# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175.891 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.650 0.215 0.086 0.037 0.011 0.002 0.001 2 T 0.683 0.203 0.074 0.031 0.008 0.001 0.001 3 A 0.631 0.212 0.097 0.047 0.012 0.002 0.001 4 T 0.683 0.203 0.072 0.031 0.009 0.001 0.001 5 E 0.723 0.191 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 6 P 0.443 0.288 0.173 0.076 0.019 0.002 0.001 7 T 0.576 0.241 0.113 0.055 0.014 0.001 0.001 8 E 0.712 0.206 0.061 0.017 0.003 0.001 0.001 9 K 0.648 0.240 0.081 0.026 0.004 0.001 0.001 10 I 0.358 0.310 0.200 0.106 0.024 0.002 0.001 11 L 0.387 0.317 0.184 0.088 0.022 0.002 0.001 12 P 0.698 0.210 0.063 0.024 0.005 0.001 0.001 13 S 0.662 0.207 0.085 0.036 0.008 0.001 0.001 14 P 0.514 0.292 0.132 0.049 0.012 0.001 0.001 15 D 0.326 0.385 0.193 0.075 0.018 0.003 0.001 16 Y 0.046 0.135 0.233 0.304 0.215 0.063 0.004 17 V 0.018 0.054 0.117 0.265 0.346 0.183 0.017 18 Q 0.024 0.127 0.261 0.317 0.186 0.076 0.008 19 S 0.009 0.025 0.070 0.189 0.314 0.323 0.071 20 L 0.005 0.018 0.041 0.116 0.258 0.390 0.172 21 A 0.007 0.036 0.087 0.191 0.322 0.285 0.072 22 R 0.003 0.023 0.085 0.238 0.317 0.260 0.073 23 G 0.001 0.004 0.007 0.019 0.071 0.442 0.456 24 L 0.001 0.003 0.012 0.057 0.204 0.450 0.272 25 A 0.001 0.005 0.036 0.146 0.310 0.341 0.162 26 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.379 0.570 27 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.430 0.517 28 R 0.001 0.025 0.104 0.269 0.339 0.213 0.049 29 C 0.001 0.011 0.076 0.289 0.404 0.197 0.022 30 F 0.001 0.003 0.012 0.080 0.347 0.497 0.060 31 D 0.025 0.175 0.292 0.327 0.152 0.027 0.001 32 H 0.238 0.456 0.221 0.070 0.013 0.002 0.001 33 R 0.241 0.336 0.263 0.125 0.031 0.004 0.001 34 N 0.491 0.284 0.135 0.068 0.019 0.003 0.001 35 Q 0.551 0.258 0.115 0.053 0.019 0.004 0.001 36 R 0.350 0.312 0.199 0.098 0.035 0.007 0.001 37 R 0.129 0.218 0.245 0.234 0.130 0.041 0.004 38 T 0.077 0.173 0.211 0.231 0.184 0.106 0.017 39 L 0.016 0.031 0.071 0.200 0.336 0.282 0.063 40 S 0.076 0.210 0.262 0.252 0.136 0.056 0.009 41 D 0.046 0.136 0.252 0.288 0.183 0.081 0.014 42 V 0.018 0.021 0.038 0.114 0.277 0.438 0.095 43 A 0.058 0.083 0.138 0.251 0.292 0.157 0.023 44 R 0.174 0.367 0.238 0.138 0.054 0.025 0.004 45 A 0.106 0.182 0.241 0.248 0.149 0.063 0.010 46 T 0.056 0.062 0.095 0.182 0.279 0.263 0.061 47 D 0.248 0.272 0.199 0.142 0.082 0.042 0.014 48 L 0.100 0.124 0.181 0.227 0.202 0.131 0.035 49 T 0.141 0.183 0.188 0.192 0.167 0.101 0.029 50 R 0.125 0.189 0.210 0.219 0.156 0.082 0.020 51 A 0.090 0.119 0.156 0.202 0.190 0.173 0.070 52 T 0.034 0.057 0.108 0.193 0.239 0.244 0.125 53 A 0.013 0.022 0.032 0.085 0.156 0.379 0.313 54 R 0.021 0.053 0.093 0.219 0.277 0.240 0.096 55 R 0.019 0.060 0.092 0.144 0.188 0.318 0.179 56 F 0.006 0.009 0.015 0.040 0.121 0.427 0.380 57 L 0.008 0.021 0.042 0.092 0.181 0.391 0.264 58 L 0.025 0.075 0.127 0.209 0.210 0.225 0.130 59 T 0.013 0.042 0.098 0.199 0.261 0.283 0.104 60 L 0.010 0.017 0.029 0.088 0.222 0.461 0.172 61 V 0.027 0.091 0.164 0.270 0.255 0.158 0.035 62 E 0.051 0.192 0.233 0.223 0.167 0.112 0.021 63 L 0.025 0.065 0.152 0.266 0.297 0.168 0.027 64 G 0.067 0.180 0.217 0.223 0.178 0.120 0.015 65 Y 0.026 0.082 0.165 0.268 0.287 0.154 0.017 66 V 0.021 0.034 0.062 0.183 0.378 0.296 0.026 67 A 0.055 0.196 0.288 0.288 0.137 0.035 0.002 68 T 0.223 0.346 0.245 0.139 0.041 0.006 0.001 69 D 0.630 0.254 0.089 0.023 0.004 0.001 0.001 70 G 0.785 0.169 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 71 S 0.390 0.359 0.183 0.056 0.010 0.001 0.001 72 A 0.107 0.331 0.307 0.186 0.059 0.010 0.001 73 F 0.010 0.035 0.108 0.277 0.379 0.178 0.012 74 W 0.004 0.050 0.199 0.345 0.283 0.108 0.011 75 L 0.001 0.002 0.007 0.041 0.202 0.583 0.164 76 T 0.009 0.049 0.114 0.228 0.295 0.236 0.069 77 P 0.018 0.090 0.158 0.210 0.218 0.228 0.079 78 R 0.017 0.056 0.154 0.268 0.240 0.180 0.085 79 V 0.017 0.024 0.037 0.074 0.148 0.388 0.312 80 L 0.050 0.067 0.087 0.154 0.202 0.271 0.170 81 E 0.104 0.169 0.174 0.191 0.151 0.151 0.060 82 L 0.110 0.077 0.089 0.155 0.193 0.241 0.135 83 G 0.110 0.101 0.086 0.122 0.161 0.290 0.130 84 Y 0.195 0.159 0.155 0.191 0.160 0.114 0.028 85 S 0.252 0.211 0.179 0.174 0.113 0.061 0.010 86 Y 0.326 0.190 0.158 0.150 0.103 0.062 0.011 87 L 0.437 0.195 0.132 0.116 0.074 0.041 0.005 88 S 0.563 0.247 0.109 0.053 0.021 0.005 0.001 89 S 0.635 0.218 0.093 0.040 0.012 0.002 0.001 90 L 0.547 0.209 0.141 0.076 0.023 0.004 0.001 91 S 0.846 0.110 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001