# TARGET T0380 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.766 0.001 0.015 0.106 0.001 0.001 0.002 0.071 0.025 0.005 0.005 2 I 0.001 0.016 0.701 0.001 0.013 0.198 0.001 0.001 0.004 0.032 0.029 0.001 0.005 3 D 0.001 0.003 0.166 0.001 0.019 0.680 0.001 0.001 0.001 0.082 0.047 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.022 0.903 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.001 0.001 5 K 0.001 0.001 0.020 0.001 0.021 0.926 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 6 F 0.001 0.001 0.020 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 10 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.933 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.055 0.001 0.022 0.774 0.001 0.001 0.001 0.032 0.114 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.046 0.001 0.041 0.337 0.001 0.001 0.001 0.049 0.523 0.001 0.001 16 S 0.001 0.004 0.098 0.001 0.046 0.064 0.001 0.001 0.001 0.100 0.683 0.001 0.002 17 S 0.001 0.002 0.760 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.192 0.030 0.002 0.002 18 K 0.001 0.001 0.362 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.555 0.043 0.006 0.004 19 I 0.008 0.011 0.074 0.001 0.001 0.001 0.020 0.131 0.672 0.016 0.003 0.005 0.059 20 V 0.126 0.003 0.052 0.111 0.001 0.001 0.090 0.283 0.219 0.007 0.001 0.076 0.031 21 M 0.138 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.123 0.360 0.228 0.002 0.001 0.029 0.088 22 V 0.289 0.003 0.044 0.019 0.001 0.002 0.109 0.299 0.056 0.004 0.001 0.119 0.056 23 G 0.175 0.005 0.213 0.056 0.003 0.002 0.109 0.070 0.128 0.015 0.005 0.035 0.185 24 T 0.110 0.004 0.319 0.006 0.002 0.002 0.019 0.010 0.158 0.043 0.011 0.212 0.104 25 N 0.209 0.054 0.152 0.009 0.004 0.003 0.014 0.001 0.023 0.084 0.057 0.045 0.345 26 G 0.007 0.027 0.540 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.219 0.093 0.035 0.064 27 E 0.001 0.002 0.029 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.147 0.799 0.002 0.002 28 N 0.001 0.002 0.022 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.142 0.822 0.001 0.001 29 G 0.001 0.004 0.165 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.632 0.164 0.005 0.010 30 Y 0.002 0.028 0.698 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.187 0.021 0.022 0.030 31 P 0.017 0.064 0.328 0.025 0.017 0.013 0.008 0.001 0.002 0.096 0.066 0.020 0.343 32 N 0.082 0.032 0.268 0.042 0.023 0.011 0.026 0.001 0.005 0.064 0.068 0.282 0.096 33 I 0.077 0.035 0.247 0.008 0.012 0.015 0.017 0.001 0.008 0.065 0.019 0.043 0.452 34 K 0.061 0.007 0.219 0.032 0.005 0.015 0.009 0.001 0.007 0.083 0.009 0.489 0.064 35 A 0.059 0.009 0.245 0.017 0.009 0.020 0.007 0.001 0.011 0.029 0.019 0.030 0.544 36 M 0.151 0.018 0.239 0.146 0.017 0.028 0.010 0.001 0.014 0.062 0.018 0.160 0.137 37 M 0.119 0.008 0.173 0.016 0.018 0.026 0.007 0.001 0.015 0.069 0.014 0.340 0.195 38 R 0.067 0.010 0.165 0.028 0.029 0.037 0.008 0.001 0.011 0.038 0.019 0.041 0.546 39 L 0.041 0.005 0.204 0.030 0.031 0.045 0.004 0.001 0.005 0.054 0.021 0.491 0.070 40 K 0.027 0.011 0.239 0.030 0.032 0.044 0.003 0.001 0.005 0.051 0.028 0.037 0.494 41 H 0.037 0.029 0.311 0.008 0.070 0.066 0.004 0.001 0.004 0.080 0.058 0.168 0.164 42 D 0.031 0.024 0.241 0.033 0.061 0.065 0.003 0.001 0.003 0.155 0.128 0.061 0.195 43 G 0.009 0.032 0.258 0.011 0.057 0.027 0.001 0.001 0.002 0.185 0.243 0.085 0.090 44 L 0.003 0.012 0.164 0.015 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.279 0.460 0.013 0.026 45 K 0.009 0.001 0.125 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.443 0.022 0.016 46 K 0.407 0.004 0.144 0.003 0.001 0.001 0.022 0.003 0.021 0.071 0.022 0.061 0.240 47 F 0.693 0.003 0.034 0.004 0.001 0.001 0.066 0.022 0.023 0.006 0.001 0.083 0.064 48 W 0.803 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.060 0.025 0.012 0.001 0.001 0.033 0.050 49 L 0.796 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.059 0.027 0.011 0.001 0.001 0.038 0.056 50 S 0.741 0.003 0.029 0.002 0.001 0.001 0.039 0.016 0.020 0.003 0.001 0.058 0.088 51 T 0.326 0.018 0.223 0.009 0.003 0.003 0.010 0.004 0.038 0.053 0.015 0.074 0.226 52 N 0.010 0.010 0.470 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.007 0.302 0.100 0.016 0.065 53 T 0.001 0.001 0.024 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.139 0.805 0.001 0.002 54 S 0.001 0.001 0.059 0.001 0.032 0.037 0.001 0.001 0.001 0.167 0.702 0.001 0.001 55 T 0.001 0.007 0.285 0.001 0.027 0.305 0.001 0.001 0.001 0.268 0.080 0.003 0.023 56 R 0.002 0.021 0.136 0.001 0.009 0.729 0.001 0.001 0.001 0.052 0.030 0.009 0.010 57 M 0.010 0.026 0.062 0.001 0.008 0.796 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.003 0.035 58 V 0.014 0.003 0.021 0.002 0.016 0.914 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.005 0.010 59 E 0.017 0.001 0.013 0.002 0.034 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.006 0.007 60 R 0.012 0.002 0.011 0.001 0.040 0.878 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.007 0.011 61 L 0.004 0.003 0.013 0.002 0.042 0.855 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.002 0.020 62 K 0.002 0.003 0.020 0.005 0.049 0.676 0.001 0.001 0.001 0.026 0.203 0.010 0.005 63 K 0.002 0.003 0.036 0.002 0.018 0.433 0.001 0.001 0.001 0.089 0.406 0.002 0.008 64 N 0.001 0.006 0.458 0.001 0.013 0.038 0.001 0.001 0.001 0.263 0.205 0.004 0.010 65 N 0.001 0.004 0.224 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.248 0.483 0.004 0.007 66 K 0.008 0.006 0.223 0.005 0.017 0.009 0.001 0.001 0.003 0.213 0.456 0.018 0.040 67 I 0.133 0.012 0.286 0.004 0.005 0.005 0.007 0.001 0.027 0.082 0.009 0.225 0.204 68 C 0.466 0.007 0.101 0.060 0.001 0.003 0.044 0.008 0.041 0.012 0.001 0.064 0.192 69 L 0.769 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.043 0.009 0.009 0.002 0.001 0.093 0.057 70 Y 0.747 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.058 0.014 0.010 0.001 0.001 0.021 0.137 71 F 0.657 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.046 0.011 0.016 0.002 0.001 0.154 0.087 72 V 0.418 0.009 0.070 0.012 0.002 0.001 0.019 0.002 0.015 0.025 0.009 0.072 0.347 73 D 0.018 0.012 0.544 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.128 0.033 0.050 0.192 74 D 0.001 0.002 0.058 0.003 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 0.279 0.590 0.007 0.010 75 N 0.001 0.001 0.029 0.006 0.047 0.011 0.001 0.001 0.001 0.179 0.720 0.001 0.005 76 K 0.004 0.011 0.205 0.009 0.072 0.018 0.001 0.001 0.001 0.401 0.186 0.056 0.038 77 F 0.041 0.019 0.420 0.010 0.013 0.009 0.002 0.001 0.002 0.065 0.034 0.021 0.365 78 A 0.315 0.016 0.077 0.036 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.035 0.016 0.349 0.139 79 G 0.635 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.293 80 L 0.805 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.049 81 M 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.060 82 L 0.900 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.027 83 V 0.821 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.134 84 G 0.718 0.001 0.007 0.029 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.172 0.059 85 T 0.605 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.104 0.233 86 I 0.546 0.002 0.026 0.010 0.001 0.001 0.035 0.001 0.012 0.005 0.001 0.090 0.270 87 E 0.273 0.002 0.044 0.008 0.001 0.001 0.031 0.001 0.021 0.005 0.001 0.511 0.102 88 I 0.086 0.004 0.060 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.027 0.005 0.003 0.015 0.769 89 L 0.054 0.011 0.218 0.097 0.002 0.003 0.008 0.001 0.022 0.064 0.006 0.447 0.069 90 H 0.009 0.024 0.313 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.021 0.165 0.005 0.071 0.383 91 D 0.001 0.007 0.666 0.001 0.013 0.113 0.001 0.001 0.007 0.096 0.021 0.003 0.072 92 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.017 0.921 0.001 0.001 0.001 0.015 0.031 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.001 0.001 94 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 95 K 0.001 0.003 0.026 0.001 0.020 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.002 96 E 0.001 0.002 0.016 0.001 0.021 0.912 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.002 0.002 97 M 0.001 0.001 0.020 0.001 0.022 0.875 0.001 0.001 0.001 0.009 0.068 0.001 0.002 98 L 0.001 0.003 0.077 0.001 0.024 0.729 0.001 0.001 0.001 0.044 0.115 0.002 0.004 99 W 0.001 0.008 0.168 0.001 0.023 0.489 0.001 0.001 0.001 0.102 0.197 0.004 0.006 100 T 0.001 0.005 0.325 0.001 0.029 0.349 0.001 0.001 0.001 0.195 0.088 0.003 0.004 101 D 0.001 0.004 0.165 0.001 0.038 0.619 0.001 0.001 0.001 0.101 0.065 0.003 0.004 102 G 0.001 0.006 0.109 0.001 0.069 0.694 0.001 0.001 0.001 0.027 0.085 0.002 0.005 103 C 0.001 0.005 0.051 0.001 0.070 0.780 0.001 0.001 0.002 0.033 0.049 0.003 0.004 104 E 0.002 0.002 0.048 0.001 0.065 0.806 0.001 0.001 0.002 0.026 0.040 0.001 0.006 105 I 0.003 0.004 0.046 0.001 0.065 0.725 0.001 0.001 0.006 0.027 0.114 0.004 0.005 106 Y 0.004 0.014 0.099 0.001 0.049 0.553 0.001 0.001 0.005 0.062 0.194 0.004 0.013 107 Y 0.002 0.023 0.360 0.001 0.060 0.228 0.001 0.001 0.005 0.182 0.103 0.014 0.020 108 P 0.001 0.008 0.250 0.001 0.073 0.155 0.001 0.001 0.003 0.140 0.352 0.005 0.012 109 L 0.001 0.007 0.128 0.001 0.059 0.075 0.001 0.001 0.001 0.165 0.560 0.002 0.003 110 G 0.001 0.011 0.467 0.001 0.059 0.021 0.001 0.001 0.001 0.227 0.203 0.002 0.008 111 I 0.001 0.018 0.362 0.001 0.078 0.024 0.001 0.001 0.001 0.214 0.285 0.004 0.012 112 D 0.001 0.029 0.319 0.006 0.060 0.018 0.001 0.001 0.001 0.301 0.247 0.006 0.014 113 D 0.001 0.022 0.487 0.003 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.373 0.052 0.005 0.013 114 P 0.001 0.005 0.258 0.008 0.077 0.020 0.001 0.001 0.001 0.167 0.444 0.003 0.017 115 D 0.010 0.012 0.159 0.005 0.068 0.010 0.002 0.001 0.002 0.183 0.472 0.040 0.036 116 Y 0.165 0.018 0.207 0.007 0.016 0.008 0.020 0.001 0.016 0.066 0.023 0.040 0.411 117 T 0.510 0.006 0.065 0.012 0.002 0.002 0.060 0.002 0.031 0.008 0.002 0.232 0.068 118 A 0.678 0.002 0.012 0.006 0.001 0.001 0.038 0.002 0.014 0.003 0.001 0.023 0.221 119 L 0.693 0.001 0.014 0.027 0.001 0.001 0.030 0.002 0.007 0.002 0.001 0.179 0.044 120 C 0.673 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.044 0.003 0.012 0.002 0.001 0.037 0.213 121 F 0.517 0.007 0.051 0.009 0.001 0.001 0.033 0.005 0.014 0.007 0.001 0.162 0.191 122 T 0.088 0.005 0.259 0.015 0.003 0.002 0.008 0.002 0.039 0.040 0.002 0.203 0.333 123 A 0.020 0.004 0.139 0.039 0.131 0.019 0.002 0.001 0.009 0.128 0.257 0.012 0.240 124 E 0.018 0.005 0.071 0.072 0.161 0.023 0.001 0.001 0.002 0.175 0.400 0.056 0.015 125 W 0.033 0.012 0.140 0.036 0.155 0.021 0.002 0.001 0.007 0.147 0.198 0.083 0.165 126 G 0.076 0.009 0.321 0.018 0.033 0.023 0.005 0.001 0.013 0.099 0.045 0.069 0.288 127 N 0.237 0.012 0.082 0.014 0.009 0.016 0.014 0.002 0.010 0.019 0.009 0.396 0.180 128 Y 0.314 0.013 0.029 0.010 0.010 0.017 0.021 0.003 0.005 0.006 0.005 0.040 0.528 129 Y 0.351 0.014 0.068 0.071 0.012 0.046 0.017 0.003 0.006 0.018 0.020 0.270 0.102 130 R 0.163 0.022 0.129 0.012 0.011 0.037 0.009 0.001 0.005 0.079 0.055 0.107 0.370 131 H 0.015 0.009 0.344 0.004 0.016 0.034 0.001 0.001 0.002 0.216 0.183 0.051 0.126 132 L 0.002 0.003 0.112 0.005 0.020 0.055 0.001 0.001 0.001 0.222 0.560 0.006 0.013 133 K 0.002 0.003 0.077 0.006 0.023 0.166 0.001 0.001 0.001 0.230 0.478 0.009 0.006 134 N 0.020 0.006 0.191 0.004 0.019 0.300 0.001 0.001 0.001 0.227 0.163 0.017 0.050 135 I 0.093 0.018 0.194 0.002 0.009 0.488 0.005 0.001 0.006 0.041 0.021 0.036 0.087 136 T 0.118 0.009 0.039 0.005 0.005 0.691 0.010 0.002 0.008 0.008 0.006 0.011 0.088 137 F 0.102 0.002 0.015 0.006 0.005 0.792 0.008 0.002 0.004 0.005 0.004 0.038 0.016 138 K 0.076 0.002 0.008 0.002 0.008 0.845 0.006 0.002 0.004 0.004 0.007 0.009 0.027 139 I 0.087 0.001 0.005 0.001 0.017 0.843 0.005 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.019 140 D 0.072 0.001 0.010 0.005 0.035 0.823 0.007 0.001 0.002 0.006 0.014 0.012 0.011 141 E 0.029 0.001 0.014 0.002 0.038 0.829 0.003 0.001 0.003 0.006 0.050 0.010 0.015 142 I 0.030 0.003 0.023 0.003 0.035 0.744 0.004 0.001 0.002 0.020 0.107 0.006 0.023 143 Y 0.017 0.017 0.059 0.001 0.024 0.493 0.007 0.001 0.004 0.046 0.297 0.019 0.015 144 N 0.006 0.014 0.197 0.001 0.012 0.274 0.004 0.001 0.004 0.032 0.434 0.003 0.020 145 Y 0.001 0.002 0.881 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 0.001 0.031 0.021 0.001 0.004