# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2240 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.010 0.058 0.051 0.072 0.131 0.152 0.509 2 I 0.041 0.018 0.055 0.085 0.058 0.175 0.165 0.402 3 R 0.005 0.007 0.223 0.047 0.137 0.121 0.113 0.347 4 N 0.003 0.004 0.457 0.067 0.173 0.041 0.114 0.143 5 I 0.004 0.003 0.647 0.098 0.082 0.024 0.045 0.097 6 V 0.002 0.002 0.715 0.071 0.080 0.024 0.043 0.063 7 F 0.005 0.002 0.702 0.040 0.058 0.061 0.045 0.086 8 D 0.269 0.005 0.280 0.019 0.024 0.145 0.115 0.144 9 L 0.064 0.006 0.053 0.007 0.010 0.226 0.052 0.582 10 G 0.009 0.004 0.059 0.004 0.022 0.224 0.028 0.650 11 G 0.015 0.008 0.220 0.038 0.115 0.128 0.167 0.309 12 V 0.013 0.016 0.330 0.138 0.131 0.069 0.115 0.189 13 L 0.011 0.017 0.353 0.088 0.129 0.050 0.076 0.276 14 I 0.026 0.025 0.323 0.154 0.137 0.072 0.060 0.202 15 H 0.113 0.111 0.156 0.046 0.066 0.111 0.090 0.307 16 L 0.115 0.184 0.042 0.012 0.019 0.106 0.070 0.453 17 N 0.064 0.167 0.018 0.008 0.010 0.069 0.333 0.330 18 R 0.054 0.549 0.006 0.003 0.004 0.042 0.179 0.162 19 E 0.021 0.831 0.002 0.002 0.003 0.015 0.051 0.074 20 E 0.006 0.891 0.001 0.002 0.003 0.008 0.046 0.043 21 S 0.007 0.922 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.017 22 I 0.008 0.950 0.002 0.002 0.001 0.004 0.022 0.011 23 R 0.009 0.943 0.004 0.001 0.002 0.004 0.026 0.011 24 R 0.015 0.905 0.003 0.001 0.001 0.004 0.057 0.013 25 F 0.020 0.737 0.015 0.003 0.003 0.009 0.179 0.035 26 K 0.026 0.833 0.017 0.004 0.004 0.011 0.043 0.062 27 A 0.156 0.487 0.041 0.006 0.007 0.039 0.092 0.173 28 I 0.099 0.095 0.142 0.015 0.010 0.075 0.200 0.364 29 G 0.334 0.065 0.017 0.004 0.005 0.051 0.034 0.491 30 V 0.170 0.016 0.014 0.002 0.003 0.065 0.032 0.698 31 A 0.017 0.011 0.024 0.006 0.010 0.167 0.019 0.747 32 D 0.027 0.010 0.014 0.004 0.008 0.072 0.028 0.836 33 I 0.080 0.036 0.023 0.018 0.010 0.110 0.049 0.674 34 E 0.118 0.063 0.045 0.012 0.018 0.105 0.056 0.582 35 E 0.061 0.045 0.015 0.009 0.011 0.111 0.052 0.696 36 M 0.041 0.239 0.023 0.008 0.010 0.089 0.053 0.536 37 L 0.070 0.566 0.008 0.003 0.004 0.048 0.029 0.271 38 D 0.059 0.713 0.013 0.007 0.007 0.029 0.060 0.111 39 P 0.058 0.759 0.010 0.005 0.007 0.021 0.057 0.083 40 Y 0.141 0.480 0.032 0.012 0.020 0.039 0.139 0.138 41 L 0.117 0.329 0.026 0.036 0.045 0.067 0.112 0.269 42 Q 0.104 0.141 0.022 0.017 0.034 0.075 0.072 0.535 43 K 0.053 0.099 0.030 0.030 0.048 0.130 0.052 0.558 44 G 0.043 0.120 0.037 0.038 0.057 0.121 0.045 0.540 45 L 0.071 0.229 0.020 0.019 0.029 0.095 0.035 0.501 46 F 0.077 0.332 0.030 0.024 0.025 0.088 0.048 0.377 47 L 0.043 0.180 0.021 0.013 0.013 0.067 0.329 0.334 48 D 0.041 0.516 0.010 0.005 0.005 0.030 0.300 0.091 49 L 0.054 0.776 0.006 0.003 0.004 0.021 0.051 0.084 50 E 0.065 0.596 0.012 0.009 0.014 0.041 0.055 0.210 51 S 0.030 0.255 0.012 0.006 0.015 0.052 0.456 0.174 52 G 0.043 0.496 0.011 0.006 0.009 0.040 0.295 0.101 53 R 0.063 0.615 0.015 0.011 0.014 0.051 0.059 0.173 54 K 0.028 0.440 0.019 0.009 0.009 0.074 0.050 0.372 55 S 0.047 0.706 0.018 0.004 0.006 0.027 0.086 0.106 56 E 0.162 0.689 0.008 0.002 0.002 0.016 0.050 0.071 57 E 0.076 0.261 0.028 0.006 0.005 0.050 0.295 0.280 58 E 0.044 0.442 0.018 0.005 0.005 0.063 0.112 0.310 59 F 0.164 0.432 0.015 0.002 0.004 0.053 0.058 0.272 60 R 0.087 0.246 0.021 0.005 0.005 0.080 0.113 0.443 61 T 0.051 0.263 0.013 0.003 0.005 0.065 0.169 0.431 62 E 0.072 0.516 0.011 0.003 0.004 0.054 0.066 0.274 63 L 0.118 0.471 0.019 0.005 0.006 0.057 0.069 0.256 64 S 0.055 0.334 0.034 0.006 0.006 0.072 0.099 0.393 65 R 0.069 0.606 0.010 0.003 0.003 0.041 0.035 0.232 66 Y 0.093 0.647 0.020 0.002 0.003 0.030 0.050 0.155 67 I 0.062 0.645 0.009 0.002 0.003 0.045 0.035 0.198 68 G 0.020 0.112 0.013 0.002 0.003 0.025 0.688 0.138 69 K 0.017 0.728 0.005 0.002 0.001 0.020 0.158 0.069 70 E 0.036 0.845 0.004 0.001 0.001 0.011 0.047 0.054 71 L 0.014 0.801 0.006 0.003 0.002 0.018 0.055 0.102 72 T 0.013 0.878 0.003 0.001 0.001 0.008 0.062 0.034 73 Y 0.011 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.012 74 Q 0.005 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.040 0.014 75 Q 0.004 0.956 0.002 0.001 0.001 0.004 0.020 0.014 76 V 0.006 0.962 0.004 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 77 Y 0.018 0.930 0.009 0.001 0.001 0.002 0.031 0.009 78 D 0.061 0.697 0.021 0.002 0.001 0.012 0.145 0.062 79 A 0.061 0.561 0.039 0.003 0.002 0.030 0.134 0.170 80 L 0.120 0.372 0.042 0.003 0.003 0.052 0.105 0.303 81 L 0.168 0.217 0.024 0.003 0.004 0.062 0.065 0.457 82 G 0.095 0.095 0.016 0.004 0.006 0.071 0.070 0.642 83 F 0.111 0.066 0.013 0.004 0.005 0.089 0.033 0.679 84 L 0.078 0.045 0.023 0.010 0.013 0.097 0.130 0.604 85 E 0.092 0.075 0.018 0.005 0.006 0.106 0.047 0.650 86 E 0.025 0.050 0.038 0.012 0.011 0.144 0.046 0.675 87 I 0.031 0.096 0.012 0.002 0.002 0.074 0.026 0.758 88 S 0.298 0.539 0.004 0.001 0.001 0.010 0.106 0.042 89 A 0.047 0.615 0.008 0.002 0.001 0.041 0.052 0.233 90 E 0.013 0.839 0.005 0.001 0.001 0.013 0.031 0.096 91 K 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.010 92 F 0.019 0.928 0.004 0.001 0.001 0.004 0.033 0.012 93 D 0.026 0.498 0.025 0.002 0.002 0.017 0.367 0.063 94 Y 0.015 0.140 0.014 0.001 0.001 0.010 0.800 0.020 95 I 0.137 0.615 0.018 0.002 0.002 0.012 0.158 0.057 96 D 0.177 0.183 0.016 0.004 0.006 0.047 0.070 0.497 97 S 0.006 0.012 0.039 0.004 0.003 0.062 0.263 0.611 98 L 0.327 0.022 0.033 0.008 0.008 0.090 0.146 0.366 99 R 0.776 0.001 0.005 0.001 0.001 0.028 0.025 0.162 100 P 0.007 0.001 0.012 0.001 0.002 0.125 0.007 0.845 101 D 0.003 0.001 0.049 0.001 0.006 0.099 0.011 0.832 102 Y 0.007 0.001 0.216 0.026 0.015 0.247 0.064 0.425 103 R 0.001 0.001 0.829 0.010 0.011 0.032 0.030 0.087 104 L 0.001 0.001 0.851 0.013 0.025 0.010 0.058 0.042 105 F 0.001 0.001 0.914 0.017 0.020 0.002 0.038 0.009 106 L 0.002 0.001 0.883 0.036 0.034 0.005 0.016 0.024 107 L 0.005 0.001 0.712 0.077 0.091 0.024 0.031 0.058 108 S 0.019 0.005 0.273 0.024 0.058 0.163 0.081 0.377 109 N 0.030 0.011 0.058 0.013 0.029 0.281 0.038 0.541 110 T 0.029 0.028 0.011 0.003 0.005 0.136 0.028 0.759 111 N 0.198 0.595 0.003 0.003 0.003 0.033 0.069 0.096 112 P 0.062 0.704 0.008 0.004 0.005 0.034 0.054 0.130 113 Y 0.021 0.770 0.008 0.011 0.013 0.023 0.028 0.128 114 V 0.047 0.734 0.019 0.012 0.021 0.022 0.051 0.093 115 L 0.088 0.570 0.020 0.026 0.043 0.037 0.104 0.111 116 D 0.120 0.248 0.045 0.040 0.061 0.045 0.235 0.206 117 L 0.062 0.164 0.034 0.044 0.044 0.077 0.111 0.465 118 A 0.036 0.076 0.057 0.055 0.105 0.116 0.098 0.458 119 M 0.068 0.019 0.041 0.037 0.050 0.101 0.061 0.624 120 S 0.551 0.021 0.010 0.023 0.025 0.053 0.039 0.278 121 P 0.079 0.007 0.006 0.007 0.010 0.068 0.016 0.808 122 R 0.006 0.003 0.019 0.014 0.034 0.210 0.019 0.695 123 F 0.011 0.005 0.023 0.013 0.023 0.100 0.044 0.781 124 L 0.385 0.024 0.016 0.022 0.012 0.076 0.045 0.418 125 P 0.257 0.027 0.026 0.013 0.012 0.072 0.069 0.523 126 S 0.033 0.041 0.014 0.008 0.024 0.091 0.037 0.751 127 G 0.041 0.031 0.034 0.010 0.026 0.080 0.061 0.717 128 R 0.029 0.043 0.044 0.116 0.051 0.129 0.136 0.452 129 T 0.035 0.116 0.034 0.014 0.022 0.097 0.104 0.577 130 L 0.214 0.241 0.022 0.014 0.016 0.064 0.140 0.289 131 D 0.130 0.204 0.034 0.018 0.020 0.069 0.150 0.375 132 S 0.037 0.219 0.024 0.011 0.020 0.087 0.151 0.451 133 F 0.052 0.257 0.053 0.018 0.034 0.122 0.122 0.342 134 F 0.084 0.188 0.049 0.036 0.049 0.126 0.150 0.318 135 D 0.022 0.132 0.057 0.024 0.059 0.106 0.114 0.484 136 K 0.016 0.120 0.283 0.046 0.125 0.078 0.138 0.194 137 V 0.015 0.082 0.286 0.097 0.134 0.078 0.114 0.194 138 Y 0.022 0.053 0.479 0.101 0.098 0.048 0.051 0.148 139 A 0.104 0.162 0.184 0.064 0.102 0.073 0.103 0.208 140 S 0.072 0.116 0.141 0.042 0.061 0.104 0.101 0.362 141 C 0.099 0.078 0.047 0.030 0.040 0.106 0.041 0.560 142 Q 0.154 0.049 0.048 0.032 0.036 0.093 0.105 0.483 143 M 0.167 0.024 0.018 0.027 0.048 0.101 0.067 0.548 144 G 0.179 0.006 0.011 0.026 0.034 0.068 0.025 0.652 145 K 0.015 0.002 0.007 0.030 0.050 0.093 0.015 0.788 146 Y 0.020 0.003 0.007 0.009 0.021 0.108 0.019 0.812 147 K 0.011 0.006 0.009 0.028 0.024 0.218 0.010 0.694 148 P 0.010 0.015 0.002 0.002 0.001 0.053 0.017 0.899 149 N 0.137 0.840 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 150 E 0.032 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.025 151 D 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.016 152 I 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 153 F 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 154 L 0.005 0.949 0.003 0.001 0.001 0.002 0.035 0.006 155 E 0.010 0.931 0.008 0.001 0.001 0.003 0.022 0.024 156 M 0.135 0.303 0.141 0.003 0.002 0.022 0.348 0.045 157 I 0.110 0.029 0.196 0.005 0.002 0.019 0.574 0.065 158 A 0.733 0.005 0.005 0.001 0.001 0.011 0.007 0.238 159 D 0.100 0.001 0.004 0.001 0.001 0.026 0.005 0.863 160 S 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.092 0.003 0.896 161 G 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.111 0.004 0.871 162 M 0.004 0.001 0.009 0.003 0.001 0.106 0.007 0.870 163 K 0.288 0.009 0.050 0.006 0.003 0.102 0.107 0.434 164 P 0.278 0.017 0.022 0.003 0.003 0.109 0.086 0.482 165 E 0.012 0.007 0.080 0.005 0.011 0.114 0.041 0.730 166 E 0.006 0.005 0.460 0.032 0.116 0.077 0.076 0.227 167 T 0.006 0.004 0.251 0.064 0.143 0.075 0.126 0.332 168 L 0.002 0.001 0.616 0.115 0.127 0.028 0.031 0.079 169 F 0.013 0.002 0.422 0.091 0.158 0.057 0.051 0.206 170 I 0.097 0.006 0.221 0.095 0.083 0.109 0.131 0.258 171 D 0.032 0.006 0.048 0.011 0.025 0.178 0.029 0.671 172 D 0.021 0.010 0.017 0.005 0.008 0.124 0.041 0.773 173 G 0.168 0.283 0.015 0.009 0.008 0.081 0.069 0.366 174 P 0.168 0.428 0.009 0.003 0.005 0.066 0.045 0.275 175 A 0.025 0.201 0.014 0.015 0.021 0.062 0.317 0.346 176 N 0.020 0.765 0.005 0.003 0.008 0.021 0.129 0.050 177 V 0.016 0.916 0.003 0.002 0.003 0.010 0.020 0.030 178 A 0.008 0.813 0.062 0.024 0.022 0.009 0.025 0.037 179 T 0.054 0.801 0.024 0.005 0.013 0.012 0.055 0.035 180 A 0.234 0.082 0.293 0.011 0.007 0.019 0.310 0.045 181 E 0.637 0.066 0.020 0.016 0.009 0.031 0.044 0.177 182 R 0.049 0.004 0.007 0.001 0.001 0.036 0.015 0.887 183 L 0.006 0.003 0.053 0.006 0.012 0.218 0.034 0.668 184 G 0.041 0.007 0.062 0.012 0.027 0.138 0.119 0.594 185 F 0.034 0.004 0.024 0.013 0.012 0.129 0.044 0.739 186 H 0.025 0.005 0.309 0.056 0.117 0.117 0.080 0.292 187 T 0.015 0.003 0.163 0.035 0.081 0.079 0.109 0.516 188 Y 0.006 0.001 0.450 0.063 0.062 0.072 0.048 0.296 189 C 0.017 0.002 0.320 0.066 0.084 0.104 0.057 0.350 190 P 0.044 0.003 0.074 0.027 0.031 0.133 0.047 0.642 191 D 0.143 0.007 0.048 0.018 0.022 0.130 0.076 0.556 192 N 0.100 0.010 0.016 0.008 0.013 0.132 0.052 0.669 193 G 0.090 0.023 0.016 0.009 0.018 0.106 0.034 0.704 194 E 0.058 0.024 0.018 0.017 0.024 0.119 0.035 0.705 195 N 0.028 0.051 0.027 0.034 0.043 0.121 0.059 0.638 196 W 0.110 0.132 0.022 0.024 0.040 0.082 0.095 0.495 197 I 0.129 0.087 0.032 0.031 0.032 0.071 0.265 0.353 198 P 0.019 0.145 0.058 0.056 0.067 0.086 0.100 0.469 199 A 0.029 0.325 0.033 0.017 0.040 0.067 0.037 0.451 200 I 0.077 0.573 0.035 0.026 0.025 0.044 0.040 0.180 201 T 0.060 0.631 0.028 0.012 0.016 0.033 0.066 0.156 202 R 0.043 0.743 0.014 0.005 0.005 0.021 0.060 0.110 203 L 0.093 0.529 0.053 0.011 0.010 0.037 0.120 0.147 204 L 0.238 0.311 0.036 0.015 0.014 0.042 0.130 0.214 205 R 0.179 0.081 0.021 0.009 0.013 0.056 0.120 0.521 206 E 0.069 0.026 0.015 0.010 0.014 0.091 0.089 0.686 207 Q 0.039 0.017 0.009 0.012 0.018 0.105 0.054 0.746 208 K 0.031 0.010 0.008 0.009 0.017 0.102 0.026 0.796