# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 227.395 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.409 0.177 0.013 0.215 0.006 0.024 0.039 0.018 0.013 0.018 2 T 0.042 0.459 0.191 0.015 0.188 0.008 0.013 0.038 0.019 0.015 0.013 3 A 0.064 0.092 0.035 0.009 0.106 0.014 0.039 0.235 0.270 0.109 0.029 4 T 0.038 0.146 0.181 0.047 0.087 0.035 0.087 0.169 0.092 0.087 0.031 5 E 0.077 0.326 0.215 0.019 0.182 0.007 0.024 0.061 0.025 0.034 0.031 6 P 0.040 0.331 0.197 0.019 0.123 0.012 0.021 0.119 0.081 0.040 0.017 7 T 0.047 0.240 0.087 0.013 0.123 0.012 0.021 0.163 0.170 0.098 0.026 8 E 0.027 0.093 0.058 0.019 0.065 0.026 0.047 0.306 0.283 0.060 0.015 9 K 0.043 0.068 0.034 0.009 0.090 0.011 0.081 0.363 0.181 0.092 0.028 10 I 0.095 0.070 0.030 0.009 0.111 0.016 0.054 0.147 0.136 0.261 0.071 11 L 0.066 0.380 0.160 0.009 0.235 0.004 0.018 0.071 0.022 0.018 0.016 12 P 0.038 0.191 0.177 0.049 0.102 0.053 0.084 0.076 0.066 0.130 0.035 13 S 0.189 0.214 0.096 0.005 0.408 0.001 0.006 0.013 0.006 0.012 0.048 14 P 0.007 0.044 0.012 0.004 0.021 0.007 0.015 0.512 0.346 0.027 0.005 15 D 0.006 0.018 0.011 0.004 0.012 0.017 0.073 0.481 0.217 0.151 0.010 16 Y 0.008 0.027 0.010 0.005 0.014 0.004 0.010 0.688 0.122 0.105 0.006 17 V 0.014 0.030 0.009 0.002 0.028 0.002 0.004 0.724 0.125 0.051 0.010 18 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.920 0.062 0.002 0.001 19 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.030 0.003 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.902 0.086 0.006 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.037 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.081 0.004 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.065 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.049 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.904 0.074 0.005 0.001 29 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.837 0.094 0.009 0.001 30 F 0.005 0.027 0.015 0.010 0.012 0.020 0.134 0.519 0.166 0.087 0.005 31 D 0.043 0.113 0.056 0.014 0.068 0.016 0.081 0.327 0.147 0.100 0.035 32 H 0.030 0.043 0.027 0.012 0.036 0.026 0.086 0.349 0.193 0.165 0.033 33 R 0.029 0.164 0.092 0.055 0.094 0.040 0.088 0.170 0.094 0.132 0.041 34 N 0.093 0.085 0.045 0.034 0.098 0.025 0.060 0.115 0.098 0.217 0.127 35 Q 0.033 0.138 0.073 0.021 0.082 0.022 0.046 0.250 0.160 0.135 0.040 36 R 0.079 0.167 0.056 0.009 0.121 0.012 0.024 0.172 0.092 0.199 0.069 37 R 0.037 0.330 0.176 0.034 0.162 0.029 0.034 0.103 0.024 0.051 0.018 38 T 0.005 0.614 0.288 0.003 0.021 0.001 0.001 0.060 0.003 0.004 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.122 0.002 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.002 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.003 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.871 0.113 0.006 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.832 0.081 0.010 0.001 46 T 0.001 0.836 0.110 0.002 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 47 D 0.064 0.003 0.003 0.001 0.007 0.002 0.002 0.005 0.012 0.477 0.424 48 L 0.033 0.436 0.220 0.019 0.141 0.005 0.012 0.062 0.030 0.028 0.013 49 T 0.017 0.382 0.249 0.036 0.066 0.013 0.010 0.121 0.042 0.053 0.011 50 R 0.003 0.015 0.009 0.004 0.007 0.006 0.010 0.643 0.287 0.014 0.003 51 A 0.003 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.006 0.877 0.085 0.010 0.002 52 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.077 0.020 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.049 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.025 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.919 0.069 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.873 0.056 0.009 0.001 63 L 0.003 0.725 0.172 0.015 0.034 0.003 0.009 0.022 0.009 0.008 0.001 64 G 0.037 0.006 0.007 0.008 0.007 0.008 0.009 0.023 0.039 0.613 0.243 65 Y 0.079 0.199 0.081 0.010 0.230 0.025 0.094 0.107 0.093 0.064 0.018 66 V 0.240 0.141 0.020 0.003 0.451 0.006 0.008 0.018 0.023 0.023 0.068 67 A 0.227 0.230 0.085 0.006 0.364 0.005 0.011 0.012 0.009 0.018 0.033 68 T 0.146 0.088 0.102 0.187 0.119 0.109 0.045 0.039 0.031 0.062 0.072 69 D 0.021 0.070 0.094 0.494 0.044 0.122 0.080 0.035 0.019 0.010 0.011 70 G 0.006 0.017 0.025 0.097 0.006 0.032 0.025 0.100 0.265 0.403 0.024 71 S 0.013 0.138 0.071 0.034 0.067 0.018 0.045 0.154 0.197 0.251 0.012 72 A 0.174 0.162 0.023 0.006 0.287 0.009 0.027 0.096 0.091 0.069 0.056 73 F 0.206 0.145 0.049 0.007 0.392 0.008 0.011 0.021 0.024 0.044 0.094 74 W 0.148 0.270 0.105 0.005 0.368 0.002 0.010 0.026 0.014 0.022 0.031 75 L 0.182 0.230 0.121 0.012 0.185 0.005 0.013 0.046 0.025 0.086 0.095 76 T 0.011 0.376 0.400 0.049 0.051 0.009 0.006 0.060 0.020 0.013 0.005 77 P 0.003 0.013 0.005 0.003 0.010 0.006 0.012 0.809 0.132 0.004 0.001 78 R 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.008 0.900 0.065 0.009 0.003 79 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.061 0.008 0.001 80 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.892 0.088 0.009 0.001 81 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.940 0.043 0.003 0.001 82 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.928 0.040 0.004 0.001 83 G 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.009 0.847 0.083 0.034 0.005 84 Y 0.005 0.006 0.001 0.002 0.007 0.003 0.008 0.791 0.160 0.015 0.002 85 S 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.007 0.052 0.832 0.087 0.006 0.001 86 Y 0.004 0.005 0.004 0.005 0.005 0.005 0.040 0.668 0.160 0.098 0.006 87 L 0.017 0.020 0.004 0.004 0.017 0.012 0.055 0.522 0.297 0.043 0.009 88 S 0.008 0.040 0.017 0.009 0.019 0.022 0.084 0.468 0.259 0.064 0.009 89 S 0.036 0.027 0.011 0.003 0.044 0.006 0.050 0.221 0.183 0.386 0.034 90 L 0.110 0.304 0.099 0.009 0.207 0.005 0.015 0.070 0.057 0.069 0.055 91 S 0.053 0.243 0.158 0.048 0.161 0.030 0.042 0.118 0.061 0.058 0.027