# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175.891 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.024 0.014 0.031 0.018 0.028 0.032 0.006 0.001 0.003 0.750 2 T 0.054 0.005 0.004 0.021 0.020 0.022 0.113 0.004 0.001 0.003 0.751 3 A 0.030 0.001 0.009 0.011 0.003 0.006 0.023 0.001 0.001 0.002 0.914 4 T 0.025 0.002 0.001 0.029 0.007 0.017 0.188 0.001 0.001 0.002 0.728 5 E 0.155 0.001 0.003 0.022 0.005 0.007 0.086 0.001 0.001 0.006 0.715 6 P 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.954 7 T 0.038 0.003 0.001 0.037 0.011 0.020 0.204 0.001 0.001 0.005 0.682 8 E 0.187 0.019 0.001 0.031 0.007 0.016 0.101 0.001 0.001 0.008 0.629 9 K 0.249 0.079 0.001 0.028 0.018 0.020 0.089 0.003 0.001 0.005 0.508 10 I 0.465 0.077 0.005 0.024 0.009 0.019 0.057 0.004 0.001 0.007 0.333 11 L 0.280 0.054 0.008 0.039 0.021 0.041 0.075 0.009 0.001 0.003 0.470 12 P 0.019 0.003 0.007 0.008 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.948 13 S 0.074 0.006 0.003 0.033 0.015 0.037 0.149 0.002 0.001 0.003 0.679 14 P 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.976 15 D 0.021 0.004 0.001 0.017 0.004 0.006 0.242 0.001 0.001 0.002 0.702 16 Y 0.344 0.015 0.002 0.018 0.002 0.006 0.222 0.001 0.001 0.014 0.376 17 V 0.114 0.260 0.002 0.048 0.004 0.011 0.181 0.001 0.001 0.003 0.375 18 Q 0.037 0.338 0.001 0.017 0.004 0.008 0.148 0.001 0.001 0.002 0.445 19 S 0.027 0.558 0.001 0.003 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.362 20 L 0.014 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.114 21 A 0.019 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.041 22 R 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.042 23 G 0.018 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 24 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 26 V 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 27 I 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 R 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 29 C 0.019 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 30 F 0.030 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.006 31 D 0.066 0.805 0.026 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.001 0.001 0.060 32 H 0.092 0.552 0.046 0.005 0.005 0.005 0.011 0.050 0.001 0.001 0.235 33 R 0.246 0.339 0.016 0.006 0.004 0.005 0.033 0.035 0.001 0.003 0.313 34 N 0.145 0.140 0.065 0.010 0.005 0.007 0.093 0.018 0.001 0.007 0.510 35 Q 0.109 0.129 0.030 0.014 0.006 0.007 0.124 0.009 0.001 0.004 0.568 36 R 0.239 0.102 0.013 0.012 0.003 0.006 0.108 0.006 0.001 0.009 0.503 37 R 0.156 0.151 0.021 0.032 0.011 0.015 0.125 0.005 0.001 0.007 0.478 38 T 0.130 0.089 0.008 0.012 0.006 0.009 0.281 0.005 0.001 0.005 0.455 39 L 0.051 0.169 0.019 0.022 0.007 0.016 0.057 0.003 0.001 0.004 0.652 40 S 0.018 0.314 0.002 0.011 0.010 0.014 0.131 0.002 0.001 0.004 0.494 41 D 0.021 0.308 0.001 0.003 0.004 0.008 0.358 0.004 0.001 0.012 0.282 42 V 0.015 0.892 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.076 43 A 0.015 0.937 0.001 0.002 0.003 0.008 0.017 0.006 0.001 0.002 0.011 44 R 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 45 A 0.030 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.014 46 T 0.064 0.865 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.010 47 D 0.349 0.308 0.039 0.001 0.001 0.001 0.011 0.150 0.001 0.003 0.136 48 L 0.022 0.027 0.878 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.051 49 T 0.032 0.032 0.010 0.016 0.002 0.004 0.150 0.007 0.001 0.002 0.744 50 R 0.077 0.022 0.016 0.011 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.004 0.819 51 A 0.033 0.091 0.002 0.010 0.001 0.002 0.179 0.001 0.001 0.003 0.677 52 T 0.066 0.159 0.001 0.008 0.003 0.003 0.363 0.003 0.001 0.008 0.387 53 A 0.026 0.793 0.001 0.004 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.139 54 R 0.005 0.950 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.025 55 R 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.026 56 F 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 57 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 59 T 0.015 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 60 L 0.022 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 61 V 0.009 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 62 E 0.011 0.893 0.016 0.001 0.003 0.009 0.007 0.014 0.001 0.001 0.044 63 L 0.070 0.820 0.002 0.004 0.006 0.009 0.004 0.040 0.001 0.001 0.046 64 G 0.287 0.439 0.016 0.013 0.016 0.014 0.005 0.103 0.001 0.003 0.105 65 Y 0.090 0.137 0.493 0.012 0.032 0.021 0.018 0.012 0.001 0.002 0.182 66 V 0.016 0.045 0.046 0.072 0.178 0.162 0.027 0.015 0.001 0.001 0.438 67 A 0.036 0.015 0.006 0.123 0.188 0.295 0.042 0.006 0.001 0.003 0.286 68 T 0.026 0.011 0.005 0.065 0.134 0.160 0.085 0.003 0.001 0.003 0.508 69 D 0.019 0.007 0.001 0.053 0.065 0.112 0.189 0.002 0.001 0.008 0.541 70 G 0.055 0.002 0.002 0.021 0.013 0.019 0.175 0.001 0.001 0.026 0.686 71 S 0.218 0.004 0.003 0.018 0.020 0.013 0.374 0.001 0.001 0.058 0.291 72 A 0.178 0.006 0.008 0.030 0.022 0.019 0.291 0.001 0.001 0.027 0.418 73 F 0.082 0.011 0.012 0.052 0.060 0.101 0.298 0.001 0.001 0.014 0.370 74 W 0.036 0.007 0.004 0.116 0.148 0.259 0.234 0.001 0.001 0.006 0.191 75 L 0.008 0.004 0.004 0.042 0.056 0.131 0.062 0.001 0.001 0.002 0.691 76 T 0.009 0.004 0.001 0.081 0.133 0.331 0.198 0.001 0.001 0.003 0.240 77 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.987 78 R 0.003 0.004 0.001 0.029 0.017 0.030 0.457 0.001 0.001 0.005 0.454 79 V 0.107 0.052 0.001 0.025 0.011 0.034 0.428 0.001 0.001 0.019 0.322 80 L 0.038 0.809 0.001 0.035 0.015 0.013 0.015 0.002 0.001 0.001 0.073 81 E 0.038 0.854 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.002 0.082 82 L 0.041 0.885 0.002 0.002 0.003 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.051 83 G 0.083 0.846 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.043 84 Y 0.025 0.820 0.040 0.002 0.003 0.006 0.008 0.011 0.001 0.001 0.084 85 S 0.025 0.637 0.006 0.006 0.010 0.009 0.013 0.024 0.001 0.001 0.269 86 Y 0.142 0.686 0.007 0.005 0.005 0.007 0.019 0.020 0.001 0.002 0.108 87 L 0.062 0.782 0.012 0.010 0.013 0.020 0.014 0.017 0.001 0.002 0.068 88 S 0.061 0.712 0.014 0.009 0.009 0.015 0.029 0.017 0.001 0.002 0.131 89 S 0.248 0.386 0.009 0.009 0.012 0.014 0.035 0.076 0.001 0.004 0.206 90 L 0.321 0.271 0.062 0.017 0.014 0.014 0.053 0.040 0.001 0.010 0.200 91 S 0.074 0.087 0.045 0.015 0.012 0.011 0.315 0.021 0.001 0.011 0.408