# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.025 0.883 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.037 0.009 0.005 0.028 2 I 0.001 0.031 0.893 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.042 0.014 0.003 0.006 3 D 0.001 0.006 0.725 0.001 0.015 0.111 0.001 0.001 0.001 0.119 0.018 0.002 0.004 4 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.061 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 5 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.098 0.858 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 6 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.075 0.877 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.040 0.001 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.016 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 10 S 0.001 0.001 0.023 0.001 0.022 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.052 0.887 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 0.876 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.002 0.002 13 L 0.001 0.002 0.017 0.001 0.063 0.852 0.001 0.001 0.002 0.010 0.050 0.001 0.002 14 V 0.001 0.006 0.088 0.001 0.044 0.740 0.001 0.001 0.002 0.048 0.064 0.002 0.004 15 E 0.001 0.006 0.120 0.006 0.082 0.500 0.001 0.001 0.001 0.041 0.235 0.005 0.003 16 S 0.001 0.003 0.159 0.003 0.057 0.244 0.001 0.001 0.002 0.131 0.396 0.001 0.003 17 S 0.001 0.003 0.344 0.005 0.018 0.036 0.001 0.001 0.004 0.312 0.270 0.003 0.003 18 K 0.002 0.006 0.469 0.026 0.012 0.006 0.002 0.002 0.023 0.252 0.161 0.022 0.015 19 I 0.043 0.011 0.093 0.006 0.002 0.002 0.058 0.126 0.422 0.025 0.003 0.030 0.178 20 V 0.176 0.003 0.028 0.016 0.001 0.001 0.146 0.250 0.242 0.004 0.001 0.098 0.035 21 M 0.423 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.193 0.191 0.092 0.002 0.001 0.039 0.041 22 V 0.531 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.141 0.160 0.044 0.002 0.001 0.048 0.050 23 G 0.459 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.113 0.119 0.078 0.003 0.003 0.090 0.098 24 T 0.417 0.004 0.110 0.015 0.001 0.002 0.057 0.024 0.050 0.032 0.008 0.100 0.180 25 N 0.148 0.114 0.173 0.018 0.005 0.004 0.029 0.004 0.032 0.149 0.034 0.091 0.199 26 G 0.004 0.016 0.645 0.003 0.013 0.003 0.001 0.001 0.005 0.130 0.113 0.017 0.049 27 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.850 0.001 0.002 28 N 0.001 0.003 0.036 0.001 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.098 0.825 0.002 0.002 29 G 0.001 0.008 0.139 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.746 0.085 0.006 0.004 30 Y 0.001 0.009 0.715 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.016 0.026 0.016 31 P 0.010 0.094 0.367 0.017 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.079 0.043 0.008 0.365 32 N 0.075 0.022 0.236 0.200 0.009 0.004 0.013 0.001 0.003 0.037 0.024 0.340 0.035 33 I 0.136 0.015 0.146 0.004 0.007 0.009 0.026 0.002 0.021 0.024 0.005 0.036 0.570 34 K 0.147 0.005 0.099 0.057 0.004 0.011 0.027 0.001 0.024 0.027 0.005 0.526 0.065 35 A 0.126 0.007 0.092 0.026 0.006 0.012 0.038 0.002 0.046 0.018 0.005 0.052 0.571 36 M 0.202 0.007 0.078 0.062 0.006 0.008 0.029 0.003 0.029 0.013 0.009 0.402 0.152 37 M 0.258 0.006 0.073 0.041 0.005 0.004 0.016 0.001 0.018 0.013 0.008 0.202 0.354 38 R 0.292 0.003 0.067 0.060 0.006 0.005 0.015 0.001 0.014 0.017 0.011 0.101 0.408 39 L 0.255 0.004 0.045 0.011 0.004 0.004 0.010 0.001 0.012 0.017 0.010 0.512 0.115 40 K 0.214 0.017 0.055 0.004 0.003 0.004 0.013 0.001 0.008 0.019 0.011 0.043 0.608 41 H 0.113 0.048 0.154 0.017 0.008 0.009 0.012 0.001 0.010 0.041 0.076 0.297 0.215 42 D 0.013 0.006 0.127 0.010 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.055 0.666 0.024 0.080 43 G 0.004 0.001 0.045 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.787 0.015 0.008 44 L 0.007 0.003 0.077 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.579 0.034 0.020 45 K 0.022 0.002 0.291 0.012 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.458 0.111 0.050 0.041 46 K 0.242 0.005 0.243 0.022 0.001 0.001 0.049 0.004 0.006 0.047 0.003 0.083 0.294 47 F 0.611 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.145 0.006 0.004 0.002 0.001 0.096 0.119 48 W 0.725 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.147 0.017 0.007 0.001 0.001 0.052 0.040 49 L 0.702 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.151 0.012 0.011 0.001 0.001 0.067 0.045 50 S 0.534 0.002 0.038 0.005 0.001 0.001 0.115 0.012 0.029 0.005 0.002 0.088 0.171 51 T 0.157 0.008 0.291 0.024 0.002 0.001 0.026 0.004 0.037 0.079 0.014 0.154 0.202 52 N 0.009 0.007 0.466 0.005 0.010 0.010 0.001 0.001 0.009 0.284 0.112 0.018 0.069 53 T 0.001 0.006 0.123 0.001 0.067 0.079 0.001 0.001 0.002 0.230 0.480 0.006 0.005 54 S 0.001 0.005 0.143 0.001 0.056 0.209 0.001 0.001 0.001 0.156 0.421 0.002 0.005 55 T 0.001 0.006 0.207 0.001 0.023 0.501 0.001 0.001 0.001 0.179 0.079 0.001 0.003 56 R 0.001 0.008 0.067 0.001 0.011 0.865 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.003 0.004 57 M 0.003 0.006 0.015 0.001 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.014 58 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 0.924 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 62 K 0.001 0.002 0.008 0.001 0.036 0.827 0.001 0.001 0.001 0.003 0.121 0.001 0.001 63 K 0.001 0.004 0.015 0.001 0.036 0.490 0.001 0.001 0.001 0.017 0.436 0.001 0.001 64 N 0.001 0.003 0.559 0.001 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.279 0.122 0.001 0.001 65 N 0.001 0.001 0.221 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.502 0.001 0.001 66 K 0.003 0.004 0.471 0.009 0.019 0.001 0.003 0.002 0.035 0.283 0.114 0.021 0.033 67 I 0.124 0.008 0.154 0.005 0.005 0.001 0.074 0.031 0.241 0.059 0.004 0.069 0.227 68 C 0.272 0.002 0.029 0.030 0.001 0.001 0.223 0.080 0.193 0.005 0.001 0.105 0.060 69 L 0.555 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.187 0.095 0.035 0.001 0.001 0.067 0.044 70 Y 0.638 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.144 0.093 0.048 0.001 0.001 0.035 0.031 71 F 0.661 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.108 0.017 0.027 0.002 0.001 0.061 0.104 72 V 0.339 0.009 0.187 0.020 0.001 0.001 0.051 0.008 0.046 0.029 0.014 0.114 0.182 73 D 0.030 0.009 0.466 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.012 0.139 0.053 0.073 0.205 74 D 0.003 0.004 0.100 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.581 0.022 0.037 75 N 0.001 0.002 0.063 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.684 0.012 0.016 76 K 0.005 0.008 0.119 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.433 0.313 0.049 0.031 77 F 0.045 0.014 0.197 0.008 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.134 0.117 0.089 0.367 78 A 0.203 0.008 0.075 0.087 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.039 0.021 0.214 0.345 79 G 0.548 0.001 0.016 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.134 0.273 80 L 0.765 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.104 81 M 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.045 82 L 0.609 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.192 83 V 0.634 0.001 0.015 0.082 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.009 0.003 0.066 0.170 84 G 0.715 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.200 0.043 85 T 0.639 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.003 0.003 0.001 0.069 0.217 86 I 0.579 0.001 0.038 0.021 0.001 0.001 0.143 0.003 0.010 0.003 0.001 0.051 0.150 87 E 0.219 0.001 0.035 0.002 0.001 0.001 0.070 0.002 0.016 0.004 0.001 0.617 0.034 88 I 0.046 0.008 0.073 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.017 0.005 0.001 0.007 0.817 89 L 0.016 0.032 0.462 0.147 0.005 0.001 0.010 0.001 0.020 0.053 0.021 0.197 0.035 90 H 0.002 0.013 0.306 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.015 0.461 0.090 0.021 0.076 91 D 0.001 0.007 0.381 0.001 0.034 0.040 0.001 0.001 0.002 0.399 0.102 0.009 0.025 92 R 0.001 0.002 0.066 0.001 0.061 0.707 0.001 0.001 0.001 0.037 0.122 0.002 0.001 93 A 0.001 0.005 0.056 0.001 0.053 0.801 0.001 0.001 0.001 0.020 0.060 0.001 0.003 94 S 0.001 0.003 0.041 0.001 0.049 0.854 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.001 0.002 95 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.028 0.924 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.002 98 L 0.001 0.002 0.016 0.001 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.001 0.001 99 W 0.001 0.004 0.033 0.001 0.023 0.841 0.001 0.001 0.001 0.013 0.083 0.001 0.001 100 T 0.001 0.002 0.063 0.001 0.025 0.752 0.001 0.001 0.001 0.025 0.128 0.002 0.002 101 D 0.001 0.002 0.086 0.001 0.028 0.439 0.001 0.001 0.001 0.072 0.369 0.001 0.001 102 G 0.001 0.009 0.180 0.001 0.056 0.263 0.001 0.001 0.002 0.064 0.422 0.002 0.003 103 C 0.001 0.025 0.330 0.002 0.131 0.257 0.001 0.001 0.005 0.098 0.124 0.007 0.019 104 E 0.005 0.016 0.162 0.007 0.244 0.247 0.001 0.002 0.009 0.099 0.171 0.018 0.019 105 I 0.006 0.016 0.141 0.003 0.200 0.253 0.003 0.005 0.017 0.104 0.209 0.017 0.026 106 Y 0.005 0.071 0.240 0.003 0.112 0.223 0.003 0.005 0.025 0.111 0.163 0.011 0.029 107 Y 0.001 0.031 0.577 0.005 0.030 0.049 0.001 0.001 0.011 0.216 0.051 0.017 0.010 108 P 0.001 0.012 0.353 0.006 0.066 0.024 0.001 0.001 0.002 0.103 0.416 0.004 0.013 109 L 0.001 0.012 0.218 0.003 0.087 0.020 0.001 0.001 0.003 0.190 0.454 0.004 0.008 110 G 0.001 0.024 0.391 0.002 0.037 0.008 0.001 0.001 0.004 0.449 0.065 0.012 0.007 111 I 0.001 0.019 0.541 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.004 0.226 0.137 0.015 0.028 112 D 0.002 0.134 0.496 0.006 0.014 0.006 0.001 0.001 0.005 0.160 0.101 0.008 0.066 113 D 0.001 0.018 0.825 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.020 0.016 0.008 114 P 0.001 0.002 0.037 0.005 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.111 0.791 0.001 0.004 115 D 0.002 0.002 0.038 0.006 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.845 0.013 0.005 116 Y 0.046 0.010 0.443 0.014 0.016 0.001 0.005 0.001 0.008 0.138 0.080 0.053 0.187 117 T 0.392 0.009 0.119 0.006 0.001 0.001 0.053 0.002 0.025 0.016 0.005 0.179 0.195 118 A 0.703 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.050 0.002 0.003 0.002 0.001 0.088 0.143 119 L 0.765 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.046 0.003 0.004 0.002 0.001 0.116 0.043 120 C 0.754 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.003 0.001 0.001 0.051 0.115 121 F 0.776 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.084 122 T 0.501 0.001 0.061 0.004 0.001 0.001 0.037 0.001 0.010 0.009 0.003 0.210 0.163 123 A 0.224 0.002 0.105 0.014 0.007 0.001 0.020 0.001 0.011 0.023 0.031 0.047 0.515 124 E 0.144 0.001 0.075 0.469 0.009 0.001 0.011 0.001 0.004 0.106 0.048 0.093 0.039 125 W 0.361 0.005 0.040 0.005 0.017 0.003 0.032 0.006 0.017 0.045 0.020 0.222 0.228 126 G 0.413 0.007 0.028 0.002 0.004 0.003 0.051 0.006 0.006 0.006 0.004 0.052 0.421 127 N 0.465 0.004 0.034 0.018 0.002 0.005 0.061 0.004 0.006 0.003 0.002 0.341 0.055 128 Y 0.280 0.004 0.058 0.008 0.003 0.006 0.024 0.003 0.008 0.009 0.005 0.059 0.531 129 Y 0.205 0.003 0.161 0.082 0.031 0.014 0.012 0.001 0.008 0.046 0.068 0.202 0.165 130 R 0.096 0.011 0.143 0.028 0.063 0.017 0.008 0.001 0.007 0.154 0.143 0.106 0.225 131 H 0.027 0.015 0.164 0.024 0.119 0.031 0.004 0.001 0.006 0.137 0.297 0.064 0.111 132 L 0.023 0.015 0.253 0.022 0.091 0.023 0.002 0.001 0.004 0.175 0.216 0.079 0.095 133 K 0.042 0.010 0.196 0.059 0.069 0.022 0.004 0.001 0.004 0.214 0.186 0.104 0.091 134 N 0.093 0.006 0.183 0.037 0.041 0.019 0.008 0.002 0.010 0.128 0.084 0.069 0.320 135 I 0.316 0.010 0.111 0.030 0.013 0.013 0.040 0.005 0.018 0.042 0.025 0.180 0.199 136 T 0.355 0.012 0.054 0.008 0.004 0.009 0.071 0.007 0.026 0.010 0.007 0.196 0.240 137 F 0.444 0.004 0.053 0.012 0.002 0.004 0.052 0.005 0.016 0.007 0.004 0.135 0.262 138 K 0.285 0.005 0.088 0.008 0.001 0.003 0.024 0.003 0.029 0.010 0.006 0.386 0.152 139 I 0.111 0.010 0.118 0.010 0.010 0.009 0.011 0.001 0.021 0.029 0.023 0.067 0.579 140 D 0.064 0.004 0.201 0.140 0.037 0.011 0.007 0.001 0.011 0.101 0.107 0.208 0.107 141 E 0.041 0.009 0.177 0.015 0.080 0.014 0.006 0.001 0.008 0.204 0.141 0.135 0.169 142 I 0.041 0.035 0.238 0.009 0.052 0.021 0.008 0.001 0.008 0.142 0.073 0.090 0.283 143 Y 0.016 0.036 0.395 0.015 0.021 0.018 0.004 0.001 0.007 0.130 0.083 0.201 0.073 144 N 0.005 0.020 0.657 0.005 0.011 0.012 0.001 0.001 0.003 0.078 0.080 0.012 0.115 145 Y 0.002 0.009 0.791 0.004 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.080 0.041 0.020 0.022