# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.052 0.019 0.015 0.006 0.008 0.039 0.006 0.001 0.004 0.690 2 I 0.071 0.033 0.017 0.012 0.010 0.012 0.259 0.003 0.001 0.006 0.577 3 D 0.034 0.023 0.005 0.006 0.002 0.004 0.167 0.001 0.001 0.004 0.753 4 E 0.026 0.079 0.001 0.007 0.002 0.002 0.227 0.002 0.001 0.005 0.648 5 K 0.045 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.581 0.001 0.001 0.017 0.249 6 F 0.037 0.627 0.002 0.003 0.002 0.004 0.196 0.004 0.001 0.003 0.122 7 L 0.031 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.037 8 I 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 9 E 0.015 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.044 10 S 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 11 N 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 12 E 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.011 13 L 0.024 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 14 V 0.034 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.008 15 E 0.024 0.935 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.019 16 S 0.102 0.577 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.001 0.001 0.117 17 S 0.495 0.227 0.041 0.004 0.004 0.001 0.003 0.094 0.001 0.001 0.131 18 K 0.159 0.066 0.194 0.088 0.044 0.037 0.091 0.042 0.001 0.009 0.270 19 I 0.023 0.017 0.235 0.166 0.071 0.140 0.069 0.004 0.001 0.002 0.275 20 V 0.002 0.004 0.001 0.684 0.118 0.173 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 21 M 0.004 0.009 0.001 0.422 0.139 0.194 0.037 0.001 0.001 0.001 0.193 22 V 0.001 0.002 0.001 0.615 0.184 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 23 G 0.001 0.002 0.001 0.471 0.131 0.260 0.037 0.001 0.001 0.001 0.097 24 T 0.010 0.002 0.001 0.159 0.325 0.360 0.043 0.001 0.001 0.004 0.095 25 N 0.004 0.002 0.002 0.102 0.085 0.206 0.071 0.001 0.001 0.004 0.525 26 G 0.007 0.002 0.001 0.096 0.110 0.171 0.272 0.001 0.001 0.009 0.332 27 E 0.133 0.005 0.004 0.020 0.013 0.017 0.204 0.001 0.001 0.028 0.575 28 N 0.066 0.015 0.001 0.015 0.010 0.016 0.298 0.002 0.001 0.010 0.568 29 G 0.521 0.012 0.004 0.012 0.009 0.009 0.113 0.003 0.001 0.039 0.278 30 Y 0.322 0.039 0.036 0.011 0.010 0.018 0.228 0.001 0.001 0.013 0.322 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.983 32 N 0.032 0.005 0.001 0.030 0.060 0.146 0.121 0.001 0.001 0.005 0.600 33 I 0.230 0.025 0.004 0.014 0.027 0.066 0.064 0.001 0.001 0.008 0.561 34 K 0.039 0.083 0.001 0.058 0.124 0.213 0.081 0.002 0.001 0.002 0.397 35 A 0.031 0.040 0.002 0.028 0.019 0.040 0.036 0.001 0.001 0.002 0.801 36 M 0.074 0.146 0.002 0.106 0.078 0.168 0.079 0.004 0.001 0.006 0.337 37 M 0.103 0.205 0.006 0.053 0.069 0.149 0.102 0.009 0.001 0.008 0.297 38 R 0.129 0.206 0.007 0.035 0.069 0.080 0.033 0.011 0.001 0.003 0.427 39 L 0.121 0.154 0.010 0.042 0.116 0.174 0.032 0.010 0.001 0.004 0.336 40 K 0.085 0.051 0.009 0.024 0.082 0.098 0.051 0.012 0.001 0.003 0.583 41 H 0.113 0.045 0.015 0.033 0.104 0.141 0.080 0.008 0.001 0.005 0.456 42 D 0.027 0.017 0.002 0.019 0.043 0.048 0.110 0.004 0.001 0.003 0.727 43 G 0.066 0.008 0.002 0.010 0.020 0.025 0.184 0.003 0.001 0.017 0.666 44 L 0.330 0.006 0.009 0.012 0.014 0.016 0.171 0.002 0.001 0.047 0.394 45 K 0.169 0.004 0.024 0.047 0.040 0.030 0.194 0.001 0.001 0.027 0.464 46 K 0.046 0.001 0.027 0.149 0.140 0.185 0.147 0.001 0.001 0.012 0.293 47 F 0.002 0.001 0.002 0.312 0.310 0.332 0.015 0.001 0.001 0.001 0.026 48 W 0.001 0.001 0.001 0.336 0.253 0.367 0.013 0.001 0.001 0.001 0.030 49 L 0.001 0.001 0.001 0.312 0.266 0.401 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 50 S 0.001 0.001 0.001 0.398 0.209 0.344 0.011 0.001 0.001 0.001 0.037 51 T 0.002 0.001 0.001 0.292 0.191 0.356 0.042 0.001 0.001 0.003 0.113 52 N 0.005 0.001 0.001 0.194 0.085 0.172 0.164 0.001 0.001 0.009 0.369 53 T 0.012 0.001 0.001 0.065 0.045 0.071 0.262 0.001 0.001 0.021 0.522 54 S 0.059 0.004 0.002 0.017 0.012 0.017 0.539 0.001 0.001 0.035 0.313 55 T 0.159 0.022 0.003 0.010 0.005 0.005 0.300 0.002 0.001 0.029 0.466 56 R 0.051 0.053 0.004 0.003 0.002 0.002 0.311 0.001 0.001 0.011 0.562 57 M 0.020 0.055 0.002 0.002 0.004 0.009 0.622 0.001 0.001 0.009 0.278 58 V 0.055 0.432 0.003 0.008 0.013 0.040 0.117 0.002 0.001 0.007 0.323 59 E 0.020 0.754 0.001 0.002 0.006 0.024 0.039 0.002 0.001 0.002 0.152 60 R 0.037 0.771 0.001 0.001 0.005 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.170 61 L 0.074 0.879 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.033 62 K 0.058 0.879 0.003 0.001 0.003 0.006 0.004 0.019 0.001 0.001 0.027 63 K 0.075 0.765 0.007 0.001 0.004 0.008 0.006 0.047 0.001 0.001 0.086 64 N 0.306 0.454 0.003 0.004 0.005 0.004 0.005 0.128 0.001 0.001 0.091 65 N 0.351 0.083 0.060 0.007 0.008 0.004 0.029 0.038 0.001 0.006 0.415 66 K 0.060 0.006 0.176 0.040 0.021 0.027 0.129 0.008 0.001 0.008 0.525 67 I 0.083 0.002 0.132 0.282 0.102 0.127 0.119 0.001 0.001 0.010 0.143 68 C 0.005 0.001 0.005 0.520 0.161 0.165 0.051 0.001 0.001 0.001 0.092 69 L 0.001 0.001 0.001 0.456 0.192 0.231 0.014 0.001 0.001 0.001 0.106 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.540 0.158 0.235 0.013 0.001 0.001 0.001 0.052 71 F 0.002 0.001 0.001 0.233 0.195 0.290 0.026 0.001 0.001 0.002 0.251 72 V 0.002 0.001 0.001 0.158 0.243 0.427 0.038 0.001 0.001 0.003 0.129 73 D 0.005 0.001 0.001 0.068 0.178 0.255 0.216 0.001 0.001 0.007 0.271 74 D 0.011 0.001 0.001 0.021 0.034 0.031 0.102 0.001 0.001 0.011 0.788 75 N 0.023 0.001 0.001 0.006 0.020 0.021 0.585 0.001 0.001 0.036 0.306 76 K 0.348 0.005 0.001 0.005 0.010 0.010 0.327 0.001 0.001 0.096 0.196 77 F 0.290 0.033 0.008 0.013 0.024 0.028 0.241 0.002 0.001 0.050 0.310 78 A 0.078 0.010 0.013 0.046 0.185 0.170 0.239 0.001 0.001 0.021 0.236 79 G 0.025 0.002 0.009 0.072 0.239 0.315 0.072 0.001 0.001 0.004 0.262 80 L 0.001 0.001 0.002 0.106 0.395 0.436 0.011 0.001 0.001 0.001 0.047 81 M 0.001 0.001 0.001 0.125 0.346 0.476 0.017 0.001 0.001 0.001 0.035 82 L 0.001 0.001 0.001 0.289 0.233 0.413 0.014 0.001 0.001 0.001 0.050 83 V 0.001 0.001 0.001 0.558 0.113 0.268 0.017 0.001 0.001 0.001 0.042 84 G 0.002 0.001 0.001 0.378 0.137 0.244 0.057 0.001 0.001 0.004 0.175 85 T 0.009 0.002 0.001 0.266 0.101 0.206 0.076 0.001 0.001 0.011 0.328 86 I 0.012 0.004 0.001 0.159 0.207 0.286 0.070 0.001 0.001 0.007 0.252 87 E 0.014 0.012 0.001 0.141 0.228 0.326 0.081 0.001 0.001 0.006 0.190 88 I 0.030 0.040 0.003 0.068 0.123 0.229 0.067 0.002 0.001 0.004 0.433 89 L 0.062 0.068 0.005 0.100 0.157 0.333 0.067 0.003 0.001 0.006 0.198 90 H 0.048 0.046 0.007 0.041 0.081 0.182 0.158 0.005 0.001 0.007 0.425 91 D 0.067 0.037 0.007 0.024 0.026 0.046 0.165 0.005 0.001 0.006 0.617 92 R 0.022 0.027 0.005 0.011 0.006 0.008 0.096 0.001 0.001 0.005 0.818 93 A 0.020 0.031 0.002 0.003 0.003 0.005 0.464 0.001 0.001 0.009 0.463 94 S 0.115 0.178 0.004 0.007 0.010 0.017 0.345 0.005 0.001 0.015 0.304 95 K 0.080 0.712 0.002 0.004 0.004 0.009 0.023 0.003 0.001 0.003 0.160 96 E 0.046 0.746 0.002 0.002 0.005 0.011 0.025 0.004 0.001 0.003 0.157 97 M 0.101 0.757 0.002 0.001 0.004 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.112 98 L 0.108 0.787 0.002 0.003 0.004 0.004 0.003 0.029 0.001 0.001 0.060 99 W 0.101 0.737 0.018 0.005 0.008 0.014 0.013 0.027 0.001 0.002 0.075 100 T 0.166 0.433 0.034 0.009 0.008 0.023 0.057 0.042 0.001 0.003 0.226 101 D 0.131 0.147 0.024 0.015 0.005 0.005 0.028 0.020 0.001 0.001 0.624 102 G 0.071 0.076 0.014 0.011 0.007 0.007 0.159 0.006 0.001 0.007 0.642 103 C 0.098 0.156 0.035 0.030 0.022 0.035 0.241 0.003 0.001 0.012 0.368 104 E 0.053 0.341 0.003 0.051 0.042 0.073 0.109 0.005 0.001 0.004 0.320 105 I 0.149 0.413 0.002 0.034 0.042 0.056 0.056 0.008 0.001 0.004 0.238 106 Y 0.188 0.455 0.008 0.032 0.024 0.045 0.016 0.010 0.001 0.002 0.219 107 Y 0.110 0.310 0.024 0.080 0.084 0.147 0.028 0.014 0.001 0.002 0.201 108 P 0.006 0.009 0.002 0.009 0.007 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.941 109 L 0.051 0.018 0.003 0.062 0.032 0.090 0.071 0.012 0.001 0.002 0.658 110 G 0.582 0.006 0.003 0.014 0.007 0.005 0.036 0.021 0.001 0.005 0.321 111 I 0.274 0.010 0.067 0.029 0.013 0.016 0.055 0.002 0.001 0.005 0.528 112 D 0.005 0.001 0.002 0.023 0.013 0.021 0.133 0.001 0.001 0.001 0.802 113 D 0.129 0.002 0.001 0.054 0.028 0.032 0.233 0.001 0.001 0.011 0.510 114 P 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.955 115 D 0.023 0.001 0.001 0.023 0.017 0.022 0.680 0.001 0.001 0.031 0.202 116 Y 0.623 0.002 0.004 0.073 0.014 0.025 0.094 0.001 0.001 0.061 0.104 117 T 0.023 0.010 0.003 0.412 0.269 0.161 0.065 0.001 0.001 0.003 0.052 118 A 0.002 0.003 0.002 0.360 0.197 0.284 0.035 0.001 0.001 0.001 0.116 119 L 0.001 0.001 0.001 0.421 0.206 0.347 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 120 C 0.002 0.003 0.001 0.371 0.175 0.280 0.027 0.001 0.001 0.001 0.141 121 F 0.002 0.002 0.001 0.234 0.230 0.419 0.028 0.001 0.001 0.002 0.082 122 T 0.006 0.001 0.001 0.307 0.151 0.235 0.123 0.001 0.001 0.003 0.172 123 A 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.947 124 E 0.002 0.001 0.001 0.040 0.029 0.064 0.389 0.001 0.001 0.008 0.467 125 W 0.238 0.008 0.001 0.016 0.014 0.026 0.273 0.001 0.001 0.052 0.371 126 G 0.192 0.218 0.002 0.043 0.030 0.042 0.083 0.002 0.001 0.011 0.377 127 N 0.099 0.178 0.004 0.022 0.036 0.058 0.126 0.002 0.001 0.009 0.466 128 Y 0.140 0.278 0.005 0.019 0.039 0.065 0.043 0.004 0.001 0.003 0.404 129 Y 0.121 0.340 0.006 0.023 0.094 0.131 0.028 0.010 0.001 0.003 0.244 130 R 0.079 0.224 0.011 0.016 0.076 0.147 0.058 0.012 0.001 0.005 0.373 131 H 0.104 0.148 0.012 0.019 0.073 0.126 0.061 0.013 0.001 0.004 0.440 132 L 0.074 0.074 0.008 0.013 0.022 0.026 0.064 0.007 0.001 0.004 0.707 133 K 0.090 0.055 0.011 0.017 0.013 0.027 0.141 0.005 0.001 0.012 0.628 134 N 0.160 0.053 0.014 0.021 0.018 0.027 0.176 0.007 0.001 0.018 0.505 135 I 0.217 0.124 0.018 0.039 0.036 0.033 0.167 0.003 0.001 0.011 0.351 136 T 0.062 0.175 0.011 0.037 0.029 0.061 0.140 0.002 0.001 0.005 0.477 137 F 0.034 0.179 0.007 0.147 0.126 0.169 0.066 0.002 0.001 0.004 0.266 138 K 0.028 0.201 0.004 0.039 0.049 0.082 0.124 0.002 0.001 0.004 0.467 139 I 0.027 0.373 0.008 0.066 0.090 0.233 0.052 0.002 0.001 0.003 0.145 140 D 0.006 0.480 0.001 0.085 0.093 0.175 0.022 0.003 0.001 0.001 0.133 141 E 0.030 0.480 0.001 0.028 0.062 0.077 0.043 0.011 0.001 0.004 0.263 142 I 0.077 0.701 0.011 0.015 0.023 0.060 0.020 0.009 0.001 0.003 0.082 143 Y 0.041 0.712 0.009 0.023 0.033 0.058 0.015 0.019 0.001 0.001 0.089 144 N 0.060 0.603 0.012 0.021 0.037 0.049 0.015 0.026 0.001 0.002 0.177 145 Y 0.142 0.386 0.033 0.014 0.026 0.042 0.016 0.025 0.001 0.003 0.313