# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.62079 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.198 0.111 0.052 0.138 0.113 0.102 0.126 0.064 0.054 0.028 0.014 2 L 0.013 0.010 0.007 0.017 0.027 0.044 0.131 0.188 0.217 0.203 0.143 3 N 0.056 0.616 0.074 0.123 0.059 0.032 0.021 0.009 0.006 0.004 0.002 4 R 0.033 0.051 0.029 0.131 0.237 0.236 0.163 0.068 0.033 0.013 0.005 5 E 0.865 0.078 0.022 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.025 0.073 0.131 0.474 0.202 0.065 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.078 0.176 0.254 0.278 0.190 8 I 0.001 0.001 0.016 0.068 0.185 0.347 0.250 0.080 0.032 0.013 0.006 9 R 0.015 0.039 0.837 0.083 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.003 0.014 0.079 0.142 0.285 0.352 0.087 0.025 0.010 0.003 11 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.092 0.236 0.326 0.309 12 K 0.003 0.009 0.125 0.249 0.294 0.197 0.092 0.023 0.007 0.002 0.001 13 A 0.006 0.026 0.808 0.102 0.037 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.024 0.077 0.298 0.227 0.172 0.128 0.060 15 G 0.087 0.126 0.061 0.080 0.064 0.067 0.151 0.116 0.111 0.084 0.053 16 V 0.022 0.040 0.074 0.093 0.104 0.112 0.161 0.115 0.114 0.091 0.075 17 A 0.181 0.174 0.228 0.172 0.107 0.063 0.048 0.015 0.007 0.003 0.002 18 D 0.217 0.293 0.096 0.179 0.104 0.053 0.035 0.012 0.006 0.003 0.002 19 I 0.058 0.050 0.032 0.063 0.077 0.105 0.153 0.121 0.143 0.118 0.080 20 E 0.249 0.122 0.128 0.155 0.130 0.095 0.075 0.023 0.014 0.005 0.003 21 E 0.105 0.128 0.285 0.262 0.103 0.055 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 22 M 0.034 0.036 0.050 0.089 0.108 0.149 0.217 0.131 0.091 0.059 0.035 23 L 0.014 0.015 0.030 0.034 0.044 0.073 0.146 0.148 0.182 0.169 0.144 24 D 0.054 0.224 0.256 0.198 0.113 0.068 0.051 0.019 0.010 0.005 0.002 25 P 0.229 0.163 0.166 0.207 0.113 0.068 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 26 Y 0.290 0.094 0.065 0.098 0.090 0.083 0.131 0.070 0.044 0.023 0.012 27 L 0.027 0.053 0.105 0.177 0.148 0.150 0.170 0.075 0.051 0.027 0.017 28 Q 0.004 0.009 0.043 0.035 0.046 0.083 0.204 0.190 0.184 0.131 0.073 29 K 0.027 0.057 0.188 0.316 0.201 0.118 0.059 0.020 0.008 0.003 0.001 30 G 0.052 0.075 0.182 0.154 0.145 0.144 0.135 0.056 0.033 0.016 0.007 31 L 0.006 0.010 0.028 0.041 0.045 0.055 0.140 0.140 0.192 0.191 0.151 32 F 0.005 0.011 0.031 0.033 0.039 0.061 0.195 0.184 0.185 0.151 0.106 33 L 0.011 0.034 0.273 0.238 0.201 0.112 0.072 0.030 0.018 0.008 0.003 34 D 0.083 0.113 0.216 0.177 0.141 0.116 0.089 0.033 0.018 0.010 0.006 35 L 0.031 0.035 0.044 0.075 0.080 0.103 0.197 0.154 0.149 0.090 0.042 36 E 0.061 0.038 0.058 0.050 0.058 0.091 0.206 0.143 0.137 0.093 0.065 37 S 0.131 0.231 0.198 0.187 0.116 0.055 0.046 0.017 0.010 0.005 0.002 38 G 0.396 0.150 0.073 0.110 0.077 0.056 0.056 0.031 0.024 0.017 0.008 39 R 0.240 0.096 0.057 0.119 0.116 0.096 0.132 0.060 0.046 0.023 0.014 40 K 0.101 0.116 0.088 0.119 0.127 0.136 0.160 0.080 0.041 0.021 0.009 41 S 0.057 0.603 0.063 0.111 0.052 0.036 0.031 0.019 0.014 0.010 0.005 42 E 0.245 0.106 0.072 0.164 0.192 0.135 0.062 0.016 0.006 0.002 0.001 43 E 0.873 0.081 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.018 0.047 0.146 0.448 0.207 0.084 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 45 F 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.017 0.110 0.217 0.242 0.249 0.151 46 R 0.001 0.003 0.078 0.132 0.239 0.316 0.164 0.046 0.016 0.005 0.002 47 T 0.005 0.023 0.811 0.111 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.008 0.014 0.046 0.163 0.228 0.279 0.217 0.035 0.008 0.002 0.001 49 L 0.001 0.002 0.031 0.004 0.003 0.006 0.070 0.140 0.285 0.274 0.184 50 S 0.002 0.006 0.110 0.147 0.237 0.232 0.184 0.054 0.019 0.008 0.003 51 R 0.012 0.030 0.883 0.061 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Y 0.004 0.016 0.054 0.041 0.100 0.239 0.387 0.098 0.041 0.015 0.006 53 I 0.011 0.010 0.017 0.014 0.017 0.029 0.122 0.164 0.220 0.207 0.188 54 G 0.227 0.253 0.235 0.138 0.080 0.036 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 55 K 0.107 0.131 0.330 0.216 0.114 0.060 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 56 E 0.440 0.159 0.136 0.104 0.068 0.046 0.033 0.008 0.004 0.002 0.001 57 L 0.012 0.014 0.030 0.040 0.055 0.100 0.207 0.151 0.157 0.125 0.109 58 T 0.019 0.145 0.120 0.119 0.103 0.106 0.152 0.093 0.069 0.049 0.026 59 Y 0.038 0.038 0.080 0.137 0.186 0.220 0.173 0.066 0.037 0.016 0.007 60 Q 0.428 0.147 0.218 0.109 0.050 0.024 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 61 Q 0.005 0.020 0.045 0.157 0.163 0.187 0.229 0.103 0.054 0.025 0.012 62 V 0.002 0.002 0.019 0.008 0.009 0.014 0.070 0.112 0.216 0.271 0.278 63 Y 0.005 0.011 0.155 0.144 0.184 0.220 0.189 0.056 0.024 0.009 0.004 64 D 0.008 0.029 0.463 0.245 0.135 0.074 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 65 A 0.001 0.002 0.011 0.011 0.017 0.041 0.188 0.178 0.197 0.193 0.162 66 L 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.018 0.103 0.155 0.248 0.260 0.190 67 L 0.001 0.005 0.166 0.069 0.079 0.103 0.174 0.132 0.115 0.097 0.059 68 G 0.001 0.009 0.126 0.077 0.097 0.147 0.208 0.135 0.094 0.067 0.038 69 F 0.002 0.003 0.015 0.010 0.012 0.023 0.116 0.158 0.243 0.247 0.171 70 L 0.003 0.005 0.017 0.026 0.030 0.044 0.128 0.160 0.230 0.207 0.152 71 E 0.037 0.080 0.179 0.184 0.177 0.139 0.117 0.044 0.028 0.011 0.004 72 E 0.216 0.143 0.142 0.161 0.106 0.084 0.078 0.034 0.021 0.011 0.005