# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4630 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 2 I 0.201 0.019 0.002 0.001 0.006 0.005 0.767 3 R 0.424 0.003 0.003 0.001 0.187 0.013 0.370 4 N 0.942 0.001 0.002 0.001 0.011 0.003 0.040 5 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 6 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 8 D 0.719 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.265 9 L 0.219 0.004 0.011 0.003 0.151 0.378 0.232 10 G 0.016 0.002 0.011 0.001 0.133 0.805 0.032 11 G 0.058 0.002 0.019 0.002 0.408 0.420 0.090 12 V 0.414 0.060 0.011 0.008 0.150 0.042 0.315 13 L 0.687 0.082 0.012 0.012 0.052 0.034 0.119 14 I 0.566 0.027 0.027 0.023 0.067 0.055 0.235 15 H 0.379 0.029 0.023 0.028 0.087 0.056 0.398 16 L 0.085 0.013 0.035 0.052 0.249 0.247 0.319 17 N 0.038 0.020 0.019 0.068 0.220 0.182 0.452 18 R 0.012 0.004 0.019 0.537 0.077 0.045 0.305 19 E 0.003 0.001 0.010 0.924 0.011 0.021 0.030 20 E 0.004 0.001 0.009 0.958 0.005 0.010 0.013 21 S 0.003 0.001 0.008 0.973 0.001 0.007 0.008 22 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 23 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 25 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 27 A 0.001 0.001 0.002 0.946 0.001 0.050 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.420 0.003 0.573 0.002 29 G 0.001 0.001 0.001 0.043 0.020 0.888 0.047 30 V 0.009 0.004 0.005 0.035 0.062 0.013 0.872 31 A 0.093 0.036 0.026 0.135 0.082 0.018 0.610 32 D 0.120 0.038 0.043 0.267 0.094 0.037 0.402 33 I 0.068 0.006 0.096 0.474 0.038 0.049 0.269 34 E 0.080 0.007 0.144 0.526 0.032 0.060 0.150 35 E 0.052 0.008 0.177 0.506 0.042 0.086 0.129 36 M 0.043 0.007 0.114 0.503 0.056 0.164 0.113 37 L 0.044 0.013 0.048 0.342 0.151 0.237 0.165 38 D 0.031 0.007 0.059 0.172 0.174 0.093 0.463 39 P 0.017 0.003 0.174 0.267 0.085 0.305 0.148 40 Y 0.031 0.012 0.161 0.331 0.074 0.267 0.123 41 L 0.044 0.044 0.099 0.289 0.107 0.112 0.305 42 Q 0.038 0.014 0.051 0.310 0.077 0.124 0.386 43 K 0.022 0.005 0.048 0.380 0.099 0.309 0.139 44 G 0.027 0.003 0.038 0.187 0.117 0.222 0.406 45 L 0.088 0.013 0.036 0.232 0.132 0.112 0.387 46 F 0.139 0.040 0.029 0.396 0.074 0.055 0.267 47 L 0.142 0.017 0.037 0.459 0.059 0.054 0.232 48 D 0.163 0.009 0.053 0.457 0.050 0.058 0.211 49 L 0.121 0.009 0.076 0.494 0.050 0.082 0.168 50 E 0.070 0.014 0.072 0.491 0.057 0.153 0.143 51 S 0.020 0.006 0.046 0.209 0.066 0.564 0.089 52 G 0.010 0.002 0.026 0.047 0.108 0.652 0.155 53 R 0.020 0.009 0.019 0.036 0.244 0.113 0.560 54 K 0.029 0.025 0.014 0.060 0.246 0.062 0.564 55 S 0.024 0.033 0.012 0.096 0.143 0.037 0.655 56 E 0.002 0.001 0.025 0.878 0.008 0.022 0.063 57 E 0.001 0.001 0.016 0.956 0.006 0.009 0.012 58 E 0.001 0.001 0.014 0.967 0.002 0.007 0.009 59 F 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.008 0.005 60 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.003 61 T 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 62 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.017 0.003 63 L 0.001 0.001 0.004 0.964 0.002 0.021 0.007 64 S 0.001 0.001 0.012 0.955 0.003 0.022 0.006 65 R 0.001 0.001 0.028 0.894 0.005 0.063 0.008 66 Y 0.001 0.001 0.037 0.809 0.011 0.126 0.015 67 I 0.004 0.007 0.027 0.578 0.058 0.251 0.075 68 G 0.008 0.005 0.056 0.195 0.107 0.341 0.288 69 K 0.018 0.004 0.057 0.171 0.249 0.269 0.232 70 E 0.034 0.012 0.046 0.145 0.146 0.264 0.353 71 L 0.049 0.026 0.006 0.063 0.207 0.020 0.630 72 T 0.028 0.026 0.002 0.043 0.022 0.006 0.872 73 Y 0.001 0.001 0.012 0.966 0.002 0.010 0.009 74 Q 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.002 0.002 76 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 77 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 78 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 79 A 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.019 0.002 80 L 0.001 0.001 0.008 0.956 0.002 0.027 0.005 81 L 0.001 0.001 0.026 0.906 0.004 0.058 0.005 82 G 0.002 0.001 0.047 0.755 0.009 0.176 0.011 83 F 0.003 0.001 0.054 0.657 0.018 0.238 0.029 84 L 0.010 0.010 0.056 0.537 0.086 0.115 0.187 85 E 0.022 0.003 0.068 0.339 0.079 0.152 0.336 86 E 0.036 0.012 0.061 0.352 0.060 0.179 0.299 87 I 0.030 0.032 0.021 0.224 0.078 0.042 0.573 88 S 0.014 0.008 0.009 0.137 0.032 0.019 0.781 89 A 0.001 0.001 0.050 0.719 0.019 0.201 0.009 90 E 0.001 0.001 0.069 0.557 0.018 0.334 0.020 91 K 0.002 0.001 0.070 0.819 0.013 0.047 0.048 92 F 0.001 0.002 0.019 0.928 0.011 0.015 0.024 93 D 0.001 0.002 0.028 0.924 0.006 0.028 0.011 94 Y 0.001 0.001 0.048 0.914 0.003 0.030 0.003 95 I 0.002 0.002 0.138 0.831 0.005 0.020 0.004 96 D 0.002 0.001 0.268 0.579 0.005 0.138 0.008 97 S 0.002 0.001 0.173 0.451 0.008 0.357 0.009 98 L 0.010 0.025 0.059 0.265 0.211 0.227 0.204 99 R 0.009 0.005 0.018 0.032 0.095 0.028 0.813 100 P 0.003 0.001 0.069 0.045 0.104 0.752 0.026 101 D 0.012 0.002 0.023 0.002 0.053 0.884 0.025 102 Y 0.178 0.004 0.002 0.001 0.068 0.005 0.743 103 R 0.523 0.001 0.001 0.001 0.202 0.006 0.267 104 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 106 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 108 S 0.490 0.002 0.001 0.001 0.054 0.007 0.445 109 N 0.076 0.008 0.002 0.001 0.595 0.021 0.298 110 T 0.024 0.027 0.003 0.001 0.533 0.025 0.386 111 N 0.017 0.007 0.018 0.034 0.236 0.027 0.661 112 P 0.003 0.001 0.114 0.694 0.038 0.105 0.045 113 Y 0.004 0.001 0.068 0.833 0.019 0.059 0.015 114 V 0.009 0.004 0.056 0.877 0.005 0.029 0.019 115 L 0.015 0.003 0.027 0.898 0.007 0.023 0.027 116 D 0.029 0.001 0.037 0.856 0.012 0.036 0.030 117 L 0.029 0.002 0.047 0.822 0.018 0.058 0.024 118 A 0.029 0.006 0.034 0.779 0.016 0.094 0.041 119 M 0.040 0.016 0.039 0.644 0.054 0.106 0.101 120 S 0.037 0.005 0.066 0.461 0.077 0.140 0.214 121 P 0.015 0.005 0.165 0.423 0.056 0.201 0.135 122 R 0.010 0.006 0.162 0.228 0.075 0.408 0.111 123 F 0.017 0.013 0.087 0.075 0.164 0.386 0.258 124 L 0.019 0.019 0.060 0.034 0.220 0.100 0.548 125 P 0.016 0.013 0.109 0.037 0.116 0.267 0.442 126 S 0.013 0.008 0.097 0.033 0.162 0.497 0.190 127 G 0.028 0.012 0.078 0.027 0.159 0.369 0.327 128 R 0.051 0.027 0.033 0.035 0.272 0.075 0.507 129 T 0.082 0.062 0.035 0.075 0.104 0.070 0.573 130 L 0.038 0.011 0.136 0.441 0.040 0.067 0.268 131 D 0.017 0.002 0.308 0.446 0.023 0.081 0.123 132 S 0.017 0.002 0.378 0.378 0.038 0.133 0.053 133 F 0.028 0.007 0.281 0.466 0.032 0.122 0.064 134 F 0.102 0.018 0.094 0.468 0.080 0.061 0.177 135 D 0.082 0.002 0.076 0.482 0.122 0.147 0.090 136 K 0.270 0.002 0.045 0.457 0.038 0.156 0.032 137 V 0.493 0.014 0.012 0.392 0.013 0.032 0.044 138 Y 0.634 0.013 0.009 0.253 0.016 0.025 0.050 139 A 0.551 0.006 0.012 0.175 0.041 0.054 0.162 140 S 0.282 0.010 0.028 0.142 0.083 0.098 0.357 141 C 0.149 0.016 0.053 0.107 0.208 0.128 0.339 142 Q 0.105 0.020 0.097 0.092 0.145 0.178 0.362 143 M 0.068 0.014 0.111 0.076 0.152 0.274 0.305 144 G 0.041 0.015 0.080 0.045 0.165 0.285 0.369 145 K 0.049 0.017 0.047 0.022 0.259 0.222 0.384 146 Y 0.070 0.029 0.019 0.013 0.235 0.113 0.521 147 K 0.042 0.036 0.003 0.004 0.151 0.018 0.746 148 P 0.024 0.043 0.003 0.005 0.092 0.033 0.800 149 N 0.005 0.009 0.002 0.013 0.065 0.014 0.893 150 E 0.001 0.001 0.015 0.952 0.005 0.023 0.005 151 D 0.001 0.001 0.013 0.972 0.001 0.012 0.002 152 I 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.004 0.002 153 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 158 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 159 D 0.001 0.001 0.002 0.873 0.004 0.117 0.003 160 S 0.001 0.001 0.004 0.246 0.013 0.728 0.008 161 G 0.001 0.001 0.003 0.005 0.070 0.799 0.122 162 M 0.004 0.012 0.001 0.001 0.150 0.002 0.830 163 K 0.017 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.960 164 P 0.022 0.009 0.653 0.018 0.056 0.172 0.069 165 E 0.032 0.001 0.527 0.010 0.094 0.272 0.063 166 E 0.206 0.003 0.320 0.012 0.143 0.102 0.215 167 T 0.900 0.008 0.006 0.006 0.006 0.006 0.069 168 L 0.974 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 169 F 0.983 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 170 I 0.933 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.050 171 D 0.618 0.008 0.003 0.003 0.111 0.045 0.212 172 D 0.215 0.026 0.006 0.005 0.329 0.063 0.355 173 G 0.055 0.012 0.018 0.013 0.349 0.092 0.461 174 P 0.006 0.003 0.218 0.454 0.054 0.227 0.040 175 A 0.004 0.003 0.131 0.681 0.020 0.138 0.024 176 N 0.006 0.002 0.086 0.788 0.008 0.048 0.061 177 V 0.001 0.001 0.011 0.972 0.001 0.011 0.004 178 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 179 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 180 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 181 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 182 R 0.001 0.001 0.004 0.942 0.003 0.049 0.001 183 L 0.001 0.001 0.002 0.285 0.005 0.703 0.003 184 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.936 0.038 185 F 0.027 0.005 0.001 0.001 0.031 0.005 0.930 186 H 0.337 0.006 0.006 0.001 0.221 0.006 0.423 187 T 0.862 0.005 0.005 0.002 0.031 0.006 0.091 188 Y 0.927 0.007 0.001 0.003 0.008 0.001 0.053 189 C 0.863 0.016 0.001 0.003 0.009 0.001 0.106 190 P 0.401 0.008 0.007 0.008 0.065 0.065 0.446 191 D 0.090 0.012 0.011 0.004 0.300 0.229 0.353 192 N 0.034 0.012 0.037 0.009 0.364 0.271 0.273 193 G 0.027 0.014 0.077 0.026 0.191 0.325 0.339 194 E 0.033 0.016 0.188 0.062 0.169 0.261 0.270 195 N 0.040 0.027 0.153 0.111 0.229 0.205 0.235 196 W 0.057 0.019 0.163 0.179 0.149 0.173 0.261 197 I 0.085 0.017 0.087 0.234 0.167 0.055 0.355 198 P 0.066 0.013 0.118 0.357 0.068 0.082 0.296 199 A 0.072 0.018 0.098 0.477 0.065 0.102 0.168 200 I 0.084 0.014 0.057 0.453 0.055 0.061 0.276 201 T 0.045 0.004 0.080 0.634 0.018 0.041 0.177 202 R 0.040 0.002 0.075 0.743 0.030 0.049 0.061 203 L 0.046 0.004 0.096 0.744 0.017 0.055 0.039 204 L 0.048 0.006 0.043 0.791 0.014 0.049 0.049 205 R 0.040 0.006 0.061 0.713 0.022 0.089 0.068 206 E 0.029 0.004 0.044 0.550 0.060 0.193 0.121 207 Q 0.019 0.007 0.026 0.297 0.022 0.236 0.393 208 K 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.981