# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.470 0.278 0.130 0.078 0.031 0.011 0.001 2 I 0.132 0.171 0.244 0.275 0.150 0.027 0.001 3 D 0.454 0.334 0.151 0.050 0.010 0.001 0.001 4 E 0.819 0.144 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 5 K 0.520 0.326 0.115 0.031 0.007 0.001 0.001 6 F 0.103 0.151 0.233 0.324 0.165 0.023 0.001 7 L 0.206 0.332 0.267 0.146 0.041 0.007 0.001 8 I 0.620 0.267 0.076 0.027 0.008 0.001 0.001 9 E 0.298 0.287 0.219 0.139 0.048 0.009 0.001 10 S 0.123 0.086 0.118 0.248 0.288 0.132 0.006 11 N 0.127 0.241 0.313 0.226 0.078 0.014 0.001 12 E 0.368 0.467 0.132 0.028 0.004 0.001 0.001 13 L 0.037 0.103 0.209 0.351 0.235 0.063 0.003 14 V 0.021 0.043 0.115 0.295 0.378 0.143 0.006 15 E 0.364 0.419 0.159 0.046 0.010 0.001 0.001 16 S 0.253 0.418 0.216 0.090 0.019 0.004 0.001 17 S 0.007 0.051 0.125 0.270 0.353 0.183 0.012 18 K 0.006 0.054 0.162 0.317 0.306 0.134 0.021 19 I 0.001 0.003 0.016 0.080 0.264 0.467 0.169 20 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.404 0.543 21 M 0.001 0.001 0.001 0.008 0.049 0.289 0.653 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.142 0.846 23 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.077 0.349 0.557 24 T 0.001 0.001 0.006 0.037 0.171 0.487 0.299 25 N 0.003 0.033 0.104 0.255 0.342 0.216 0.048 26 G 0.054 0.233 0.296 0.250 0.124 0.038 0.005 27 E 0.194 0.334 0.267 0.147 0.047 0.010 0.001 28 N 0.540 0.290 0.109 0.043 0.014 0.003 0.001 29 G 0.108 0.187 0.249 0.254 0.155 0.042 0.004 30 Y 0.071 0.168 0.252 0.270 0.159 0.069 0.011 31 P 0.006 0.018 0.036 0.094 0.246 0.432 0.168 32 N 0.008 0.035 0.090 0.187 0.251 0.261 0.167 33 I 0.002 0.005 0.013 0.040 0.125 0.430 0.386 34 K 0.003 0.009 0.026 0.081 0.187 0.352 0.342 35 A 0.002 0.006 0.016 0.039 0.095 0.379 0.464 36 M 0.001 0.005 0.013 0.044 0.138 0.383 0.416 37 M 0.003 0.009 0.020 0.054 0.160 0.420 0.334 38 R 0.006 0.023 0.054 0.134 0.263 0.384 0.135 39 L 0.018 0.060 0.124 0.220 0.291 0.245 0.043 40 K 0.045 0.187 0.256 0.259 0.169 0.076 0.009 41 H 0.095 0.173 0.232 0.263 0.183 0.051 0.003 42 D 0.553 0.250 0.112 0.056 0.023 0.006 0.001 43 G 0.699 0.210 0.060 0.024 0.006 0.001 0.001 44 L 0.313 0.293 0.210 0.130 0.045 0.008 0.001 45 K 0.142 0.343 0.277 0.169 0.057 0.011 0.001 46 K 0.014 0.054 0.176 0.338 0.297 0.108 0.013 47 F 0.001 0.002 0.009 0.034 0.174 0.602 0.178 48 W 0.001 0.003 0.013 0.057 0.220 0.477 0.229 49 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 0.269 0.691 50 S 0.001 0.004 0.009 0.038 0.139 0.381 0.429 51 T 0.001 0.008 0.026 0.084 0.199 0.432 0.250 52 N 0.007 0.043 0.096 0.201 0.291 0.263 0.100 53 T 0.045 0.156 0.215 0.250 0.188 0.115 0.030 54 S 0.062 0.136 0.187 0.221 0.201 0.146 0.047 55 T 0.147 0.243 0.251 0.195 0.113 0.046 0.005 56 R 0.092 0.258 0.288 0.203 0.110 0.042 0.007 57 M 0.013 0.032 0.072 0.204 0.349 0.298 0.032 58 V 0.016 0.043 0.090 0.223 0.348 0.258 0.022 59 E 0.101 0.393 0.311 0.152 0.036 0.007 0.001 60 R 0.012 0.083 0.258 0.388 0.200 0.057 0.003 61 L 0.006 0.012 0.038 0.157 0.435 0.332 0.020 62 K 0.101 0.292 0.313 0.207 0.074 0.011 0.001 63 K 0.266 0.396 0.217 0.093 0.024 0.004 0.001 64 N 0.031 0.143 0.302 0.299 0.181 0.042 0.002 65 N 0.036 0.149 0.247 0.315 0.192 0.057 0.004 66 K 0.015 0.075 0.185 0.320 0.279 0.110 0.016 67 I 0.001 0.003 0.013 0.047 0.190 0.582 0.163 68 C 0.001 0.004 0.014 0.069 0.209 0.468 0.236 69 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.066 0.408 0.510 70 Y 0.001 0.004 0.015 0.069 0.222 0.444 0.245 71 F 0.001 0.003 0.011 0.054 0.219 0.552 0.160 72 V 0.005 0.035 0.096 0.228 0.341 0.255 0.040 73 D 0.062 0.178 0.252 0.289 0.165 0.050 0.004 74 D 0.233 0.348 0.250 0.123 0.037 0.008 0.001 75 N 0.622 0.253 0.081 0.032 0.010 0.002 0.001 76 K 0.484 0.295 0.142 0.059 0.017 0.003 0.001 77 F 0.224 0.254 0.232 0.182 0.085 0.021 0.002 78 A 0.140 0.268 0.265 0.197 0.095 0.030 0.004 79 G 0.057 0.160 0.245 0.272 0.182 0.073 0.011 80 L 0.015 0.025 0.043 0.113 0.253 0.418 0.133 81 M 0.017 0.085 0.170 0.246 0.241 0.179 0.063 82 L 0.006 0.016 0.038 0.105 0.231 0.415 0.190 83 V 0.018 0.103 0.213 0.292 0.213 0.126 0.034 84 G 0.025 0.072 0.128 0.206 0.258 0.258 0.055 85 T 0.032 0.154 0.285 0.283 0.169 0.067 0.010 86 I 0.013 0.020 0.057 0.185 0.407 0.291 0.027 87 E 0.103 0.303 0.329 0.193 0.060 0.012 0.001 88 I 0.147 0.252 0.248 0.218 0.110 0.024 0.001 89 L 0.080 0.166 0.294 0.305 0.136 0.020 0.001 90 H 0.558 0.324 0.092 0.022 0.004 0.001 0.001 91 D 0.660 0.243 0.073 0.020 0.004 0.001 0.001 92 R 0.795 0.160 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 93 A 0.726 0.195 0.052 0.019 0.006 0.001 0.001 94 S 0.348 0.285 0.197 0.122 0.040 0.007 0.001 95 K 0.136 0.266 0.292 0.216 0.075 0.014 0.001 96 E 0.376 0.388 0.164 0.057 0.012 0.002 0.001 97 M 0.150 0.273 0.301 0.196 0.068 0.012 0.001 98 L 0.078 0.074 0.111 0.251 0.317 0.156 0.013 99 W 0.058 0.109 0.191 0.303 0.232 0.096 0.010 100 T 0.280 0.346 0.203 0.106 0.043 0.019 0.003 101 D 0.141 0.254 0.254 0.209 0.102 0.035 0.005 102 G 0.064 0.094 0.138 0.214 0.251 0.203 0.037 103 C 0.089 0.131 0.186 0.244 0.214 0.116 0.021 104 E 0.236 0.295 0.211 0.141 0.074 0.036 0.007 105 I 0.093 0.166 0.218 0.229 0.176 0.098 0.020 106 Y 0.058 0.115 0.179 0.237 0.234 0.153 0.024 107 Y 0.075 0.112 0.182 0.244 0.236 0.132 0.020 108 P 0.311 0.253 0.181 0.135 0.081 0.033 0.006 109 L 0.272 0.234 0.187 0.157 0.096 0.047 0.007 110 G 0.218 0.206 0.183 0.191 0.135 0.061 0.007 111 I 0.252 0.219 0.204 0.187 0.101 0.032 0.004 112 D 0.431 0.302 0.149 0.077 0.031 0.009 0.001 113 D 0.274 0.228 0.208 0.177 0.089 0.023 0.002 114 P 0.347 0.338 0.177 0.094 0.035 0.008 0.001 115 D 0.131 0.327 0.284 0.169 0.066 0.020 0.004 116 Y 0.004 0.023 0.083 0.248 0.401 0.218 0.024 117 T 0.001 0.005 0.023 0.090 0.270 0.485 0.127 118 A 0.001 0.003 0.008 0.023 0.088 0.426 0.451 119 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.059 0.323 0.604 120 C 0.001 0.002 0.013 0.062 0.174 0.361 0.388 121 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.069 0.418 0.504 122 T 0.001 0.018 0.064 0.184 0.287 0.344 0.101 123 A 0.006 0.034 0.078 0.182 0.297 0.318 0.085 124 E 0.042 0.189 0.281 0.244 0.128 0.087 0.030 125 W 0.031 0.107 0.224 0.298 0.219 0.104 0.017 126 G 0.048 0.048 0.066 0.149 0.295 0.324 0.071 127 N 0.095 0.163 0.200 0.245 0.195 0.091 0.011 128 Y 0.115 0.113 0.124 0.171 0.209 0.217 0.051 129 Y 0.079 0.141 0.205 0.274 0.196 0.093 0.012 130 R 0.168 0.259 0.235 0.179 0.101 0.047 0.012 131 H 0.241 0.225 0.168 0.150 0.116 0.078 0.023 132 L 0.145 0.165 0.213 0.224 0.173 0.070 0.010 133 K 0.246 0.322 0.233 0.120 0.050 0.023 0.007 134 N 0.074 0.192 0.242 0.235 0.161 0.081 0.016 135 I 0.030 0.041 0.083 0.193 0.347 0.264 0.042 136 T 0.074 0.237 0.295 0.235 0.109 0.043 0.007 137 F 0.028 0.044 0.094 0.247 0.352 0.215 0.021 138 K 0.135 0.298 0.291 0.186 0.072 0.018 0.001 139 I 0.192 0.231 0.246 0.218 0.094 0.018 0.001 140 D 0.603 0.254 0.097 0.035 0.009 0.002 0.001 141 E 0.661 0.220 0.081 0.029 0.007 0.001 0.001 142 I 0.653 0.208 0.086 0.040 0.011 0.002 0.001 143 Y 0.566 0.225 0.115 0.065 0.024 0.005 0.001 144 N 0.656 0.195 0.087 0.043 0.016 0.003 0.001 145 Y 0.587 0.216 0.111 0.059 0.021 0.005 0.001