# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.990 2 I 0.011 0.021 0.007 0.175 0.005 0.026 0.755 3 D 0.010 0.005 0.020 0.332 0.073 0.052 0.508 4 E 0.003 0.001 0.039 0.737 0.055 0.106 0.059 5 K 0.003 0.001 0.027 0.857 0.024 0.049 0.039 6 F 0.002 0.002 0.011 0.886 0.014 0.017 0.067 7 L 0.001 0.001 0.006 0.933 0.006 0.012 0.040 8 I 0.001 0.001 0.007 0.968 0.004 0.012 0.008 9 E 0.002 0.001 0.017 0.938 0.005 0.025 0.013 10 S 0.001 0.001 0.008 0.961 0.003 0.019 0.008 11 N 0.001 0.001 0.011 0.952 0.005 0.027 0.005 12 E 0.001 0.001 0.024 0.899 0.005 0.063 0.007 13 L 0.001 0.001 0.046 0.839 0.006 0.097 0.011 14 V 0.002 0.003 0.100 0.736 0.027 0.101 0.031 15 E 0.003 0.001 0.110 0.560 0.030 0.271 0.024 16 S 0.008 0.003 0.093 0.149 0.216 0.377 0.156 17 S 0.018 0.003 0.015 0.007 0.327 0.088 0.542 18 K 0.053 0.002 0.005 0.001 0.503 0.086 0.349 19 I 0.877 0.003 0.002 0.001 0.030 0.005 0.083 20 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 23 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 24 T 0.864 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.113 25 N 0.549 0.068 0.001 0.004 0.129 0.009 0.240 26 G 0.086 0.007 0.001 0.001 0.149 0.006 0.750 27 E 0.007 0.002 0.019 0.002 0.170 0.733 0.067 28 N 0.003 0.002 0.015 0.001 0.102 0.853 0.024 29 G 0.022 0.009 0.026 0.002 0.478 0.201 0.261 30 Y 0.085 0.031 0.004 0.001 0.098 0.014 0.767 31 P 0.292 0.078 0.009 0.006 0.136 0.053 0.427 32 N 0.603 0.021 0.006 0.003 0.070 0.041 0.256 33 I 0.709 0.008 0.002 0.005 0.030 0.005 0.241 34 K 0.906 0.003 0.001 0.003 0.017 0.002 0.068 35 A 0.953 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.034 36 M 0.958 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.030 37 M 0.953 0.001 0.002 0.004 0.007 0.003 0.029 38 R 0.939 0.002 0.002 0.005 0.008 0.005 0.038 39 L 0.922 0.003 0.004 0.005 0.014 0.010 0.042 40 K 0.899 0.011 0.003 0.005 0.015 0.014 0.053 41 H 0.705 0.022 0.010 0.006 0.046 0.028 0.183 42 D 0.283 0.005 0.045 0.009 0.126 0.377 0.155 43 G 0.062 0.006 0.042 0.002 0.158 0.675 0.056 44 L 0.062 0.003 0.027 0.001 0.277 0.466 0.165 45 K 0.130 0.001 0.005 0.001 0.505 0.098 0.261 46 K 0.918 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.064 47 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 W 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 S 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.066 51 T 0.633 0.010 0.001 0.002 0.055 0.011 0.289 52 N 0.152 0.013 0.003 0.004 0.249 0.047 0.532 53 T 0.022 0.003 0.020 0.042 0.221 0.594 0.098 54 S 0.012 0.004 0.024 0.135 0.186 0.522 0.117 55 T 0.023 0.010 0.023 0.460 0.201 0.107 0.176 56 R 0.045 0.016 0.010 0.705 0.066 0.046 0.111 57 M 0.025 0.005 0.006 0.872 0.012 0.018 0.062 58 V 0.003 0.001 0.003 0.970 0.003 0.004 0.016 59 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.003 0.005 0.005 60 R 0.002 0.001 0.013 0.973 0.002 0.008 0.002 61 L 0.004 0.001 0.025 0.950 0.002 0.016 0.002 62 K 0.004 0.002 0.041 0.844 0.004 0.102 0.004 63 K 0.002 0.001 0.024 0.398 0.011 0.561 0.004 64 N 0.012 0.003 0.011 0.022 0.289 0.286 0.377 65 N 0.012 0.003 0.029 0.003 0.240 0.456 0.258 66 K 0.200 0.007 0.035 0.001 0.256 0.158 0.342 67 I 0.848 0.006 0.005 0.001 0.020 0.005 0.117 68 C 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 69 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 70 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 F 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 72 V 0.848 0.010 0.001 0.001 0.041 0.005 0.096 73 D 0.403 0.012 0.001 0.001 0.090 0.005 0.488 74 D 0.042 0.004 0.100 0.006 0.198 0.520 0.132 75 N 0.016 0.003 0.133 0.003 0.117 0.683 0.045 76 K 0.050 0.008 0.189 0.002 0.251 0.387 0.113 77 F 0.230 0.022 0.046 0.001 0.175 0.119 0.407 78 A 0.462 0.011 0.008 0.001 0.196 0.041 0.282 79 G 0.890 0.003 0.002 0.001 0.022 0.007 0.075 80 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 81 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 83 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 84 G 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 85 T 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 86 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 87 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 88 I 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 89 L 0.556 0.005 0.001 0.001 0.069 0.016 0.351 90 H 0.141 0.024 0.001 0.002 0.201 0.032 0.601 91 D 0.022 0.007 0.004 0.015 0.258 0.016 0.678 92 R 0.001 0.001 0.046 0.836 0.023 0.076 0.019 93 A 0.001 0.001 0.030 0.912 0.007 0.043 0.007 94 S 0.001 0.001 0.038 0.927 0.002 0.021 0.010 95 K 0.001 0.001 0.010 0.970 0.002 0.011 0.005 96 E 0.001 0.001 0.010 0.957 0.003 0.025 0.004 97 M 0.001 0.001 0.010 0.931 0.003 0.048 0.007 98 L 0.001 0.001 0.011 0.907 0.004 0.061 0.015 99 W 0.004 0.004 0.016 0.854 0.021 0.056 0.045 100 T 0.002 0.001 0.023 0.798 0.027 0.118 0.031 101 D 0.002 0.002 0.012 0.687 0.062 0.188 0.048 102 G 0.003 0.004 0.028 0.596 0.068 0.174 0.127 103 C 0.008 0.003 0.081 0.554 0.056 0.091 0.208 104 E 0.019 0.005 0.248 0.499 0.044 0.090 0.096 105 I 0.033 0.008 0.249 0.446 0.044 0.122 0.097 106 Y 0.057 0.027 0.117 0.394 0.076 0.183 0.146 107 Y 0.065 0.025 0.024 0.063 0.290 0.054 0.479 108 P 0.040 0.014 0.056 0.052 0.095 0.371 0.373 109 L 0.032 0.015 0.038 0.026 0.165 0.464 0.261 110 G 0.043 0.032 0.024 0.012 0.285 0.135 0.469 111 I 0.057 0.038 0.016 0.007 0.199 0.101 0.581 112 D 0.063 0.064 0.013 0.005 0.208 0.106 0.541 113 D 0.034 0.010 0.010 0.001 0.168 0.022 0.754 114 P 0.019 0.003 0.070 0.003 0.240 0.525 0.139 115 D 0.057 0.004 0.040 0.001 0.267 0.537 0.094 116 Y 0.521 0.013 0.007 0.001 0.067 0.010 0.382 117 T 0.839 0.003 0.001 0.001 0.013 0.002 0.143 118 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 119 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 120 C 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 121 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 122 T 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 123 A 0.748 0.001 0.008 0.002 0.037 0.031 0.172 124 E 0.604 0.003 0.018 0.005 0.207 0.055 0.107 125 W 0.845 0.003 0.027 0.009 0.024 0.026 0.067 126 G 0.903 0.003 0.005 0.011 0.013 0.014 0.051 127 N 0.925 0.003 0.004 0.023 0.009 0.008 0.027 128 Y 0.903 0.004 0.002 0.039 0.009 0.008 0.034 129 Y 0.769 0.008 0.007 0.056 0.032 0.030 0.098 130 R 0.438 0.007 0.027 0.111 0.112 0.158 0.147 131 H 0.192 0.014 0.050 0.096 0.208 0.174 0.266 132 L 0.118 0.013 0.085 0.103 0.207 0.123 0.350 133 K 0.046 0.007 0.094 0.140 0.166 0.430 0.117 134 N 0.051 0.005 0.111 0.136 0.150 0.390 0.158 135 I 0.152 0.019 0.076 0.245 0.108 0.116 0.283 136 T 0.233 0.030 0.043 0.300 0.064 0.118 0.212 137 F 0.189 0.009 0.028 0.379 0.106 0.079 0.210 138 K 0.194 0.019 0.018 0.432 0.041 0.047 0.249 139 I 0.102 0.006 0.022 0.714 0.015 0.032 0.109 140 D 0.118 0.002 0.050 0.674 0.024 0.049 0.083 141 E 0.159 0.003 0.052 0.657 0.027 0.042 0.060 142 I 0.139 0.007 0.068 0.606 0.046 0.073 0.061 143 Y 0.123 0.027 0.030 0.437 0.086 0.198 0.099 144 N 0.051 0.011 0.016 0.203 0.024 0.342 0.353 145 Y 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.986