# TARGET T0379 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 926 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 I 0.262 0.016 0.002 0.005 0.004 0.006 0.705 3 R 0.661 0.003 0.001 0.003 0.102 0.004 0.226 4 N 0.943 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.043 5 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 6 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 7 F 0.941 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.045 8 D 0.524 0.004 0.001 0.001 0.022 0.005 0.443 9 L 0.120 0.008 0.046 0.006 0.220 0.334 0.267 10 G 0.024 0.007 0.045 0.009 0.235 0.604 0.076 11 G 0.084 0.007 0.073 0.015 0.268 0.321 0.233 12 V 0.308 0.026 0.032 0.027 0.192 0.079 0.335 13 L 0.538 0.082 0.016 0.019 0.075 0.039 0.233 14 I 0.577 0.056 0.013 0.021 0.067 0.026 0.239 15 H 0.302 0.026 0.009 0.021 0.123 0.041 0.477 16 L 0.060 0.013 0.030 0.103 0.198 0.128 0.468 17 N 0.012 0.004 0.058 0.420 0.192 0.119 0.195 18 R 0.003 0.001 0.070 0.789 0.041 0.068 0.028 19 E 0.002 0.001 0.036 0.893 0.015 0.032 0.021 20 E 0.002 0.001 0.011 0.942 0.009 0.017 0.018 21 S 0.003 0.001 0.002 0.966 0.007 0.010 0.011 22 I 0.004 0.001 0.002 0.971 0.006 0.010 0.007 23 R 0.002 0.001 0.002 0.973 0.005 0.010 0.008 24 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.005 0.010 0.005 25 F 0.001 0.001 0.002 0.973 0.004 0.014 0.005 26 K 0.001 0.001 0.002 0.963 0.004 0.023 0.007 27 A 0.001 0.001 0.003 0.945 0.009 0.028 0.014 28 I 0.001 0.001 0.010 0.902 0.017 0.050 0.019 29 G 0.001 0.001 0.021 0.852 0.017 0.091 0.018 30 V 0.001 0.002 0.024 0.767 0.032 0.136 0.038 31 A 0.002 0.003 0.022 0.514 0.071 0.297 0.090 32 D 0.005 0.005 0.030 0.202 0.101 0.388 0.269 33 I 0.011 0.012 0.053 0.192 0.165 0.094 0.473 34 E 0.021 0.011 0.068 0.308 0.117 0.102 0.373 35 E 0.016 0.007 0.070 0.450 0.103 0.106 0.248 36 M 0.016 0.007 0.045 0.534 0.071 0.088 0.240 37 L 0.010 0.003 0.028 0.732 0.044 0.053 0.129 38 D 0.007 0.002 0.014 0.854 0.026 0.027 0.070 39 P 0.007 0.001 0.010 0.899 0.018 0.023 0.042 40 Y 0.009 0.002 0.007 0.911 0.015 0.023 0.033 41 L 0.010 0.002 0.007 0.907 0.015 0.029 0.029 42 Q 0.010 0.002 0.007 0.901 0.014 0.042 0.025 43 K 0.010 0.002 0.009 0.867 0.019 0.059 0.034 44 G 0.011 0.003 0.012 0.810 0.027 0.087 0.049 45 L 0.013 0.004 0.016 0.729 0.039 0.127 0.073 46 F 0.015 0.004 0.020 0.657 0.062 0.127 0.114 47 L 0.017 0.004 0.021 0.655 0.073 0.093 0.137 48 D 0.017 0.004 0.023 0.717 0.058 0.068 0.112 49 L 0.016 0.003 0.024 0.780 0.046 0.056 0.075 50 E 0.021 0.003 0.023 0.799 0.032 0.058 0.064 51 S 0.025 0.003 0.021 0.795 0.030 0.068 0.058 52 G 0.033 0.004 0.018 0.771 0.032 0.076 0.066 53 R 0.044 0.005 0.017 0.747 0.040 0.061 0.086 54 K 0.050 0.007 0.017 0.736 0.043 0.054 0.093 55 S 0.039 0.005 0.019 0.726 0.041 0.060 0.109 56 E 0.026 0.004 0.022 0.760 0.040 0.054 0.093 57 E 0.019 0.003 0.025 0.778 0.041 0.062 0.072 58 E 0.014 0.003 0.026 0.762 0.042 0.082 0.071 59 F 0.014 0.004 0.026 0.715 0.049 0.102 0.091 60 R 0.018 0.004 0.031 0.647 0.061 0.127 0.112 61 T 0.022 0.006 0.044 0.585 0.066 0.131 0.145 62 E 0.019 0.008 0.050 0.571 0.079 0.099 0.173 63 L 0.017 0.007 0.051 0.564 0.079 0.088 0.194 64 S 0.013 0.005 0.058 0.558 0.064 0.116 0.185 65 R 0.007 0.004 0.062 0.554 0.063 0.130 0.180 66 Y 0.005 0.003 0.058 0.544 0.066 0.116 0.209 67 I 0.004 0.003 0.061 0.572 0.059 0.153 0.147 68 G 0.004 0.003 0.063 0.551 0.071 0.145 0.162 69 K 0.004 0.004 0.053 0.585 0.071 0.101 0.182 70 E 0.003 0.002 0.032 0.725 0.052 0.072 0.114 71 L 0.003 0.002 0.018 0.817 0.034 0.051 0.075 72 T 0.002 0.001 0.008 0.880 0.022 0.036 0.050 73 Y 0.002 0.001 0.004 0.925 0.013 0.022 0.033 74 Q 0.002 0.001 0.002 0.957 0.009 0.013 0.018 75 Q 0.002 0.001 0.001 0.968 0.006 0.012 0.010 76 V 0.002 0.001 0.001 0.971 0.005 0.012 0.010 77 Y 0.001 0.001 0.002 0.967 0.005 0.015 0.009 78 D 0.002 0.001 0.002 0.957 0.007 0.024 0.008 79 A 0.002 0.001 0.005 0.930 0.009 0.040 0.014 80 L 0.002 0.001 0.009 0.890 0.016 0.058 0.025 81 L 0.003 0.002 0.025 0.783 0.032 0.109 0.047 82 G 0.005 0.003 0.073 0.597 0.055 0.199 0.068 83 F 0.004 0.002 0.102 0.422 0.048 0.364 0.057 84 L 0.008 0.007 0.097 0.252 0.109 0.393 0.134 85 E 0.020 0.010 0.053 0.101 0.243 0.119 0.455 86 E 0.032 0.026 0.058 0.044 0.182 0.106 0.553 87 I 0.033 0.051 0.028 0.052 0.183 0.037 0.616 88 S 0.010 0.004 0.010 0.017 0.045 0.016 0.899 89 A 0.002 0.001 0.135 0.306 0.070 0.445 0.041 90 E 0.004 0.010 0.112 0.378 0.072 0.345 0.079 91 K 0.001 0.003 0.052 0.869 0.024 0.015 0.036 92 F 0.002 0.001 0.008 0.970 0.003 0.005 0.011 93 D 0.002 0.001 0.012 0.961 0.004 0.015 0.006 94 Y 0.001 0.001 0.017 0.960 0.002 0.017 0.003 95 I 0.002 0.001 0.024 0.944 0.003 0.021 0.004 96 D 0.003 0.001 0.045 0.885 0.004 0.058 0.006 97 S 0.002 0.001 0.064 0.739 0.008 0.178 0.009 98 L 0.005 0.008 0.107 0.541 0.070 0.190 0.078 99 R 0.014 0.012 0.242 0.251 0.057 0.161 0.262 100 P 0.003 0.004 0.079 0.077 0.121 0.687 0.029 101 D 0.006 0.001 0.014 0.004 0.024 0.894 0.057 102 Y 0.028 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.929 103 R 0.455 0.001 0.001 0.001 0.334 0.002 0.207 104 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 106 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.052 108 S 0.325 0.003 0.002 0.002 0.193 0.023 0.451 109 N 0.036 0.002 0.006 0.007 0.541 0.091 0.316 110 T 0.009 0.014 0.013 0.014 0.479 0.086 0.384 111 N 0.014 0.023 0.025 0.102 0.263 0.062 0.512 112 P 0.004 0.003 0.113 0.660 0.062 0.085 0.075 113 Y 0.005 0.002 0.092 0.756 0.027 0.082 0.035 114 V 0.007 0.002 0.086 0.802 0.022 0.044 0.037 115 L 0.011 0.003 0.044 0.861 0.018 0.028 0.035 116 D 0.024 0.002 0.038 0.851 0.015 0.039 0.030 117 L 0.032 0.003 0.053 0.789 0.020 0.068 0.035 118 A 0.022 0.004 0.036 0.736 0.039 0.102 0.060 119 M 0.018 0.009 0.028 0.659 0.015 0.144 0.126 120 S 0.001 0.001 0.009 0.194 0.016 0.020 0.759 121 P 0.004 0.004 0.031 0.637 0.011 0.103 0.212 122 R 0.003 0.003 0.069 0.479 0.091 0.172 0.183 123 F 0.004 0.004 0.123 0.413 0.094 0.223 0.139 124 L 0.005 0.003 0.106 0.462 0.139 0.129 0.156 125 P 0.005 0.004 0.133 0.446 0.102 0.181 0.128 126 S 0.003 0.003 0.178 0.401 0.066 0.235 0.113 127 G 0.005 0.006 0.138 0.328 0.083 0.192 0.247 128 R 0.008 0.009 0.165 0.291 0.081 0.281 0.165 129 T 0.012 0.020 0.113 0.269 0.079 0.301 0.205 130 L 0.006 0.011 0.272 0.378 0.043 0.135 0.157 131 D 0.007 0.006 0.491 0.254 0.020 0.130 0.092 132 S 0.016 0.003 0.390 0.266 0.044 0.149 0.132 133 F 0.038 0.036 0.254 0.290 0.040 0.184 0.158 134 F 0.096 0.011 0.008 0.059 0.138 0.036 0.651 135 D 0.208 0.001 0.003 0.024 0.483 0.030 0.250 136 K 0.887 0.005 0.002 0.042 0.035 0.009 0.020 137 V 0.962 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 0.011 138 Y 0.959 0.002 0.001 0.019 0.002 0.002 0.015 139 A 0.784 0.003 0.002 0.031 0.020 0.011 0.149 140 S 0.150 0.004 0.062 0.150 0.143 0.103 0.388 141 C 0.029 0.003 0.163 0.240 0.248 0.197 0.119 142 Q 0.019 0.013 0.297 0.292 0.115 0.176 0.088 143 M 0.033 0.027 0.167 0.251 0.147 0.187 0.187 144 G 0.026 0.007 0.063 0.104 0.115 0.481 0.204 145 K 0.041 0.014 0.041 0.045 0.281 0.225 0.354 146 Y 0.048 0.018 0.020 0.017 0.347 0.082 0.468 147 K 0.050 0.026 0.010 0.008 0.358 0.030 0.518 148 P 0.023 0.045 0.005 0.010 0.174 0.016 0.727 149 N 0.009 0.006 0.003 0.016 0.047 0.010 0.909 150 E 0.001 0.001 0.038 0.795 0.026 0.051 0.089 151 D 0.001 0.001 0.014 0.947 0.006 0.021 0.010 152 I 0.001 0.001 0.007 0.970 0.005 0.009 0.008 153 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 154 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 158 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.926 0.002 0.070 0.001 160 S 0.001 0.001 0.002 0.333 0.022 0.634 0.008 161 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.060 0.838 0.093 162 M 0.007 0.014 0.001 0.001 0.138 0.006 0.834 163 K 0.021 0.013 0.001 0.001 0.028 0.001 0.936 164 P 0.022 0.006 0.496 0.021 0.178 0.137 0.139 165 E 0.019 0.006 0.607 0.012 0.077 0.241 0.038 166 E 0.144 0.005 0.482 0.012 0.068 0.102 0.186 167 T 0.798 0.012 0.014 0.005 0.014 0.009 0.147 168 L 0.927 0.014 0.002 0.002 0.006 0.005 0.044 169 F 0.950 0.011 0.002 0.001 0.006 0.006 0.025 170 I 0.905 0.008 0.001 0.001 0.014 0.005 0.066 171 D 0.418 0.018 0.003 0.002 0.139 0.044 0.376 172 D 0.052 0.008 0.006 0.007 0.286 0.078 0.563 173 G 0.014 0.006 0.012 0.021 0.311 0.104 0.532 174 P 0.003 0.002 0.106 0.395 0.178 0.248 0.067 175 A 0.002 0.003 0.091 0.575 0.049 0.245 0.035 176 N 0.001 0.003 0.033 0.660 0.059 0.124 0.121 177 V 0.003 0.003 0.004 0.946 0.006 0.014 0.024 178 A 0.007 0.001 0.003 0.960 0.005 0.011 0.013 179 T 0.005 0.001 0.004 0.974 0.003 0.008 0.006 180 A 0.007 0.001 0.009 0.965 0.004 0.007 0.008 181 E 0.005 0.001 0.023 0.944 0.005 0.017 0.006 182 R 0.008 0.001 0.035 0.833 0.014 0.092 0.017 183 L 0.003 0.002 0.025 0.297 0.043 0.605 0.025 184 G 0.009 0.002 0.006 0.007 0.026 0.849 0.100 185 F 0.070 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.873 186 H 0.460 0.002 0.001 0.001 0.369 0.003 0.165 187 T 0.969 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 188 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 189 C 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 190 P 0.829 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.151 191 D 0.236 0.008 0.003 0.003 0.213 0.031 0.507 192 N 0.029 0.007 0.010 0.009 0.397 0.103 0.445 193 G 0.006 0.012 0.082 0.056 0.319 0.234 0.292 194 E 0.005 0.005 0.153 0.166 0.255 0.288 0.129 195 N 0.004 0.011 0.211 0.239 0.173 0.181 0.182 196 W 0.003 0.010 0.131 0.356 0.103 0.137 0.260 197 I 0.003 0.004 0.137 0.589 0.055 0.100 0.113 198 P 0.003 0.002 0.149 0.652 0.038 0.096 0.061 199 A 0.001 0.003 0.121 0.736 0.023 0.068 0.048 200 I 0.001 0.004 0.134 0.736 0.017 0.067 0.041 201 T 0.001 0.001 0.117 0.733 0.018 0.109 0.020 202 R 0.001 0.001 0.119 0.685 0.021 0.139 0.034 203 L 0.002 0.007 0.041 0.456 0.244 0.095 0.155 204 L 0.004 0.007 0.021 0.084 0.155 0.088 0.640 205 R 0.002 0.002 0.236 0.182 0.091 0.372 0.114 206 E 0.005 0.003 0.329 0.148 0.055 0.343 0.117 207 Q 0.004 0.013 0.195 0.067 0.007 0.103 0.610 208 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996