# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.882 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.029 0.017 0.004 0.014 2 I 0.001 0.020 0.818 0.001 0.007 0.073 0.001 0.001 0.002 0.035 0.026 0.010 0.009 3 D 0.001 0.006 0.524 0.002 0.032 0.228 0.001 0.001 0.001 0.119 0.072 0.003 0.012 4 E 0.001 0.003 0.155 0.001 0.063 0.468 0.001 0.001 0.001 0.164 0.135 0.006 0.004 5 K 0.001 0.006 0.210 0.001 0.081 0.486 0.001 0.001 0.002 0.061 0.141 0.002 0.009 6 F 0.003 0.013 0.326 0.001 0.022 0.477 0.001 0.001 0.004 0.076 0.053 0.012 0.012 7 L 0.001 0.005 0.374 0.001 0.007 0.547 0.001 0.001 0.002 0.035 0.011 0.004 0.014 8 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.017 0.933 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 10 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.031 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.002 11 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.046 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.002 12 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.052 0.845 0.001 0.001 0.001 0.010 0.074 0.002 0.002 13 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.068 0.825 0.001 0.001 0.001 0.011 0.078 0.001 0.002 14 V 0.001 0.009 0.069 0.001 0.049 0.719 0.001 0.001 0.002 0.054 0.090 0.002 0.006 15 E 0.001 0.004 0.105 0.004 0.065 0.443 0.001 0.001 0.001 0.042 0.328 0.003 0.004 16 S 0.001 0.002 0.123 0.003 0.080 0.158 0.001 0.001 0.002 0.153 0.472 0.002 0.004 17 S 0.001 0.004 0.358 0.008 0.029 0.023 0.001 0.001 0.005 0.347 0.207 0.007 0.010 18 K 0.007 0.007 0.506 0.046 0.011 0.004 0.004 0.003 0.029 0.238 0.082 0.029 0.036 19 I 0.089 0.009 0.122 0.005 0.001 0.001 0.083 0.101 0.296 0.023 0.002 0.059 0.207 20 V 0.338 0.001 0.032 0.025 0.001 0.001 0.152 0.159 0.103 0.005 0.001 0.134 0.048 21 M 0.544 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.187 0.122 0.040 0.001 0.001 0.034 0.060 22 V 0.662 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.116 0.088 0.019 0.001 0.001 0.045 0.052 23 G 0.701 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.069 0.028 0.025 0.002 0.002 0.064 0.083 24 T 0.634 0.002 0.033 0.005 0.001 0.001 0.034 0.004 0.014 0.009 0.002 0.123 0.138 25 N 0.386 0.104 0.071 0.007 0.001 0.002 0.024 0.001 0.010 0.043 0.009 0.049 0.292 26 G 0.004 0.016 0.775 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.087 0.020 0.023 0.068 27 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.920 0.001 0.001 28 N 0.001 0.001 0.026 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 0.898 0.001 0.001 29 G 0.001 0.002 0.211 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.699 0.070 0.006 0.003 30 Y 0.003 0.030 0.644 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.223 0.026 0.028 0.041 31 P 0.028 0.159 0.226 0.019 0.002 0.003 0.006 0.001 0.003 0.057 0.021 0.009 0.468 32 N 0.121 0.014 0.179 0.080 0.005 0.003 0.018 0.001 0.004 0.032 0.011 0.482 0.049 33 I 0.174 0.006 0.055 0.003 0.006 0.009 0.037 0.001 0.016 0.013 0.004 0.012 0.664 34 K 0.144 0.005 0.057 0.022 0.005 0.009 0.021 0.001 0.025 0.021 0.003 0.666 0.023 35 A 0.072 0.004 0.090 0.017 0.003 0.006 0.029 0.001 0.038 0.008 0.002 0.012 0.719 36 M 0.205 0.006 0.093 0.210 0.007 0.005 0.030 0.002 0.029 0.006 0.004 0.297 0.106 37 M 0.263 0.005 0.081 0.048 0.004 0.002 0.019 0.001 0.023 0.010 0.004 0.223 0.316 38 R 0.247 0.002 0.069 0.046 0.007 0.004 0.015 0.001 0.014 0.013 0.007 0.074 0.501 39 L 0.244 0.003 0.040 0.018 0.002 0.002 0.008 0.001 0.007 0.009 0.005 0.574 0.085 40 K 0.273 0.011 0.035 0.003 0.001 0.003 0.011 0.001 0.003 0.013 0.005 0.039 0.603 41 H 0.183 0.037 0.085 0.007 0.003 0.008 0.006 0.001 0.002 0.031 0.020 0.389 0.229 42 D 0.013 0.003 0.096 0.007 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.093 0.658 0.012 0.088 43 G 0.005 0.001 0.021 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.849 0.016 0.008 44 L 0.006 0.002 0.086 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.681 0.021 0.015 45 K 0.013 0.001 0.355 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.428 0.125 0.036 0.033 46 K 0.207 0.005 0.291 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.051 0.004 0.071 0.335 47 F 0.568 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.073 0.001 0.002 0.003 0.001 0.162 0.174 48 W 0.720 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.104 0.002 0.002 0.001 0.001 0.052 0.100 49 L 0.615 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.132 0.002 0.006 0.001 0.001 0.175 0.059 50 S 0.423 0.004 0.049 0.010 0.001 0.001 0.092 0.005 0.026 0.007 0.002 0.072 0.308 51 T 0.116 0.009 0.267 0.019 0.002 0.001 0.032 0.005 0.036 0.097 0.020 0.223 0.172 52 N 0.005 0.008 0.454 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 0.011 0.322 0.091 0.021 0.066 53 T 0.001 0.004 0.100 0.001 0.053 0.031 0.001 0.001 0.001 0.253 0.551 0.002 0.003 54 S 0.001 0.005 0.171 0.001 0.077 0.104 0.001 0.001 0.001 0.219 0.417 0.002 0.003 55 T 0.001 0.005 0.184 0.001 0.060 0.460 0.001 0.001 0.001 0.163 0.120 0.001 0.004 56 R 0.001 0.013 0.095 0.001 0.038 0.741 0.001 0.001 0.001 0.043 0.057 0.005 0.004 57 M 0.006 0.008 0.028 0.001 0.014 0.891 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.004 0.017 58 V 0.003 0.002 0.022 0.002 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.003 59 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 60 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 62 K 0.001 0.002 0.010 0.001 0.034 0.824 0.001 0.001 0.001 0.005 0.121 0.001 0.002 63 K 0.001 0.003 0.027 0.001 0.032 0.474 0.001 0.001 0.001 0.028 0.431 0.001 0.002 64 N 0.001 0.001 0.608 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.331 0.037 0.002 0.002 65 N 0.001 0.002 0.352 0.043 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.264 0.290 0.002 0.003 66 K 0.022 0.008 0.297 0.014 0.015 0.001 0.006 0.001 0.022 0.294 0.105 0.089 0.127 67 I 0.304 0.005 0.084 0.005 0.004 0.001 0.049 0.009 0.074 0.029 0.002 0.160 0.272 68 C 0.673 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.076 0.018 0.032 0.003 0.001 0.112 0.067 69 L 0.802 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.071 0.014 0.009 0.001 0.001 0.052 0.045 70 Y 0.810 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.078 0.017 0.013 0.001 0.001 0.035 0.042 71 F 0.668 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.070 0.005 0.019 0.003 0.001 0.119 0.098 72 V 0.378 0.006 0.134 0.008 0.001 0.001 0.034 0.003 0.025 0.033 0.012 0.082 0.285 73 D 0.058 0.018 0.319 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.012 0.169 0.041 0.170 0.199 74 D 0.003 0.003 0.115 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.473 0.019 0.042 75 N 0.001 0.002 0.083 0.004 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.238 0.563 0.009 0.020 76 K 0.006 0.012 0.192 0.015 0.085 0.002 0.001 0.001 0.001 0.337 0.259 0.043 0.048 77 F 0.020 0.021 0.277 0.009 0.060 0.003 0.002 0.001 0.001 0.182 0.129 0.078 0.217 78 A 0.077 0.005 0.180 0.287 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.083 0.046 0.096 0.212 79 G 0.396 0.001 0.051 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 0.005 0.157 0.334 80 L 0.655 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.146 81 M 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.085 82 L 0.670 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.090 83 V 0.685 0.001 0.018 0.042 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.008 0.002 0.048 0.176 84 G 0.698 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.012 0.001 0.190 0.065 85 T 0.609 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.006 0.009 0.004 0.115 0.200 86 I 0.496 0.002 0.034 0.006 0.001 0.001 0.061 0.002 0.018 0.008 0.002 0.027 0.344 87 E 0.152 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.021 0.003 0.001 0.753 0.017 88 I 0.022 0.008 0.049 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.025 0.002 0.001 0.003 0.877 89 L 0.008 0.018 0.490 0.202 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 0.018 0.006 0.188 0.042 90 H 0.002 0.033 0.329 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.020 0.392 0.044 0.030 0.140 91 D 0.001 0.008 0.435 0.001 0.015 0.053 0.001 0.001 0.003 0.382 0.058 0.007 0.038 92 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.030 0.874 0.001 0.001 0.001 0.016 0.067 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.001 0.001 94 S 0.001 0.001 0.012 0.001 0.024 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.021 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 96 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.028 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.003 97 M 0.001 0.001 0.012 0.001 0.022 0.895 0.001 0.001 0.001 0.009 0.055 0.001 0.002 98 L 0.001 0.002 0.016 0.001 0.020 0.864 0.001 0.001 0.001 0.011 0.083 0.001 0.001 99 W 0.001 0.004 0.039 0.001 0.029 0.777 0.001 0.001 0.001 0.024 0.123 0.001 0.002 100 T 0.001 0.002 0.056 0.001 0.049 0.671 0.001 0.001 0.001 0.036 0.180 0.002 0.002 101 D 0.001 0.002 0.061 0.001 0.059 0.523 0.001 0.001 0.001 0.069 0.282 0.001 0.003 102 G 0.001 0.007 0.248 0.001 0.064 0.363 0.001 0.001 0.002 0.175 0.132 0.003 0.005 103 C 0.001 0.017 0.293 0.002 0.157 0.332 0.001 0.001 0.002 0.074 0.108 0.003 0.010 104 E 0.001 0.007 0.112 0.002 0.423 0.220 0.001 0.001 0.003 0.048 0.172 0.003 0.009 105 I 0.001 0.005 0.095 0.001 0.343 0.229 0.001 0.001 0.005 0.075 0.230 0.008 0.007 106 Y 0.002 0.035 0.155 0.001 0.191 0.247 0.001 0.001 0.010 0.074 0.264 0.002 0.018 107 Y 0.001 0.030 0.468 0.004 0.026 0.053 0.001 0.001 0.006 0.331 0.047 0.027 0.007 108 P 0.001 0.012 0.404 0.004 0.058 0.037 0.001 0.001 0.002 0.093 0.360 0.002 0.026 109 L 0.002 0.015 0.263 0.002 0.081 0.033 0.001 0.001 0.003 0.206 0.373 0.009 0.012 110 G 0.002 0.034 0.412 0.002 0.032 0.019 0.001 0.001 0.004 0.334 0.113 0.022 0.025 111 I 0.001 0.022 0.663 0.003 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.172 0.072 0.015 0.031 112 D 0.001 0.079 0.565 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.002 0.199 0.085 0.009 0.037 113 D 0.001 0.018 0.660 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.032 0.015 0.011 114 P 0.001 0.002 0.084 0.007 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.263 0.574 0.001 0.005 115 D 0.004 0.008 0.125 0.005 0.043 0.002 0.001 0.001 0.002 0.160 0.601 0.032 0.017 116 Y 0.081 0.014 0.323 0.015 0.019 0.001 0.010 0.002 0.009 0.134 0.062 0.065 0.266 117 T 0.521 0.003 0.082 0.014 0.001 0.001 0.044 0.002 0.008 0.015 0.002 0.154 0.153 118 A 0.744 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.040 0.002 0.002 0.002 0.001 0.104 0.095 119 L 0.868 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.053 120 C 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.038 121 F 0.769 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.116 122 T 0.443 0.002 0.097 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.012 0.011 0.002 0.203 0.204 123 A 0.148 0.003 0.159 0.011 0.007 0.001 0.007 0.001 0.009 0.064 0.043 0.082 0.466 124 E 0.134 0.001 0.137 0.346 0.008 0.001 0.005 0.001 0.006 0.149 0.053 0.062 0.097 125 W 0.350 0.004 0.032 0.002 0.006 0.002 0.023 0.002 0.010 0.023 0.008 0.339 0.199 126 G 0.472 0.003 0.018 0.002 0.002 0.007 0.037 0.008 0.004 0.004 0.004 0.031 0.409 127 N 0.530 0.003 0.019 0.014 0.002 0.013 0.034 0.004 0.003 0.003 0.003 0.339 0.034 128 Y 0.452 0.002 0.020 0.007 0.004 0.020 0.020 0.002 0.003 0.007 0.007 0.051 0.405 129 Y 0.485 0.002 0.055 0.118 0.012 0.025 0.014 0.001 0.004 0.019 0.032 0.125 0.107 130 R 0.285 0.013 0.091 0.012 0.027 0.033 0.011 0.001 0.004 0.064 0.066 0.169 0.225 131 H 0.103 0.014 0.170 0.007 0.038 0.060 0.010 0.001 0.005 0.128 0.160 0.075 0.229 132 L 0.025 0.026 0.367 0.020 0.037 0.061 0.004 0.001 0.003 0.137 0.163 0.094 0.062 133 K 0.007 0.009 0.161 0.007 0.045 0.060 0.001 0.001 0.001 0.263 0.395 0.021 0.030 134 N 0.007 0.007 0.203 0.008 0.046 0.084 0.001 0.001 0.001 0.257 0.334 0.024 0.028 135 I 0.017 0.018 0.262 0.006 0.058 0.184 0.003 0.001 0.003 0.182 0.165 0.028 0.073 136 T 0.023 0.012 0.306 0.010 0.039 0.289 0.006 0.002 0.007 0.097 0.108 0.038 0.063 137 F 0.044 0.016 0.269 0.006 0.038 0.263 0.010 0.002 0.014 0.086 0.048 0.134 0.073 138 K 0.057 0.023 0.220 0.005 0.024 0.277 0.010 0.002 0.024 0.037 0.019 0.056 0.247 139 I 0.031 0.007 0.127 0.032 0.048 0.570 0.005 0.002 0.013 0.023 0.028 0.043 0.070 140 D 0.030 0.002 0.073 0.015 0.071 0.638 0.005 0.002 0.007 0.027 0.043 0.045 0.041 141 E 0.050 0.002 0.052 0.004 0.061 0.632 0.008 0.001 0.007 0.026 0.026 0.068 0.061 142 I 0.043 0.006 0.065 0.006 0.047 0.632 0.009 0.001 0.006 0.024 0.029 0.021 0.112 143 Y 0.040 0.010 0.083 0.014 0.018 0.532 0.009 0.001 0.011 0.040 0.112 0.081 0.049 144 N 0.019 0.007 0.331 0.004 0.011 0.236 0.003 0.001 0.005 0.069 0.226 0.022 0.066 145 Y 0.001 0.001 0.947 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.003 0.007