# TARGET T0379 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 926 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.004 0.001 0.002 0.141 0.828 2 I 0.173 0.010 0.012 0.004 0.145 0.655 3 R 0.582 0.005 0.017 0.003 0.099 0.295 4 N 0.926 0.003 0.009 0.001 0.018 0.043 5 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 6 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 7 F 0.972 0.003 0.001 0.001 0.006 0.019 8 D 0.826 0.006 0.001 0.001 0.128 0.039 9 L 0.151 0.003 0.007 0.002 0.792 0.045 10 G 0.031 0.002 0.009 0.002 0.928 0.029 11 G 0.058 0.005 0.013 0.004 0.881 0.040 12 V 0.569 0.025 0.007 0.011 0.218 0.170 13 L 0.784 0.043 0.003 0.012 0.052 0.106 14 I 0.717 0.017 0.006 0.018 0.081 0.160 15 H 0.309 0.018 0.014 0.035 0.245 0.380 16 L 0.033 0.009 0.035 0.139 0.302 0.482 17 N 0.013 0.004 0.046 0.275 0.258 0.405 18 R 0.004 0.001 0.070 0.736 0.127 0.062 19 E 0.005 0.002 0.044 0.802 0.096 0.050 20 E 0.005 0.003 0.031 0.852 0.069 0.040 21 S 0.005 0.001 0.017 0.892 0.049 0.036 22 I 0.004 0.001 0.013 0.928 0.036 0.018 23 R 0.004 0.002 0.012 0.935 0.028 0.018 24 R 0.005 0.001 0.009 0.931 0.025 0.029 25 F 0.004 0.001 0.008 0.925 0.028 0.035 26 K 0.003 0.001 0.007 0.938 0.024 0.028 27 A 0.003 0.001 0.007 0.935 0.025 0.029 28 I 0.004 0.001 0.020 0.881 0.047 0.047 29 G 0.003 0.001 0.031 0.833 0.069 0.063 30 V 0.002 0.001 0.029 0.819 0.076 0.072 31 A 0.002 0.002 0.015 0.741 0.086 0.153 32 D 0.004 0.003 0.018 0.270 0.187 0.519 33 I 0.008 0.004 0.035 0.326 0.263 0.364 34 E 0.014 0.006 0.043 0.344 0.247 0.346 35 E 0.019 0.008 0.046 0.389 0.239 0.298 36 M 0.029 0.007 0.030 0.402 0.166 0.366 37 L 0.021 0.004 0.031 0.671 0.116 0.157 38 D 0.015 0.003 0.022 0.819 0.069 0.072 39 P 0.017 0.002 0.021 0.828 0.070 0.062 40 Y 0.015 0.002 0.017 0.853 0.060 0.053 41 L 0.014 0.002 0.015 0.849 0.061 0.060 42 Q 0.010 0.001 0.012 0.844 0.065 0.068 43 K 0.010 0.002 0.011 0.813 0.069 0.095 44 G 0.014 0.003 0.014 0.740 0.096 0.133 45 L 0.016 0.003 0.015 0.711 0.106 0.147 46 F 0.021 0.003 0.019 0.663 0.125 0.168 47 L 0.025 0.004 0.021 0.611 0.148 0.191 48 D 0.027 0.004 0.022 0.670 0.123 0.154 49 L 0.029 0.003 0.025 0.749 0.095 0.098 50 E 0.028 0.003 0.025 0.773 0.084 0.087 51 S 0.026 0.002 0.022 0.801 0.066 0.082 52 G 0.031 0.003 0.018 0.767 0.069 0.113 53 R 0.042 0.003 0.016 0.770 0.069 0.099 54 K 0.041 0.004 0.015 0.782 0.060 0.097 55 S 0.044 0.005 0.017 0.705 0.079 0.150 56 E 0.034 0.003 0.024 0.742 0.082 0.115 57 E 0.028 0.002 0.026 0.744 0.090 0.110 58 E 0.020 0.002 0.027 0.760 0.089 0.102 59 F 0.018 0.003 0.025 0.759 0.086 0.109 60 R 0.018 0.003 0.029 0.724 0.104 0.122 61 T 0.014 0.003 0.036 0.700 0.117 0.130 62 E 0.013 0.004 0.037 0.660 0.120 0.166 63 L 0.012 0.004 0.037 0.595 0.131 0.220 64 S 0.009 0.004 0.041 0.571 0.142 0.235 65 R 0.007 0.003 0.048 0.581 0.151 0.210 66 Y 0.006 0.003 0.047 0.581 0.169 0.195 67 I 0.005 0.002 0.046 0.603 0.176 0.167 68 G 0.004 0.002 0.039 0.582 0.193 0.179 69 K 0.004 0.003 0.035 0.629 0.172 0.156 70 E 0.004 0.003 0.024 0.691 0.140 0.137 71 L 0.004 0.002 0.018 0.734 0.111 0.130 72 T 0.006 0.003 0.014 0.779 0.082 0.117 73 Y 0.007 0.003 0.011 0.839 0.055 0.086 74 Q 0.008 0.002 0.008 0.883 0.040 0.060 75 Q 0.007 0.001 0.006 0.912 0.029 0.045 76 V 0.008 0.001 0.005 0.913 0.028 0.045 77 Y 0.008 0.001 0.005 0.909 0.027 0.051 78 D 0.005 0.001 0.005 0.911 0.029 0.050 79 A 0.005 0.001 0.006 0.910 0.033 0.045 80 L 0.005 0.001 0.009 0.876 0.050 0.058 81 L 0.006 0.002 0.018 0.793 0.075 0.105 82 G 0.005 0.002 0.069 0.714 0.111 0.098 83 F 0.006 0.002 0.098 0.596 0.140 0.158 84 L 0.011 0.004 0.079 0.341 0.194 0.371 85 E 0.025 0.015 0.033 0.145 0.221 0.560 86 E 0.024 0.016 0.013 0.055 0.196 0.697 87 I 0.019 0.016 0.010 0.055 0.160 0.741 88 S 0.012 0.016 0.009 0.068 0.408 0.487 89 A 0.005 0.003 0.034 0.430 0.377 0.152 90 E 0.008 0.005 0.050 0.517 0.320 0.099 91 K 0.003 0.002 0.018 0.892 0.069 0.016 92 F 0.001 0.001 0.005 0.970 0.014 0.009 93 D 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.005 94 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 95 I 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 96 D 0.001 0.001 0.011 0.970 0.014 0.005 97 S 0.001 0.001 0.023 0.937 0.026 0.013 98 L 0.002 0.002 0.028 0.761 0.112 0.094 99 R 0.006 0.007 0.090 0.288 0.554 0.055 100 P 0.004 0.002 0.047 0.106 0.755 0.086 101 D 0.007 0.001 0.022 0.009 0.788 0.174 102 Y 0.127 0.004 0.008 0.004 0.636 0.221 103 R 0.525 0.008 0.002 0.001 0.121 0.342 104 L 0.975 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 105 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 106 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 107 L 0.937 0.001 0.001 0.001 0.012 0.049 108 S 0.687 0.006 0.002 0.002 0.064 0.239 109 N 0.104 0.009 0.005 0.005 0.302 0.575 110 T 0.013 0.011 0.006 0.010 0.368 0.593 111 N 0.007 0.006 0.012 0.042 0.314 0.619 112 P 0.003 0.002 0.115 0.553 0.236 0.090 113 Y 0.005 0.001 0.078 0.740 0.121 0.055 114 V 0.007 0.002 0.082 0.802 0.085 0.023 115 L 0.014 0.004 0.059 0.824 0.071 0.028 116 D 0.019 0.003 0.048 0.845 0.057 0.028 117 L 0.019 0.003 0.057 0.829 0.055 0.037 118 A 0.014 0.004 0.038 0.831 0.043 0.070 119 M 0.008 0.003 0.026 0.750 0.047 0.165 120 S 0.003 0.001 0.017 0.441 0.054 0.483 121 P 0.001 0.002 0.059 0.609 0.061 0.268 122 R 0.001 0.002 0.103 0.703 0.086 0.105 123 F 0.002 0.002 0.139 0.740 0.094 0.023 124 L 0.002 0.001 0.114 0.646 0.199 0.038 125 P 0.001 0.001 0.117 0.606 0.219 0.057 126 S 0.002 0.006 0.125 0.553 0.209 0.105 127 G 0.003 0.006 0.058 0.380 0.305 0.247 128 R 0.004 0.005 0.052 0.322 0.289 0.328 129 T 0.009 0.006 0.029 0.106 0.318 0.531 130 L 0.016 0.009 0.126 0.315 0.332 0.201 131 D 0.048 0.009 0.181 0.286 0.311 0.166 132 S 0.073 0.004 0.215 0.223 0.341 0.144 133 F 0.181 0.024 0.174 0.252 0.205 0.164 134 F 0.246 0.018 0.079 0.261 0.213 0.182 135 D 0.335 0.003 0.053 0.182 0.186 0.241 136 K 0.786 0.004 0.012 0.094 0.040 0.063 137 V 0.910 0.008 0.003 0.042 0.015 0.022 138 Y 0.879 0.008 0.002 0.052 0.017 0.042 139 A 0.632 0.012 0.014 0.104 0.074 0.165 140 S 0.149 0.009 0.229 0.169 0.237 0.207 141 C 0.025 0.002 0.513 0.143 0.247 0.070 142 Q 0.020 0.004 0.554 0.135 0.240 0.048 143 M 0.024 0.016 0.331 0.171 0.357 0.102 144 G 0.025 0.007 0.089 0.064 0.465 0.350 145 K 0.064 0.008 0.042 0.035 0.425 0.427 146 Y 0.084 0.035 0.023 0.029 0.403 0.426 147 K 0.051 0.048 0.010 0.024 0.453 0.413 148 P 0.024 0.019 0.023 0.045 0.476 0.413 149 N 0.007 0.007 0.008 0.036 0.269 0.673 150 E 0.002 0.002 0.043 0.736 0.112 0.105 151 D 0.001 0.001 0.014 0.870 0.051 0.062 152 I 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.005 153 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 158 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 159 D 0.001 0.001 0.006 0.974 0.011 0.009 160 S 0.002 0.001 0.007 0.852 0.027 0.113 161 G 0.003 0.001 0.001 0.006 0.036 0.953 162 M 0.018 0.010 0.001 0.002 0.051 0.919 163 K 0.044 0.010 0.004 0.005 0.172 0.767 164 P 0.023 0.006 0.528 0.048 0.285 0.110 165 E 0.057 0.001 0.572 0.031 0.255 0.084 166 E 0.263 0.003 0.428 0.031 0.204 0.070 167 T 0.822 0.006 0.010 0.016 0.029 0.116 168 L 0.962 0.005 0.002 0.006 0.007 0.018 169 F 0.970 0.002 0.001 0.004 0.006 0.016 170 I 0.869 0.002 0.004 0.010 0.037 0.079 171 D 0.356 0.013 0.013 0.023 0.207 0.388 172 D 0.070 0.016 0.008 0.015 0.326 0.566 173 G 0.016 0.020 0.005 0.017 0.430 0.512 174 P 0.002 0.002 0.114 0.394 0.431 0.056 175 A 0.002 0.001 0.111 0.527 0.329 0.031 176 N 0.003 0.003 0.078 0.743 0.155 0.019 177 V 0.003 0.001 0.016 0.887 0.069 0.024 178 A 0.007 0.001 0.008 0.918 0.045 0.021 179 T 0.011 0.004 0.014 0.932 0.032 0.007 180 A 0.011 0.001 0.026 0.919 0.036 0.007 181 E 0.009 0.001 0.042 0.902 0.036 0.011 182 R 0.007 0.001 0.052 0.895 0.032 0.014 183 L 0.009 0.001 0.024 0.777 0.066 0.123 184 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.069 0.917 185 F 0.066 0.001 0.001 0.001 0.082 0.849 186 H 0.555 0.004 0.001 0.001 0.058 0.381 187 T 0.969 0.004 0.001 0.001 0.005 0.021 188 Y 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 189 C 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 190 P 0.867 0.005 0.002 0.002 0.029 0.096 191 D 0.361 0.016 0.005 0.004 0.213 0.401 192 N 0.033 0.011 0.016 0.010 0.500 0.431 193 G 0.008 0.005 0.128 0.072 0.580 0.207 194 E 0.005 0.004 0.259 0.208 0.418 0.106 195 N 0.005 0.007 0.204 0.406 0.285 0.094 196 W 0.004 0.004 0.106 0.650 0.144 0.092 197 I 0.003 0.002 0.080 0.698 0.134 0.083 198 P 0.003 0.003 0.131 0.652 0.150 0.061 199 A 0.002 0.002 0.129 0.713 0.118 0.036 200 I 0.003 0.003 0.128 0.686 0.137 0.043 201 T 0.003 0.002 0.128 0.696 0.128 0.043 202 R 0.004 0.004 0.082 0.620 0.173 0.117 203 L 0.004 0.005 0.046 0.420 0.236 0.289 204 L 0.003 0.005 0.038 0.154 0.325 0.475 205 R 0.004 0.004 0.275 0.287 0.315 0.115 206 E 0.007 0.005 0.260 0.245 0.345 0.138 207 Q 0.008 0.003 0.174 0.255 0.303 0.257 208 K 0.005 0.007 0.042 0.126 0.219 0.600