# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.100 0.048 0.016 0.074 0.020 0.071 0.413 0.122 0.066 0.024 2 I 0.047 0.123 0.050 0.018 0.086 0.021 0.040 0.273 0.145 0.153 0.045 3 D 0.055 0.145 0.085 0.030 0.123 0.017 0.023 0.294 0.126 0.069 0.032 4 E 0.010 0.032 0.017 0.007 0.023 0.014 0.042 0.595 0.200 0.050 0.010 5 K 0.011 0.028 0.013 0.006 0.017 0.009 0.054 0.613 0.123 0.111 0.015 6 F 0.032 0.051 0.016 0.004 0.037 0.003 0.010 0.600 0.120 0.103 0.023 7 L 0.006 0.038 0.013 0.004 0.021 0.004 0.007 0.810 0.082 0.011 0.004 8 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.898 0.070 0.004 0.002 9 E 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.011 0.889 0.064 0.020 0.002 10 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.850 0.107 0.030 0.001 11 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.817 0.161 0.006 0.001 12 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.868 0.089 0.012 0.001 13 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.027 0.739 0.163 0.058 0.002 14 V 0.014 0.017 0.003 0.002 0.014 0.003 0.015 0.606 0.267 0.050 0.009 15 E 0.002 0.005 0.004 0.005 0.003 0.024 0.131 0.558 0.238 0.026 0.002 16 S 0.016 0.023 0.012 0.003 0.028 0.005 0.048 0.152 0.218 0.469 0.026 17 S 0.185 0.266 0.034 0.002 0.389 0.001 0.003 0.019 0.019 0.031 0.052 18 K 0.048 0.029 0.008 0.034 0.078 0.091 0.232 0.214 0.131 0.106 0.028 19 I 0.293 0.092 0.011 0.002 0.557 0.001 0.003 0.004 0.003 0.009 0.026 20 V 0.188 0.101 0.005 0.002 0.682 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 21 M 0.324 0.027 0.002 0.001 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 22 V 0.405 0.043 0.006 0.006 0.379 0.014 0.014 0.008 0.003 0.020 0.100 23 G 0.223 0.137 0.028 0.006 0.504 0.005 0.005 0.005 0.003 0.022 0.063 24 T 0.195 0.255 0.042 0.003 0.434 0.002 0.003 0.007 0.002 0.014 0.044 25 N 0.097 0.181 0.049 0.061 0.288 0.031 0.026 0.032 0.034 0.147 0.054 26 G 0.005 0.064 0.725 0.150 0.012 0.013 0.004 0.013 0.010 0.002 0.003 27 E 0.002 0.006 0.014 0.020 0.002 0.060 0.243 0.523 0.116 0.011 0.002 28 N 0.001 0.601 0.260 0.086 0.017 0.006 0.012 0.003 0.002 0.011 0.002 29 G 0.032 0.010 0.020 0.038 0.006 0.016 0.003 0.003 0.009 0.468 0.395 30 Y 0.023 0.439 0.281 0.017 0.139 0.012 0.013 0.035 0.023 0.013 0.006 31 P 0.248 0.161 0.048 0.007 0.304 0.010 0.009 0.021 0.034 0.049 0.109 32 N 0.218 0.151 0.065 0.018 0.335 0.012 0.024 0.026 0.024 0.062 0.066 33 I 0.384 0.079 0.022 0.003 0.321 0.002 0.003 0.020 0.023 0.051 0.092 34 K 0.038 0.471 0.159 0.018 0.234 0.010 0.015 0.032 0.011 0.008 0.005 35 A 0.468 0.083 0.015 0.002 0.342 0.002 0.006 0.015 0.004 0.010 0.053 36 M 0.195 0.161 0.041 0.045 0.351 0.064 0.039 0.032 0.015 0.018 0.038 37 M 0.226 0.184 0.028 0.008 0.462 0.009 0.011 0.022 0.009 0.012 0.030 38 R 0.382 0.077 0.019 0.007 0.351 0.011 0.013 0.028 0.015 0.028 0.070 39 L 0.157 0.259 0.050 0.014 0.403 0.013 0.016 0.032 0.015 0.015 0.026 40 K 0.301 0.145 0.040 0.009 0.342 0.010 0.017 0.031 0.013 0.024 0.067 41 H 0.104 0.211 0.073 0.100 0.216 0.062 0.028 0.063 0.050 0.056 0.037 42 D 0.034 0.119 0.194 0.161 0.071 0.062 0.070 0.162 0.094 0.022 0.010 43 G 0.026 0.026 0.059 0.060 0.016 0.044 0.066 0.187 0.170 0.298 0.048 44 L 0.043 0.449 0.086 0.049 0.244 0.021 0.031 0.023 0.013 0.018 0.022 45 K 0.055 0.009 0.002 0.014 0.029 0.042 0.052 0.107 0.111 0.409 0.170 46 K 0.102 0.262 0.066 0.004 0.530 0.001 0.003 0.008 0.008 0.009 0.007 47 F 0.296 0.047 0.002 0.001 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 W 0.256 0.053 0.009 0.004 0.625 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.044 49 L 0.326 0.097 0.020 0.004 0.429 0.003 0.003 0.002 0.001 0.010 0.105 50 S 0.307 0.083 0.022 0.007 0.268 0.005 0.010 0.010 0.006 0.097 0.184 51 T 0.067 0.291 0.192 0.041 0.166 0.020 0.017 0.030 0.032 0.101 0.044 52 N 0.132 0.124 0.096 0.024 0.267 0.014 0.022 0.139 0.074 0.056 0.053 53 T 0.009 0.021 0.013 0.006 0.013 0.015 0.046 0.543 0.272 0.053 0.010 54 S 0.024 0.048 0.023 0.011 0.041 0.013 0.043 0.385 0.113 0.272 0.028 55 T 0.032 0.152 0.037 0.010 0.103 0.010 0.014 0.473 0.096 0.054 0.020 56 R 0.018 0.019 0.009 0.002 0.019 0.004 0.012 0.737 0.108 0.051 0.020 57 M 0.013 0.024 0.010 0.002 0.017 0.002 0.007 0.840 0.057 0.023 0.005 58 V 0.008 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.852 0.098 0.013 0.003 59 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.910 0.065 0.002 0.001 60 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.899 0.061 0.019 0.002 61 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.726 0.208 0.038 0.002 62 K 0.005 0.010 0.004 0.002 0.004 0.006 0.035 0.739 0.176 0.015 0.002 63 K 0.006 0.011 0.009 0.009 0.008 0.025 0.158 0.404 0.209 0.151 0.009 64 N 0.136 0.237 0.061 0.010 0.301 0.008 0.025 0.033 0.033 0.083 0.072 65 N 0.077 0.091 0.039 0.017 0.078 0.016 0.021 0.139 0.198 0.241 0.083 66 K 0.112 0.053 0.013 0.016 0.152 0.024 0.086 0.107 0.114 0.267 0.056 67 I 0.299 0.119 0.012 0.003 0.488 0.002 0.002 0.003 0.004 0.020 0.051 68 C 0.206 0.068 0.007 0.002 0.685 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.020 69 L 0.336 0.045 0.006 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 70 Y 0.275 0.081 0.008 0.001 0.565 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.055 71 F 0.280 0.139 0.035 0.003 0.422 0.002 0.003 0.005 0.002 0.023 0.085 72 V 0.165 0.194 0.075 0.040 0.250 0.027 0.022 0.016 0.016 0.080 0.115 73 D 0.106 0.222 0.203 0.069 0.285 0.020 0.011 0.012 0.014 0.023 0.035 74 D 0.017 0.028 0.035 0.043 0.021 0.039 0.075 0.256 0.370 0.097 0.018 75 N 0.022 0.058 0.049 0.033 0.037 0.033 0.108 0.166 0.208 0.261 0.026 76 K 0.050 0.120 0.048 0.034 0.083 0.060 0.138 0.127 0.112 0.190 0.038 77 F 0.201 0.080 0.034 0.023 0.154 0.035 0.044 0.047 0.048 0.167 0.168 78 A 0.069 0.129 0.079 0.127 0.142 0.091 0.083 0.071 0.052 0.106 0.052 79 G 0.236 0.146 0.053 0.040 0.399 0.014 0.008 0.010 0.008 0.035 0.050 80 L 0.233 0.095 0.005 0.001 0.652 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 81 M 0.282 0.075 0.006 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 82 L 0.536 0.027 0.006 0.002 0.356 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 83 V 0.179 0.016 0.019 0.127 0.099 0.112 0.129 0.017 0.018 0.158 0.126 84 G 0.011 0.348 0.371 0.164 0.069 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 85 T 0.347 0.069 0.003 0.001 0.478 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.084 86 I 0.326 0.107 0.012 0.001 0.508 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 87 E 0.003 0.758 0.060 0.001 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 I 0.556 0.063 0.009 0.001 0.283 0.001 0.005 0.005 0.001 0.005 0.071 89 L 0.040 0.106 0.054 0.140 0.112 0.189 0.214 0.064 0.031 0.025 0.024 90 H 0.091 0.160 0.138 0.083 0.152 0.069 0.047 0.037 0.025 0.107 0.092 91 D 0.177 0.192 0.109 0.008 0.333 0.001 0.003 0.045 0.018 0.048 0.066 92 R 0.003 0.013 0.005 0.002 0.009 0.003 0.005 0.619 0.309 0.030 0.002 93 A 0.004 0.012 0.004 0.001 0.008 0.002 0.013 0.813 0.114 0.025 0.003 94 S 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.862 0.081 0.033 0.003 95 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.877 0.092 0.012 0.002 96 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 0.872 0.087 0.011 0.001 97 M 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.026 0.853 0.080 0.024 0.002 98 L 0.004 0.006 0.003 0.002 0.006 0.004 0.025 0.805 0.105 0.039 0.004 99 W 0.026 0.028 0.008 0.003 0.025 0.007 0.029 0.624 0.149 0.083 0.017 100 T 0.015 0.041 0.023 0.019 0.033 0.026 0.062 0.595 0.116 0.059 0.010 101 D 0.020 0.127 0.135 0.048 0.051 0.046 0.124 0.306 0.067 0.060 0.017 102 G 0.024 0.043 0.059 0.082 0.021 0.033 0.036 0.314 0.106 0.229 0.052 103 C 0.071 0.093 0.016 0.008 0.102 0.013 0.032 0.363 0.178 0.088 0.036 104 E 0.046 0.079 0.022 0.012 0.098 0.022 0.049 0.401 0.193 0.056 0.021 105 I 0.068 0.085 0.033 0.008 0.145 0.012 0.088 0.378 0.117 0.044 0.021 106 Y 0.112 0.084 0.044 0.024 0.136 0.032 0.076 0.147 0.091 0.189 0.065 107 Y 0.096 0.309 0.158 0.019 0.253 0.007 0.016 0.070 0.026 0.025 0.023 108 P 0.067 0.144 0.085 0.029 0.121 0.043 0.093 0.217 0.105 0.069 0.028 109 L 0.033 0.177 0.149 0.065 0.086 0.032 0.100 0.105 0.090 0.131 0.031 110 G 0.036 0.097 0.221 0.205 0.062 0.059 0.027 0.069 0.056 0.125 0.043 111 I 0.083 0.279 0.103 0.011 0.198 0.014 0.040 0.131 0.072 0.046 0.023 112 D 0.056 0.214 0.227 0.048 0.135 0.030 0.038 0.036 0.034 0.130 0.054 113 D 0.194 0.199 0.175 0.018 0.260 0.004 0.009 0.026 0.027 0.020 0.068 114 P 0.018 0.041 0.027 0.008 0.026 0.023 0.062 0.245 0.462 0.075 0.014 115 D 0.048 0.142 0.028 0.008 0.138 0.013 0.060 0.063 0.122 0.344 0.035 116 Y 0.357 0.048 0.006 0.002 0.185 0.002 0.003 0.006 0.022 0.170 0.200 117 T 0.145 0.156 0.042 0.018 0.540 0.016 0.020 0.011 0.008 0.019 0.024 118 A 0.262 0.080 0.008 0.001 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 119 L 0.121 0.109 0.005 0.001 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 120 C 0.320 0.061 0.004 0.001 0.548 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 121 F 0.238 0.227 0.022 0.001 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 122 T 0.028 0.558 0.203 0.005 0.192 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 123 A 0.425 0.045 0.016 0.017 0.234 0.017 0.034 0.032 0.017 0.014 0.150 124 E 0.003 0.003 0.002 0.053 0.006 0.263 0.420 0.144 0.072 0.027 0.005 125 W 0.354 0.071 0.018 0.005 0.326 0.002 0.007 0.017 0.024 0.077 0.100 126 G 0.272 0.091 0.008 0.005 0.512 0.003 0.002 0.012 0.014 0.020 0.061 127 N 0.240 0.094 0.023 0.007 0.482 0.007 0.013 0.032 0.022 0.023 0.057 128 Y 0.317 0.127 0.021 0.018 0.285 0.019 0.019 0.053 0.021 0.039 0.081 129 Y 0.152 0.129 0.039 0.045 0.209 0.054 0.052 0.109 0.067 0.073 0.070 130 R 0.111 0.145 0.069 0.036 0.171 0.040 0.088 0.150 0.062 0.078 0.049 131 H 0.103 0.117 0.109 0.056 0.109 0.028 0.039 0.149 0.083 0.135 0.072 132 L 0.078 0.146 0.067 0.061 0.134 0.037 0.038 0.243 0.103 0.058 0.035 133 K 0.030 0.063 0.027 0.038 0.052 0.094 0.130 0.279 0.159 0.100 0.027 134 N 0.138 0.093 0.043 0.015 0.175 0.008 0.027 0.168 0.078 0.162 0.092 135 I 0.082 0.062 0.022 0.006 0.096 0.009 0.027 0.357 0.202 0.098 0.040 136 T 0.065 0.104 0.037 0.019 0.108 0.033 0.067 0.362 0.104 0.071 0.029 137 F 0.096 0.158 0.037 0.015 0.183 0.016 0.030 0.285 0.067 0.070 0.042 138 K 0.101 0.204 0.101 0.008 0.185 0.007 0.016 0.255 0.043 0.049 0.030 139 I 0.052 0.049 0.014 0.005 0.066 0.004 0.010 0.583 0.153 0.043 0.022 140 D 0.034 0.048 0.012 0.007 0.060 0.012 0.028 0.601 0.159 0.027 0.012 141 E 0.044 0.038 0.012 0.003 0.058 0.005 0.036 0.654 0.103 0.033 0.013 142 I 0.041 0.036 0.015 0.009 0.058 0.018 0.055 0.598 0.114 0.045 0.012 143 Y 0.050 0.101 0.027 0.017 0.091 0.022 0.042 0.406 0.141 0.077 0.025 144 N 0.082 0.069 0.034 0.015 0.099 0.016 0.046 0.285 0.123 0.180 0.052 145 Y 0.047 0.174 0.073 0.019 0.113 0.017 0.045 0.271 0.119 0.094 0.027