# TARGET T0380 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.006 0.006 0.123 0.181 0.675 2 I 0.014 0.017 0.010 0.262 0.148 0.549 3 D 0.010 0.007 0.015 0.490 0.150 0.328 4 E 0.003 0.001 0.018 0.814 0.086 0.077 5 K 0.003 0.002 0.015 0.802 0.091 0.088 6 F 0.003 0.003 0.010 0.872 0.048 0.065 7 L 0.002 0.001 0.003 0.965 0.013 0.017 8 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.010 0.010 9 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 10 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 11 N 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 12 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.010 0.004 13 L 0.001 0.001 0.009 0.965 0.015 0.011 14 V 0.001 0.001 0.038 0.929 0.023 0.008 15 E 0.001 0.001 0.093 0.811 0.067 0.027 16 S 0.005 0.001 0.064 0.266 0.311 0.353 17 S 0.016 0.002 0.027 0.024 0.450 0.482 18 K 0.074 0.003 0.014 0.006 0.302 0.601 19 I 0.787 0.008 0.007 0.003 0.071 0.125 20 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.013 0.023 21 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 22 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 23 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 24 T 0.912 0.003 0.001 0.001 0.026 0.058 25 N 0.864 0.046 0.001 0.001 0.025 0.064 26 G 0.199 0.047 0.002 0.001 0.727 0.023 27 E 0.011 0.002 0.005 0.002 0.969 0.011 28 N 0.006 0.001 0.002 0.001 0.978 0.012 29 G 0.034 0.055 0.001 0.001 0.873 0.036 30 Y 0.239 0.102 0.001 0.001 0.255 0.403 31 P 0.638 0.081 0.002 0.001 0.166 0.113 32 N 0.590 0.010 0.004 0.002 0.251 0.145 33 I 0.721 0.041 0.001 0.001 0.121 0.115 34 K 0.593 0.017 0.002 0.004 0.071 0.313 35 A 0.656 0.019 0.004 0.006 0.056 0.258 36 M 0.664 0.015 0.007 0.009 0.078 0.227 37 M 0.693 0.009 0.009 0.008 0.081 0.199 38 R 0.638 0.010 0.021 0.013 0.121 0.198 39 L 0.625 0.017 0.021 0.017 0.141 0.179 40 K 0.620 0.015 0.028 0.018 0.148 0.171 41 H 0.522 0.016 0.031 0.016 0.236 0.180 42 D 0.243 0.017 0.046 0.022 0.498 0.174 43 G 0.103 0.014 0.049 0.025 0.670 0.140 44 L 0.080 0.004 0.030 0.010 0.778 0.097 45 K 0.145 0.005 0.016 0.004 0.675 0.155 46 K 0.708 0.009 0.003 0.001 0.137 0.141 47 F 0.957 0.002 0.001 0.001 0.012 0.028 48 W 0.973 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 49 L 0.975 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 50 S 0.881 0.005 0.001 0.001 0.033 0.079 51 T 0.475 0.018 0.002 0.001 0.146 0.358 52 N 0.050 0.013 0.004 0.003 0.806 0.125 53 T 0.006 0.003 0.023 0.013 0.884 0.072 54 S 0.005 0.003 0.016 0.019 0.882 0.075 55 T 0.024 0.017 0.028 0.086 0.747 0.098 56 R 0.070 0.014 0.019 0.449 0.202 0.246 57 M 0.109 0.024 0.045 0.643 0.106 0.074 58 V 0.118 0.007 0.094 0.688 0.067 0.027 59 E 0.115 0.005 0.072 0.748 0.043 0.016 60 R 0.057 0.005 0.063 0.800 0.048 0.026 61 L 0.051 0.003 0.057 0.782 0.061 0.046 62 K 0.066 0.009 0.047 0.705 0.111 0.062 63 K 0.054 0.017 0.048 0.577 0.172 0.132 64 N 0.041 0.007 0.019 0.054 0.652 0.228 65 N 0.034 0.002 0.017 0.011 0.667 0.269 66 K 0.326 0.014 0.013 0.005 0.421 0.221 67 I 0.787 0.015 0.004 0.002 0.111 0.081 68 C 0.902 0.002 0.002 0.001 0.026 0.068 69 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 70 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 71 F 0.963 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 72 V 0.888 0.005 0.001 0.001 0.040 0.065 73 D 0.505 0.011 0.009 0.001 0.333 0.141 74 D 0.058 0.003 0.100 0.006 0.755 0.077 75 N 0.039 0.004 0.196 0.011 0.701 0.049 76 K 0.077 0.008 0.268 0.021 0.585 0.041 77 F 0.241 0.003 0.059 0.013 0.468 0.216 78 A 0.813 0.008 0.006 0.001 0.088 0.084 79 G 0.950 0.003 0.001 0.001 0.015 0.032 80 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 81 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 83 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 84 G 0.925 0.001 0.001 0.001 0.018 0.056 85 T 0.955 0.002 0.001 0.001 0.012 0.030 86 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.006 0.029 87 E 0.958 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 88 I 0.917 0.006 0.001 0.001 0.014 0.063 89 L 0.557 0.010 0.002 0.001 0.074 0.356 90 H 0.101 0.010 0.001 0.002 0.176 0.709 91 D 0.010 0.003 0.003 0.024 0.226 0.735 92 R 0.001 0.001 0.029 0.894 0.054 0.022 93 A 0.001 0.001 0.023 0.932 0.039 0.005 94 S 0.001 0.001 0.022 0.949 0.023 0.004 95 K 0.002 0.001 0.019 0.949 0.020 0.008 96 E 0.002 0.001 0.033 0.931 0.026 0.006 97 M 0.002 0.001 0.034 0.914 0.034 0.016 98 L 0.003 0.001 0.017 0.904 0.037 0.038 99 W 0.004 0.002 0.012 0.880 0.044 0.058 100 T 0.007 0.001 0.006 0.772 0.062 0.152 101 D 0.010 0.002 0.008 0.797 0.062 0.121 102 G 0.022 0.004 0.011 0.830 0.052 0.080 103 C 0.014 0.003 0.039 0.829 0.064 0.051 104 E 0.013 0.002 0.057 0.835 0.050 0.042 105 I 0.016 0.005 0.073 0.717 0.094 0.096 106 Y 0.016 0.017 0.051 0.557 0.125 0.234 107 Y 0.015 0.017 0.071 0.254 0.494 0.150 108 P 0.009 0.004 0.083 0.144 0.676 0.085 109 L 0.005 0.006 0.066 0.054 0.788 0.081 110 G 0.005 0.019 0.020 0.008 0.893 0.055 111 I 0.015 0.024 0.026 0.011 0.792 0.131 112 D 0.010 0.025 0.032 0.010 0.778 0.145 113 D 0.012 0.029 0.015 0.001 0.914 0.028 114 P 0.047 0.011 0.018 0.002 0.847 0.075 115 D 0.125 0.005 0.015 0.001 0.743 0.111 116 Y 0.737 0.020 0.004 0.001 0.192 0.046 117 T 0.947 0.004 0.001 0.001 0.017 0.030 118 A 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 119 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 120 C 0.950 0.004 0.001 0.001 0.010 0.035 121 F 0.821 0.008 0.001 0.001 0.036 0.133 122 T 0.516 0.020 0.002 0.003 0.263 0.196 123 A 0.101 0.005 0.056 0.014 0.724 0.100 124 E 0.061 0.003 0.087 0.008 0.765 0.076 125 W 0.341 0.013 0.108 0.013 0.454 0.070 126 G 0.741 0.009 0.015 0.008 0.101 0.125 127 N 0.917 0.008 0.004 0.004 0.021 0.046 128 Y 0.933 0.003 0.006 0.004 0.024 0.029 129 Y 0.869 0.007 0.008 0.007 0.049 0.060 130 R 0.677 0.007 0.014 0.014 0.160 0.128 131 H 0.184 0.004 0.024 0.047 0.590 0.151 132 L 0.036 0.004 0.029 0.161 0.659 0.111 133 K 0.024 0.004 0.027 0.421 0.460 0.063 134 N 0.066 0.006 0.019 0.645 0.185 0.080 135 I 0.120 0.005 0.010 0.789 0.032 0.043 136 T 0.176 0.005 0.010 0.788 0.010 0.012 137 F 0.243 0.002 0.011 0.726 0.008 0.010 138 K 0.252 0.002 0.012 0.720 0.007 0.008 139 I 0.148 0.001 0.016 0.815 0.009 0.012 140 D 0.168 0.001 0.023 0.774 0.017 0.017 141 E 0.138 0.001 0.024 0.776 0.029 0.032 142 I 0.116 0.004 0.027 0.749 0.044 0.060 143 Y 0.074 0.007 0.024 0.604 0.073 0.217 144 N 0.034 0.005 0.019 0.341 0.083 0.518 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.971