# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 227.395 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.782 0.146 0.049 0.018 0.005 0.001 0.001 2 T 0.753 0.164 0.059 0.019 0.004 0.001 0.001 3 A 0.748 0.166 0.058 0.021 0.005 0.001 0.001 4 T 0.775 0.157 0.047 0.016 0.004 0.001 0.001 5 E 0.767 0.162 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 6 P 0.649 0.203 0.098 0.039 0.009 0.001 0.001 7 T 0.669 0.215 0.082 0.027 0.006 0.001 0.001 8 E 0.761 0.171 0.051 0.014 0.002 0.001 0.001 9 K 0.718 0.195 0.063 0.020 0.004 0.001 0.001 10 I 0.430 0.281 0.176 0.090 0.021 0.002 0.001 11 L 0.560 0.245 0.121 0.058 0.014 0.002 0.001 12 P 0.658 0.216 0.081 0.035 0.009 0.002 0.001 13 S 0.638 0.223 0.088 0.039 0.011 0.002 0.001 14 P 0.427 0.279 0.163 0.091 0.032 0.007 0.001 15 D 0.317 0.345 0.204 0.096 0.030 0.007 0.001 16 Y 0.047 0.130 0.226 0.289 0.218 0.083 0.007 17 V 0.019 0.057 0.125 0.254 0.325 0.197 0.023 18 Q 0.037 0.148 0.229 0.252 0.198 0.114 0.021 19 S 0.010 0.037 0.096 0.204 0.280 0.287 0.085 20 L 0.001 0.003 0.007 0.031 0.156 0.503 0.299 21 A 0.002 0.019 0.090 0.247 0.352 0.239 0.051 22 R 0.002 0.014 0.063 0.206 0.321 0.314 0.080 23 G 0.001 0.002 0.004 0.009 0.048 0.344 0.592 24 L 0.001 0.001 0.006 0.039 0.180 0.552 0.221 25 A 0.001 0.008 0.072 0.263 0.359 0.248 0.048 26 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.090 0.506 0.390 27 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.045 0.459 0.488 28 R 0.006 0.037 0.131 0.283 0.293 0.200 0.050 29 C 0.003 0.024 0.127 0.315 0.353 0.152 0.025 30 F 0.004 0.009 0.018 0.092 0.324 0.486 0.068 31 D 0.036 0.176 0.304 0.312 0.140 0.030 0.001 32 H 0.239 0.392 0.228 0.108 0.028 0.005 0.001 33 R 0.352 0.349 0.186 0.089 0.020 0.003 0.001 34 N 0.623 0.246 0.085 0.036 0.008 0.002 0.001 35 Q 0.491 0.272 0.133 0.070 0.027 0.007 0.001 36 R 0.337 0.292 0.185 0.107 0.057 0.021 0.002 37 R 0.125 0.212 0.243 0.221 0.141 0.052 0.006 38 T 0.063 0.182 0.237 0.231 0.171 0.099 0.016 39 L 0.020 0.043 0.109 0.237 0.316 0.237 0.037 40 S 0.154 0.307 0.290 0.162 0.062 0.022 0.003 41 D 0.146 0.312 0.281 0.168 0.067 0.023 0.003 42 V 0.075 0.057 0.064 0.190 0.320 0.263 0.031 43 A 0.119 0.176 0.207 0.266 0.180 0.050 0.002 44 R 0.345 0.351 0.178 0.092 0.026 0.007 0.001 45 A 0.223 0.246 0.228 0.171 0.087 0.041 0.005 46 T 0.117 0.116 0.168 0.216 0.196 0.155 0.033 47 D 0.383 0.298 0.148 0.084 0.049 0.029 0.009 48 L 0.268 0.203 0.180 0.172 0.109 0.057 0.011 49 T 0.195 0.246 0.210 0.164 0.098 0.070 0.018 50 R 0.174 0.239 0.230 0.185 0.108 0.052 0.013 51 A 0.161 0.164 0.149 0.170 0.165 0.140 0.050 52 T 0.044 0.106 0.180 0.260 0.216 0.147 0.048 53 A 0.006 0.010 0.018 0.063 0.226 0.439 0.238 54 R 0.026 0.092 0.190 0.324 0.234 0.111 0.024 55 R 0.038 0.097 0.136 0.172 0.201 0.262 0.094 56 F 0.006 0.008 0.015 0.048 0.147 0.479 0.298 57 L 0.005 0.012 0.032 0.084 0.226 0.474 0.167 58 L 0.039 0.127 0.203 0.256 0.207 0.136 0.032 59 T 0.016 0.049 0.132 0.259 0.294 0.211 0.040 60 L 0.016 0.018 0.026 0.084 0.248 0.484 0.123 61 V 0.065 0.148 0.214 0.263 0.203 0.092 0.015 62 E 0.174 0.295 0.238 0.163 0.082 0.038 0.008 63 L 0.044 0.117 0.213 0.297 0.213 0.101 0.015 64 G 0.079 0.146 0.202 0.255 0.204 0.101 0.013 65 Y 0.065 0.124 0.171 0.227 0.232 0.159 0.023 66 V 0.032 0.039 0.067 0.172 0.321 0.323 0.046 67 A 0.109 0.262 0.285 0.227 0.091 0.025 0.002 68 T 0.122 0.229 0.277 0.247 0.104 0.021 0.001 69 D 0.602 0.280 0.082 0.029 0.006 0.001 0.001 70 G 0.760 0.185 0.039 0.013 0.002 0.001 0.001 71 S 0.487 0.330 0.135 0.042 0.006 0.001 0.001 72 A 0.148 0.364 0.292 0.140 0.047 0.008 0.001 73 F 0.021 0.059 0.128 0.260 0.341 0.181 0.010 74 W 0.005 0.041 0.175 0.338 0.308 0.123 0.010 75 L 0.002 0.005 0.012 0.051 0.211 0.558 0.161 76 T 0.009 0.035 0.061 0.123 0.261 0.374 0.137 77 P 0.016 0.063 0.123 0.204 0.277 0.234 0.082 78 R 0.012 0.053 0.171 0.306 0.230 0.165 0.064 79 V 0.015 0.023 0.041 0.092 0.167 0.378 0.285 80 L 0.044 0.055 0.068 0.116 0.190 0.358 0.169 81 E 0.074 0.106 0.151 0.225 0.227 0.170 0.047 82 L 0.158 0.069 0.076 0.138 0.207 0.259 0.092 83 G 0.144 0.106 0.077 0.101 0.163 0.308 0.102 84 Y 0.311 0.175 0.144 0.159 0.120 0.077 0.014 85 S 0.322 0.207 0.188 0.157 0.089 0.034 0.005 86 Y 0.330 0.152 0.152 0.166 0.115 0.074 0.011 87 L 0.431 0.189 0.135 0.107 0.077 0.053 0.007 88 S 0.510 0.247 0.130 0.073 0.028 0.010 0.001 89 S 0.625 0.214 0.095 0.048 0.014 0.003 0.001 90 L 0.572 0.218 0.107 0.070 0.026 0.007 0.001 91 S 0.793 0.137 0.042 0.018 0.007 0.003 0.001