# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175.891 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.334 0.146 0.012 0.230 0.007 0.021 0.067 0.037 0.033 0.029 2 T 0.053 0.407 0.199 0.012 0.206 0.006 0.012 0.051 0.022 0.018 0.015 3 A 0.063 0.152 0.072 0.010 0.139 0.012 0.030 0.236 0.185 0.077 0.024 4 T 0.039 0.205 0.214 0.036 0.102 0.027 0.066 0.124 0.078 0.082 0.028 5 E 0.078 0.319 0.247 0.015 0.182 0.006 0.029 0.053 0.020 0.021 0.030 6 P 0.033 0.457 0.185 0.007 0.144 0.006 0.013 0.074 0.046 0.022 0.013 7 T 0.031 0.364 0.127 0.007 0.111 0.007 0.020 0.111 0.131 0.075 0.017 8 E 0.025 0.074 0.045 0.010 0.058 0.016 0.036 0.346 0.327 0.050 0.014 9 K 0.034 0.095 0.035 0.007 0.089 0.010 0.053 0.372 0.191 0.091 0.023 10 I 0.070 0.077 0.025 0.007 0.103 0.010 0.043 0.133 0.135 0.346 0.052 11 L 0.070 0.368 0.179 0.006 0.237 0.004 0.014 0.061 0.022 0.018 0.019 12 P 0.028 0.279 0.228 0.030 0.106 0.033 0.081 0.073 0.050 0.070 0.022 13 S 0.104 0.319 0.181 0.006 0.297 0.002 0.010 0.022 0.011 0.016 0.033 14 P 0.007 0.049 0.015 0.003 0.024 0.009 0.022 0.536 0.312 0.019 0.004 15 D 0.006 0.019 0.012 0.004 0.012 0.014 0.044 0.542 0.205 0.132 0.012 16 Y 0.011 0.016 0.005 0.003 0.015 0.002 0.008 0.727 0.119 0.088 0.006 17 V 0.003 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.856 0.092 0.024 0.002 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.035 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.047 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.034 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.901 0.089 0.001 0.001 29 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.870 0.078 0.007 0.001 30 F 0.003 0.036 0.013 0.006 0.010 0.016 0.125 0.520 0.150 0.117 0.004 31 D 0.052 0.100 0.045 0.013 0.065 0.025 0.088 0.315 0.107 0.132 0.058 32 H 0.034 0.059 0.029 0.012 0.050 0.029 0.081 0.339 0.198 0.136 0.035 33 R 0.031 0.137 0.075 0.046 0.091 0.038 0.113 0.193 0.114 0.124 0.038 34 N 0.072 0.120 0.059 0.033 0.100 0.018 0.052 0.135 0.114 0.214 0.082 35 Q 0.025 0.100 0.054 0.015 0.063 0.018 0.044 0.291 0.193 0.155 0.044 36 R 0.073 0.151 0.053 0.008 0.111 0.016 0.028 0.231 0.110 0.165 0.055 37 R 0.036 0.376 0.178 0.027 0.185 0.018 0.023 0.086 0.016 0.035 0.022 38 T 0.010 0.606 0.282 0.001 0.025 0.001 0.001 0.061 0.003 0.008 0.002 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.885 0.110 0.003 0.001 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.046 0.006 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.880 0.103 0.006 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.797 0.122 0.026 0.001 46 T 0.001 0.780 0.142 0.004 0.050 0.001 0.004 0.009 0.004 0.004 0.001 47 D 0.075 0.003 0.003 0.002 0.008 0.002 0.005 0.012 0.019 0.404 0.467 48 L 0.030 0.398 0.185 0.020 0.139 0.008 0.020 0.096 0.054 0.035 0.014 49 T 0.020 0.246 0.130 0.027 0.073 0.024 0.042 0.263 0.104 0.053 0.018 50 R 0.011 0.081 0.052 0.010 0.026 0.011 0.019 0.459 0.278 0.042 0.010 51 A 0.004 0.021 0.015 0.003 0.013 0.007 0.014 0.766 0.139 0.014 0.005 52 T 0.001 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.004 0.823 0.105 0.047 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.064 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 61 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.878 0.105 0.002 0.001 62 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.865 0.057 0.015 0.001 63 L 0.007 0.512 0.206 0.035 0.060 0.013 0.042 0.074 0.022 0.025 0.004 64 G 0.055 0.018 0.019 0.052 0.016 0.032 0.019 0.060 0.041 0.506 0.183 65 Y 0.099 0.277 0.063 0.004 0.374 0.007 0.026 0.058 0.039 0.033 0.020 66 V 0.203 0.184 0.028 0.002 0.495 0.004 0.006 0.017 0.009 0.013 0.039 67 A 0.208 0.238 0.084 0.006 0.402 0.005 0.011 0.013 0.005 0.008 0.021 68 T 0.119 0.103 0.109 0.108 0.150 0.140 0.066 0.057 0.035 0.059 0.054 69 D 0.041 0.129 0.150 0.339 0.085 0.072 0.069 0.037 0.024 0.028 0.026 70 G 0.010 0.022 0.032 0.097 0.012 0.037 0.015 0.071 0.173 0.492 0.039 71 S 0.023 0.266 0.120 0.018 0.136 0.013 0.050 0.107 0.126 0.128 0.013 72 A 0.176 0.188 0.034 0.007 0.290 0.010 0.041 0.075 0.057 0.061 0.060 73 F 0.124 0.238 0.092 0.012 0.308 0.013 0.020 0.033 0.034 0.058 0.070 74 W 0.116 0.308 0.110 0.004 0.326 0.003 0.013 0.053 0.023 0.019 0.024 75 L 0.137 0.254 0.109 0.011 0.134 0.006 0.013 0.094 0.058 0.098 0.084 76 T 0.015 0.286 0.269 0.051 0.062 0.013 0.011 0.216 0.057 0.015 0.006 77 P 0.002 0.011 0.004 0.001 0.006 0.003 0.010 0.856 0.102 0.004 0.001 78 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.910 0.066 0.008 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.056 0.004 0.001 80 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.907 0.077 0.004 0.001 81 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.952 0.034 0.002 0.001 82 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.944 0.033 0.003 0.001 83 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.875 0.079 0.028 0.002 84 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.817 0.151 0.007 0.001 85 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 0.871 0.080 0.003 0.001 86 Y 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.023 0.769 0.129 0.060 0.002 87 L 0.014 0.014 0.003 0.001 0.014 0.007 0.038 0.578 0.273 0.049 0.009 88 S 0.004 0.025 0.007 0.004 0.012 0.012 0.060 0.594 0.241 0.034 0.006 89 S 0.028 0.028 0.011 0.003 0.040 0.005 0.054 0.305 0.190 0.312 0.023 90 L 0.096 0.226 0.076 0.010 0.165 0.007 0.024 0.133 0.096 0.117 0.050 91 S 0.050 0.187 0.084 0.027 0.122 0.030 0.059 0.230 0.116 0.065 0.030