# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.62079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.084 0.102 0.002 0.016 0.020 0.026 0.115 0.003 0.001 0.035 0.597 2 L 0.010 0.067 0.001 0.021 0.015 0.021 0.134 0.007 0.001 0.056 0.667 3 N 0.060 0.700 0.002 0.003 0.002 0.002 0.024 0.004 0.001 0.122 0.079 4 R 0.013 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.024 5 E 0.012 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.034 6 E 0.004 0.921 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.045 0.019 7 S 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 8 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 9 R 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.015 10 R 0.006 0.911 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.046 0.021 11 F 0.066 0.213 0.373 0.002 0.001 0.001 0.011 0.040 0.124 0.134 0.038 12 K 0.482 0.247 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 0.018 0.004 0.061 0.151 13 A 0.048 0.066 0.002 0.003 0.001 0.002 0.053 0.001 0.002 0.031 0.791 14 I 0.030 0.141 0.008 0.014 0.001 0.005 0.139 0.006 0.002 0.049 0.605 15 G 0.073 0.189 0.002 0.013 0.006 0.011 0.096 0.009 0.001 0.043 0.556 16 V 0.128 0.163 0.003 0.009 0.009 0.015 0.077 0.004 0.001 0.015 0.576 17 A 0.005 0.263 0.001 0.018 0.003 0.008 0.053 0.002 0.001 0.012 0.634 18 D 0.105 0.758 0.014 0.002 0.001 0.002 0.015 0.009 0.009 0.033 0.052 19 I 0.295 0.572 0.015 0.003 0.001 0.001 0.011 0.027 0.004 0.028 0.045 20 E 0.288 0.278 0.003 0.005 0.003 0.008 0.033 0.022 0.003 0.029 0.330 21 E 0.249 0.059 0.001 0.017 0.005 0.011 0.071 0.001 0.001 0.028 0.557 22 M 0.006 0.099 0.003 0.044 0.019 0.036 0.135 0.001 0.001 0.026 0.629 23 L 0.015 0.283 0.004 0.007 0.014 0.011 0.066 0.005 0.001 0.009 0.585 24 D 0.170 0.718 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.039 0.001 0.008 0.045 25 P 0.140 0.584 0.004 0.003 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 0.072 0.172 26 Y 0.093 0.443 0.043 0.007 0.002 0.007 0.054 0.004 0.011 0.128 0.208 27 L 0.121 0.527 0.003 0.003 0.004 0.004 0.037 0.016 0.001 0.083 0.201 28 Q 0.063 0.774 0.002 0.002 0.001 0.002 0.016 0.007 0.001 0.019 0.113 29 K 0.011 0.808 0.001 0.006 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.007 0.139 30 G 0.003 0.945 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.034 31 L 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.011 32 F 0.012 0.947 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.011 0.017 33 L 0.032 0.488 0.003 0.009 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.381 0.065 34 D 0.015 0.152 0.176 0.012 0.002 0.003 0.028 0.007 0.074 0.461 0.069 35 L 0.466 0.066 0.066 0.010 0.003 0.006 0.051 0.025 0.022 0.129 0.155 36 E 0.204 0.025 0.006 0.019 0.004 0.009 0.055 0.010 0.008 0.070 0.588 37 S 0.043 0.009 0.001 0.005 0.002 0.006 0.093 0.001 0.001 0.013 0.828 38 G 0.014 0.004 0.001 0.018 0.003 0.015 0.099 0.002 0.001 0.030 0.813 39 R 0.015 0.004 0.001 0.009 0.015 0.019 0.171 0.001 0.001 0.029 0.736 40 K 0.007 0.022 0.001 0.026 0.006 0.014 0.102 0.002 0.001 0.015 0.805 41 S 0.116 0.770 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.010 0.074 42 E 0.136 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.011 0.043 43 E 0.043 0.475 0.003 0.006 0.002 0.003 0.037 0.003 0.001 0.212 0.215 44 E 0.012 0.732 0.003 0.004 0.004 0.006 0.025 0.004 0.001 0.108 0.101 45 F 0.041 0.873 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.009 0.046 46 R 0.060 0.343 0.003 0.006 0.004 0.005 0.019 0.005 0.001 0.427 0.128 47 T 0.011 0.618 0.004 0.003 0.002 0.004 0.027 0.003 0.002 0.144 0.182 48 E 0.050 0.789 0.019 0.001 0.001 0.002 0.011 0.032 0.003 0.027 0.064 49 L 0.048 0.761 0.029 0.003 0.001 0.002 0.013 0.018 0.014 0.026 0.084 50 S 0.148 0.302 0.007 0.002 0.002 0.004 0.061 0.005 0.006 0.032 0.430 51 R 0.110 0.330 0.007 0.006 0.002 0.005 0.060 0.017 0.003 0.050 0.410 52 Y 0.196 0.163 0.030 0.010 0.004 0.007 0.112 0.021 0.015 0.070 0.371 53 I 0.137 0.202 0.011 0.023 0.005 0.010 0.101 0.010 0.005 0.029 0.468 54 G 0.108 0.107 0.003 0.011 0.007 0.011 0.091 0.008 0.001 0.038 0.615 55 K 0.085 0.050 0.002 0.031 0.027 0.031 0.142 0.013 0.001 0.064 0.555 56 E 0.037 0.092 0.003 0.050 0.013 0.033 0.117 0.002 0.001 0.031 0.620 57 L 0.023 0.138 0.004 0.033 0.021 0.022 0.090 0.005 0.001 0.038 0.625 58 T 0.033 0.751 0.001 0.006 0.005 0.005 0.026 0.008 0.001 0.028 0.138 59 Y 0.031 0.869 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.027 0.057 60 Q 0.009 0.803 0.003 0.006 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.101 0.059 61 Q 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.018 62 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 63 Y 0.008 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 0.013 64 D 0.008 0.444 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.496 0.034 65 A 0.025 0.673 0.041 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.010 0.166 0.046 66 L 0.095 0.662 0.028 0.003 0.001 0.001 0.018 0.030 0.011 0.052 0.100 67 L 0.104 0.233 0.011 0.005 0.001 0.002 0.068 0.005 0.009 0.093 0.469 68 G 0.130 0.151 0.004 0.006 0.001 0.004 0.110 0.006 0.003 0.078 0.507 69 F 0.099 0.083 0.025 0.017 0.002 0.006 0.124 0.019 0.014 0.101 0.511 70 L 0.254 0.049 0.008 0.012 0.002 0.005 0.104 0.008 0.005 0.037 0.516 71 E 0.092 0.028 0.002 0.009 0.003 0.006 0.099 0.003 0.001 0.028 0.728 72 E 0.042 0.014 0.002 0.010 0.003 0.008 0.124 0.005 0.001 0.033 0.758