# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2240 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.025 0.052 0.040 0.048 0.127 0.033 0.495 2 I 0.124 0.013 0.134 0.067 0.103 0.170 0.022 0.367 3 R 0.021 0.010 0.366 0.170 0.162 0.064 0.007 0.201 4 N 0.008 0.005 0.341 0.104 0.151 0.056 0.005 0.331 5 I 0.005 0.001 0.776 0.078 0.096 0.015 0.003 0.026 6 V 0.001 0.001 0.856 0.067 0.048 0.004 0.001 0.022 7 F 0.001 0.001 0.781 0.080 0.088 0.006 0.001 0.044 8 D 0.001 0.001 0.616 0.089 0.170 0.028 0.001 0.095 9 L 0.003 0.002 0.375 0.059 0.160 0.102 0.003 0.297 10 G 0.006 0.001 0.041 0.009 0.026 0.642 0.010 0.266 11 G 0.318 0.002 0.038 0.021 0.010 0.137 0.066 0.409 12 V 0.277 0.003 0.177 0.026 0.041 0.328 0.008 0.140 13 L 0.019 0.004 0.093 0.151 0.275 0.125 0.004 0.329 14 I 0.015 0.008 0.089 0.217 0.536 0.039 0.002 0.094 15 H 0.016 0.014 0.052 0.209 0.385 0.091 0.005 0.229 16 L 0.068 0.026 0.070 0.100 0.244 0.116 0.008 0.368 17 N 0.045 0.034 0.020 0.049 0.120 0.212 0.009 0.510 18 R 0.031 0.024 0.010 0.010 0.028 0.099 0.006 0.791 19 E 0.027 0.080 0.007 0.007 0.014 0.226 0.006 0.634 20 E 0.077 0.249 0.006 0.005 0.011 0.211 0.009 0.432 21 S 0.042 0.719 0.004 0.003 0.006 0.063 0.005 0.157 22 I 0.011 0.902 0.003 0.002 0.003 0.012 0.002 0.066 23 R 0.008 0.946 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.034 24 R 0.012 0.956 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 25 F 0.007 0.972 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 26 K 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 27 A 0.018 0.946 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.022 28 I 0.021 0.931 0.004 0.003 0.005 0.002 0.006 0.027 29 G 0.061 0.800 0.008 0.006 0.008 0.010 0.026 0.083 30 V 0.122 0.677 0.035 0.008 0.009 0.011 0.031 0.108 31 A 0.131 0.576 0.030 0.018 0.013 0.017 0.049 0.166 32 D 0.209 0.091 0.039 0.018 0.014 0.030 0.069 0.530 33 I 0.145 0.049 0.252 0.026 0.033 0.059 0.016 0.420 34 E 0.020 0.023 0.029 0.012 0.021 0.128 0.005 0.762 35 E 0.052 0.029 0.027 0.012 0.023 0.132 0.007 0.716 36 M 0.077 0.069 0.023 0.009 0.015 0.216 0.009 0.582 37 L 0.108 0.076 0.044 0.010 0.020 0.106 0.017 0.620 38 D 0.039 0.069 0.011 0.008 0.013 0.150 0.004 0.705 39 P 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.984 40 Y 0.051 0.464 0.014 0.019 0.045 0.113 0.007 0.288 41 L 0.071 0.745 0.014 0.012 0.019 0.023 0.010 0.105 42 Q 0.063 0.788 0.012 0.012 0.016 0.008 0.011 0.088 43 K 0.214 0.508 0.045 0.018 0.023 0.019 0.033 0.140 44 G 0.240 0.407 0.043 0.031 0.024 0.026 0.047 0.182 45 L 0.125 0.217 0.146 0.031 0.044 0.060 0.040 0.337 46 F 0.113 0.146 0.089 0.036 0.054 0.082 0.019 0.460 47 L 0.075 0.101 0.066 0.023 0.034 0.113 0.013 0.575 48 D 0.058 0.100 0.031 0.014 0.027 0.125 0.010 0.634 49 L 0.056 0.115 0.033 0.008 0.022 0.075 0.008 0.682 50 E 0.049 0.169 0.013 0.008 0.013 0.362 0.010 0.375 51 S 0.144 0.433 0.010 0.006 0.010 0.143 0.013 0.239 52 G 0.148 0.670 0.010 0.006 0.012 0.022 0.010 0.121 53 R 0.048 0.732 0.030 0.009 0.013 0.036 0.010 0.122 54 K 0.051 0.702 0.015 0.008 0.010 0.037 0.012 0.165 55 S 0.081 0.743 0.013 0.006 0.013 0.021 0.012 0.111 56 E 0.063 0.583 0.017 0.006 0.021 0.029 0.013 0.268 57 E 0.044 0.411 0.015 0.004 0.008 0.069 0.013 0.437 58 E 0.079 0.550 0.007 0.002 0.003 0.108 0.016 0.235 59 F 0.073 0.803 0.004 0.001 0.002 0.013 0.010 0.092 60 R 0.065 0.700 0.014 0.004 0.005 0.027 0.016 0.168 61 T 0.114 0.497 0.022 0.005 0.006 0.045 0.022 0.289 62 E 0.144 0.512 0.024 0.004 0.008 0.052 0.021 0.235 63 L 0.064 0.574 0.018 0.005 0.009 0.053 0.013 0.263 64 S 0.062 0.510 0.026 0.007 0.010 0.104 0.017 0.263 65 R 0.116 0.477 0.016 0.005 0.007 0.100 0.017 0.262 66 Y 0.148 0.573 0.017 0.004 0.007 0.043 0.012 0.195 67 I 0.069 0.616 0.021 0.006 0.009 0.047 0.012 0.218 68 G 0.072 0.506 0.013 0.007 0.010 0.040 0.016 0.337 69 K 0.122 0.459 0.019 0.006 0.013 0.055 0.013 0.312 70 E 0.066 0.595 0.010 0.005 0.011 0.069 0.009 0.235 71 L 0.049 0.675 0.009 0.005 0.007 0.045 0.007 0.203 72 T 0.033 0.763 0.004 0.003 0.004 0.043 0.006 0.145 73 Y 0.036 0.827 0.006 0.002 0.005 0.014 0.005 0.105 74 Q 0.012 0.893 0.003 0.001 0.003 0.017 0.003 0.068 75 Q 0.012 0.917 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.052 76 V 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 77 Y 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 78 D 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 79 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 80 L 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 81 L 0.034 0.918 0.007 0.002 0.003 0.002 0.011 0.023 82 G 0.092 0.748 0.014 0.005 0.005 0.011 0.029 0.096 83 F 0.184 0.531 0.043 0.006 0.007 0.020 0.047 0.162 84 L 0.151 0.479 0.047 0.010 0.013 0.029 0.029 0.243 85 E 0.107 0.278 0.090 0.018 0.021 0.071 0.035 0.380 86 E 0.112 0.145 0.077 0.027 0.021 0.079 0.027 0.512 87 I 0.093 0.132 0.096 0.014 0.020 0.082 0.012 0.551 88 S 0.068 0.168 0.073 0.020 0.050 0.182 0.012 0.428 89 A 0.013 0.045 0.013 0.003 0.008 0.031 0.002 0.885 90 E 0.033 0.068 0.005 0.002 0.004 0.318 0.005 0.565 91 K 0.304 0.161 0.006 0.002 0.003 0.157 0.016 0.351 92 F 0.024 0.801 0.011 0.002 0.003 0.014 0.003 0.141 93 D 0.009 0.703 0.006 0.002 0.005 0.038 0.003 0.233 94 Y 0.026 0.825 0.003 0.001 0.003 0.015 0.004 0.123 95 I 0.013 0.942 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.033 96 D 0.007 0.953 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.028 97 S 0.048 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 98 L 0.317 0.492 0.013 0.002 0.004 0.002 0.101 0.069 99 R 0.111 0.633 0.042 0.013 0.029 0.013 0.017 0.141 100 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 101 D 0.248 0.017 0.011 0.013 0.011 0.050 0.123 0.527 102 Y 0.840 0.001 0.052 0.003 0.001 0.004 0.053 0.046 103 R 0.001 0.001 0.969 0.009 0.004 0.006 0.001 0.011 104 L 0.001 0.001 0.675 0.038 0.075 0.021 0.001 0.190 105 F 0.001 0.001 0.973 0.012 0.012 0.001 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.974 0.008 0.007 0.002 0.001 0.010 107 L 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 108 S 0.001 0.001 0.792 0.037 0.058 0.030 0.001 0.082 109 N 0.003 0.001 0.346 0.024 0.093 0.080 0.002 0.453 110 T 0.010 0.001 0.036 0.003 0.011 0.608 0.003 0.330 111 N 0.040 0.001 0.008 0.003 0.005 0.413 0.004 0.526 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.994 113 Y 0.006 0.014 0.005 0.006 0.011 0.435 0.002 0.520 114 V 0.148 0.126 0.006 0.006 0.015 0.360 0.008 0.331 115 L 0.048 0.827 0.005 0.008 0.021 0.014 0.002 0.074 116 D 0.015 0.863 0.005 0.008 0.015 0.017 0.003 0.074 117 L 0.058 0.811 0.008 0.008 0.009 0.015 0.014 0.077 118 A 0.168 0.747 0.004 0.007 0.009 0.007 0.022 0.036 119 M 0.219 0.560 0.039 0.022 0.036 0.010 0.055 0.058 120 S 0.125 0.417 0.049 0.043 0.057 0.036 0.033 0.241 121 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 122 R 0.098 0.071 0.030 0.036 0.052 0.147 0.030 0.536 123 F 0.482 0.025 0.029 0.009 0.009 0.051 0.067 0.328 124 L 0.205 0.053 0.200 0.040 0.051 0.065 0.012 0.375 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 126 S 0.020 0.011 0.020 0.014 0.030 0.121 0.005 0.780 127 G 0.339 0.024 0.028 0.010 0.015 0.073 0.023 0.488 128 R 0.362 0.037 0.111 0.024 0.026 0.132 0.014 0.294 129 T 0.052 0.040 0.039 0.019 0.029 0.180 0.006 0.635 130 L 0.109 0.125 0.057 0.027 0.092 0.119 0.008 0.464 131 D 0.036 0.121 0.031 0.017 0.040 0.221 0.008 0.525 132 S 0.106 0.121 0.013 0.010 0.019 0.188 0.018 0.524 133 F 0.294 0.251 0.017 0.010 0.013 0.106 0.027 0.281 134 F 0.148 0.372 0.065 0.024 0.036 0.111 0.036 0.206 135 D 0.061 0.391 0.091 0.051 0.055 0.076 0.024 0.250 136 K 0.074 0.251 0.146 0.049 0.080 0.073 0.024 0.302 137 V 0.096 0.229 0.248 0.078 0.101 0.064 0.023 0.160 138 Y 0.032 0.177 0.416 0.124 0.100 0.033 0.015 0.104 139 A 0.019 0.109 0.269 0.118 0.146 0.045 0.012 0.282 140 S 0.026 0.066 0.217 0.088 0.179 0.052 0.010 0.361 141 C 0.039 0.060 0.085 0.078 0.127 0.132 0.020 0.459 142 Q 0.121 0.044 0.050 0.049 0.068 0.192 0.029 0.448 143 M 0.122 0.060 0.061 0.046 0.066 0.082 0.018 0.545 144 G 0.094 0.051 0.035 0.062 0.064 0.087 0.025 0.581 145 K 0.123 0.031 0.081 0.068 0.088 0.082 0.022 0.504 146 Y 0.112 0.034 0.030 0.028 0.066 0.073 0.029 0.627 147 K 0.261 0.019 0.116 0.096 0.093 0.089 0.012 0.313 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 N 0.010 0.010 0.034 0.027 0.126 0.194 0.002 0.597 150 E 0.026 0.003 0.004 0.001 0.003 0.026 0.001 0.936 151 D 0.036 0.018 0.002 0.002 0.003 0.353 0.002 0.585 152 I 0.102 0.085 0.002 0.001 0.002 0.487 0.003 0.318 153 F 0.018 0.860 0.003 0.001 0.003 0.025 0.002 0.089 154 L 0.002 0.966 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.023 155 E 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 156 M 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 157 I 0.006 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 158 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 159 D 0.047 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 160 S 0.293 0.522 0.007 0.002 0.001 0.001 0.159 0.015 161 G 0.777 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.153 0.046 162 M 0.017 0.005 0.937 0.006 0.004 0.005 0.006 0.020 163 K 0.002 0.002 0.024 0.010 0.014 0.061 0.001 0.886 164 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 165 E 0.004 0.001 0.076 0.016 0.032 0.439 0.002 0.430 166 E 0.627 0.001 0.062 0.007 0.006 0.150 0.014 0.133 167 T 0.519 0.018 0.161 0.046 0.061 0.042 0.006 0.147 168 L 0.021 0.010 0.625 0.132 0.121 0.021 0.002 0.069 169 F 0.014 0.009 0.276 0.120 0.187 0.044 0.003 0.346 170 I 0.011 0.008 0.445 0.139 0.272 0.023 0.004 0.098 171 D 0.007 0.008 0.086 0.048 0.121 0.124 0.006 0.600 172 D 0.044 0.007 0.077 0.021 0.050 0.110 0.019 0.674 173 G 0.065 0.004 0.012 0.005 0.007 0.264 0.006 0.638 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.992 175 A 0.009 0.008 0.010 0.006 0.015 0.335 0.002 0.615 176 N 0.086 0.073 0.014 0.006 0.012 0.276 0.006 0.529 177 V 0.044 0.629 0.016 0.008 0.020 0.034 0.003 0.245 178 A 0.032 0.529 0.010 0.005 0.015 0.168 0.004 0.237 179 T 0.039 0.810 0.002 0.003 0.006 0.042 0.003 0.094 180 A 0.024 0.930 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.035 181 E 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 182 R 0.016 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 183 L 0.093 0.838 0.005 0.003 0.001 0.001 0.051 0.009 184 G 0.826 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.132 0.017 185 F 0.017 0.012 0.905 0.009 0.006 0.008 0.006 0.038 186 H 0.012 0.024 0.359 0.124 0.117 0.064 0.010 0.291 187 T 0.009 0.004 0.323 0.024 0.042 0.038 0.004 0.556 188 Y 0.005 0.004 0.813 0.058 0.053 0.019 0.002 0.047 189 C 0.004 0.002 0.745 0.057 0.031 0.016 0.001 0.144 190 P 0.001 0.001 0.059 0.017 0.027 0.008 0.001 0.888 191 D 0.005 0.002 0.209 0.067 0.168 0.131 0.002 0.415 192 N 0.026 0.003 0.048 0.025 0.044 0.117 0.005 0.731 193 G 0.053 0.004 0.023 0.012 0.030 0.229 0.007 0.642 194 E 0.140 0.006 0.014 0.009 0.017 0.338 0.009 0.466 195 N 0.106 0.024 0.013 0.015 0.018 0.197 0.016 0.610 196 W 0.116 0.035 0.016 0.011 0.024 0.100 0.025 0.675 197 I 0.158 0.048 0.041 0.039 0.058 0.128 0.010 0.518 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 A 0.010 0.012 0.012 0.015 0.049 0.069 0.002 0.832 200 I 0.233 0.089 0.063 0.033 0.049 0.051 0.010 0.472 201 T 0.056 0.118 0.047 0.032 0.047 0.102 0.008 0.591 202 R 0.122 0.145 0.028 0.015 0.034 0.148 0.008 0.500 203 L 0.197 0.397 0.028 0.011 0.023 0.095 0.009 0.240 204 L 0.094 0.405 0.017 0.010 0.023 0.213 0.019 0.218 205 R 0.136 0.538 0.009 0.007 0.011 0.077 0.019 0.205 206 E 0.106 0.727 0.009 0.005 0.007 0.024 0.014 0.109 207 Q 0.125 0.644 0.014 0.010 0.014 0.024 0.028 0.141 208 K 0.089 0.554 0.033 0.018 0.025 0.026 0.026 0.229