# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.002 0.055 0.056 0.880 2 I 0.014 0.007 0.005 0.139 0.079 0.757 3 D 0.009 0.004 0.013 0.239 0.126 0.609 4 E 0.006 0.002 0.059 0.637 0.132 0.165 5 K 0.012 0.002 0.057 0.752 0.095 0.082 6 F 0.010 0.002 0.025 0.844 0.054 0.066 7 L 0.008 0.002 0.006 0.880 0.030 0.075 8 I 0.004 0.001 0.007 0.955 0.016 0.018 9 E 0.005 0.001 0.007 0.954 0.019 0.014 10 S 0.002 0.001 0.006 0.966 0.014 0.012 11 N 0.003 0.001 0.011 0.958 0.016 0.012 12 E 0.003 0.001 0.012 0.944 0.026 0.014 13 L 0.002 0.001 0.015 0.924 0.034 0.023 14 V 0.002 0.002 0.013 0.924 0.037 0.021 15 E 0.004 0.001 0.025 0.846 0.075 0.049 16 S 0.011 0.004 0.032 0.326 0.237 0.389 17 S 0.023 0.002 0.021 0.044 0.396 0.514 18 K 0.110 0.002 0.008 0.003 0.342 0.535 19 I 0.835 0.004 0.001 0.001 0.041 0.117 20 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 21 M 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 22 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 23 G 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 24 T 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 25 N 0.823 0.017 0.001 0.001 0.025 0.133 26 G 0.229 0.017 0.004 0.001 0.739 0.010 27 E 0.012 0.001 0.020 0.001 0.958 0.007 28 N 0.002 0.001 0.028 0.002 0.961 0.006 29 G 0.051 0.022 0.015 0.001 0.902 0.009 30 Y 0.275 0.043 0.004 0.003 0.179 0.497 31 P 0.641 0.091 0.005 0.002 0.102 0.160 32 N 0.636 0.012 0.007 0.002 0.130 0.212 33 I 0.841 0.010 0.004 0.001 0.046 0.098 34 K 0.838 0.005 0.003 0.001 0.030 0.123 35 A 0.887 0.005 0.004 0.001 0.027 0.076 36 M 0.863 0.004 0.003 0.001 0.032 0.096 37 M 0.857 0.002 0.003 0.002 0.045 0.090 38 R 0.865 0.003 0.004 0.004 0.041 0.084 39 L 0.911 0.003 0.003 0.003 0.026 0.054 40 K 0.921 0.006 0.002 0.003 0.024 0.044 41 H 0.758 0.020 0.007 0.004 0.171 0.039 42 D 0.220 0.006 0.023 0.004 0.708 0.039 43 G 0.049 0.002 0.036 0.003 0.873 0.037 44 L 0.114 0.004 0.018 0.001 0.809 0.054 45 K 0.502 0.009 0.004 0.001 0.252 0.233 46 K 0.907 0.003 0.001 0.001 0.019 0.070 47 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 48 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 50 S 0.933 0.002 0.001 0.001 0.014 0.051 51 T 0.524 0.009 0.001 0.001 0.078 0.386 52 N 0.107 0.016 0.006 0.002 0.507 0.363 53 T 0.017 0.006 0.061 0.032 0.694 0.190 54 S 0.008 0.003 0.060 0.103 0.705 0.120 55 T 0.012 0.006 0.040 0.297 0.524 0.120 56 R 0.008 0.007 0.011 0.882 0.051 0.042 57 M 0.011 0.005 0.014 0.926 0.024 0.020 58 V 0.006 0.001 0.015 0.953 0.016 0.009 59 E 0.005 0.001 0.020 0.957 0.011 0.007 60 R 0.003 0.001 0.020 0.961 0.010 0.005 61 L 0.003 0.001 0.020 0.950 0.022 0.004 62 K 0.005 0.001 0.021 0.866 0.090 0.017 63 K 0.015 0.005 0.031 0.735 0.135 0.079 64 N 0.027 0.006 0.013 0.023 0.560 0.371 65 N 0.016 0.001 0.060 0.012 0.601 0.310 66 K 0.217 0.004 0.029 0.003 0.451 0.296 67 I 0.870 0.003 0.004 0.001 0.065 0.058 68 C 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 69 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 72 V 0.884 0.003 0.001 0.001 0.018 0.094 73 D 0.484 0.014 0.004 0.001 0.358 0.138 74 D 0.056 0.006 0.058 0.005 0.807 0.068 75 N 0.017 0.001 0.112 0.006 0.828 0.037 76 K 0.085 0.012 0.194 0.005 0.670 0.033 77 F 0.311 0.013 0.079 0.008 0.331 0.257 78 A 0.662 0.011 0.026 0.004 0.147 0.149 79 G 0.872 0.001 0.003 0.001 0.042 0.080 80 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 81 M 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 85 T 0.953 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 86 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 87 E 0.967 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 88 I 0.950 0.002 0.001 0.005 0.017 0.026 89 L 0.703 0.006 0.003 0.008 0.094 0.185 90 H 0.316 0.012 0.007 0.016 0.257 0.392 91 D 0.060 0.006 0.006 0.030 0.373 0.525 92 R 0.006 0.001 0.052 0.704 0.171 0.066 93 A 0.008 0.002 0.046 0.798 0.118 0.028 94 S 0.006 0.002 0.038 0.886 0.052 0.016 95 K 0.003 0.001 0.027 0.936 0.019 0.014 96 E 0.003 0.001 0.041 0.930 0.016 0.009 97 M 0.003 0.001 0.038 0.931 0.018 0.010 98 L 0.006 0.002 0.031 0.912 0.026 0.023 99 W 0.011 0.005 0.024 0.879 0.045 0.036 100 T 0.010 0.004 0.033 0.741 0.117 0.096 101 D 0.007 0.004 0.032 0.641 0.154 0.162 102 G 0.007 0.005 0.073 0.442 0.216 0.257 103 C 0.008 0.004 0.219 0.359 0.235 0.175 104 E 0.018 0.006 0.356 0.312 0.207 0.100 105 I 0.027 0.015 0.167 0.468 0.172 0.151 106 Y 0.051 0.029 0.078 0.370 0.193 0.278 107 Y 0.064 0.016 0.042 0.080 0.302 0.496 108 P 0.058 0.015 0.111 0.076 0.396 0.344 109 L 0.049 0.026 0.143 0.052 0.406 0.324 110 G 0.043 0.024 0.047 0.010 0.478 0.398 111 I 0.073 0.043 0.027 0.009 0.349 0.498 112 D 0.095 0.042 0.021 0.008 0.308 0.527 113 D 0.055 0.040 0.025 0.004 0.726 0.150 114 P 0.016 0.002 0.044 0.003 0.843 0.093 115 D 0.034 0.002 0.039 0.002 0.815 0.107 116 Y 0.534 0.016 0.008 0.001 0.347 0.093 117 T 0.885 0.005 0.001 0.001 0.030 0.079 118 A 0.985 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 119 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 120 C 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 121 F 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 122 T 0.846 0.002 0.001 0.002 0.032 0.118 123 A 0.699 0.001 0.023 0.020 0.112 0.145 124 E 0.717 0.003 0.033 0.033 0.095 0.119 125 W 0.801 0.003 0.042 0.055 0.058 0.041 126 G 0.778 0.004 0.019 0.069 0.060 0.071 127 N 0.791 0.004 0.015 0.074 0.045 0.071 128 Y 0.699 0.009 0.024 0.130 0.064 0.074 129 Y 0.528 0.008 0.035 0.185 0.142 0.101 130 R 0.299 0.008 0.069 0.215 0.260 0.148 131 H 0.143 0.009 0.096 0.268 0.326 0.159 132 L 0.097 0.010 0.160 0.239 0.365 0.130 133 K 0.055 0.007 0.164 0.287 0.346 0.142 134 N 0.050 0.007 0.128 0.247 0.347 0.221 135 I 0.087 0.010 0.058 0.193 0.306 0.346 136 T 0.181 0.016 0.028 0.235 0.140 0.400 137 F 0.259 0.018 0.026 0.294 0.114 0.289 138 K 0.313 0.021 0.023 0.275 0.094 0.274 139 I 0.128 0.005 0.040 0.640 0.069 0.118 140 D 0.080 0.003 0.053 0.739 0.054 0.071 141 E 0.072 0.003 0.062 0.738 0.066 0.059 142 I 0.070 0.007 0.047 0.729 0.059 0.089 143 Y 0.040 0.005 0.020 0.689 0.072 0.173 144 N 0.019 0.005 0.006 0.271 0.063 0.637 145 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.979