# TARGET T0379 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.632 0.242 0.087 0.031 0.007 0.001 0.001 2 L 0.337 0.205 0.168 0.157 0.102 0.029 0.002 3 N 0.356 0.322 0.165 0.106 0.040 0.009 0.001 4 R 0.197 0.242 0.232 0.196 0.100 0.030 0.003 5 E 0.561 0.320 0.091 0.023 0.004 0.001 0.001 6 E 0.284 0.445 0.195 0.062 0.013 0.002 0.001 7 S 0.028 0.055 0.120 0.279 0.387 0.126 0.004 8 I 0.032 0.150 0.287 0.340 0.163 0.028 0.001 9 R 0.305 0.527 0.132 0.030 0.005 0.001 0.001 10 R 0.021 0.110 0.378 0.391 0.091 0.009 0.001 11 F 0.020 0.031 0.043 0.166 0.436 0.288 0.016 12 K 0.112 0.332 0.315 0.182 0.051 0.007 0.001 13 A 0.318 0.399 0.193 0.071 0.016 0.004 0.001 14 I 0.040 0.090 0.178 0.309 0.265 0.112 0.006 15 G 0.047 0.132 0.182 0.268 0.256 0.107 0.007 16 V 0.141 0.183 0.200 0.221 0.176 0.073 0.007 17 A 0.230 0.341 0.243 0.134 0.042 0.009 0.001 18 D 0.223 0.325 0.222 0.147 0.065 0.016 0.002 19 I 0.150 0.162 0.189 0.249 0.185 0.060 0.005 20 E 0.359 0.310 0.183 0.109 0.032 0.006 0.001 21 E 0.541 0.324 0.097 0.028 0.008 0.002 0.001 22 M 0.208 0.241 0.223 0.197 0.100 0.029 0.002 23 L 0.122 0.102 0.170 0.275 0.244 0.082 0.005 24 D 0.363 0.358 0.165 0.078 0.027 0.008 0.001 25 P 0.327 0.341 0.201 0.097 0.028 0.006 0.001 26 Y 0.252 0.277 0.216 0.162 0.071 0.019 0.002 27 L 0.137 0.215 0.235 0.207 0.146 0.053 0.006 28 Q 0.086 0.097 0.133 0.251 0.275 0.145 0.014 29 K 0.119 0.258 0.278 0.207 0.098 0.036 0.004 30 G 0.150 0.249 0.233 0.196 0.115 0.052 0.006 31 L 0.038 0.065 0.104 0.210 0.308 0.238 0.037 32 F 0.039 0.050 0.082 0.190 0.305 0.281 0.052 33 L 0.136 0.269 0.257 0.207 0.095 0.031 0.004 34 D 0.247 0.309 0.235 0.134 0.056 0.017 0.002 35 L 0.144 0.180 0.195 0.235 0.167 0.071 0.008 36 E 0.137 0.126 0.154 0.239 0.233 0.101 0.009 37 S 0.399 0.332 0.167 0.071 0.024 0.007 0.001 38 G 0.324 0.258 0.170 0.143 0.075 0.027 0.003 39 R 0.231 0.263 0.229 0.172 0.077 0.025 0.002 40 K 0.217 0.191 0.189 0.204 0.149 0.046 0.003 41 S 0.242 0.336 0.219 0.146 0.048 0.008 0.001 42 E 0.286 0.330 0.233 0.116 0.028 0.006 0.001 43 E 0.706 0.239 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 44 E 0.250 0.449 0.232 0.058 0.009 0.001 0.001 45 F 0.020 0.040 0.097 0.305 0.415 0.120 0.003 46 R 0.025 0.172 0.340 0.330 0.119 0.015 0.001 47 T 0.331 0.532 0.113 0.020 0.003 0.001 0.001 48 E 0.022 0.116 0.392 0.387 0.077 0.006 0.001 49 L 0.016 0.024 0.036 0.149 0.453 0.311 0.011 50 S 0.085 0.299 0.338 0.210 0.060 0.008 0.001 51 R 0.287 0.484 0.176 0.044 0.008 0.001 0.001 52 Y 0.044 0.121 0.258 0.341 0.192 0.043 0.001 53 I 0.045 0.092 0.151 0.273 0.319 0.114 0.006 54 G 0.311 0.352 0.190 0.106 0.033 0.008 0.001 55 K 0.239 0.369 0.222 0.120 0.040 0.009 0.001 56 E 0.207 0.257 0.230 0.183 0.091 0.031 0.002 57 L 0.069 0.131 0.186 0.266 0.250 0.090 0.007 58 T 0.207 0.264 0.217 0.199 0.093 0.020 0.001 59 Y 0.137 0.287 0.305 0.193 0.067 0.010 0.001 60 Q 0.627 0.294 0.062 0.014 0.002 0.001 0.001 61 Q 0.255 0.316 0.246 0.134 0.043 0.006 0.001 62 V 0.064 0.081 0.144 0.322 0.295 0.090 0.004 63 Y 0.243 0.404 0.223 0.097 0.028 0.004 0.001 64 D 0.506 0.333 0.119 0.034 0.007 0.001 0.001 65 A 0.258 0.173 0.170 0.192 0.143 0.059 0.006 66 L 0.241 0.128 0.144 0.188 0.190 0.098 0.010 67 L 0.284 0.243 0.250 0.158 0.051 0.013 0.001 68 G 0.391 0.245 0.156 0.113 0.067 0.026 0.002 69 F 0.239 0.167 0.160 0.201 0.158 0.071 0.004 70 L 0.252 0.200 0.187 0.203 0.125 0.031 0.002 71 E 0.566 0.286 0.101 0.037 0.008 0.001 0.001 72 E 0.736 0.199 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001