# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.027 0.007 0.026 0.201 0.156 0.584 2 L 0.024 0.009 0.012 0.137 0.157 0.661 3 N 0.021 0.009 0.007 0.081 0.162 0.720 4 R 0.011 0.003 0.050 0.513 0.180 0.243 5 E 0.018 0.002 0.063 0.670 0.146 0.101 6 E 0.022 0.002 0.060 0.707 0.150 0.059 7 S 0.056 0.006 0.043 0.679 0.099 0.117 8 I 0.055 0.005 0.053 0.763 0.065 0.059 9 R 0.072 0.002 0.062 0.741 0.064 0.059 10 R 0.071 0.003 0.042 0.785 0.044 0.055 11 F 0.143 0.008 0.035 0.666 0.071 0.076 12 K 0.168 0.005 0.047 0.492 0.117 0.171 13 A 0.201 0.007 0.061 0.441 0.125 0.165 14 I 0.225 0.012 0.046 0.283 0.162 0.272 15 G 0.157 0.009 0.021 0.102 0.166 0.546 16 V 0.098 0.010 0.045 0.491 0.093 0.263 17 A 0.081 0.009 0.072 0.517 0.102 0.219 18 D 0.057 0.020 0.099 0.600 0.106 0.118 19 I 0.001 0.001 0.170 0.789 0.025 0.014 20 E 0.002 0.001 0.191 0.780 0.019 0.007 21 E 0.003 0.001 0.282 0.656 0.050 0.009 22 M 0.005 0.006 0.114 0.725 0.085 0.064 23 L 0.007 0.011 0.026 0.749 0.099 0.109 24 D 0.009 0.009 0.030 0.397 0.274 0.280 25 P 0.001 0.001 0.080 0.734 0.135 0.049 26 Y 0.006 0.004 0.144 0.604 0.205 0.038 27 L 0.010 0.006 0.092 0.694 0.171 0.027 28 Q 0.016 0.003 0.052 0.726 0.142 0.060 29 K 0.014 0.003 0.039 0.696 0.135 0.112 30 G 0.071 0.003 0.034 0.247 0.279 0.365 31 L 0.210 0.006 0.033 0.134 0.193 0.424 32 F 0.505 0.038 0.032 0.145 0.102 0.177 33 L 0.510 0.022 0.028 0.157 0.087 0.196 34 D 0.429 0.017 0.026 0.126 0.164 0.238 35 L 0.151 0.009 0.131 0.219 0.341 0.148 36 E 0.090 0.006 0.120 0.189 0.488 0.107 37 S 0.039 0.004 0.142 0.138 0.586 0.092 38 G 0.046 0.010 0.056 0.066 0.561 0.261 39 R 0.095 0.031 0.045 0.124 0.286 0.418 40 K 0.090 0.034 0.035 0.181 0.253 0.407 41 S 0.060 0.011 0.017 0.188 0.198 0.526 42 E 0.008 0.001 0.044 0.829 0.065 0.053 43 E 0.013 0.001 0.051 0.856 0.053 0.027 44 E 0.016 0.001 0.044 0.859 0.057 0.023 45 F 0.023 0.003 0.020 0.866 0.043 0.045 46 R 0.023 0.003 0.013 0.878 0.034 0.049 47 T 0.020 0.001 0.016 0.861 0.041 0.061 48 E 0.020 0.002 0.014 0.869 0.038 0.058 49 L 0.028 0.003 0.019 0.861 0.046 0.043 50 S 0.039 0.003 0.033 0.775 0.074 0.076 51 R 0.050 0.002 0.048 0.728 0.094 0.078 52 Y 0.076 0.006 0.042 0.647 0.133 0.096 53 I 0.056 0.006 0.016 0.684 0.126 0.112 54 G 0.059 0.004 0.020 0.445 0.224 0.249 55 K 0.085 0.004 0.026 0.403 0.220 0.262 56 E 0.182 0.010 0.025 0.392 0.131 0.262 57 L 0.155 0.009 0.022 0.491 0.109 0.214 58 T 0.171 0.009 0.013 0.423 0.067 0.318 59 Y 0.030 0.001 0.016 0.889 0.019 0.045 60 Q 0.027 0.001 0.017 0.909 0.021 0.025 61 Q 0.028 0.002 0.017 0.909 0.023 0.021 62 V 0.025 0.002 0.013 0.918 0.021 0.022 63 Y 0.015 0.001 0.010 0.934 0.022 0.018 64 D 0.013 0.001 0.019 0.918 0.034 0.015 65 A 0.009 0.001 0.018 0.926 0.033 0.014 66 L 0.006 0.001 0.016 0.939 0.025 0.012 67 L 0.004 0.001 0.023 0.935 0.025 0.013 68 G 0.010 0.001 0.049 0.827 0.054 0.059 69 F 0.031 0.005 0.053 0.654 0.074 0.183 70 L 0.064 0.012 0.042 0.525 0.097 0.260 71 E 0.057 0.009 0.015 0.354 0.109 0.456 72 E 0.016 0.001 0.002 0.079 0.059 0.844