22 R 0.001 0.015 0.065 0.115 0.166 0.219 0.255 0.093 0.045 0.019 0.007 23 G 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.012 0.069 0.105 0.257 0.305 0.234 24 L 0.002 0.007 0.050 0.049 0.050 0.102 0.269 0.154 0.138 0.114 0.063 25 A 0.002 0.016 0.222 0.239 0.226 0.152 0.087 0.030 0.016 0.007 0.003 26 V 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.011 0.089 0.139 0.276 0.265 0.203 27 I 0.001 0.001 0.009 0.010 0.011 0.022 0.105 0.150 0.241 0.275 0.176 28 R 0.006 0.027 0.264 0.212 0.179 0.143 0.103 0.036 0.020 0.008 0.003 29 C 0.001 0.008 0.053 0.049 0.065 0.115 0.307 0.186 0.131 0.061 0.023 30 F 0.001 0.003 0.011 0.014 0.017 0.031 0.102 0.142 0.257 0.260 0.161 31 D 0.031 0.063 0.055 0.143 0.183 0.198 0.193 0.069 0.040 0.017 0.007 32 H 0.132 0.162 0.181 0.189 0.109 0.097 0.072 0.032 0.017 0.007 0.002 33 R 0.245 0.163 0.088 0.131 0.098 0.091 0.097 0.041 0.025 0.013 0.007 34 N 0.398 0.200 0.056 0.098 0.072 0.053 0.050 0.023 0.022 0.015 0.013 35 Q 0.336 0.171 0.080 0.133 0.086 0.069 0.057 0.027 0.022 0.013 0.006 36 R 0.317 0.135 0.059 0.144 0.110 0.093 0.076 0.033 0.019 0.009 0.005 37 R 0.031 0.046 0.031 0.107 0.126 0.142 0.223 0.145 0.089 0.042 0.018 38 T 0.014 0.169 0.050 0.154 0.163 0.145 0.118 0.071 0.057 0.035 0.024 39 L 0.004 0.004 0.006 0.023 0.056 0.089 0.169 0.169 0.204 0.160 0.117 40 S 0.141 0.105 0.090 0.206 0.185 0.127 0.085 0.028 0.021 0.008 0.003 41 D 0.002 0.027 0.070 0.433 0.246 0.126 0.068 0.016 0.007 0.003 0.001 42 V 0.001 0.002 0.009 0.006 0.004 0.004 0.022 0.061 0.172 0.262 0.456 43 A 0.001 0.001 0.009 0.010 0.028 0.097 0.217 0.209 0.202 0.146 0.083 44 R 0.003 0.019 0.574 0.227 0.094 0.045 0.026 0.006 0.004 0.002 0.001 45 A 0.001 0.004 0.023 0.034 0.089 0.218 0.388 0.126 0.067 0.034 0.016 46 T 0.003 0.002 0.003 0.005 0.005 0.011 0.052 0.092 0.207 0.283 0.338 47 D 0.610 0.230 0.044 0.063 0.024 0.012 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 48 L 0.014 0.018 0.019 0.043 0.049 0.083 0.182 0.187 0.197 0.130 0.080 49 T 0.120 0.366 0.055 0.113 0.090 0.081 0.080 0.038 0.029 0.016 0.012 50 R 0.089 0.082 0.041 0.164 0.214 0.194 0.125 0.042 0.027 0.014 0.009 51 A 0.236 0.086 0.054 0.074 0.068 0.080 0.128 0.081 0.091 0.057 0.045 52 T 0.008 0.026 0.026 0.180 0.183 0.199 0.206 0.090 0.049 0.022 0.012 53 A 0.003 0.003 0.006 0.007 0.007 0.011 0.066 0.120 0.245 0.287 0.244 54 R 0.004 0.009 0.067 0.171 0.261 0.252 0.149 0.045 0.026 0.012 0.004 55 R 0.001 0.016 0.180 0.128 0.120 0.134 0.177 0.101 0.080 0.044 0.018 56 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.022 0.127 0.171 0.273 0.242 0.149 57 L 0.001 0.001 0.007 0.007 0.007 0.017 0.108 0.149 0.251 0.268 0.186 58 L 0.002 0.010 0.149 0.213 0.202 0.161 0.132 0.057 0.041 0.024 0.009 59 T 0.001 0.007 0.043 0.062 0.070 0.110 0.276 0.178 0.140 0.079 0.034 60 L 0.001 0.001 0.012 0.008 0.005 0.007 0.034 0.079 0.224 0.336 0.293 61 V 0.001 0.004 0.026 0.071 0.145 0.208 0.283 0.139 0.077 0.034 0.013 62 E 0.004 0.032 0.230 0.222 0.201 0.146 0.103 0.036 0.018 0.006 0.002 63 L 0.002 0.007 0.011 0.047 0.074 0.163 0.344 0.168 0.109 0.055 0.019 64 G 0.254 0.143 0.062 0.130 0.080 0.071 0.100 0.058 0.052 0.033 0.017 65 Y 0.008 0.023 0.017 0.065 0.077 0.097 0.193 0.160 0.161 0.119 0.080 66 V 0.007 0.014 0.010 0.027 0.032 0.048 0.110 0.142 0.221 0.202 0.186 67 A 0.021 0.067 0.035 0.227 0.208 0.154 0.141 0.067 0.045 0.021 0.014 68 T 0.051 0.069 0.043 0.130 0.156 0.167 0.176 0.093 0.064 0.034 0.017 69 D 0.153 0.148 0.063 0.230 0.163 0.109 0.076 0.029 0.017 0.008 0.004 70 G 0.547 0.181 0.043 0.108 0.055 0.029 0.021 0.007 0.005 0.003 0.002 71 S 0.246 0.213 0.067 0.187 0.113 0.068 0.052 0.023 0.016 0.009 0.005 72 A 0.065 0.114 0.045 0.206 0.193 0.155 0.115 0.050 0.033 0.017 0.009 73 F 0.008 0.014 0.010 0.041 0.060 0.097 0.184 0.171 0.182 0.141 0.091 74 W 0.017 0.051 0.070 0.211 0.209 0.162 0.150 0.065 0.038 0.017 0.010 75 L 0.008 0.012 0.010 0.022 0.023 0.034 0.107 0.136 0.224 0.224 0.200 76 T 0.012 0.023 0.011 0.071 0.117 0.147 0.219 0.150 0.134 0.080 0.037 77 P 0.131 0.055 0.045 0.091 0.089 0.109 0.161 0.103 0.104 0.070 0.041 78 R 0.034 0.041 0.043 0.128 0.164 0.184 0.211 0.098 0.053 0.029 0.014 79 V 0.004 0.012 0.025 0.032 0.017 0.021 0.072 0.106 0.229 0.263 0.220 80 L 0.005 0.013 0.037 0.043 0.035 0.050 0.128 0.140 0.207 0.203 0.140 81 E 0.031 0.046 0.333 0.154 0.135 0.106 0.094 0.044 0.032 0.017 0.009 82 L 0.003 0.013 0.049 0.049 0.044 0.062 0.188 0.149 0.180 0.155 0.108 83 G 0.005 0.010 0.024 0.030 0.022 0.029 0.102 0.130 0.227 0.243 0.177 84 Y 0.030 0.033 0.118 0.127 0.136 0.176 0.192 0.077 0.057 0.035 0.019 85 S 0.035 0.065 0.366 0.150 0.121 0.097 0.087 0.037 0.023 0.012 0.007 86 Y 0.011 0.016 0.038 0.054 0.053 0.091 0.206 0.143 0.172 0.133 0.082 87 L 0.016 0.026 0.047 0.051 0.042 0.059 0.143 0.136 0.181 0.171 0.129 88 S 0.077 0.125 0.318 0.170 0.115 0.076 0.055 0.026 0.020 0.012 0.006 89 S 0.187 0.147 0.164 0.142 0.102 0.089 0.085 0.036 0.026 0.014 0.008 90 L 0.211 0.085 0.049 0.082 0.065 0.068 0.105 0.083 0.097 0.089 0.065 91 S 0.406 0.237 0.073 0.092 0.059 0.046 0.038 0.018 0.015 0.009 0.006