# TARGET T0379 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.124 0.080 0.052 0.018 0.228 0.014 0.027 0.121 0.078 0.187 0.071 2 L 0.043 0.176 0.050 0.016 0.122 0.026 0.040 0.167 0.118 0.191 0.053 3 N 0.235 0.113 0.042 0.005 0.438 0.002 0.004 0.058 0.018 0.032 0.055 4 R 0.005 0.022 0.006 0.002 0.011 0.003 0.006 0.600 0.309 0.032 0.004 5 E 0.003 0.006 0.003 0.002 0.005 0.006 0.021 0.824 0.111 0.015 0.003 6 E 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.881 0.076 0.017 0.004 7 S 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.874 0.085 0.020 0.001 8 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.891 0.095 0.005 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.928 0.057 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.078 0.010 0.001 11 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.887 0.096 0.010 0.001 12 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.748 0.227 0.004 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.865 0.074 0.005 0.001 14 I 0.003 0.496 0.341 0.025 0.043 0.008 0.011 0.041 0.019 0.012 0.001 15 G 0.099 0.046 0.025 0.015 0.052 0.005 0.008 0.065 0.040 0.398 0.247 16 V 0.090 0.150 0.053 0.006 0.218 0.009 0.015 0.221 0.122 0.079 0.036 17 A 0.015 0.098 0.041 0.044 0.059 0.125 0.148 0.300 0.093 0.058 0.020 18 D 0.237 0.156 0.070 0.007 0.307 0.003 0.004 0.054 0.029 0.053 0.079 19 I 0.006 0.009 0.003 0.001 0.014 0.002 0.005 0.398 0.486 0.069 0.006 20 E 0.005 0.019 0.007 0.004 0.014 0.006 0.039 0.581 0.291 0.031 0.003 21 E 0.006 0.027 0.007 0.005 0.019 0.011 0.102 0.551 0.179 0.089 0.005 22 M 0.020 0.015 0.007 0.004 0.026 0.015 0.119 0.344 0.123 0.296 0.032 23 L 0.052 0.135 0.057 0.031 0.103 0.023 0.029 0.125 0.088 0.270 0.086 24 D 0.060 0.270 0.180 0.022 0.234 0.007 0.009 0.118 0.036 0.041 0.023 25 P 0.008 0.018 0.006 0.002 0.016 0.003 0.016 0.657 0.233 0.035 0.006 26 Y 0.005 0.007 0.003 0.003 0.010 0.006 0.028 0.794 0.122 0.020 0.003 27 L 0.006 0.019 0.005 0.001 0.011 0.002 0.019 0.805 0.095 0.033 0.004 28 Q 0.009 0.009 0.004 0.002 0.010 0.006 0.016 0.786 0.094 0.058 0.006 29 K 0.007 0.041 0.014 0.012 0.016 0.009 0.016 0.777 0.087 0.015 0.005 30 G 0.007 0.015 0.013 0.008 0.012 0.005 0.012 0.800 0.081 0.036 0.009 31 L 0.006 0.008 0.005 0.003 0.008 0.004 0.014 0.837 0.085 0.028 0.004 32 F 0.011 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.006 0.810 0.117 0.024 0.005 33 L 0.003 0.017 0.005 0.003 0.009 0.005 0.020 0.813 0.113 0.011 0.002 34 D 0.007 0.019 0.007 0.004 0.022 0.005 0.041 0.750 0.099 0.042 0.003 35 L 0.036 0.033 0.019 0.007 0.034 0.015 0.078 0.514 0.157 0.077 0.030 36 E 0.040 0.032 0.021 0.012 0.065 0.024 0.091 0.473 0.149 0.070 0.024 37 S 0.013 0.351 0.089 0.066 0.065 0.050 0.074 0.128 0.082 0.072 0.009 38 G 0.018 0.074 0.101 0.061 0.044 0.026 0.023 0.059 0.071 0.451 0.073 39 R 0.143 0.221 0.084 0.005 0.195 0.005 0.019 0.050 0.059 0.145 0.074 40 K 0.037 0.442 0.204 0.012 0.192 0.008 0.014 0.018 0.012 0.038 0.023 41 S 0.011 0.625 0.273 0.004 0.079 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 42 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.577 0.397 0.009 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.842 0.145 0.003 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.848 0.097 0.043 0.001 45 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.094 0.021 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.880 0.107 0.004 0.001 47 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.911 0.059 0.002 0.001 48 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.876 0.072 0.028 0.001 49 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.830 0.140 0.019 0.002 50 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.861 0.112 0.005 0.001 51 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.058 0.850 0.067 0.009 0.001 52 Y 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.019 0.132 0.675 0.094 0.062 0.003 53 I 0.024 0.122 0.016 0.005 0.059 0.007 0.033 0.522 0.129 0.063 0.019 54 G 0.016 0.022 0.010 0.021 0.016 0.024 0.015 0.336 0.143 0.366 0.031 55 K 0.018 0.116 0.088 0.021 0.067 0.026 0.063 0.452 0.095 0.042 0.010 56 E 0.047 0.056 0.021 0.006 0.059 0.012 0.041 0.457 0.132 0.126 0.043 57 L 0.081 0.120 0.025 0.006 0.150 0.009 0.031 0.351 0.100 0.091 0.036 58 T 0.012 0.403 0.201 0.018 0.050 0.006 0.007 0.234 0.037 0.027 0.004 59 Y 0.003 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.840 0.129 0.010 0.002 60 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.055 0.002 0.001 61 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.932 0.046 0.008 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.003 0.001 63 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.037 0.004 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.941 0.043 0.004 0.001 66 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.873 0.105 0.008 0.001 67 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.843 0.114 0.020 0.001 68 G 0.003 0.009 0.006 0.003 0.007 0.005 0.030 0.806 0.105 0.023 0.004 69 F 0.004 0.006 0.002 0.002 0.009 0.006 0.064 0.706 0.150 0.046 0.005 70 L 0.014 0.027 0.008 0.005 0.032 0.012 0.071 0.532 0.165 0.121 0.012 71 E 0.018 0.100 0.036 0.022 0.059 0.039 0.114 0.378 0.122 0.100 0.011 72 E 0.085 0.109 0.064 0.022 0.128 0.019 0.047 0.166 0.097 0.197 0.065