# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.169 0.073 0.010 0.133 0.013 0.045 0.143 0.066 0.161 0.081 2 I 0.065 0.383 0.137 0.017 0.173 0.009 0.018 0.064 0.033 0.059 0.040 3 D 0.019 0.493 0.249 0.009 0.083 0.002 0.002 0.095 0.025 0.016 0.006 4 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.736 0.245 0.009 0.001 5 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.915 0.057 0.010 0.001 6 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.075 0.038 0.001 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.060 0.004 0.001 8 I 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.910 0.058 0.006 0.001 9 E 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 0.020 0.852 0.064 0.048 0.002 10 S 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.829 0.102 0.039 0.002 11 N 0.002 0.008 0.001 0.002 0.004 0.004 0.012 0.752 0.202 0.013 0.001 12 E 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.020 0.838 0.114 0.012 0.002 13 L 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.027 0.758 0.146 0.048 0.002 14 V 0.014 0.019 0.004 0.002 0.020 0.003 0.008 0.640 0.227 0.051 0.011 15 E 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.011 0.084 0.633 0.227 0.025 0.003 16 S 0.015 0.027 0.014 0.002 0.032 0.003 0.056 0.202 0.241 0.391 0.017 17 S 0.114 0.379 0.040 0.001 0.343 0.001 0.004 0.032 0.029 0.029 0.029 18 K 0.096 0.033 0.008 0.020 0.093 0.042 0.139 0.155 0.129 0.216 0.067 19 I 0.201 0.146 0.018 0.005 0.587 0.004 0.008 0.005 0.003 0.008 0.014 20 V 0.146 0.109 0.004 0.002 0.724 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 M 0.300 0.026 0.002 0.001 0.636 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 22 V 0.347 0.053 0.007 0.005 0.455 0.009 0.013 0.007 0.004 0.015 0.085 23 G 0.257 0.133 0.023 0.006 0.428 0.005 0.010 0.006 0.004 0.036 0.093 24 T 0.162 0.286 0.054 0.005 0.394 0.004 0.005 0.010 0.004 0.026 0.050 25 N 0.071 0.219 0.078 0.043 0.234 0.041 0.038 0.033 0.039 0.152 0.052 26 G 0.014 0.108 0.577 0.169 0.028 0.022 0.010 0.031 0.027 0.009 0.006 27 E 0.005 0.013 0.021 0.028 0.007 0.059 0.166 0.466 0.202 0.030 0.004 28 N 0.002 0.583 0.225 0.080 0.026 0.011 0.032 0.012 0.006 0.019 0.004 29 G 0.020 0.010 0.017 0.035 0.007 0.019 0.005 0.006 0.016 0.565 0.299 30 Y 0.033 0.461 0.240 0.008 0.190 0.004 0.008 0.025 0.015 0.008 0.007 31 P 0.117 0.301 0.102 0.008 0.271 0.013 0.024 0.055 0.045 0.026 0.038 32 N 0.149 0.210 0.082 0.020 0.243 0.013 0.047 0.073 0.049 0.068 0.045 33 I 0.261 0.148 0.037 0.004 0.269 0.005 0.011 0.059 0.057 0.074 0.076 34 K 0.029 0.494 0.130 0.016 0.218 0.010 0.013 0.061 0.017 0.009 0.004 35 A 0.460 0.058 0.011 0.003 0.344 0.003 0.010 0.029 0.008 0.016 0.060 36 M 0.155 0.171 0.048 0.037 0.393 0.047 0.046 0.042 0.016 0.020 0.026 37 M 0.251 0.142 0.022 0.006 0.488 0.006 0.009 0.025 0.007 0.009 0.035 38 R 0.289 0.114 0.024 0.007 0.397 0.009 0.015 0.037 0.018 0.030 0.059 39 L 0.177 0.220 0.039 0.007 0.418 0.011 0.019 0.032 0.014 0.025 0.038 40 K 0.252 0.178 0.059 0.014 0.306 0.016 0.028 0.035 0.015 0.033 0.062 41 H 0.121 0.149 0.089 0.110 0.191 0.073 0.043 0.062 0.040 0.067 0.054 42 D 0.035 0.087 0.146 0.258 0.045 0.114 0.091 0.099 0.069 0.036 0.019 43 G 0.030 0.042 0.054 0.079 0.030 0.048 0.103 0.155 0.173 0.244 0.044 44 L 0.057 0.349 0.081 0.027 0.203 0.018 0.036 0.029 0.036 0.117 0.046 45 K 0.143 0.069 0.021 0.030 0.149 0.034 0.041 0.034 0.049 0.282 0.149 46 K 0.201 0.145 0.027 0.008 0.579 0.006 0.007 0.003 0.003 0.006 0.016 47 F 0.190 0.073 0.005 0.002 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 48 W 0.240 0.051 0.003 0.001 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 49 L 0.328 0.082 0.011 0.002 0.469 0.002 0.002 0.002 0.001 0.010 0.091 50 S 0.348 0.073 0.013 0.004 0.391 0.003 0.008 0.003 0.002 0.032 0.124 51 T 0.063 0.246 0.218 0.064 0.141 0.025 0.015 0.031 0.037 0.113 0.045 52 N 0.097 0.132 0.124 0.024 0.245 0.015 0.022 0.139 0.093 0.067 0.041 53 T 0.016 0.035 0.017 0.006 0.023 0.017 0.058 0.502 0.262 0.054 0.011 54 S 0.037 0.061 0.031 0.015 0.062 0.013 0.050 0.312 0.102 0.268 0.048 55 T 0.045 0.198 0.062 0.007 0.138 0.005 0.010 0.343 0.087 0.082 0.023 56 R 0.017 0.028 0.014 0.002 0.030 0.004 0.010 0.749 0.104 0.030 0.013 57 M 0.016 0.020 0.007 0.002 0.016 0.002 0.006 0.868 0.041 0.018 0.006 58 V 0.009 0.006 0.001 0.002 0.018 0.002 0.004 0.860 0.080 0.014 0.004 59 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.912 0.052 0.004 0.001 60 R 0.004 0.004 0.004 0.001 0.006 0.001 0.006 0.895 0.052 0.025 0.002 61 L 0.007 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.008 0.788 0.150 0.027 0.003 62 K 0.006 0.009 0.003 0.003 0.004 0.005 0.036 0.777 0.141 0.012 0.003 63 K 0.008 0.015 0.009 0.009 0.015 0.025 0.226 0.439 0.136 0.108 0.010 64 N 0.163 0.226 0.050 0.002 0.473 0.001 0.003 0.005 0.005 0.026 0.046 65 N 0.092 0.043 0.023 0.009 0.064 0.015 0.026 0.167 0.246 0.212 0.103 66 K 0.199 0.037 0.010 0.009 0.156 0.016 0.075 0.053 0.071 0.273 0.101 67 I 0.187 0.209 0.017 0.003 0.547 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.022 68 C 0.174 0.081 0.007 0.002 0.710 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.015 69 L 0.399 0.035 0.003 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 70 Y 0.209 0.081 0.006 0.001 0.656 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 71 F 0.314 0.123 0.021 0.002 0.444 0.002 0.003 0.003 0.001 0.015 0.071 72 V 0.181 0.186 0.078 0.029 0.315 0.015 0.015 0.009 0.008 0.070 0.094 73 D 0.101 0.225 0.196 0.081 0.253 0.031 0.018 0.026 0.025 0.019 0.027 74 D 0.021 0.030 0.026 0.029 0.030 0.036 0.060 0.231 0.379 0.132 0.025 75 N 0.036 0.086 0.056 0.037 0.061 0.030 0.115 0.155 0.195 0.201 0.028 76 K 0.058 0.084 0.035 0.017 0.079 0.021 0.093 0.144 0.166 0.255 0.049 77 F 0.162 0.112 0.046 0.020 0.168 0.025 0.051 0.054 0.066 0.176 0.121 78 A 0.083 0.228 0.090 0.066 0.215 0.048 0.060 0.052 0.046 0.071 0.042 79 G 0.256 0.117 0.044 0.028 0.386 0.019 0.011 0.009 0.011 0.049 0.069 80 L 0.172 0.172 0.010 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 81 M 0.281 0.081 0.009 0.001 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 82 L 0.399 0.051 0.013 0.007 0.464 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.048 83 V 0.211 0.022 0.027 0.102 0.119 0.096 0.154 0.018 0.022 0.097 0.131 84 G 0.043 0.376 0.262 0.081 0.173 0.029 0.003 0.003 0.002 0.011 0.018 85 T 0.341 0.071 0.005 0.001 0.464 0.001 0.003 0.002 0.002 0.017 0.094 86 I 0.272 0.106 0.007 0.002 0.556 0.004 0.002 0.001 0.004 0.007 0.039 87 E 0.040 0.361 0.021 0.001 0.568 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 88 I 0.594 0.022 0.004 0.001 0.231 0.001 0.003 0.005 0.002 0.016 0.120 89 L 0.068 0.250 0.106 0.070 0.235 0.075 0.083 0.037 0.012 0.028 0.036 90 H 0.141 0.208 0.118 0.030 0.229 0.023 0.019 0.037 0.022 0.078 0.096 91 D 0.161 0.182 0.111 0.008 0.301 0.002 0.004 0.091 0.035 0.048 0.056 92 R 0.003 0.009 0.004 0.001 0.007 0.002 0.004 0.687 0.252 0.028 0.003 93 A 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.013 0.876 0.079 0.013 0.001 94 S 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.867 0.077 0.033 0.002 95 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.882 0.098 0.011 0.001 96 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.879 0.088 0.009 0.001 97 M 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.848 0.092 0.032 0.001 98 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.012 0.826 0.100 0.037 0.004 99 W 0.015 0.024 0.008 0.004 0.017 0.007 0.032 0.634 0.177 0.071 0.012 100 T 0.010 0.045 0.032 0.017 0.027 0.023 0.101 0.558 0.123 0.056 0.008 101 D 0.014 0.125 0.168 0.049 0.040 0.040 0.109 0.293 0.090 0.058 0.014 102 G 0.026 0.036 0.038 0.045 0.021 0.025 0.038 0.314 0.143 0.261 0.053 103 C 0.042 0.118 0.022 0.010 0.083 0.013 0.033 0.285 0.227 0.135 0.031 104 E 0.050 0.074 0.025 0.010 0.102 0.015 0.039 0.367 0.238 0.053 0.028 105 I 0.042 0.116 0.038 0.009 0.132 0.019 0.116 0.335 0.135 0.043 0.015 106 Y 0.116 0.068 0.030 0.015 0.123 0.018 0.074 0.122 0.084 0.282 0.068 107 Y 0.127 0.276 0.134 0.018 0.249 0.010 0.022 0.062 0.030 0.033 0.039 108 P 0.037 0.150 0.149 0.067 0.100 0.065 0.063 0.162 0.113 0.073 0.019 109 L 0.034 0.186 0.137 0.070 0.080 0.035 0.156 0.109 0.073 0.089 0.029 110 G 0.033 0.116 0.189 0.144 0.070 0.050 0.022 0.063 0.064 0.198 0.050 111 I 0.085 0.245 0.092 0.010 0.211 0.019 0.056 0.121 0.089 0.051 0.021 112 D 0.046 0.186 0.289 0.080 0.102 0.040 0.046 0.035 0.033 0.095 0.048 113 D 0.112 0.277 0.193 0.037 0.226 0.009 0.012 0.038 0.032 0.022 0.043 114 P 0.016 0.042 0.029 0.006 0.026 0.021 0.053 0.209 0.499 0.086 0.013 115 D 0.079 0.095 0.025 0.008 0.133 0.010 0.082 0.068 0.122 0.315 0.062 116 Y 0.384 0.091 0.013 0.002 0.268 0.002 0.004 0.006 0.015 0.092 0.124 117 T 0.123 0.173 0.037 0.022 0.483 0.032 0.053 0.016 0.012 0.025 0.024 118 A 0.341 0.062 0.008 0.001 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 119 L 0.099 0.104 0.004 0.001 0.782 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 120 C 0.360 0.048 0.004 0.001 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 121 F 0.197 0.241 0.043 0.004 0.450 0.002 0.003 0.003 0.002 0.008 0.049 122 T 0.052 0.546 0.129 0.006 0.246 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.007 123 A 0.322 0.068 0.026 0.009 0.288 0.008 0.009 0.024 0.050 0.041 0.156 124 E 0.008 0.012 0.010 0.047 0.017 0.207 0.368 0.218 0.089 0.020 0.005 125 W 0.223 0.127 0.043 0.014 0.258 0.006 0.015 0.048 0.046 0.136 0.085 126 G 0.205 0.154 0.025 0.016 0.402 0.017 0.009 0.034 0.027 0.040 0.071 127 N 0.219 0.103 0.028 0.007 0.395 0.007 0.017 0.050 0.031 0.049 0.094 128 Y 0.243 0.130 0.026 0.014 0.271 0.015 0.019 0.085 0.043 0.066 0.088 129 Y 0.100 0.160 0.054 0.060 0.188 0.048 0.050 0.107 0.074 0.112 0.048 130 R 0.099 0.121 0.123 0.056 0.124 0.045 0.080 0.179 0.075 0.056 0.041 131 H 0.095 0.121 0.066 0.034 0.113 0.027 0.051 0.195 0.105 0.131 0.062 132 L 0.148 0.173 0.045 0.048 0.226 0.035 0.029 0.084 0.073 0.071 0.068 133 K 0.042 0.054 0.022 0.043 0.070 0.111 0.181 0.235 0.133 0.078 0.031 134 N 0.193 0.108 0.028 0.010 0.308 0.008 0.025 0.061 0.054 0.136 0.069 135 I 0.319 0.092 0.011 0.002 0.482 0.002 0.003 0.010 0.009 0.017 0.055 136 T 0.253 0.109 0.017 0.003 0.475 0.005 0.012 0.016 0.012 0.032 0.066 137 F 0.279 0.180 0.026 0.002 0.440 0.001 0.002 0.005 0.003 0.010 0.051 138 K 0.153 0.292 0.099 0.009 0.368 0.006 0.009 0.015 0.006 0.013 0.031 139 I 0.169 0.171 0.050 0.020 0.227 0.016 0.024 0.109 0.098 0.054 0.063 140 D 0.050 0.089 0.048 0.047 0.082 0.060 0.070 0.184 0.210 0.120 0.039 141 E 0.076 0.214 0.108 0.021 0.187 0.012 0.034 0.146 0.093 0.081 0.027 142 I 0.158 0.103 0.032 0.012 0.173 0.020 0.060 0.171 0.099 0.106 0.066 143 Y 0.069 0.200 0.089 0.060 0.142 0.049 0.067 0.103 0.076 0.097 0.049 144 N 0.158 0.141 0.084 0.036 0.203 0.024 0.022 0.086 0.053 0.104 0.088 145 Y 0.090 0.158 0.070 0.020 0.154 0.016 0.027 0.193 0.127 0.106 0.040