# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.005 0.004 0.013 0.095 0.875 2 I 0.010 0.015 0.002 0.044 0.083 0.846 3 D 0.007 0.011 0.002 0.087 0.067 0.826 4 E 0.001 0.001 0.015 0.954 0.016 0.015 5 K 0.001 0.001 0.017 0.964 0.012 0.005 6 F 0.001 0.001 0.014 0.972 0.009 0.004 7 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.006 8 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 9 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.007 10 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.009 11 N 0.001 0.001 0.006 0.969 0.009 0.014 12 E 0.002 0.001 0.010 0.959 0.013 0.016 13 L 0.003 0.001 0.018 0.917 0.033 0.029 14 V 0.004 0.003 0.021 0.861 0.068 0.044 15 E 0.006 0.002 0.047 0.737 0.142 0.066 16 S 0.017 0.005 0.062 0.365 0.297 0.254 17 S 0.022 0.003 0.033 0.073 0.530 0.338 18 K 0.131 0.003 0.017 0.008 0.412 0.429 19 I 0.901 0.005 0.003 0.004 0.036 0.051 20 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 21 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 V 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 23 G 0.830 0.002 0.001 0.003 0.023 0.141 24 T 0.786 0.004 0.002 0.001 0.046 0.161 25 N 0.702 0.038 0.003 0.001 0.059 0.197 26 G 0.163 0.027 0.006 0.001 0.789 0.013 27 E 0.013 0.002 0.015 0.001 0.963 0.005 28 N 0.002 0.001 0.011 0.001 0.981 0.005 29 G 0.019 0.011 0.007 0.001 0.951 0.011 30 Y 0.167 0.049 0.005 0.004 0.342 0.433 31 P 0.452 0.136 0.009 0.006 0.164 0.233 32 N 0.462 0.017 0.018 0.006 0.214 0.284 33 I 0.728 0.011 0.011 0.005 0.091 0.153 34 K 0.788 0.004 0.007 0.003 0.062 0.135 35 A 0.878 0.004 0.007 0.005 0.039 0.067 36 M 0.882 0.004 0.006 0.007 0.031 0.070 37 M 0.884 0.002 0.006 0.010 0.034 0.064 38 R 0.893 0.003 0.005 0.011 0.033 0.055 39 L 0.933 0.004 0.003 0.009 0.021 0.031 40 K 0.937 0.006 0.002 0.006 0.021 0.028 41 H 0.796 0.015 0.006 0.006 0.146 0.031 42 D 0.251 0.007 0.021 0.004 0.670 0.047 43 G 0.058 0.005 0.034 0.003 0.849 0.050 44 L 0.066 0.005 0.015 0.001 0.848 0.065 45 K 0.316 0.007 0.006 0.001 0.370 0.300 46 K 0.845 0.008 0.001 0.001 0.046 0.100 47 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 48 W 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 49 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 50 S 0.889 0.002 0.001 0.001 0.026 0.081 51 T 0.425 0.013 0.003 0.002 0.136 0.421 52 N 0.058 0.014 0.009 0.005 0.636 0.277 53 T 0.012 0.009 0.085 0.064 0.710 0.121 54 S 0.007 0.004 0.092 0.135 0.681 0.081 55 T 0.015 0.007 0.068 0.301 0.504 0.106 56 R 0.020 0.014 0.018 0.777 0.067 0.105 57 M 0.027 0.009 0.013 0.871 0.032 0.047 58 V 0.015 0.002 0.010 0.937 0.017 0.019 59 E 0.012 0.001 0.014 0.952 0.012 0.009 60 R 0.006 0.001 0.017 0.961 0.009 0.006 61 L 0.003 0.001 0.026 0.942 0.023 0.006 62 K 0.004 0.001 0.021 0.905 0.050 0.019 63 K 0.005 0.002 0.034 0.786 0.100 0.072 64 N 0.021 0.018 0.017 0.019 0.688 0.238 65 N 0.014 0.002 0.071 0.007 0.746 0.160 66 K 0.143 0.003 0.046 0.002 0.638 0.167 67 I 0.766 0.004 0.010 0.002 0.159 0.058 68 C 0.940 0.001 0.001 0.001 0.019 0.039 69 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 72 V 0.927 0.002 0.001 0.001 0.012 0.058 73 D 0.526 0.009 0.003 0.001 0.346 0.114 74 D 0.088 0.008 0.024 0.004 0.805 0.072 75 N 0.022 0.004 0.084 0.004 0.841 0.045 76 K 0.115 0.015 0.132 0.003 0.684 0.050 77 F 0.347 0.015 0.070 0.005 0.308 0.254 78 A 0.582 0.008 0.023 0.002 0.191 0.193 79 G 0.820 0.002 0.005 0.001 0.058 0.114 80 L 0.972 0.002 0.001 0.001 0.006 0.020 81 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 82 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 83 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 84 G 0.938 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 85 T 0.927 0.001 0.001 0.001 0.016 0.056 86 I 0.949 0.001 0.001 0.002 0.012 0.036 87 E 0.960 0.001 0.001 0.002 0.013 0.024 88 I 0.959 0.001 0.001 0.003 0.013 0.022 89 L 0.803 0.006 0.002 0.008 0.068 0.113 90 H 0.307 0.013 0.002 0.014 0.205 0.459 91 D 0.028 0.004 0.002 0.024 0.237 0.704 92 R 0.005 0.001 0.030 0.768 0.132 0.064 93 A 0.007 0.002 0.029 0.812 0.112 0.038 94 S 0.005 0.002 0.020 0.922 0.035 0.016 95 K 0.004 0.001 0.011 0.962 0.012 0.011 96 E 0.003 0.001 0.011 0.972 0.008 0.006 97 M 0.002 0.001 0.014 0.967 0.010 0.006 98 L 0.003 0.001 0.013 0.950 0.018 0.015 99 W 0.003 0.001 0.013 0.939 0.023 0.021 100 T 0.005 0.002 0.016 0.860 0.057 0.060 101 D 0.005 0.003 0.023 0.632 0.147 0.189 102 G 0.008 0.006 0.062 0.217 0.321 0.386 103 C 0.021 0.009 0.225 0.177 0.310 0.259 104 E 0.048 0.011 0.354 0.209 0.248 0.130 105 I 0.073 0.020 0.232 0.285 0.213 0.176 106 Y 0.091 0.040 0.093 0.238 0.260 0.278 107 Y 0.078 0.035 0.036 0.060 0.432 0.360 108 P 0.052 0.022 0.028 0.039 0.524 0.335 109 L 0.046 0.029 0.034 0.022 0.550 0.319 110 G 0.045 0.034 0.016 0.006 0.558 0.340 111 I 0.066 0.054 0.028 0.008 0.349 0.496 112 D 0.063 0.060 0.023 0.007 0.368 0.480 113 D 0.029 0.033 0.016 0.002 0.818 0.102 114 P 0.011 0.004 0.047 0.002 0.876 0.061 115 D 0.021 0.002 0.045 0.001 0.865 0.066 116 Y 0.290 0.013 0.019 0.001 0.602 0.076 117 T 0.712 0.007 0.001 0.001 0.083 0.196 118 A 0.973 0.004 0.001 0.001 0.005 0.018 119 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 120 C 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 121 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 122 T 0.858 0.002 0.001 0.003 0.032 0.105 123 A 0.520 0.003 0.013 0.025 0.206 0.232 124 E 0.363 0.005 0.052 0.033 0.337 0.210 125 W 0.456 0.008 0.105 0.086 0.256 0.088 126 G 0.514 0.007 0.078 0.089 0.196 0.117 127 N 0.674 0.008 0.064 0.070 0.104 0.081 128 Y 0.646 0.018 0.052 0.087 0.104 0.093 129 Y 0.517 0.014 0.041 0.096 0.189 0.142 130 R 0.352 0.010 0.070 0.078 0.275 0.214 131 H 0.250 0.018 0.099 0.087 0.334 0.213 132 L 0.201 0.013 0.172 0.075 0.388 0.150 133 K 0.229 0.006 0.115 0.049 0.381 0.221 134 N 0.378 0.006 0.072 0.050 0.280 0.213 135 I 0.693 0.007 0.014 0.021 0.109 0.156 136 T 0.858 0.006 0.004 0.010 0.034 0.089 137 F 0.881 0.008 0.003 0.009 0.023 0.077 138 K 0.840 0.008 0.003 0.006 0.048 0.095 139 I 0.705 0.014 0.011 0.008 0.137 0.126 140 D 0.366 0.015 0.030 0.020 0.350 0.218 141 E 0.181 0.007 0.047 0.028 0.520 0.217 142 I 0.211 0.021 0.026 0.025 0.370 0.347 143 Y 0.186 0.051 0.015 0.043 0.171 0.535 144 N 0.107 0.032 0.005 0.033 0.127 0.696 145 Y 0.021 0.003 0.001 0.008 0.046 0.921