# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.132 0.008 0.019 0.028 0.029 0.095 0.003 0.003 0.035 0.591 2 I 0.029 0.364 0.002 0.006 0.013 0.013 0.067 0.007 0.001 0.018 0.479 3 D 0.055 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.004 0.053 4 E 0.023 0.894 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.001 0.005 0.059 5 K 0.014 0.902 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.010 0.058 6 F 0.018 0.299 0.003 0.004 0.002 0.001 0.015 0.004 0.001 0.587 0.066 7 L 0.009 0.277 0.003 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 0.647 0.043 8 I 0.012 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.028 0.045 9 E 0.004 0.948 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.030 10 S 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 11 N 0.032 0.788 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.002 0.072 0.083 12 E 0.054 0.273 0.069 0.002 0.001 0.001 0.044 0.008 0.033 0.349 0.166 13 L 0.216 0.110 0.044 0.004 0.001 0.001 0.085 0.014 0.021 0.208 0.296 14 V 0.192 0.067 0.014 0.007 0.001 0.001 0.107 0.010 0.008 0.111 0.482 15 E 0.082 0.035 0.002 0.010 0.001 0.003 0.138 0.003 0.001 0.047 0.677 16 S 0.026 0.066 0.002 0.018 0.002 0.008 0.119 0.006 0.001 0.045 0.706 17 S 0.044 0.017 0.005 0.021 0.013 0.029 0.168 0.007 0.002 0.104 0.590 18 K 0.024 0.035 0.003 0.131 0.041 0.117 0.113 0.003 0.001 0.111 0.422 19 I 0.019 0.014 0.002 0.176 0.045 0.128 0.095 0.002 0.001 0.147 0.370 20 V 0.002 0.006 0.002 0.384 0.115 0.178 0.050 0.001 0.001 0.104 0.156 21 M 0.003 0.002 0.001 0.311 0.141 0.274 0.027 0.001 0.001 0.139 0.101 22 V 0.003 0.003 0.001 0.211 0.190 0.301 0.037 0.001 0.001 0.042 0.212 23 G 0.002 0.001 0.001 0.133 0.223 0.458 0.024 0.001 0.001 0.037 0.122 24 T 0.005 0.003 0.001 0.039 0.305 0.435 0.034 0.001 0.001 0.054 0.121 25 N 0.005 0.002 0.004 0.078 0.140 0.268 0.084 0.003 0.005 0.021 0.391 26 G 0.807 0.016 0.001 0.005 0.016 0.018 0.016 0.020 0.002 0.036 0.061 27 E 0.430 0.006 0.002 0.008 0.004 0.007 0.050 0.002 0.001 0.047 0.443 28 N 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.030 0.073 0.001 0.001 0.006 0.871 29 G 0.038 0.007 0.003 0.021 0.066 0.073 0.095 0.002 0.001 0.049 0.646 30 Y 0.142 0.006 0.001 0.017 0.082 0.039 0.130 0.012 0.001 0.140 0.430 31 P 0.042 0.004 0.001 0.014 0.030 0.035 0.112 0.002 0.001 0.024 0.736 32 N 0.017 0.007 0.001 0.030 0.059 0.100 0.113 0.002 0.001 0.022 0.650 33 I 0.012 0.009 0.001 0.043 0.075 0.088 0.119 0.004 0.001 0.032 0.618 34 K 0.022 0.018 0.002 0.128 0.187 0.201 0.087 0.006 0.001 0.050 0.297 35 A 0.030 0.022 0.002 0.164 0.130 0.182 0.064 0.005 0.001 0.054 0.345 36 M 0.031 0.017 0.002 0.151 0.155 0.200 0.071 0.004 0.001 0.035 0.333 37 M 0.015 0.016 0.001 0.199 0.126 0.240 0.068 0.004 0.001 0.031 0.299 38 R 0.019 0.009 0.001 0.099 0.132 0.256 0.071 0.001 0.001 0.042 0.369 39 L 0.006 0.006 0.002 0.059 0.241 0.320 0.066 0.001 0.001 0.031 0.268 40 K 0.025 0.015 0.012 0.026 0.112 0.175 0.095 0.003 0.010 0.043 0.483 41 H 0.472 0.006 0.010 0.007 0.027 0.033 0.044 0.011 0.009 0.061 0.319 42 D 0.254 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.053 0.004 0.001 0.069 0.597 43 G 0.015 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.080 0.001 0.001 0.019 0.863 44 L 0.004 0.001 0.001 0.015 0.038 0.064 0.131 0.001 0.001 0.030 0.716 45 K 0.001 0.001 0.001 0.040 0.273 0.298 0.077 0.001 0.001 0.058 0.253 46 K 0.001 0.001 0.001 0.095 0.190 0.371 0.038 0.001 0.001 0.114 0.191 47 F 0.001 0.001 0.001 0.172 0.319 0.383 0.012 0.001 0.001 0.049 0.064 48 W 0.001 0.001 0.001 0.211 0.269 0.392 0.011 0.001 0.001 0.055 0.061 49 L 0.001 0.001 0.001 0.253 0.307 0.296 0.012 0.001 0.001 0.061 0.069 50 S 0.007 0.001 0.001 0.195 0.211 0.333 0.032 0.001 0.001 0.104 0.114 51 T 0.050 0.003 0.001 0.084 0.130 0.196 0.092 0.003 0.002 0.113 0.328 52 N 0.126 0.034 0.002 0.050 0.050 0.068 0.122 0.008 0.003 0.065 0.474 53 T 0.064 0.188 0.003 0.018 0.020 0.025 0.103 0.009 0.002 0.035 0.534 54 S 0.050 0.612 0.002 0.005 0.013 0.016 0.041 0.015 0.001 0.013 0.232 55 T 0.039 0.758 0.001 0.004 0.010 0.010 0.019 0.007 0.001 0.031 0.121 56 R 0.013 0.831 0.005 0.004 0.005 0.006 0.015 0.005 0.001 0.037 0.078 57 M 0.012 0.939 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.001 0.006 0.025 58 V 0.031 0.883 0.004 0.002 0.004 0.005 0.006 0.008 0.001 0.012 0.044 59 E 0.030 0.709 0.007 0.007 0.005 0.008 0.023 0.006 0.003 0.094 0.107 60 R 0.077 0.314 0.067 0.010 0.005 0.011 0.044 0.024 0.035 0.229 0.184 61 L 0.442 0.046 0.016 0.009 0.006 0.010 0.063 0.015 0.008 0.137 0.248 62 K 0.049 0.004 0.007 0.015 0.008 0.023 0.103 0.001 0.006 0.045 0.740 63 K 0.011 0.002 0.001 0.011 0.002 0.008 0.091 0.001 0.001 0.013 0.860 64 N 0.080 0.002 0.002 0.014 0.015 0.030 0.197 0.008 0.001 0.119 0.532 65 N 0.021 0.003 0.002 0.032 0.010 0.027 0.189 0.002 0.001 0.113 0.603 66 K 0.004 0.002 0.001 0.118 0.031 0.145 0.122 0.001 0.001 0.112 0.464 67 I 0.001 0.001 0.001 0.170 0.127 0.263 0.055 0.001 0.001 0.117 0.264 68 C 0.001 0.001 0.001 0.250 0.198 0.351 0.020 0.001 0.001 0.089 0.090 69 L 0.001 0.001 0.001 0.222 0.282 0.337 0.015 0.001 0.001 0.048 0.095 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.198 0.276 0.367 0.020 0.001 0.001 0.044 0.093 71 F 0.003 0.001 0.001 0.173 0.182 0.360 0.056 0.001 0.001 0.058 0.167 72 V 0.033 0.006 0.003 0.077 0.092 0.143 0.107 0.003 0.006 0.048 0.481 73 D 0.361 0.036 0.006 0.011 0.017 0.018 0.073 0.013 0.008 0.058 0.398 74 D 0.101 0.011 0.004 0.006 0.006 0.010 0.083 0.007 0.002 0.071 0.700 75 N 0.112 0.004 0.008 0.008 0.011 0.027 0.094 0.003 0.004 0.100 0.630 76 K 0.086 0.004 0.002 0.010 0.040 0.067 0.098 0.005 0.001 0.104 0.583 77 F 0.026 0.002 0.001 0.008 0.038 0.063 0.120 0.001 0.001 0.042 0.697 78 A 0.001 0.001 0.001 0.021 0.172 0.348 0.093 0.001 0.001 0.037 0.326 79 G 0.001 0.001 0.001 0.028 0.145 0.467 0.053 0.001 0.001 0.061 0.244 80 L 0.001 0.001 0.001 0.063 0.341 0.442 0.018 0.001 0.001 0.034 0.100 81 M 0.001 0.001 0.001 0.068 0.279 0.544 0.010 0.001 0.001 0.050 0.047 82 L 0.001 0.001 0.001 0.044 0.414 0.454 0.005 0.001 0.001 0.037 0.045 83 V 0.008 0.002 0.001 0.079 0.312 0.394 0.025 0.001 0.001 0.026 0.153 84 G 0.002 0.001 0.001 0.040 0.382 0.490 0.013 0.001 0.001 0.011 0.061 85 T 0.004 0.002 0.001 0.053 0.275 0.481 0.030 0.001 0.001 0.030 0.123 86 I 0.012 0.001 0.001 0.118 0.367 0.230 0.050 0.001 0.001 0.021 0.198 87 E 0.014 0.004 0.001 0.094 0.273 0.397 0.055 0.002 0.001 0.026 0.135 88 I 0.015 0.007 0.001 0.064 0.063 0.098 0.085 0.001 0.001 0.023 0.643 89 L 0.041 0.020 0.002 0.062 0.055 0.073 0.138 0.006 0.001 0.098 0.504 90 H 0.015 0.078 0.003 0.019 0.007 0.008 0.098 0.003 0.001 0.222 0.544 91 D 0.034 0.755 0.003 0.002 0.001 0.002 0.018 0.006 0.001 0.049 0.128 92 R 0.031 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.018 0.049 93 A 0.007 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.017 0.042 94 S 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 95 K 0.021 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.011 0.019 96 E 0.017 0.209 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.717 0.038 97 M 0.020 0.469 0.025 0.002 0.001 0.001 0.031 0.004 0.008 0.323 0.116 98 L 0.126 0.284 0.132 0.005 0.001 0.002 0.046 0.047 0.033 0.156 0.169 99 W 0.239 0.283 0.015 0.006 0.001 0.003 0.045 0.017 0.014 0.046 0.332 100 T 0.126 0.100 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.003 0.001 0.011 0.703 101 D 0.033 0.127 0.007 0.005 0.001 0.006 0.073 0.011 0.003 0.031 0.702 102 G 0.241 0.196 0.020 0.006 0.002 0.006 0.084 0.014 0.009 0.049 0.373 103 C 0.266 0.131 0.005 0.012 0.005 0.010 0.063 0.014 0.002 0.043 0.449 104 E 0.149 0.028 0.001 0.012 0.011 0.021 0.084 0.002 0.001 0.036 0.656 105 I 0.009 0.019 0.002 0.049 0.033 0.058 0.135 0.001 0.001 0.025 0.668 106 Y 0.019 0.048 0.007 0.032 0.024 0.036 0.129 0.006 0.004 0.024 0.670 107 Y 0.499 0.016 0.003 0.008 0.023 0.016 0.053 0.042 0.002 0.082 0.255 108 P 0.146 0.009 0.001 0.012 0.005 0.012 0.081 0.005 0.001 0.050 0.680 109 L 0.017 0.004 0.001 0.019 0.005 0.024 0.079 0.001 0.001 0.020 0.831 110 G 0.031 0.004 0.001 0.019 0.024 0.024 0.099 0.001 0.001 0.037 0.760 111 I 0.002 0.001 0.001 0.007 0.044 0.040 0.142 0.001 0.001 0.027 0.735 112 D 0.043 0.003 0.001 0.010 0.011 0.012 0.114 0.003 0.001 0.029 0.773 113 D 0.434 0.004 0.002 0.009 0.006 0.008 0.117 0.005 0.001 0.117 0.297 114 P 0.024 0.002 0.001 0.011 0.004 0.015 0.180 0.001 0.001 0.070 0.691 115 D 0.008 0.001 0.001 0.027 0.032 0.126 0.154 0.002 0.001 0.055 0.596 116 Y 0.002 0.001 0.001 0.063 0.187 0.302 0.080 0.001 0.001 0.075 0.289 117 T 0.001 0.001 0.001 0.067 0.202 0.539 0.022 0.001 0.001 0.077 0.091 118 A 0.001 0.001 0.001 0.060 0.278 0.486 0.014 0.001 0.001 0.040 0.121 119 L 0.001 0.001 0.001 0.097 0.383 0.384 0.012 0.001 0.001 0.024 0.099 120 C 0.001 0.001 0.001 0.055 0.407 0.383 0.020 0.001 0.001 0.040 0.095 121 F 0.002 0.001 0.001 0.077 0.257 0.277 0.046 0.001 0.001 0.021 0.319 122 T 0.437 0.028 0.002 0.038 0.101 0.110 0.048 0.015 0.003 0.055 0.165 123 A 0.294 0.036 0.006 0.031 0.013 0.020 0.079 0.006 0.003 0.065 0.446 124 E 0.030 0.055 0.003 0.036 0.044 0.095 0.092 0.006 0.001 0.023 0.614 125 W 0.062 0.104 0.002 0.037 0.130 0.186 0.078 0.007 0.001 0.032 0.363 126 G 0.045 0.098 0.003 0.037 0.240 0.168 0.070 0.005 0.001 0.036 0.297 127 N 0.044 0.125 0.005 0.040 0.175 0.249 0.071 0.007 0.002 0.034 0.246 128 Y 0.090 0.170 0.008 0.029 0.092 0.165 0.073 0.014 0.005 0.032 0.324 129 Y 0.288 0.088 0.005 0.021 0.105 0.153 0.058 0.010 0.003 0.044 0.223 130 R 0.039 0.033 0.006 0.032 0.066 0.147 0.097 0.003 0.003 0.027 0.548 131 H 0.039 0.049 0.006 0.026 0.039 0.077 0.075 0.004 0.002 0.026 0.657 132 L 0.265 0.038 0.006 0.017 0.069 0.048 0.076 0.008 0.002 0.091 0.380 133 K 0.023 0.050 0.002 0.018 0.030 0.046 0.111 0.005 0.001 0.032 0.682 134 N 0.131 0.128 0.004 0.016 0.029 0.042 0.079 0.006 0.001 0.029 0.533 135 I 0.073 0.127 0.002 0.026 0.068 0.053 0.094 0.014 0.001 0.038 0.504 136 T 0.070 0.133 0.002 0.014 0.031 0.054 0.101 0.006 0.001 0.033 0.555 137 F 0.031 0.268 0.005 0.044 0.056 0.051 0.070 0.007 0.002 0.028 0.438 138 K 0.075 0.506 0.004 0.012 0.030 0.045 0.045 0.015 0.001 0.012 0.254 139 I 0.069 0.497 0.005 0.022 0.031 0.032 0.037 0.014 0.002 0.044 0.247 140 D 0.074 0.141 0.035 0.032 0.040 0.059 0.075 0.010 0.015 0.150 0.369 141 E 0.227 0.088 0.018 0.026 0.038 0.065 0.069 0.018 0.006 0.134 0.313 142 I 0.131 0.017 0.007 0.029 0.022 0.044 0.081 0.007 0.005 0.057 0.601 143 Y 0.088 0.011 0.002 0.027 0.022 0.030 0.083 0.002 0.001 0.028 0.707 144 N 0.014 0.007 0.001 0.013 0.018 0.031 0.102 0.002 0.001 0.019 0.794 145 Y 0.020 0.003 0.001 0.007 0.022 0.027 0.131 0.013 0.001 0.025 0.751