# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.029 0.002 0.022 0.018 0.022 0.125 0.001 0.001 0.039 0.736 2 I 0.010 0.335 0.001 0.007 0.011 0.008 0.070 0.006 0.001 0.031 0.522 3 D 0.026 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.012 4 E 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.022 5 K 0.015 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.022 6 F 0.031 0.236 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.682 0.035 7 L 0.004 0.072 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.891 0.020 8 I 0.014 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.038 0.084 9 E 0.008 0.879 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.004 0.008 0.070 10 S 0.025 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.027 11 N 0.045 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.002 0.041 0.137 12 E 0.059 0.256 0.078 0.002 0.001 0.001 0.047 0.010 0.033 0.312 0.203 13 L 0.207 0.110 0.035 0.004 0.001 0.001 0.094 0.012 0.018 0.211 0.307 14 V 0.172 0.071 0.013 0.007 0.001 0.001 0.111 0.008 0.007 0.110 0.499 15 E 0.092 0.046 0.003 0.013 0.001 0.003 0.153 0.004 0.002 0.058 0.626 16 S 0.032 0.076 0.002 0.023 0.003 0.010 0.126 0.007 0.001 0.055 0.666 17 S 0.042 0.021 0.005 0.024 0.014 0.034 0.164 0.007 0.002 0.107 0.580 18 K 0.024 0.038 0.003 0.123 0.045 0.129 0.112 0.003 0.001 0.117 0.403 19 I 0.020 0.016 0.002 0.175 0.048 0.134 0.093 0.002 0.001 0.149 0.361 20 V 0.003 0.007 0.002 0.362 0.118 0.186 0.051 0.001 0.001 0.109 0.161 21 M 0.003 0.002 0.001 0.300 0.145 0.273 0.028 0.001 0.001 0.143 0.105 22 V 0.003 0.003 0.001 0.210 0.187 0.297 0.040 0.001 0.001 0.044 0.215 23 G 0.002 0.001 0.001 0.130 0.222 0.454 0.025 0.001 0.001 0.038 0.127 24 T 0.006 0.003 0.001 0.039 0.299 0.430 0.036 0.001 0.001 0.055 0.129 25 N 0.005 0.002 0.004 0.075 0.130 0.262 0.087 0.003 0.005 0.021 0.406 26 G 0.807 0.017 0.001 0.005 0.015 0.017 0.016 0.020 0.002 0.036 0.063 27 E 0.424 0.006 0.002 0.008 0.004 0.007 0.051 0.002 0.001 0.048 0.448 28 N 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.029 0.073 0.001 0.001 0.006 0.873 29 G 0.041 0.007 0.003 0.020 0.064 0.069 0.095 0.002 0.001 0.049 0.650 30 Y 0.148 0.006 0.001 0.016 0.074 0.035 0.130 0.012 0.001 0.144 0.433 31 P 0.042 0.004 0.001 0.014 0.027 0.033 0.114 0.002 0.001 0.024 0.739 32 N 0.017 0.006 0.001 0.031 0.057 0.097 0.114 0.002 0.001 0.022 0.653 33 I 0.011 0.009 0.001 0.043 0.072 0.083 0.120 0.003 0.001 0.031 0.626 34 K 0.022 0.019 0.002 0.136 0.184 0.194 0.088 0.006 0.001 0.050 0.298 35 A 0.030 0.023 0.002 0.175 0.125 0.175 0.064 0.005 0.001 0.055 0.345 36 M 0.032 0.017 0.002 0.157 0.152 0.195 0.071 0.004 0.001 0.035 0.336 37 M 0.016 0.016 0.001 0.205 0.122 0.230 0.068 0.004 0.001 0.030 0.308 38 R 0.018 0.010 0.001 0.103 0.132 0.259 0.071 0.001 0.001 0.042 0.362 39 L 0.006 0.007 0.002 0.060 0.235 0.309 0.069 0.001 0.001 0.032 0.277 40 K 0.032 0.017 0.013 0.025 0.113 0.170 0.094 0.004 0.012 0.045 0.477 41 H 0.513 0.005 0.009 0.006 0.022 0.029 0.040 0.011 0.008 0.060 0.297 42 D 0.214 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.053 0.003 0.001 0.063 0.645 43 G 0.011 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.080 0.001 0.001 0.018 0.867 44 L 0.003 0.001 0.001 0.016 0.044 0.073 0.131 0.001 0.001 0.035 0.697 45 K 0.001 0.001 0.001 0.038 0.283 0.313 0.069 0.001 0.001 0.064 0.231 46 K 0.001 0.001 0.001 0.091 0.195 0.369 0.036 0.001 0.001 0.107 0.201 47 F 0.001 0.001 0.001 0.161 0.323 0.395 0.011 0.001 0.001 0.051 0.058 48 W 0.001 0.001 0.001 0.203 0.271 0.389 0.011 0.001 0.001 0.062 0.062 49 L 0.001 0.001 0.001 0.249 0.310 0.297 0.012 0.001 0.001 0.062 0.068 50 S 0.008 0.001 0.001 0.190 0.207 0.338 0.034 0.001 0.001 0.104 0.117 51 T 0.049 0.003 0.001 0.083 0.128 0.191 0.091 0.002 0.001 0.115 0.336 52 N 0.117 0.036 0.002 0.049 0.047 0.064 0.124 0.007 0.003 0.068 0.482 53 T 0.058 0.214 0.003 0.016 0.017 0.021 0.099 0.009 0.002 0.036 0.524 54 S 0.039 0.675 0.001 0.004 0.009 0.012 0.034 0.013 0.001 0.012 0.199 55 T 0.031 0.807 0.001 0.003 0.007 0.006 0.015 0.005 0.001 0.029 0.095 56 R 0.009 0.873 0.004 0.003 0.003 0.004 0.011 0.004 0.001 0.033 0.056 57 M 0.009 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.017 58 V 0.025 0.902 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.001 0.014 0.035 59 E 0.025 0.717 0.007 0.006 0.004 0.005 0.020 0.005 0.003 0.116 0.090 60 R 0.079 0.297 0.076 0.008 0.004 0.008 0.041 0.024 0.040 0.252 0.171 61 L 0.453 0.043 0.017 0.008 0.004 0.008 0.061 0.016 0.009 0.143 0.240 62 K 0.050 0.004 0.006 0.013 0.005 0.017 0.099 0.001 0.006 0.042 0.757 63 K 0.010 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.086 0.001 0.001 0.011 0.870 64 N 0.071 0.002 0.002 0.012 0.013 0.027 0.200 0.008 0.001 0.113 0.552 65 N 0.020 0.002 0.001 0.031 0.009 0.025 0.189 0.002 0.001 0.109 0.610 66 K 0.003 0.002 0.001 0.121 0.029 0.138 0.123 0.001 0.001 0.113 0.471 67 I 0.001 0.001 0.001 0.174 0.126 0.267 0.054 0.001 0.001 0.119 0.257 68 C 0.001 0.001 0.001 0.259 0.196 0.346 0.020 0.001 0.001 0.087 0.091 69 L 0.001 0.001 0.001 0.223 0.293 0.333 0.013 0.001 0.001 0.048 0.089 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.197 0.279 0.369 0.019 0.001 0.001 0.045 0.089 71 F 0.003 0.001 0.001 0.175 0.186 0.359 0.053 0.001 0.001 0.058 0.163 72 V 0.037 0.005 0.003 0.079 0.100 0.158 0.105 0.003 0.007 0.054 0.451 73 D 0.331 0.030 0.006 0.012 0.019 0.021 0.078 0.013 0.007 0.061 0.421 74 D 0.113 0.010 0.003 0.006 0.007 0.013 0.089 0.007 0.002 0.070 0.680 75 N 0.088 0.004 0.007 0.010 0.014 0.034 0.101 0.002 0.003 0.090 0.648 76 K 0.068 0.003 0.002 0.011 0.049 0.086 0.100 0.005 0.001 0.099 0.576 77 F 0.023 0.002 0.001 0.009 0.047 0.074 0.120 0.001 0.001 0.043 0.679 78 A 0.001 0.001 0.001 0.021 0.176 0.372 0.087 0.001 0.001 0.036 0.306 79 G 0.001 0.001 0.001 0.028 0.158 0.484 0.048 0.001 0.001 0.062 0.219 80 L 0.001 0.001 0.001 0.063 0.343 0.451 0.016 0.001 0.001 0.032 0.094 81 M 0.001 0.001 0.001 0.061 0.295 0.542 0.009 0.001 0.001 0.048 0.043 82 L 0.001 0.001 0.001 0.043 0.426 0.445 0.005 0.001 0.001 0.034 0.045 83 V 0.009 0.002 0.001 0.078 0.314 0.400 0.024 0.001 0.001 0.026 0.145 84 G 0.002 0.001 0.001 0.043 0.380 0.481 0.015 0.001 0.001 0.012 0.065 85 T 0.005 0.002 0.001 0.054 0.272 0.476 0.032 0.001 0.001 0.029 0.129 86 I 0.013 0.002 0.001 0.112 0.363 0.239 0.050 0.001 0.001 0.021 0.198 87 E 0.015 0.004 0.001 0.090 0.274 0.396 0.054 0.002 0.001 0.025 0.139 88 I 0.013 0.007 0.001 0.068 0.074 0.118 0.085 0.001 0.001 0.025 0.607 89 L 0.035 0.022 0.003 0.068 0.060 0.079 0.133 0.005 0.002 0.093 0.500 90 H 0.024 0.099 0.004 0.019 0.009 0.010 0.097 0.004 0.002 0.231 0.501 91 D 0.035 0.704 0.003 0.003 0.002 0.002 0.022 0.006 0.001 0.060 0.162 92 R 0.032 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.016 0.054 93 A 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.016 0.042 94 S 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 95 K 0.032 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.021 0.026 96 E 0.014 0.163 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.759 0.041 97 M 0.031 0.511 0.020 0.003 0.001 0.001 0.036 0.005 0.006 0.255 0.132 98 L 0.113 0.260 0.132 0.006 0.001 0.002 0.048 0.038 0.037 0.157 0.206 99 W 0.180 0.321 0.012 0.005 0.002 0.003 0.054 0.013 0.011 0.038 0.361 100 T 0.145 0.123 0.001 0.002 0.001 0.004 0.045 0.004 0.001 0.013 0.661 101 D 0.055 0.133 0.008 0.005 0.002 0.006 0.077 0.018 0.003 0.043 0.650 102 G 0.217 0.168 0.016 0.008 0.002 0.007 0.089 0.010 0.008 0.049 0.425 103 C 0.210 0.106 0.006 0.018 0.007 0.014 0.072 0.010 0.002 0.046 0.508 104 E 0.106 0.022 0.001 0.015 0.018 0.028 0.096 0.002 0.001 0.040 0.672 105 I 0.007 0.014 0.002 0.053 0.034 0.056 0.142 0.001 0.001 0.025 0.665 106 Y 0.027 0.048 0.006 0.038 0.027 0.040 0.138 0.008 0.003 0.029 0.635 107 Y 0.477 0.017 0.003 0.010 0.022 0.017 0.059 0.035 0.002 0.084 0.274 108 P 0.114 0.010 0.001 0.015 0.006 0.016 0.088 0.005 0.001 0.047 0.699 109 L 0.019 0.005 0.001 0.021 0.006 0.028 0.082 0.001 0.001 0.021 0.816 110 G 0.040 0.005 0.001 0.021 0.029 0.028 0.104 0.001 0.001 0.043 0.728 111 I 0.003 0.001 0.001 0.009 0.036 0.037 0.138 0.001 0.001 0.027 0.748 112 D 0.045 0.003 0.001 0.010 0.011 0.013 0.114 0.003 0.001 0.029 0.768 113 D 0.432 0.004 0.002 0.008 0.006 0.007 0.115 0.006 0.001 0.119 0.299 114 P 0.023 0.002 0.001 0.011 0.005 0.016 0.178 0.002 0.001 0.071 0.691 115 D 0.008 0.001 0.001 0.027 0.034 0.133 0.149 0.001 0.001 0.058 0.590 116 Y 0.002 0.001 0.001 0.060 0.191 0.308 0.079 0.001 0.001 0.075 0.283 117 T 0.001 0.001 0.001 0.068 0.203 0.530 0.023 0.001 0.001 0.079 0.096 118 A 0.001 0.001 0.001 0.062 0.284 0.482 0.014 0.001 0.001 0.041 0.116 119 L 0.001 0.001 0.001 0.097 0.374 0.386 0.013 0.001 0.001 0.025 0.103 120 C 0.001 0.001 0.001 0.057 0.402 0.388 0.020 0.001 0.001 0.039 0.092 121 F 0.002 0.001 0.001 0.082 0.252 0.273 0.048 0.001 0.001 0.021 0.320 122 T 0.424 0.027 0.002 0.038 0.103 0.111 0.050 0.016 0.004 0.054 0.171 123 A 0.301 0.033 0.005 0.030 0.014 0.021 0.077 0.008 0.003 0.068 0.439 124 E 0.034 0.032 0.003 0.039 0.043 0.100 0.104 0.006 0.002 0.033 0.604 125 W 0.059 0.054 0.003 0.049 0.121 0.203 0.091 0.006 0.001 0.045 0.367 126 G 0.061 0.025 0.003 0.048 0.200 0.165 0.092 0.004 0.001 0.049 0.352 127 N 0.030 0.024 0.002 0.045 0.168 0.239 0.085 0.003 0.001 0.036 0.368 128 Y 0.039 0.030 0.005 0.030 0.073 0.152 0.111 0.004 0.003 0.031 0.522 129 Y 0.110 0.016 0.008 0.024 0.103 0.156 0.096 0.010 0.005 0.058 0.415 130 R 0.108 0.006 0.004 0.017 0.055 0.112 0.100 0.005 0.003 0.070 0.519 131 H 0.045 0.009 0.002 0.023 0.038 0.091 0.104 0.003 0.001 0.045 0.639 132 L 0.024 0.005 0.003 0.039 0.076 0.153 0.122 0.002 0.001 0.077 0.498 133 K 0.004 0.007 0.001 0.042 0.199 0.359 0.071 0.002 0.001 0.065 0.252 134 N 0.007 0.004 0.001 0.038 0.165 0.287 0.063 0.001 0.001 0.051 0.383 135 I 0.002 0.004 0.001 0.038 0.375 0.364 0.022 0.001 0.001 0.022 0.172 136 T 0.003 0.003 0.001 0.022 0.230 0.494 0.029 0.001 0.001 0.039 0.179 137 F 0.004 0.003 0.003 0.025 0.354 0.340 0.027 0.001 0.002 0.024 0.217 138 K 0.136 0.014 0.005 0.027 0.205 0.255 0.044 0.007 0.005 0.048 0.253 139 I 0.247 0.011 0.002 0.010 0.074 0.074 0.040 0.011 0.002 0.041 0.488 140 D 0.041 0.003 0.001 0.012 0.024 0.047 0.057 0.003 0.001 0.015 0.796 141 E 0.015 0.003 0.002 0.016 0.054 0.095 0.068 0.003 0.001 0.022 0.721 142 I 0.028 0.004 0.001 0.017 0.051 0.047 0.074 0.001 0.001 0.026 0.751 143 Y 0.022 0.002 0.001 0.017 0.105 0.057 0.084 0.004 0.001 0.034 0.675 144 N 0.024 0.008 0.001 0.016 0.025 0.029 0.126 0.002 0.001 0.024 0.746 145 Y 0.024 0.006 0.001 0.021 0.035 0.047 0.139 0.009 0.001 0.033 0.686