# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2240 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 2 I 0.158 0.016 0.001 0.001 0.005 0.004 0.815 3 R 0.334 0.003 0.002 0.001 0.288 0.014 0.358 4 N 0.937 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.043 5 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 6 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 8 D 0.667 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.314 9 L 0.207 0.004 0.012 0.003 0.162 0.376 0.236 10 G 0.016 0.002 0.012 0.001 0.155 0.780 0.033 11 G 0.069 0.003 0.022 0.002 0.388 0.410 0.107 12 V 0.367 0.077 0.013 0.005 0.136 0.043 0.359 13 L 0.652 0.086 0.014 0.006 0.044 0.037 0.162 14 I 0.523 0.026 0.025 0.012 0.066 0.054 0.295 15 H 0.338 0.037 0.022 0.018 0.068 0.069 0.448 16 L 0.086 0.020 0.021 0.029 0.240 0.181 0.423 17 N 0.027 0.012 0.012 0.063 0.270 0.088 0.529 18 R 0.008 0.002 0.021 0.630 0.123 0.112 0.103 19 E 0.005 0.002 0.009 0.867 0.028 0.046 0.043 20 E 0.006 0.004 0.005 0.931 0.010 0.015 0.029 21 S 0.003 0.001 0.001 0.973 0.004 0.006 0.012 22 I 0.002 0.001 0.001 0.987 0.002 0.004 0.004 23 R 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.004 0.005 24 R 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.003 25 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 26 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 28 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 29 G 0.001 0.001 0.004 0.959 0.003 0.030 0.004 30 V 0.001 0.001 0.007 0.883 0.011 0.091 0.007 31 A 0.001 0.001 0.003 0.512 0.018 0.450 0.015 32 D 0.001 0.002 0.004 0.045 0.055 0.708 0.185 33 I 0.008 0.005 0.008 0.021 0.079 0.019 0.859 34 E 0.042 0.017 0.031 0.044 0.059 0.025 0.783 35 E 0.054 0.022 0.053 0.127 0.190 0.041 0.514 36 M 0.042 0.018 0.039 0.187 0.076 0.046 0.592 37 L 0.015 0.006 0.055 0.679 0.031 0.050 0.164 38 D 0.007 0.001 0.041 0.734 0.028 0.034 0.155 39 P 0.006 0.001 0.043 0.848 0.016 0.036 0.050 40 Y 0.008 0.002 0.044 0.881 0.010 0.033 0.021 41 L 0.016 0.007 0.037 0.846 0.016 0.043 0.034 42 Q 0.013 0.003 0.035 0.810 0.014 0.088 0.038 43 K 0.012 0.003 0.031 0.690 0.031 0.191 0.043 44 G 0.010 0.004 0.038 0.378 0.053 0.416 0.101 45 L 0.021 0.006 0.038 0.219 0.166 0.309 0.241 46 F 0.038 0.014 0.066 0.241 0.163 0.139 0.340 47 L 0.038 0.018 0.056 0.217 0.180 0.122 0.370 48 D 0.035 0.011 0.069 0.278 0.111 0.104 0.390 49 L 0.026 0.008 0.109 0.489 0.083 0.107 0.177 50 E 0.022 0.006 0.118 0.491 0.044 0.152 0.166 51 S 0.024 0.010 0.116 0.504 0.044 0.160 0.142 52 G 0.026 0.008 0.079 0.472 0.055 0.145 0.216 53 R 0.025 0.004 0.063 0.520 0.073 0.154 0.163 54 K 0.022 0.009 0.047 0.644 0.044 0.098 0.137 55 S 0.014 0.007 0.036 0.648 0.038 0.063 0.194 56 E 0.006 0.002 0.050 0.774 0.021 0.052 0.096 57 E 0.003 0.001 0.069 0.813 0.018 0.070 0.027 58 E 0.002 0.001 0.062 0.821 0.011 0.078 0.026 59 F 0.003 0.003 0.030 0.829 0.016 0.065 0.055 60 R 0.003 0.002 0.018 0.841 0.016 0.066 0.054 61 T 0.002 0.001 0.018 0.858 0.026 0.063 0.032 62 E 0.004 0.002 0.017 0.857 0.024 0.057 0.040 63 L 0.005 0.002 0.021 0.865 0.015 0.054 0.037 64 S 0.008 0.004 0.034 0.812 0.020 0.073 0.049 65 R 0.009 0.002 0.053 0.750 0.035 0.080 0.071 66 Y 0.008 0.003 0.043 0.767 0.034 0.086 0.059 67 I 0.010 0.004 0.029 0.624 0.039 0.223 0.071 68 G 0.014 0.005 0.039 0.403 0.074 0.282 0.183 69 K 0.026 0.008 0.027 0.513 0.073 0.077 0.277 70 E 0.023 0.005 0.015 0.713 0.039 0.050 0.155 71 L 0.019 0.003 0.008 0.787 0.059 0.030 0.094 72 T 0.016 0.005 0.008 0.847 0.018 0.024 0.083 73 Y 0.004 0.001 0.004 0.959 0.004 0.011 0.017 74 Q 0.002 0.001 0.003 0.979 0.003 0.006 0.007 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.005 0.006 76 V 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.007 0.005 77 Y 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.006 0.003 78 D 0.001 0.001 0.007 0.975 0.001 0.015 0.002 79 A 0.001 0.001 0.013 0.935 0.002 0.044 0.005 80 L 0.001 0.001 0.021 0.868 0.004 0.095 0.010 81 L 0.002 0.002 0.036 0.792 0.018 0.119 0.031 82 G 0.004 0.001 0.073 0.570 0.038 0.266 0.049 83 F 0.006 0.002 0.063 0.510 0.052 0.292 0.074 84 L 0.015 0.010 0.081 0.472 0.093 0.162 0.167 85 E 0.039 0.007 0.059 0.338 0.140 0.115 0.303 86 E 0.051 0.016 0.058 0.255 0.072 0.123 0.426 87 I 0.027 0.023 0.013 0.114 0.061 0.021 0.741 88 S 0.015 0.009 0.008 0.074 0.021 0.014 0.860 89 A 0.001 0.001 0.068 0.581 0.032 0.303 0.014 90 E 0.001 0.001 0.084 0.406 0.024 0.456 0.028 91 K 0.002 0.002 0.083 0.763 0.020 0.051 0.079 92 F 0.002 0.002 0.024 0.896 0.015 0.018 0.042 93 D 0.002 0.004 0.036 0.897 0.010 0.033 0.018 94 Y 0.002 0.001 0.057 0.901 0.004 0.031 0.005 95 I 0.002 0.002 0.148 0.818 0.006 0.019 0.005 96 D 0.002 0.001 0.265 0.585 0.006 0.133 0.009 97 S 0.002 0.001 0.183 0.461 0.009 0.335 0.010 98 L 0.012 0.029 0.062 0.292 0.189 0.214 0.201 99 R 0.011 0.006 0.024 0.056 0.080 0.031 0.791 100 P 0.002 0.001 0.076 0.071 0.081 0.750 0.020 101 D 0.008 0.001 0.021 0.002 0.043 0.907 0.018 102 Y 0.166 0.004 0.002 0.001 0.076 0.007 0.745 103 R 0.495 0.001 0.001 0.001 0.185 0.006 0.314 104 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 106 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 108 S 0.483 0.002 0.002 0.001 0.054 0.010 0.449 109 N 0.077 0.008 0.002 0.001 0.613 0.026 0.274 110 T 0.024 0.023 0.003 0.001 0.577 0.024 0.348 111 N 0.021 0.007 0.027 0.054 0.240 0.040 0.611 112 P 0.004 0.001 0.107 0.691 0.041 0.102 0.054 113 Y 0.005 0.001 0.058 0.848 0.020 0.050 0.017 114 V 0.013 0.004 0.041 0.893 0.005 0.026 0.018 115 L 0.024 0.003 0.020 0.900 0.007 0.022 0.025 116 D 0.049 0.001 0.027 0.852 0.012 0.029 0.029 117 L 0.057 0.002 0.031 0.825 0.017 0.044 0.023 118 A 0.053 0.006 0.024 0.791 0.015 0.069 0.041 119 M 0.058 0.014 0.027 0.703 0.042 0.068 0.088 120 S 0.050 0.004 0.059 0.530 0.065 0.115 0.178 121 P 0.019 0.005 0.157 0.462 0.056 0.195 0.106 122 R 0.012 0.006 0.152 0.216 0.079 0.422 0.114 123 F 0.016 0.016 0.071 0.069 0.167 0.317 0.344 124 L 0.011 0.017 0.048 0.029 0.189 0.102 0.604 125 P 0.009 0.013 0.085 0.037 0.122 0.346 0.389 126 S 0.007 0.008 0.069 0.033 0.148 0.566 0.169 127 G 0.012 0.008 0.064 0.024 0.192 0.339 0.360 128 R 0.017 0.011 0.034 0.025 0.281 0.066 0.567 129 T 0.035 0.066 0.071 0.076 0.132 0.083 0.538 130 L 0.015 0.013 0.232 0.435 0.034 0.056 0.214 131 D 0.006 0.002 0.482 0.355 0.015 0.056 0.085 132 S 0.010 0.001 0.556 0.263 0.023 0.123 0.025 133 F 0.022 0.008 0.502 0.214 0.037 0.172 0.046 134 F 0.161 0.020 0.086 0.086 0.200 0.047 0.398 135 D 0.083 0.001 0.037 0.090 0.518 0.131 0.140 136 K 0.712 0.001 0.018 0.091 0.031 0.127 0.019 137 V 0.894 0.007 0.002 0.064 0.002 0.003 0.028 138 Y 0.937 0.006 0.001 0.035 0.003 0.002 0.016 139 A 0.726 0.002 0.004 0.037 0.023 0.011 0.197 140 S 0.234 0.005 0.042 0.055 0.099 0.095 0.469 141 C 0.076 0.007 0.079 0.050 0.281 0.158 0.347 142 Q 0.053 0.030 0.151 0.056 0.160 0.188 0.362 143 M 0.047 0.016 0.141 0.072 0.161 0.253 0.309 144 G 0.031 0.016 0.088 0.055 0.163 0.288 0.359 145 K 0.041 0.014 0.054 0.026 0.263 0.211 0.390 146 Y 0.065 0.030 0.022 0.017 0.213 0.109 0.545 147 K 0.051 0.047 0.004 0.006 0.171 0.021 0.700 148 P 0.028 0.049 0.003 0.006 0.101 0.034 0.779 149 N 0.005 0.009 0.002 0.012 0.053 0.013 0.906 150 E 0.001 0.001 0.020 0.940 0.006 0.027 0.008 151 D 0.001 0.001 0.015 0.969 0.001 0.013 0.002 152 I 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.004 0.002 153 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 156 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 158 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 159 D 0.001 0.001 0.002 0.887 0.004 0.104 0.002 160 S 0.001 0.001 0.003 0.246 0.011 0.733 0.007 161 G 0.001 0.001 0.003 0.004 0.064 0.822 0.107 162 M 0.005 0.013 0.001 0.001 0.138 0.002 0.842 163 K 0.022 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.954 164 P 0.027 0.011 0.666 0.014 0.053 0.150 0.079 165 E 0.034 0.001 0.545 0.008 0.104 0.236 0.071 166 E 0.210 0.002 0.342 0.010 0.144 0.103 0.189 167 T 0.920 0.006 0.005 0.004 0.005 0.005 0.054 168 L 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 169 F 0.988 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 170 I 0.953 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.036 171 D 0.704 0.006 0.002 0.002 0.084 0.029 0.173 172 D 0.246 0.025 0.004 0.004 0.275 0.045 0.400 173 G 0.042 0.009 0.009 0.010 0.358 0.066 0.507 174 P 0.004 0.002 0.113 0.592 0.067 0.174 0.047 175 A 0.002 0.001 0.061 0.827 0.014 0.078 0.016 176 N 0.004 0.001 0.038 0.896 0.004 0.029 0.029 177 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.008 0.004 178 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 179 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 180 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 182 R 0.001 0.001 0.005 0.944 0.003 0.045 0.001 183 L 0.001 0.001 0.002 0.248 0.005 0.742 0.002 184 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.952 0.027 185 F 0.025 0.004 0.001 0.001 0.027 0.003 0.940 186 H 0.299 0.003 0.004 0.001 0.336 0.005 0.352 187 T 0.923 0.002 0.003 0.001 0.018 0.004 0.050 188 Y 0.965 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 189 C 0.943 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 190 P 0.557 0.006 0.002 0.003 0.038 0.022 0.372 191 D 0.100 0.008 0.005 0.001 0.263 0.105 0.519 192 N 0.028 0.007 0.031 0.005 0.393 0.341 0.196 193 G 0.021 0.015 0.062 0.010 0.202 0.439 0.251 194 E 0.030 0.021 0.147 0.024 0.205 0.288 0.284 195 N 0.046 0.038 0.092 0.044 0.264 0.203 0.313 196 W 0.080 0.026 0.103 0.087 0.190 0.172 0.342 197 I 0.089 0.016 0.090 0.191 0.177 0.059 0.378 198 P 0.072 0.015 0.075 0.351 0.081 0.067 0.338 199 A 0.076 0.022 0.057 0.475 0.039 0.052 0.279 200 I 0.043 0.008 0.043 0.721 0.017 0.022 0.146 201 T 0.017 0.001 0.043 0.844 0.011 0.033 0.049 202 R 0.015 0.002 0.041 0.863 0.011 0.039 0.030 203 L 0.016 0.002 0.047 0.846 0.008 0.044 0.037 204 L 0.021 0.002 0.032 0.844 0.012 0.052 0.038 205 R 0.019 0.003 0.057 0.776 0.028 0.074 0.044 206 E 0.012 0.002 0.037 0.670 0.034 0.174 0.071 207 Q 0.013 0.012 0.014 0.311 0.016 0.179 0.455 208 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.989