# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175.891 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.061 0.044 0.075 0.077 0.095 0.137 0.120 0.118 0.096 0.060 2 T 0.224 0.305 0.089 0.161 0.090 0.045 0.041 0.020 0.013 0.008 0.004 3 A 0.238 0.074 0.050 0.096 0.102 0.103 0.122 0.085 0.068 0.043 0.020 4 T 0.325 0.210 0.053 0.125 0.093 0.060 0.060 0.032 0.022 0.014 0.006 5 E 0.215 0.177 0.104 0.165 0.116 0.074 0.066 0.035 0.027 0.015 0.007 6 P 0.279 0.134 0.044 0.100 0.091 0.081 0.098 0.064 0.049 0.036 0.023 7 T 0.201 0.198 0.092 0.134 0.108 0.079 0.082 0.045 0.032 0.020 0.009 8 E 0.326 0.175 0.092 0.161 0.101 0.056 0.046 0.020 0.013 0.006 0.003 9 K 0.388 0.185 0.108 0.150 0.077 0.038 0.029 0.012 0.007 0.004 0.002 10 I 0.075 0.061 0.056 0.099 0.097 0.119 0.184 0.117 0.088 0.064 0.039 11 L 0.099 0.107 0.053 0.123 0.136 0.120 0.155 0.088 0.066 0.036 0.018 12 P 0.410 0.193 0.121 0.104 0.061 0.044 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 13 S 0.276 0.192 0.063 0.141 0.098 0.068 0.077 0.036 0.024 0.016 0.009 14 P 0.269 0.139 0.050 0.154 0.130 0.090 0.080 0.041 0.027 0.014 0.007 15 D 0.352 0.275 0.067 0.133 0.078 0.050 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 16 Y 0.013 0.039 0.036 0.147 0.179 0.195 0.192 0.101 0.058 0.028 0.011 17 V 0.041 0.016 0.014 0.029 0.047 0.093 0.203 0.180 0.192 0.119 0.065 18 Q 0.018 0.062 0.130 0.367 0.231 0.105 0.058 0.018 0.008 0.003 0.001 19 S 0.004 0.019 0.025 0.036 0.041 0.067 0.192 0.204 0.183 0.144 0.086 20 L 0.006 0.004 0.021 0.034 0.049 0.075 0.189 0.168 0.184 0.155 0.114 21 A 0.037 0.037 0.175 0.167 0.166 0.155 0.158 0.053 0.032 0.014 0.006 22 R 0.001 0.013 0.080 0.148 0.140 0.177 0.247 0.106 0.049 0.028 0.011 23 G 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.009 0.059 0.106 0.237 0.316 0.259 24 L 0.003 0.005 0.058 0.039 0.043 0.076 0.241 0.177 0.157 0.129 0.072 25 A 0.001 0.011 0.204 0.214 0.220 0.150 0.119 0.048 0.019 0.010 0.005 26 V 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.007 0.058 0.107 0.233 0.315 0.270 27 I 0.001 0.001 0.007 0.008 0.012 0.023 0.129 0.179 0.262 0.231 0.147 28 R 0.005 0.021 0.300 0.203 0.173 0.127 0.099 0.037 0.020 0.009 0.004 29 C 0.001 0.002 0.017 0.021 0.044 0.111 0.321 0.199 0.152 0.093 0.039 30 F 0.001 0.001 0.005 0.008 0.010 0.015 0.074 0.140 0.280 0.282 0.184 31 D 0.022 0.042 0.038 0.114 0.177 0.203 0.243 0.091 0.045 0.017 0.007 32 H 0.116 0.169 0.225 0.205 0.113 0.080 0.053 0.021 0.010 0.005 0.002 33 R 0.224 0.153 0.079 0.142 0.110 0.091 0.100 0.050 0.027 0.016 0.007 34 N 0.380 0.196 0.051 0.100 0.075 0.058 0.062 0.031 0.022 0.014 0.011 35 Q 0.269 0.192 0.093 0.148 0.099 0.069 0.064 0.032 0.020 0.011 0.004 36 R 0.328 0.138 0.057 0.133 0.099 0.091 0.089 0.032 0.020 0.010 0.005 37 R 0.059 0.065 0.054 0.116 0.124 0.128 0.183 0.125 0.081 0.043 0.022 38 T 0.013 0.121 0.047 0.157 0.151 0.154 0.133 0.085 0.066 0.045 0.027 39 L 0.002 0.004 0.008 0.015 0.033 0.074 0.184 0.191 0.216 0.157 0.116 40 S 0.113 0.061 0.088 0.199 0.206 0.161 0.109 0.036 0.018 0.007 0.003 41 D 0.005 0.030 0.084 0.340 0.249 0.143 0.098 0.031 0.013 0.005 0.003 42 V 0.001 0.002 0.015 0.011 0.009 0.009 0.036 0.095 0.210 0.284 0.329 43 A 0.001 0.001 0.014 0.011 0.024 0.058 0.211 0.194 0.214 0.155 0.118 44 R 0.003 0.010 0.495 0.271 0.127 0.058 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 45 A 0.001 0.004 0.021 0.028 0.087 0.223 0.410 0.128 0.059 0.026 0.013 46 T 0.005 0.003 0.004 0.005 0.005 0.009 0.054 0.107 0.212 0.281 0.315 47 D 0.664 0.163 0.043 0.058 0.030 0.019 0.013 0.004 0.003 0.002 0.002 48 L 0.023 0.037 0.046 0.075 0.084 0.098 0.165 0.156 0.145 0.103 0.067 49 T 0.154 0.345 0.069 0.116 0.090 0.070 0.071 0.035 0.023 0.016 0.011 50 R 0.085 0.080 0.051 0.125 0.155 0.175 0.171 0.060 0.050 0.026 0.021 51 A 0.192 0.060 0.040 0.065 0.066 0.095 0.168 0.101 0.095 0.067 0.052 52 T 0.008 0.027 0.041 0.157 0.180 0.193 0.205 0.092 0.054 0.027 0.016 53 A 0.004 0.002 0.006 0.005 0.005 0.008 0.062 0.127 0.233 0.301 0.248 54 R 0.005 0.007 0.055 0.172 0.221 0.253 0.155 0.061 0.038 0.021 0.010 55 R 0.002 0.012 0.189 0.105 0.098 0.107 0.216 0.125 0.082 0.046 0.018 56 F 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.015 0.088 0.142 0.228 0.279 0.231 57 L 0.001 0.001 0.013 0.006 0.008 0.016 0.123 0.143 0.217 0.275 0.198 58 L 0.002 0.011 0.279 0.185 0.153 0.115 0.101 0.065 0.047 0.028 0.014 59 T 0.001 0.006 0.041 0.034 0.045 0.092 0.302 0.197 0.156 0.090 0.035 60 L 0.001 0.001 0.022 0.008 0.004 0.005 0.026 0.081 0.227 0.331 0.291 61 V 0.001 0.003 0.032 0.061 0.116 0.186 0.325 0.137 0.082 0.039 0.017 62 E 0.005 0.018 0.253 0.156 0.157 0.143 0.159 0.060 0.034 0.011 0.004 63 L 0.002 0.008 0.012 0.050 0.071 0.150 0.276 0.183 0.129 0.087 0.031 64 G 0.186 0.134 0.051 0.110 0.077 0.075 0.124 0.096 0.079 0.047 0.020 65 Y 0.010 0.036 0.034 0.099 0.124 0.141 0.200 0.141 0.106 0.069 0.038 66 V 0.006 0.014 0.012 0.029 0.037 0.043 0.119 0.148 0.218 0.212 0.161 67 A 0.027 0.061 0.035 0.199 0.213 0.161 0.150 0.077 0.047 0.019 0.012 68 T 0.092 0.103 0.055 0.129 0.127 0.131 0.157 0.090 0.067 0.034 0.016 69 D 0.230 0.194 0.056 0.194 0.126 0.085 0.063 0.027 0.015 0.007 0.003 70 G 0.583 0.182 0.033 0.092 0.049 0.026 0.018 0.008 0.004 0.003 0.002 71 S 0.213 0.214 0.059 0.174 0.127 0.074 0.065 0.034 0.020 0.012 0.007 72 A 0.048 0.108 0.046 0.202 0.196 0.166 0.128 0.054 0.030 0.014 0.007 73 F 0.009 0.009 0.007 0.026 0.039 0.069 0.159 0.181 0.215 0.168 0.116 74 W 0.027 0.050 0.043 0.191 0.206 0.175 0.161 0.076 0.041 0.020 0.011 75 L 0.004 0.008 0.006 0.016 0.021 0.033 0.098 0.147 0.224 0.240 0.203 76 T 0.008 0.021 0.010 0.069 0.108 0.129 0.189 0.151 0.153 0.097 0.063 77 P 0.108 0.044 0.026 0.075 0.087 0.119 0.179 0.120 0.115 0.079 0.049 78 R 0.028 0.036 0.047 0.139 0.174 0.167 0.217 0.101 0.053 0.026 0.013 79 V 0.005 0.011 0.022 0.023 0.014 0.017 0.056 0.110 0.205 0.264 0.273 80 L 0.005 0.005 0.021 0.029 0.037 0.059 0.139 0.159 0.205 0.196 0.145 81 E 0.027 0.040 0.338 0.155 0.108 0.106 0.108 0.053 0.036 0.020 0.011 82 L 0.002 0.008 0.039 0.035 0.038 0.060 0.169 0.175 0.188 0.171 0.116 83 G 0.005 0.006 0.015 0.018 0.015 0.021 0.076 0.121 0.225 0.264 0.233 84 Y 0.018 0.021 0.079 0.093 0.117 0.157 0.212 0.106 0.094 0.061 0.041 85 S 0.031 0.053 0.342 0.151 0.128 0.097 0.091 0.044 0.033 0.018 0.012 86 Y 0.009 0.012 0.019 0.037 0.047 0.089 0.213 0.165 0.173 0.146 0.090 87 L 0.020 0.018 0.033 0.042 0.043 0.065 0.160 0.159 0.193 0.166 0.101 88 S 0.075 0.088 0.253 0.171 0.126 0.099 0.087 0.045 0.031 0.016 0.009 89 S 0.174 0.129 0.163 0.151 0.107 0.095 0.090 0.040 0.027 0.016 0.008 90 L 0.125 0.070 0.050 0.069 0.063 0.074 0.119 0.105 0.121 0.119 0.085 91 S 0.408 0.223 0.059 0.089 0.062 0.045 0.044 0.026 0.021 0.014 0.009