# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4630 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.002 0.002 0.006 0.068 0.897 2 I 0.238 0.003 0.001 0.005 0.079 0.673 3 R 0.508 0.002 0.001 0.003 0.061 0.425 4 N 0.960 0.002 0.001 0.001 0.007 0.030 5 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 6 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 F 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 8 D 0.836 0.005 0.001 0.003 0.081 0.074 9 L 0.266 0.006 0.012 0.015 0.523 0.179 10 G 0.071 0.006 0.037 0.021 0.723 0.142 11 G 0.097 0.007 0.080 0.049 0.689 0.078 12 V 0.317 0.023 0.118 0.133 0.304 0.105 13 L 0.540 0.031 0.089 0.155 0.118 0.067 14 I 0.579 0.036 0.048 0.134 0.108 0.096 15 H 0.327 0.018 0.027 0.151 0.277 0.200 16 L 0.080 0.010 0.036 0.200 0.333 0.341 17 N 0.022 0.011 0.028 0.315 0.271 0.354 18 R 0.005 0.002 0.023 0.598 0.146 0.226 19 E 0.001 0.001 0.010 0.942 0.025 0.021 20 E 0.001 0.001 0.010 0.974 0.010 0.004 21 S 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.003 22 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 23 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 24 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 25 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 26 K 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 27 A 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.003 28 I 0.001 0.001 0.007 0.964 0.006 0.024 29 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.964 30 V 0.014 0.009 0.007 0.072 0.062 0.836 31 A 0.086 0.023 0.032 0.290 0.112 0.457 32 D 0.099 0.019 0.074 0.520 0.103 0.186 33 I 0.051 0.005 0.118 0.668 0.077 0.081 34 E 0.041 0.003 0.145 0.676 0.079 0.056 35 E 0.032 0.003 0.139 0.660 0.115 0.051 36 M 0.031 0.011 0.075 0.597 0.179 0.106 37 L 0.021 0.007 0.042 0.531 0.197 0.201 38 D 0.015 0.007 0.113 0.322 0.287 0.256 39 P 0.011 0.006 0.260 0.294 0.292 0.137 40 Y 0.016 0.012 0.339 0.283 0.273 0.076 41 L 0.020 0.018 0.146 0.428 0.294 0.095 42 Q 0.019 0.008 0.055 0.437 0.293 0.187 43 K 0.010 0.003 0.038 0.439 0.278 0.234 44 G 0.032 0.005 0.035 0.286 0.282 0.359 45 L 0.114 0.014 0.042 0.390 0.192 0.247 46 F 0.183 0.023 0.039 0.512 0.097 0.147 47 L 0.185 0.014 0.035 0.558 0.086 0.122 48 D 0.213 0.009 0.048 0.522 0.108 0.100 49 L 0.111 0.005 0.083 0.581 0.146 0.074 50 E 0.060 0.006 0.075 0.576 0.222 0.061 51 S 0.033 0.004 0.076 0.440 0.303 0.143 52 G 0.021 0.004 0.023 0.094 0.340 0.519 53 R 0.043 0.020 0.023 0.137 0.224 0.554 54 K 0.052 0.035 0.016 0.148 0.187 0.562 55 S 0.026 0.011 0.016 0.294 0.155 0.498 56 E 0.002 0.001 0.017 0.927 0.024 0.030 57 E 0.001 0.001 0.016 0.959 0.015 0.008 58 E 0.001 0.001 0.014 0.965 0.014 0.006 59 F 0.001 0.001 0.008 0.974 0.009 0.007 60 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 61 T 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.006 62 E 0.001 0.001 0.008 0.969 0.012 0.010 63 L 0.002 0.001 0.010 0.958 0.017 0.013 64 S 0.003 0.001 0.037 0.901 0.036 0.022 65 R 0.004 0.001 0.065 0.833 0.058 0.040 66 Y 0.006 0.004 0.071 0.750 0.088 0.081 67 I 0.004 0.004 0.023 0.766 0.084 0.120 68 G 0.008 0.003 0.028 0.328 0.272 0.361 69 K 0.012 0.003 0.043 0.207 0.336 0.399 70 E 0.038 0.010 0.043 0.162 0.315 0.432 71 L 0.057 0.021 0.024 0.140 0.264 0.495 72 T 0.040 0.019 0.007 0.105 0.091 0.738 73 Y 0.002 0.001 0.024 0.936 0.014 0.024 74 Q 0.001 0.001 0.017 0.969 0.008 0.005 75 Q 0.001 0.001 0.013 0.977 0.007 0.002 76 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 77 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 78 D 0.002 0.001 0.006 0.979 0.008 0.005 79 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.009 0.008 80 L 0.002 0.001 0.007 0.971 0.011 0.008 81 L 0.003 0.001 0.025 0.931 0.028 0.013 82 G 0.004 0.001 0.038 0.856 0.055 0.046 83 F 0.011 0.004 0.045 0.741 0.081 0.119 84 L 0.027 0.008 0.064 0.581 0.135 0.185 85 E 0.045 0.005 0.066 0.416 0.181 0.288 86 E 0.068 0.015 0.065 0.417 0.151 0.284 87 I 0.047 0.025 0.031 0.347 0.141 0.408 88 S 0.017 0.008 0.012 0.152 0.204 0.607 89 A 0.002 0.001 0.122 0.700 0.123 0.053 90 E 0.004 0.001 0.118 0.613 0.193 0.070 91 K 0.001 0.001 0.049 0.911 0.029 0.009 92 F 0.002 0.002 0.021 0.928 0.023 0.024 93 D 0.001 0.002 0.011 0.959 0.015 0.011 94 Y 0.001 0.001 0.019 0.967 0.009 0.004 95 I 0.001 0.001 0.033 0.948 0.013 0.005 96 D 0.001 0.001 0.067 0.898 0.029 0.006 97 S 0.001 0.001 0.091 0.814 0.055 0.038 98 L 0.004 0.016 0.052 0.532 0.118 0.277 99 R 0.004 0.008 0.027 0.014 0.920 0.026 100 P 0.001 0.001 0.063 0.003 0.923 0.010 101 D 0.001 0.001 0.036 0.001 0.949 0.013 102 Y 0.272 0.025 0.008 0.001 0.673 0.022 103 R 0.778 0.003 0.001 0.001 0.027 0.191 104 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 108 S 0.626 0.003 0.001 0.001 0.077 0.293 109 N 0.117 0.004 0.003 0.002 0.220 0.653 110 T 0.028 0.013 0.004 0.005 0.221 0.729 111 N 0.020 0.009 0.004 0.034 0.204 0.729 112 P 0.009 0.003 0.045 0.714 0.124 0.105 113 Y 0.011 0.002 0.048 0.825 0.076 0.039 114 V 0.016 0.003 0.052 0.864 0.046 0.020 115 L 0.023 0.004 0.020 0.900 0.026 0.027 116 D 0.027 0.003 0.037 0.860 0.039 0.034 117 L 0.016 0.001 0.053 0.861 0.041 0.028 118 A 0.014 0.004 0.035 0.842 0.053 0.053 119 M 0.018 0.011 0.046 0.753 0.083 0.089 120 S 0.018 0.006 0.095 0.338 0.219 0.324 121 P 0.012 0.009 0.257 0.220 0.291 0.212 122 R 0.011 0.014 0.274 0.231 0.273 0.197 123 F 0.013 0.019 0.097 0.068 0.478 0.326 124 L 0.011 0.014 0.075 0.111 0.509 0.279 125 P 0.011 0.011 0.108 0.106 0.564 0.200 126 S 0.011 0.013 0.150 0.138 0.542 0.146 127 G 0.015 0.010 0.180 0.144 0.457 0.194 128 R 0.024 0.016 0.128 0.158 0.385 0.289 129 T 0.036 0.034 0.061 0.133 0.303 0.434 130 L 0.014 0.007 0.212 0.423 0.186 0.157 131 D 0.016 0.003 0.259 0.428 0.192 0.102 132 S 0.018 0.002 0.329 0.414 0.187 0.050 133 F 0.048 0.009 0.242 0.405 0.199 0.097 134 F 0.142 0.011 0.093 0.282 0.354 0.119 135 D 0.183 0.002 0.053 0.194 0.369 0.199 136 K 0.553 0.003 0.014 0.170 0.131 0.129 137 V 0.812 0.006 0.002 0.118 0.028 0.034 138 Y 0.837 0.006 0.002 0.107 0.013 0.035 139 A 0.777 0.004 0.002 0.094 0.035 0.088 140 S 0.501 0.006 0.014 0.095 0.116 0.268 141 C 0.295 0.008 0.038 0.053 0.238 0.367 142 Q 0.184 0.021 0.074 0.045 0.352 0.323 143 M 0.111 0.025 0.064 0.068 0.393 0.339 144 G 0.060 0.022 0.041 0.044 0.450 0.384 145 K 0.042 0.017 0.026 0.023 0.381 0.511 146 Y 0.060 0.038 0.023 0.019 0.357 0.503 147 K 0.039 0.040 0.015 0.015 0.336 0.555 148 P 0.017 0.024 0.005 0.017 0.232 0.704 149 N 0.006 0.006 0.002 0.049 0.131 0.806 150 E 0.001 0.001 0.007 0.966 0.014 0.013 151 D 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.002 152 I 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 153 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 158 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 159 D 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 160 S 0.001 0.001 0.010 0.948 0.008 0.034 161 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.989 162 M 0.004 0.011 0.001 0.001 0.041 0.943 163 K 0.021 0.016 0.004 0.001 0.240 0.719 164 P 0.005 0.002 0.800 0.008 0.156 0.030 165 E 0.013 0.001 0.740 0.010 0.199 0.037 166 E 0.096 0.001 0.719 0.008 0.155 0.021 167 T 0.696 0.018 0.015 0.013 0.093 0.165 168 L 0.867 0.015 0.001 0.004 0.023 0.089 169 F 0.889 0.006 0.001 0.004 0.040 0.061 170 I 0.822 0.009 0.001 0.002 0.043 0.123 171 D 0.406 0.018 0.003 0.003 0.223 0.347 172 D 0.135 0.023 0.004 0.003 0.284 0.550 173 G 0.025 0.009 0.005 0.006 0.279 0.677 174 P 0.007 0.004 0.259 0.371 0.286 0.075 175 A 0.002 0.002 0.183 0.588 0.195 0.030 176 N 0.004 0.005 0.089 0.786 0.084 0.032 177 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 178 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 179 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 180 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.001 181 E 0.001 0.001 0.019 0.973 0.006 0.002 182 R 0.001 0.001 0.020 0.969 0.007 0.003 183 L 0.001 0.001 0.024 0.896 0.016 0.061 184 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.979 185 F 0.062 0.005 0.001 0.001 0.060 0.870 186 H 0.537 0.006 0.002 0.001 0.070 0.384 187 T 0.904 0.007 0.002 0.001 0.019 0.066 188 Y 0.924 0.006 0.002 0.002 0.013 0.054 189 C 0.834 0.004 0.002 0.002 0.043 0.114 190 P 0.577 0.011 0.004 0.003 0.125 0.280 191 D 0.204 0.020 0.009 0.004 0.309 0.454 192 N 0.066 0.020 0.014 0.011 0.496 0.394 193 G 0.025 0.016 0.057 0.029 0.621 0.253 194 E 0.029 0.014 0.167 0.075 0.485 0.229 195 N 0.020 0.015 0.169 0.126 0.480 0.191 196 W 0.016 0.020 0.140 0.184 0.366 0.274 197 I 0.020 0.013 0.092 0.179 0.335 0.361 198 P 0.010 0.004 0.216 0.388 0.241 0.141 199 A 0.018 0.007 0.160 0.491 0.186 0.138 200 I 0.034 0.016 0.110 0.589 0.127 0.125 201 T 0.041 0.007 0.072 0.620 0.107 0.152 202 R 0.038 0.005 0.068 0.695 0.092 0.102 203 L 0.055 0.006 0.059 0.751 0.070 0.060 204 L 0.063 0.006 0.059 0.724 0.079 0.070 205 R 0.072 0.005 0.076 0.654 0.090 0.105 206 E 0.063 0.005 0.049 0.523 0.111 0.249 207 Q 0.019 0.006 0.010 0.277 0.065 0.623 208 K 0.002 0.001 0.001 0.022 0.021 0.955