# TARGET T0380 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.650 0.220 0.090 0.032 0.007 0.001 0.001 2 I 0.484 0.258 0.141 0.087 0.026 0.004 0.001 3 D 0.592 0.246 0.096 0.046 0.016 0.004 0.001 4 E 0.788 0.156 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 5 K 0.571 0.273 0.104 0.037 0.011 0.003 0.001 6 F 0.161 0.214 0.200 0.250 0.146 0.028 0.002 7 L 0.063 0.253 0.409 0.222 0.048 0.005 0.001 8 I 0.565 0.376 0.053 0.006 0.001 0.001 0.001 9 E 0.105 0.404 0.357 0.117 0.016 0.001 0.001 10 S 0.006 0.014 0.046 0.262 0.531 0.139 0.002 11 N 0.034 0.279 0.420 0.228 0.036 0.002 0.001 12 E 0.419 0.515 0.058 0.007 0.001 0.001 0.001 13 L 0.009 0.070 0.325 0.465 0.123 0.009 0.001 14 V 0.013 0.029 0.068 0.279 0.473 0.136 0.002 15 E 0.185 0.493 0.223 0.078 0.018 0.002 0.001 16 S 0.188 0.451 0.250 0.092 0.017 0.002 0.001 17 S 0.004 0.046 0.149 0.367 0.343 0.087 0.003 18 K 0.009 0.131 0.261 0.297 0.227 0.071 0.004 19 I 0.002 0.008 0.029 0.126 0.330 0.431 0.075 20 V 0.001 0.002 0.006 0.031 0.132 0.500 0.330 21 M 0.001 0.001 0.003 0.014 0.055 0.353 0.574 22 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.210 0.766 23 G 0.001 0.002 0.006 0.024 0.104 0.390 0.474 24 T 0.001 0.007 0.031 0.102 0.272 0.403 0.184 25 N 0.007 0.039 0.111 0.268 0.359 0.187 0.029 26 G 0.127 0.324 0.288 0.174 0.069 0.016 0.002 27 E 0.425 0.290 0.161 0.088 0.027 0.008 0.001 28 N 0.629 0.218 0.084 0.042 0.019 0.007 0.001 29 G 0.354 0.243 0.190 0.121 0.063 0.025 0.004 30 Y 0.167 0.185 0.201 0.212 0.152 0.070 0.013 31 P 0.140 0.126 0.153 0.197 0.195 0.146 0.043 32 N 0.078 0.110 0.138 0.189 0.219 0.186 0.080 33 I 0.044 0.054 0.081 0.139 0.197 0.284 0.200 34 K 0.034 0.061 0.082 0.150 0.204 0.258 0.210 35 A 0.039 0.043 0.059 0.100 0.161 0.294 0.305 36 M 0.042 0.050 0.072 0.127 0.182 0.298 0.228 37 M 0.074 0.092 0.109 0.167 0.210 0.238 0.110 38 R 0.055 0.086 0.118 0.175 0.229 0.241 0.096 39 L 0.049 0.080 0.117 0.212 0.256 0.215 0.070 40 K 0.160 0.279 0.217 0.168 0.100 0.059 0.018 41 H 0.148 0.204 0.205 0.229 0.144 0.059 0.011 42 D 0.240 0.263 0.203 0.171 0.090 0.029 0.004 43 G 0.489 0.278 0.131 0.070 0.025 0.006 0.001 44 L 0.378 0.324 0.176 0.087 0.030 0.005 0.001 45 K 0.093 0.302 0.311 0.211 0.070 0.011 0.001 46 K 0.010 0.095 0.238 0.378 0.224 0.053 0.002 47 F 0.001 0.005 0.016 0.081 0.270 0.526 0.100 48 W 0.002 0.005 0.019 0.069 0.214 0.509 0.182 49 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.045 0.364 0.576 50 S 0.001 0.005 0.019 0.065 0.198 0.482 0.229 51 T 0.005 0.023 0.072 0.184 0.324 0.325 0.067 52 N 0.043 0.176 0.246 0.255 0.190 0.079 0.011 53 T 0.091 0.210 0.276 0.257 0.128 0.034 0.003 54 S 0.406 0.341 0.152 0.069 0.024 0.008 0.001 55 T 0.477 0.236 0.146 0.095 0.037 0.009 0.001 56 R 0.525 0.297 0.122 0.040 0.012 0.003 0.001 57 M 0.180 0.266 0.231 0.206 0.095 0.020 0.001 58 V 0.091 0.149 0.249 0.297 0.175 0.038 0.002 59 E 0.282 0.428 0.190 0.076 0.019 0.004 0.001 60 R 0.154 0.365 0.269 0.149 0.052 0.011 0.001 61 L 0.021 0.060 0.155 0.373 0.312 0.075 0.003 62 K 0.219 0.354 0.232 0.139 0.047 0.009 0.001 63 K 0.475 0.363 0.115 0.038 0.008 0.001 0.001 64 N 0.166 0.241 0.248 0.228 0.099 0.016 0.001 65 N 0.325 0.408 0.182 0.069 0.014 0.002 0.001 66 K 0.083 0.346 0.335 0.179 0.049 0.007 0.001 67 I 0.004 0.017 0.055 0.223 0.434 0.252 0.015 68 C 0.003 0.028 0.077 0.192 0.359 0.310 0.030 69 L 0.001 0.002 0.009 0.033 0.097 0.494 0.364 70 Y 0.001 0.005 0.018 0.067 0.186 0.460 0.262 71 F 0.002 0.008 0.020 0.056 0.184 0.467 0.263 72 V 0.007 0.032 0.084 0.211 0.329 0.287 0.050 73 D 0.045 0.190 0.249 0.288 0.172 0.052 0.004 74 D 0.228 0.337 0.223 0.147 0.052 0.012 0.001 75 N 0.485 0.312 0.125 0.054 0.019 0.005 0.001 76 K 0.300 0.320 0.218 0.123 0.034 0.005 0.001 77 F 0.103 0.289 0.261 0.221 0.098 0.026 0.001 78 A 0.061 0.201 0.247 0.257 0.177 0.054 0.004 79 G 0.012 0.093 0.218 0.327 0.228 0.110 0.011 80 L 0.003 0.008 0.024 0.078 0.265 0.502 0.120 81 M 0.005 0.056 0.182 0.353 0.268 0.120 0.015 82 L 0.002 0.009 0.025 0.082 0.273 0.509 0.100 83 V 0.008 0.097 0.317 0.375 0.153 0.045 0.005 84 G 0.008 0.039 0.083 0.224 0.387 0.241 0.018 85 T 0.027 0.178 0.353 0.292 0.124 0.026 0.001 86 I 0.011 0.039 0.085 0.259 0.405 0.193 0.008 87 E 0.113 0.387 0.313 0.134 0.043 0.009 0.001 88 I 0.097 0.257 0.247 0.268 0.110 0.021 0.001 89 L 0.118 0.221 0.261 0.244 0.128 0.027 0.001 90 H 0.356 0.349 0.183 0.084 0.024 0.004 0.001 91 D 0.526 0.290 0.114 0.053 0.015 0.003 0.001 92 R 0.567 0.283 0.110 0.033 0.006 0.001 0.001 93 A 0.717 0.230 0.042 0.009 0.002 0.001 0.001 94 S 0.124 0.293 0.299 0.207 0.068 0.008 0.001 95 K 0.047 0.115 0.224 0.338 0.232 0.043 0.001 96 E 0.235 0.472 0.208 0.069 0.014 0.002 0.001 97 M 0.220 0.387 0.249 0.110 0.028 0.006 0.001 98 L 0.022 0.055 0.118 0.281 0.363 0.154 0.007 99 W 0.037 0.079 0.191 0.337 0.275 0.078 0.004 100 T 0.331 0.407 0.175 0.064 0.017 0.004 0.001 101 D 0.327 0.357 0.205 0.084 0.023 0.005 0.001 102 G 0.105 0.180 0.195 0.249 0.190 0.074 0.007 103 C 0.069 0.121 0.194 0.283 0.250 0.078 0.004 104 E 0.276 0.356 0.213 0.113 0.034 0.008 0.001 105 I 0.180 0.262 0.238 0.192 0.098 0.029 0.001 106 Y 0.085 0.148 0.201 0.275 0.219 0.069 0.003 107 Y 0.087 0.132 0.218 0.311 0.203 0.046 0.002 108 P 0.393 0.351 0.161 0.073 0.018 0.003 0.001 109 L 0.451 0.328 0.147 0.055 0.016 0.003 0.001 110 G 0.394 0.304 0.158 0.101 0.035 0.007 0.001 111 I 0.227 0.238 0.217 0.200 0.096 0.020 0.001 112 D 0.466 0.327 0.134 0.055 0.015 0.003 0.001 113 D 0.161 0.198 0.212 0.237 0.152 0.039 0.002 114 P 0.121 0.203 0.232 0.259 0.142 0.040 0.003 115 D 0.156 0.342 0.262 0.164 0.059 0.016 0.002 116 Y 0.018 0.045 0.091 0.211 0.333 0.255 0.047 117 T 0.009 0.057 0.112 0.218 0.313 0.253 0.039 118 A 0.004 0.013 0.037 0.111 0.217 0.445 0.174 119 L 0.004 0.010 0.022 0.069 0.198 0.503 0.195 120 C 0.009 0.050 0.136 0.236 0.257 0.242 0.071 121 F 0.010 0.029 0.059 0.161 0.338 0.328 0.074 122 T 0.064 0.227 0.292 0.244 0.124 0.044 0.005 123 A 0.056 0.148 0.217 0.308 0.189 0.073 0.008 124 E 0.198 0.344 0.228 0.138 0.066 0.023 0.003 125 W 0.175 0.301 0.249 0.172 0.076 0.024 0.002 126 G 0.035 0.063 0.120 0.265 0.333 0.172 0.011 127 N 0.098 0.300 0.298 0.193 0.084 0.025 0.002 128 Y 0.043 0.099 0.176 0.281 0.266 0.125 0.009 129 Y 0.041 0.088 0.158 0.296 0.293 0.117 0.006 130 R 0.224 0.323 0.229 0.150 0.059 0.015 0.001 131 H 0.353 0.296 0.185 0.116 0.041 0.008 0.001 132 L 0.480 0.303 0.133 0.062 0.018 0.004 0.001 133 K 0.405 0.279 0.164 0.098 0.042 0.010 0.001 134 N 0.297 0.294 0.193 0.134 0.062 0.018 0.002 135 I 0.089 0.141 0.182 0.256 0.213 0.107 0.012 136 T 0.064 0.104 0.153 0.234 0.268 0.154 0.022 137 F 0.122 0.196 0.214 0.230 0.164 0.066 0.007 138 K 0.046 0.072 0.110 0.223 0.273 0.235 0.041 139 I 0.058 0.050 0.061 0.121 0.254 0.367 0.089 140 D 0.086 0.139 0.210 0.267 0.184 0.098 0.016 141 E 0.103 0.143 0.197 0.258 0.191 0.100 0.008 142 I 0.075 0.072 0.083 0.153 0.285 0.300 0.031 143 Y 0.101 0.136 0.183 0.266 0.207 0.098 0.009 144 N 0.316 0.339 0.196 0.107 0.034 0.007 0.001 145 Y 0.374 0.240 0.171 0.128 0.069 0.016 0.001