# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4630 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.010 0.057 0.052 0.077 0.127 0.142 0.520 2 I 0.035 0.017 0.057 0.099 0.069 0.169 0.159 0.394 3 R 0.005 0.007 0.220 0.053 0.155 0.112 0.119 0.329 4 N 0.003 0.004 0.444 0.078 0.192 0.037 0.111 0.131 5 I 0.004 0.003 0.623 0.112 0.095 0.023 0.043 0.097 6 V 0.002 0.002 0.684 0.085 0.094 0.023 0.042 0.067 7 F 0.005 0.002 0.689 0.046 0.067 0.060 0.045 0.086 8 D 0.293 0.005 0.259 0.021 0.027 0.138 0.107 0.150 9 L 0.069 0.006 0.048 0.007 0.012 0.213 0.050 0.595 10 G 0.010 0.004 0.047 0.004 0.024 0.207 0.024 0.681 11 G 0.016 0.009 0.205 0.048 0.148 0.121 0.150 0.302 12 V 0.016 0.016 0.259 0.152 0.144 0.074 0.110 0.228 13 L 0.009 0.011 0.352 0.113 0.139 0.045 0.067 0.265 14 I 0.031 0.024 0.241 0.156 0.147 0.075 0.061 0.266 15 H 0.207 0.111 0.102 0.040 0.055 0.093 0.099 0.293 16 L 0.062 0.110 0.031 0.015 0.022 0.126 0.041 0.592 17 N 0.036 0.141 0.012 0.006 0.008 0.065 0.288 0.444 18 R 0.044 0.666 0.002 0.002 0.002 0.018 0.204 0.062 19 E 0.017 0.869 0.002 0.001 0.002 0.011 0.050 0.048 20 E 0.007 0.898 0.002 0.002 0.003 0.007 0.039 0.043 21 S 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.009 22 I 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.006 23 R 0.007 0.959 0.006 0.002 0.002 0.002 0.012 0.010 24 R 0.058 0.840 0.016 0.002 0.002 0.009 0.038 0.035 25 F 0.205 0.074 0.260 0.006 0.003 0.021 0.373 0.058 26 K 0.607 0.053 0.020 0.003 0.002 0.023 0.054 0.238 27 A 0.119 0.004 0.006 0.001 0.001 0.028 0.009 0.833 28 I 0.004 0.004 0.014 0.003 0.003 0.138 0.007 0.826 29 G 0.015 0.012 0.008 0.002 0.004 0.066 0.013 0.882 30 V 0.081 0.079 0.016 0.009 0.004 0.113 0.029 0.669 31 A 0.064 0.234 0.075 0.014 0.013 0.105 0.052 0.443 32 D 0.149 0.285 0.046 0.009 0.012 0.054 0.099 0.346 33 I 0.153 0.347 0.093 0.019 0.017 0.053 0.098 0.221 34 E 0.175 0.227 0.067 0.016 0.024 0.054 0.074 0.361 35 E 0.088 0.122 0.032 0.017 0.024 0.106 0.048 0.563 36 M 0.027 0.081 0.038 0.022 0.032 0.113 0.063 0.625 37 L 0.091 0.168 0.015 0.013 0.020 0.094 0.033 0.567 38 D 0.211 0.230 0.024 0.026 0.026 0.067 0.087 0.329 39 P 0.098 0.267 0.011 0.013 0.017 0.077 0.043 0.475 40 Y 0.074 0.168 0.026 0.018 0.027 0.080 0.071 0.537 41 L 0.068 0.138 0.014 0.017 0.017 0.108 0.051 0.588 42 Q 0.173 0.311 0.014 0.011 0.014 0.050 0.097 0.331 43 K 0.067 0.393 0.009 0.009 0.016 0.070 0.038 0.397 44 G 0.033 0.339 0.022 0.018 0.032 0.064 0.064 0.428 45 L 0.020 0.596 0.016 0.033 0.036 0.048 0.035 0.215 46 F 0.047 0.610 0.025 0.020 0.032 0.039 0.053 0.173 47 L 0.056 0.230 0.054 0.053 0.046 0.050 0.329 0.182 48 D 0.053 0.207 0.047 0.040 0.046 0.057 0.350 0.199 49 L 0.333 0.148 0.024 0.017 0.027 0.063 0.097 0.289 50 E 0.187 0.051 0.019 0.027 0.038 0.096 0.053 0.529 51 S 0.019 0.015 0.008 0.008 0.018 0.086 0.039 0.805 52 G 0.040 0.053 0.012 0.010 0.018 0.138 0.070 0.660 53 R 0.057 0.134 0.013 0.019 0.016 0.156 0.035 0.571 54 K 0.039 0.217 0.007 0.005 0.004 0.081 0.022 0.624 55 S 0.034 0.868 0.002 0.001 0.001 0.010 0.027 0.057 56 E 0.040 0.891 0.002 0.001 0.001 0.007 0.032 0.028 57 E 0.010 0.219 0.004 0.002 0.002 0.010 0.716 0.037 58 E 0.004 0.831 0.003 0.001 0.002 0.009 0.126 0.024 59 F 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.016 60 R 0.023 0.629 0.011 0.005 0.007 0.017 0.256 0.053 61 T 0.018 0.550 0.007 0.003 0.005 0.021 0.324 0.073 62 E 0.044 0.789 0.008 0.003 0.003 0.020 0.057 0.077 63 L 0.081 0.590 0.027 0.009 0.009 0.046 0.085 0.153 64 S 0.107 0.238 0.058 0.007 0.008 0.068 0.181 0.334 65 R 0.206 0.265 0.026 0.005 0.006 0.069 0.053 0.371 66 Y 0.140 0.078 0.078 0.007 0.007 0.085 0.080 0.525 67 I 0.080 0.046 0.020 0.005 0.008 0.131 0.036 0.675 68 G 0.064 0.026 0.022 0.004 0.006 0.076 0.113 0.689 69 K 0.043 0.142 0.020 0.007 0.006 0.101 0.076 0.605 70 E 0.045 0.211 0.023 0.005 0.008 0.101 0.038 0.568 71 L 0.026 0.218 0.019 0.010 0.007 0.093 0.056 0.571 72 T 0.027 0.897 0.003 0.001 0.001 0.008 0.027 0.037 73 Y 0.022 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.015 74 Q 0.005 0.931 0.004 0.002 0.002 0.005 0.030 0.023 75 Q 0.007 0.942 0.003 0.001 0.001 0.004 0.027 0.015 76 V 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.006 77 Y 0.016 0.936 0.005 0.001 0.001 0.003 0.028 0.012 78 D 0.031 0.718 0.014 0.003 0.003 0.013 0.132 0.087 79 A 0.060 0.602 0.029 0.005 0.004 0.032 0.139 0.130 80 L 0.187 0.422 0.026 0.005 0.004 0.035 0.129 0.191 81 L 0.149 0.235 0.015 0.004 0.004 0.052 0.050 0.491 82 G 0.055 0.103 0.016 0.005 0.007 0.066 0.063 0.685 83 F 0.092 0.072 0.016 0.008 0.007 0.108 0.041 0.656 84 L 0.109 0.053 0.025 0.013 0.015 0.092 0.162 0.531 85 E 0.084 0.087 0.014 0.004 0.006 0.097 0.046 0.662 86 E 0.025 0.063 0.034 0.012 0.012 0.136 0.047 0.671 87 I 0.038 0.143 0.011 0.003 0.002 0.074 0.032 0.695 88 S 0.252 0.595 0.003 0.001 0.001 0.010 0.095 0.043 89 A 0.041 0.670 0.007 0.001 0.001 0.034 0.047 0.198 90 E 0.011 0.869 0.003 0.001 0.001 0.011 0.026 0.077 91 K 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 92 F 0.016 0.933 0.004 0.001 0.001 0.004 0.033 0.011 93 D 0.022 0.472 0.024 0.003 0.002 0.015 0.408 0.055 94 Y 0.019 0.173 0.017 0.001 0.001 0.011 0.756 0.023 95 I 0.178 0.562 0.021 0.002 0.002 0.014 0.153 0.067 96 D 0.207 0.131 0.013 0.005 0.007 0.046 0.053 0.537 97 S 0.004 0.008 0.025 0.005 0.004 0.062 0.191 0.701 98 L 0.210 0.013 0.034 0.010 0.012 0.123 0.145 0.453 99 R 0.807 0.001 0.005 0.001 0.001 0.026 0.024 0.134 100 P 0.012 0.001 0.010 0.001 0.002 0.109 0.005 0.860 101 D 0.003 0.001 0.065 0.001 0.010 0.115 0.014 0.792 102 Y 0.002 0.001 0.263 0.037 0.031 0.223 0.060 0.382 103 R 0.001 0.001 0.860 0.021 0.017 0.018 0.027 0.056 104 L 0.001 0.001 0.836 0.026 0.034 0.007 0.056 0.040 105 F 0.001 0.001 0.911 0.025 0.026 0.002 0.030 0.007 106 L 0.001 0.001 0.868 0.045 0.046 0.004 0.015 0.020 107 L 0.005 0.001 0.676 0.097 0.114 0.022 0.031 0.055 108 S 0.022 0.004 0.253 0.028 0.066 0.166 0.077 0.384 109 N 0.028 0.009 0.055 0.014 0.032 0.283 0.041 0.538 110 T 0.029 0.024 0.011 0.003 0.005 0.135 0.025 0.767 111 N 0.236 0.535 0.004 0.003 0.004 0.038 0.071 0.109 112 P 0.072 0.656 0.009 0.004 0.005 0.040 0.053 0.161 113 Y 0.025 0.737 0.008 0.010 0.012 0.027 0.027 0.154 114 V 0.049 0.736 0.017 0.011 0.016 0.024 0.044 0.102 115 L 0.102 0.597 0.018 0.017 0.029 0.035 0.090 0.112 116 D 0.145 0.284 0.038 0.028 0.040 0.040 0.238 0.186 117 L 0.076 0.202 0.032 0.030 0.031 0.070 0.113 0.445 118 A 0.046 0.098 0.049 0.037 0.065 0.111 0.091 0.502 119 M 0.063 0.021 0.048 0.030 0.034 0.101 0.060 0.644 120 S 0.607 0.020 0.009 0.013 0.014 0.046 0.031 0.260 121 P 0.123 0.006 0.006 0.004 0.006 0.066 0.019 0.770 122 R 0.006 0.002 0.018 0.009 0.021 0.223 0.018 0.703 123 F 0.007 0.003 0.017 0.007 0.012 0.092 0.037 0.824 124 L 0.328 0.022 0.020 0.020 0.010 0.094 0.050 0.456 125 P 0.271 0.025 0.030 0.009 0.009 0.076 0.093 0.487 126 S 0.041 0.038 0.023 0.008 0.021 0.113 0.052 0.705 127 G 0.029 0.022 0.051 0.008 0.023 0.099 0.052 0.716 128 R 0.025 0.032 0.068 0.077 0.043 0.144 0.136 0.476 129 T 0.045 0.147 0.059 0.014 0.023 0.107 0.136 0.469 130 L 0.195 0.277 0.032 0.012 0.015 0.065 0.148 0.256 131 D 0.113 0.215 0.045 0.017 0.019 0.072 0.133 0.387 132 S 0.043 0.223 0.034 0.011 0.019 0.095 0.143 0.432 133 F 0.070 0.298 0.052 0.015 0.025 0.108 0.112 0.320 134 F 0.114 0.220 0.045 0.025 0.037 0.109 0.138 0.312 135 D 0.033 0.140 0.038 0.018 0.042 0.104 0.096 0.530 136 K 0.022 0.121 0.180 0.047 0.120 0.091 0.154 0.266 137 V 0.022 0.088 0.179 0.084 0.130 0.107 0.113 0.277 138 Y 0.029 0.050 0.335 0.113 0.124 0.068 0.063 0.217 139 A 0.076 0.105 0.137 0.072 0.113 0.092 0.093 0.312 140 S 0.071 0.079 0.134 0.049 0.067 0.106 0.102 0.391 141 C 0.138 0.056 0.040 0.033 0.044 0.109 0.038 0.541 142 Q 0.154 0.029 0.042 0.029 0.037 0.088 0.095 0.525 143 M 0.104 0.015 0.018 0.027 0.052 0.114 0.051 0.618 144 G 0.120 0.005 0.013 0.029 0.043 0.076 0.030 0.684 145 K 0.012 0.002 0.011 0.040 0.057 0.106 0.016 0.756 146 Y 0.018 0.004 0.011 0.012 0.028 0.111 0.023 0.794 147 K 0.019 0.008 0.011 0.031 0.024 0.197 0.014 0.696 148 P 0.018 0.026 0.003 0.003 0.002 0.060 0.024 0.864 149 N 0.108 0.857 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.015 150 E 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.024 151 D 0.006 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.026 0.017 152 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 153 F 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 154 L 0.005 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 0.006 155 E 0.013 0.916 0.011 0.001 0.001 0.004 0.026 0.028 156 M 0.142 0.268 0.128 0.004 0.003 0.023 0.384 0.049 157 I 0.118 0.031 0.175 0.006 0.003 0.023 0.557 0.088 158 A 0.714 0.005 0.004 0.001 0.001 0.011 0.006 0.259 159 D 0.100 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.005 0.865 160 S 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.094 0.003 0.895 161 G 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.108 0.003 0.876 162 M 0.005 0.001 0.008 0.003 0.001 0.097 0.006 0.879 163 K 0.371 0.011 0.042 0.005 0.003 0.084 0.107 0.379 164 P 0.265 0.020 0.023 0.003 0.003 0.115 0.087 0.483 165 E 0.010 0.007 0.083 0.005 0.012 0.109 0.039 0.735 166 E 0.007 0.006 0.419 0.035 0.115 0.082 0.090 0.246 167 T 0.006 0.004 0.240 0.064 0.144 0.080 0.138 0.323 168 L 0.003 0.002 0.595 0.108 0.136 0.034 0.033 0.089 169 F 0.012 0.002 0.401 0.094 0.173 0.060 0.048 0.209 170 I 0.069 0.006 0.229 0.089 0.091 0.124 0.111 0.282 171 D 0.032 0.006 0.051 0.013 0.028 0.183 0.033 0.654 172 D 0.027 0.012 0.018 0.006 0.008 0.131 0.042 0.755 173 G 0.207 0.265 0.014 0.007 0.007 0.076 0.081 0.343 174 P 0.206 0.370 0.008 0.003 0.004 0.070 0.047 0.291 175 A 0.024 0.150 0.010 0.010 0.013 0.062 0.338 0.393 176 N 0.020 0.753 0.004 0.002 0.004 0.023 0.135 0.060 177 V 0.017 0.923 0.002 0.001 0.002 0.009 0.019 0.026 178 A 0.011 0.862 0.036 0.012 0.011 0.008 0.023 0.038 179 T 0.072 0.813 0.015 0.003 0.007 0.010 0.048 0.032 180 A 0.264 0.096 0.242 0.008 0.005 0.023 0.306 0.056 181 E 0.588 0.078 0.021 0.011 0.007 0.035 0.046 0.212 182 R 0.064 0.005 0.009 0.001 0.001 0.040 0.016 0.865 183 L 0.006 0.004 0.056 0.006 0.010 0.222 0.034 0.663 184 G 0.037 0.008 0.070 0.011 0.022 0.133 0.106 0.611 185 F 0.047 0.006 0.025 0.011 0.010 0.131 0.042 0.728 186 H 0.034 0.008 0.273 0.044 0.084 0.131 0.082 0.345 187 T 0.020 0.004 0.163 0.025 0.061 0.088 0.117 0.522 188 Y 0.009 0.002 0.389 0.053 0.055 0.086 0.056 0.350 189 C 0.026 0.004 0.301 0.054 0.066 0.114 0.061 0.373 190 P 0.053 0.005 0.072 0.022 0.027 0.140 0.049 0.632 191 D 0.100 0.007 0.043 0.015 0.021 0.135 0.067 0.612 192 N 0.100 0.013 0.017 0.009 0.014 0.128 0.051 0.668 193 G 0.120 0.031 0.019 0.012 0.022 0.111 0.040 0.646 194 E 0.088 0.030 0.017 0.016 0.024 0.104 0.041 0.680 195 N 0.023 0.035 0.031 0.039 0.053 0.127 0.064 0.627 196 W 0.063 0.046 0.021 0.022 0.035 0.090 0.053 0.670 197 I 0.256 0.067 0.025 0.036 0.031 0.066 0.224 0.294 198 P 0.037 0.093 0.021 0.022 0.031 0.096 0.070 0.629 199 A 0.019 0.113 0.023 0.018 0.036 0.092 0.028 0.672 200 I 0.048 0.426 0.019 0.024 0.026 0.071 0.034 0.352 201 T 0.107 0.685 0.012 0.007 0.011 0.026 0.049 0.102 202 R 0.063 0.597 0.030 0.016 0.016 0.036 0.079 0.162 203 L 0.062 0.379 0.079 0.023 0.026 0.053 0.137 0.239 204 L 0.217 0.190 0.081 0.024 0.028 0.062 0.150 0.248 205 R 0.237 0.058 0.044 0.023 0.027 0.074 0.115 0.423 206 E 0.053 0.017 0.010 0.007 0.011 0.062 0.050 0.789 207 Q 0.027 0.013 0.008 0.009 0.015 0.104 0.038 0.786 208 K 0.037 0.014 0.012 0.019 0.030 0.132 0.043 0.714