# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.322 0.107 0.075 0.095 0.073 0.067 0.084 0.060 0.059 0.037 0.022 2 I 0.095 0.170 0.046 0.084 0.079 0.091 0.128 0.087 0.092 0.074 0.055 3 D 0.096 0.185 0.094 0.197 0.164 0.118 0.081 0.033 0.021 0.009 0.003 4 E 0.620 0.150 0.090 0.084 0.033 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 5 K 0.218 0.161 0.205 0.213 0.103 0.052 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 6 F 0.013 0.014 0.011 0.021 0.028 0.073 0.184 0.177 0.207 0.166 0.106 7 L 0.013 0.035 0.069 0.129 0.204 0.248 0.203 0.061 0.027 0.009 0.003 8 I 0.184 0.088 0.640 0.058 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.023 0.059 0.112 0.223 0.186 0.170 0.147 0.041 0.024 0.011 0.005 10 S 0.004 0.006 0.010 0.011 0.013 0.028 0.100 0.146 0.238 0.243 0.201 11 N 0.017 0.025 0.171 0.264 0.258 0.157 0.081 0.017 0.007 0.003 0.001 12 E 0.038 0.074 0.720 0.102 0.037 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 13 L 0.002 0.004 0.010 0.025 0.047 0.133 0.319 0.174 0.140 0.087 0.059 14 V 0.003 0.003 0.006 0.009 0.012 0.027 0.110 0.144 0.213 0.235 0.238 15 E 0.039 0.115 0.518 0.181 0.086 0.037 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 16 S 0.137 0.149 0.281 0.216 0.103 0.060 0.035 0.008 0.006 0.003 0.002 17 S 0.040 0.032 0.014 0.049 0.054 0.077 0.162 0.151 0.172 0.146 0.104 18 K 0.060 0.094 0.071 0.202 0.222 0.164 0.122 0.037 0.019 0.007 0.003 19 I 0.001 0.003 0.004 0.014 0.024 0.044 0.128 0.172 0.243 0.205 0.162 20 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.093 0.179 0.271 0.230 0.194 21 M 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.045 0.158 0.176 0.219 0.192 0.178 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.056 0.155 0.320 0.448 23 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.085 0.147 0.237 0.252 0.248 24 T 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.014 0.048 0.103 0.201 0.282 0.338 25 N 0.002 0.008 0.008 0.091 0.163 0.187 0.233 0.133 0.100 0.052 0.022 26 G 0.025 0.048 0.027 0.143 0.165 0.195 0.196 0.099 0.059 0.028 0.014 27 E 0.441 0.168 0.087 0.164 0.076 0.032 0.017 0.006 0.004 0.003 0.002 28 N 0.341 0.214 0.062 0.164 0.088 0.051 0.040 0.016 0.011 0.007 0.006 29 G 0.170 0.103 0.030 0.120 0.113 0.106 0.110 0.074 0.076 0.059 0.038 30 Y 0.023 0.115 0.050 0.224 0.205 0.163 0.122 0.045 0.029 0.015 0.009 31 P 0.007 0.008 0.010 0.023 0.037 0.051 0.110 0.138 0.210 0.212 0.195 32 N 0.034 0.059 0.039 0.182 0.193 0.155 0.152 0.075 0.054 0.032 0.024 33 I 0.006 0.006 0.005 0.018 0.023 0.033 0.096 0.141 0.230 0.248 0.193 34 K 0.028 0.048 0.037 0.153 0.169 0.147 0.168 0.097 0.080 0.046 0.027 35 A 0.006 0.007 0.006 0.020 0.023 0.036 0.109 0.162 0.247 0.224 0.159 36 M 0.005 0.008 0.008 0.030 0.039 0.063 0.145 0.160 0.215 0.189 0.139 37 M 0.008 0.010 0.013 0.035 0.039 0.065 0.168 0.178 0.207 0.169 0.109 38 R 0.007 0.017 0.030 0.072 0.090 0.111 0.194 0.165 0.155 0.102 0.057 39 L 0.005 0.010 0.018 0.040 0.048 0.067 0.136 0.151 0.206 0.187 0.132 40 K 0.017 0.039 0.036 0.153 0.179 0.174 0.181 0.098 0.074 0.036 0.014 41 H 0.038 0.043 0.042 0.092 0.090 0.110 0.171 0.135 0.133 0.088 0.058 42 D 0.227 0.175 0.070 0.160 0.103 0.084 0.090 0.041 0.028 0.015 0.008 43 G 0.583 0.179 0.050 0.090 0.043 0.023 0.017 0.006 0.005 0.003 0.002 44 L 0.141 0.120 0.042 0.143 0.112 0.086 0.109 0.074 0.080 0.056 0.038 45 K 0.083 0.129 0.072 0.228 0.203 0.131 0.090 0.033 0.020 0.008 0.003 46 K 0.002 0.020 0.021 0.175 0.255 0.223 0.182 0.070 0.034 0.013 0.004 47 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.094 0.205 0.274 0.248 0.151 48 W 0.001 0.002 0.003 0.024 0.055 0.106 0.266 0.220 0.166 0.098 0.060 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.075 0.199 0.337 0.364 50 S 0.001 0.002 0.002 0.013 0.025 0.043 0.144 0.185 0.251 0.203 0.131 51 T 0.001 0.003 0.002 0.008 0.010 0.020 0.072 0.139 0.245 0.268 0.233 52 N 0.021 0.041 0.029 0.144 0.163 0.156 0.185 0.110 0.083 0.046 0.022 53 T 0.069 0.110 0.047 0.169 0.159 0.147 0.145 0.070 0.047 0.025 0.012 54 S 0.172 0.125 0.051 0.152 0.136 0.110 0.105 0.056 0.046 0.031 0.017 55 T 0.210 0.137 0.058 0.145 0.118 0.099 0.104 0.052 0.040 0.023 0.014 56 R 0.208 0.171 0.094 0.179 0.121 0.085 0.071 0.033 0.022 0.011 0.005 57 M 0.004 0.018 0.010 0.037 0.061 0.103 0.183 0.164 0.195 0.134 0.092 58 V 0.004 0.004 0.011 0.032 0.071 0.130 0.220 0.154 0.168 0.120 0.085 59 E 0.076 0.081 0.393 0.273 0.106 0.037 0.021 0.006 0.004 0.002 0.001 60 R 0.003 0.022 0.101 0.192 0.185 0.189 0.185 0.069 0.035 0.013 0.006 61 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.040 0.076 0.182 0.260 0.421 62 K 0.007 0.020 0.100 0.178 0.240 0.211 0.163 0.048 0.022 0.008 0.003 63 K 0.025 0.076 0.598 0.182 0.068 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 64 N 0.029 0.046 0.035 0.099 0.116 0.161 0.244 0.111 0.078 0.050 0.032 65 N 0.064 0.056 0.021 0.076 0.086 0.114 0.212 0.144 0.121 0.070 0.036 66 K 0.021 0.066 0.048 0.214 0.252 0.185 0.132 0.043 0.023 0.010 0.005 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.103 0.264 0.314 0.283 68 C 0.001 0.002 0.002 0.017 0.032 0.075 0.215 0.202 0.202 0.133 0.118 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.079 0.200 0.331 0.359 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.041 0.138 0.204 0.255 0.209 0.123 71 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.022 0.072 0.148 0.247 0.267 0.224 72 V 0.001 0.006 0.004 0.053 0.089 0.113 0.201 0.194 0.183 0.110 0.045 73 D 0.018 0.043 0.023 0.126 0.155 0.180 0.203 0.123 0.080 0.035 0.014 74 D 0.227 0.166 0.071 0.228 0.130 0.078 0.054 0.022 0.014 0.007 0.003 75 N 0.487 0.177 0.053 0.116 0.064 0.039 0.030 0.014 0.010 0.006 0.004 76 K 0.239 0.202 0.063 0.194 0.119 0.080 0.055 0.022 0.015 0.007 0.003 77 F 0.060 0.072 0.040 0.130 0.138 0.135 0.149 0.100 0.089 0.055 0.031 78 A 0.025 0.061 0.057 0.171 0.169 0.161 0.172 0.081 0.056 0.029 0.016 79 G 0.015 0.039 0.048 0.220 0.242 0.184 0.136 0.057 0.033 0.018 0.008 80 L 0.002 0.002 0.004 0.010 0.013 0.022 0.082 0.122 0.220 0.255 0.267 81 M 0.008 0.035 0.046 0.273 0.279 0.160 0.109 0.047 0.025 0.013 0.006 82 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.015 0.063 0.123 0.247 0.269 0.264 83 V 0.027 0.095 0.077 0.382 0.257 0.099 0.047 0.011 0.004 0.001 0.001 84 G 0.007 0.009 0.005 0.022 0.031 0.062 0.192 0.217 0.233 0.151 0.071 85 T 0.054 0.193 0.131 0.395 0.167 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.072 0.216 0.301 0.373 87 E 0.016 0.104 0.078 0.421 0.247 0.085 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 88 I 0.015 0.042 0.019 0.065 0.084 0.121 0.225 0.161 0.150 0.082 0.036 89 L 0.017 0.028 0.027 0.093 0.114 0.133 0.194 0.140 0.118 0.080 0.056 90 H 0.293 0.266 0.105 0.144 0.083 0.048 0.037 0.012 0.007 0.003 0.002 91 D 0.071 0.267 0.088 0.222 0.135 0.085 0.069 0.030 0.019 0.010 0.004 92 R 0.503 0.184 0.062 0.123 0.067 0.032 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 93 A 0.620 0.125 0.061 0.077 0.040 0.027 0.024 0.010 0.008 0.004 0.003 94 S 0.057 0.149 0.138 0.188 0.125 0.113 0.115 0.055 0.036 0.016 0.007 95 K 0.026 0.025 0.039 0.084 0.118 0.200 0.245 0.118 0.086 0.042 0.016 96 E 0.073 0.090 0.406 0.205 0.109 0.061 0.036 0.010 0.006 0.003 0.001 97 M 0.016 0.055 0.312 0.232 0.142 0.101 0.083 0.029 0.019 0.009 0.004 98 L 0.007 0.008 0.015 0.024 0.030 0.058 0.151 0.171 0.228 0.187 0.121 99 W 0.004 0.010 0.028 0.049 0.089 0.137 0.241 0.165 0.143 0.089 0.046 100 T 0.019 0.071 0.329 0.215 0.153 0.093 0.070 0.024 0.016 0.006 0.002 101 D 0.123 0.107 0.119 0.201 0.144 0.120 0.108 0.039 0.024 0.011 0.004 102 G 0.132 0.088 0.043 0.082 0.068 0.083 0.150 0.115 0.121 0.078 0.040 103 C 0.019 0.023 0.019 0.048 0.067 0.103 0.202 0.163 0.173 0.117 0.066 104 E 0.148 0.196 0.209 0.218 0.111 0.055 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 105 I 0.044 0.059 0.062 0.123 0.135 0.158 0.190 0.102 0.074 0.037 0.016 106 Y 0.044 0.034 0.025 0.064 0.077 0.102 0.166 0.141 0.153 0.116 0.079 107 Y 0.022 0.036 0.023 0.071 0.098 0.134 0.223 0.151 0.129 0.075 0.037 108 P 0.238 0.159 0.124 0.128 0.087 0.070 0.076 0.043 0.038 0.024 0.013 109 L 0.198 0.098 0.038 0.122 0.115 0.109 0.138 0.077 0.057 0.033 0.015 110 G 0.210 0.083 0.026 0.077 0.070 0.075 0.110 0.093 0.107 0.085 0.065 111 I 0.065 0.056 0.025 0.096 0.103 0.122 0.164 0.117 0.115 0.081 0.056 112 D 0.295 0.189 0.076 0.125 0.081 0.070 0.067 0.036 0.029 0.018 0.014 113 D 0.121 0.091 0.036 0.113 0.099 0.103 0.137 0.101 0.090 0.065 0.045 114 P 0.397 0.144 0.048 0.133 0.090 0.066 0.058 0.025 0.020 0.012 0.008 115 D 0.104 0.153 0.080 0.305 0.194 0.085 0.049 0.015 0.009 0.004 0.002 116 Y 0.002 0.005 0.005 0.033 0.066 0.096 0.182 0.210 0.202 0.138 0.060 117 T 0.001 0.006 0.008 0.078 0.176 0.230 0.273 0.124 0.068 0.026 0.009 118 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.019 0.076 0.155 0.223 0.265 0.242 119 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.020 0.116 0.204 0.265 0.234 0.148 120 C 0.004 0.011 0.013 0.068 0.080 0.081 0.175 0.180 0.187 0.117 0.083 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.069 0.216 0.360 0.330 122 T 0.005 0.056 0.033 0.344 0.297 0.149 0.081 0.024 0.010 0.002 0.001 123 A 0.005 0.007 0.003 0.015 0.020 0.034 0.101 0.171 0.247 0.226 0.171 124 E 0.148 0.184 0.072 0.294 0.164 0.076 0.042 0.012 0.006 0.002 0.001 125 W 0.035 0.083 0.027 0.167 0.178 0.162 0.182 0.084 0.052 0.023 0.009 126 G 0.012 0.007 0.004 0.013 0.015 0.025 0.064 0.110 0.222 0.277 0.251 127 N 0.043 0.113 0.060 0.238 0.198 0.145 0.116 0.044 0.026 0.011 0.006 128 Y 0.010 0.018 0.017 0.041 0.048 0.066 0.149 0.174 0.214 0.166 0.098 129 Y 0.011 0.021 0.021 0.084 0.107 0.132 0.188 0.137 0.138 0.095 0.066 130 R 0.093 0.091 0.076 0.189 0.171 0.130 0.121 0.058 0.041 0.021 0.010 131 H 0.059 0.093 0.071 0.143 0.126 0.120 0.140 0.091 0.082 0.050 0.025 132 L 0.065 0.077 0.048 0.106 0.101 0.114 0.161 0.116 0.106 0.069 0.039 133 K 0.394 0.160 0.071 0.139 0.091 0.058 0.045 0.019 0.013 0.007 0.003 134 N 0.219 0.179 0.098 0.167 0.106 0.073 0.066 0.036 0.029 0.016 0.010 135 I 0.053 0.036 0.024 0.056 0.063 0.099 0.175 0.142 0.157 0.121 0.074 136 T 0.116 0.107 0.059 0.117 0.110 0.113 0.138 0.089 0.079 0.046 0.026 137 F 0.131 0.101 0.143 0.131 0.109 0.093 0.109 0.064 0.059 0.039 0.021 138 K 0.081 0.148 0.103 0.181 0.139 0.120 0.106 0.048 0.039 0.023 0.013 139 I 0.035 0.033 0.027 0.054 0.056 0.075 0.146 0.149 0.182 0.145 0.099 140 D 0.260 0.122 0.126 0.170 0.123 0.082 0.065 0.025 0.016 0.008 0.003 141 E 0.121 0.149 0.233 0.191 0.115 0.074 0.060 0.026 0.018 0.008 0.004 142 I 0.038 0.025 0.038 0.058 0.059 0.095 0.181 0.140 0.156 0.122 0.090 143 Y 0.034 0.044 0.071 0.118 0.127 0.143 0.184 0.110 0.088 0.054 0.027 144 N 0.129 0.199 0.362 0.157 0.074 0.038 0.022 0.008 0.006 0.003 0.001 145 Y 0.185 0.104 0.085 0.129 0.110 0.111 0.119 0.060 0.049 0.031 0.016