# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.087 0.095 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.032 0.070 0.684 2 L 0.032 0.127 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.042 0.088 0.671 3 N 0.073 0.278 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.245 0.056 0.333 4 R 0.030 0.664 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.068 0.028 0.201 5 E 0.039 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.020 0.218 6 E 0.017 0.726 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.040 0.025 0.167 7 S 0.025 0.790 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.015 0.118 8 I 0.063 0.752 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.016 0.118 9 R 0.047 0.664 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.027 0.031 0.195 10 R 0.041 0.510 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.049 0.034 0.307 11 F 0.108 0.221 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.157 0.050 0.327 12 K 0.282 0.103 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.036 0.062 0.436 13 A 0.057 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.021 0.067 0.703 14 I 0.019 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.033 0.117 0.652 15 G 0.073 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.042 0.070 0.475 16 V 0.109 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.025 0.067 0.575 17 A 0.016 0.202 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.119 0.023 0.100 0.529 18 D 0.221 0.414 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.062 0.032 0.241 19 I 0.244 0.419 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.101 0.030 0.179 20 E 0.139 0.285 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.101 0.048 0.408 21 E 0.222 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.038 0.064 0.634 22 M 0.003 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.047 0.134 0.687 23 L 0.035 0.275 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.064 0.583 24 D 0.178 0.593 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.109 0.012 0.099 25 P 0.071 0.610 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.028 0.255 26 Y 0.055 0.230 0.151 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.156 0.053 0.343 27 L 0.227 0.078 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.084 0.089 0.484 28 Q 0.151 0.088 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.053 0.072 0.610 29 K 0.024 0.086 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.034 0.107 0.701 30 G 0.030 0.136 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.075 0.120 0.495 31 L 0.052 0.134 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.248 0.069 0.093 0.377 32 F 0.048 0.158 0.003 0.001 0.001 0.005 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.049 0.071 0.395 33 L 0.015 0.048 0.005 0.009 0.006 0.032 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.332 0.083 0.075 0.379 34 D 0.063 0.128 0.081 0.002 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.286 0.054 0.295 35 L 0.265 0.030 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.043 0.071 0.516 36 E 0.115 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.029 0.075 0.729 37 S 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.055 0.090 0.799 38 G 0.011 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.042 0.094 0.788 39 R 0.034 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.022 0.075 0.644 40 K 0.019 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.026 0.083 0.735 41 S 0.059 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.042 0.015 0.150 42 E 0.062 0.764 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.012 0.130 43 E 0.021 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.643 0.026 0.135 44 E 0.005 0.661 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.141 0.033 0.146 45 F 0.018 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.010 0.070 46 R 0.039 0.343 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.408 0.031 0.153 47 T 0.013 0.660 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.143 0.036 0.124 48 E 0.034 0.721 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.025 0.154 49 L 0.055 0.713 0.034 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.048 0.018 0.111 50 S 0.070 0.436 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.074 0.043 0.309 51 R 0.085 0.308 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.035 0.049 0.479 52 Y 0.111 0.222 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.058 0.072 0.456 53 I 0.060 0.293 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.068 0.505 54 G 0.103 0.063 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.243 0.061 0.507 55 K 0.020 0.203 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.111 0.085 0.504 56 E 0.030 0.289 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.043 0.079 0.512 57 L 0.025 0.374 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.060 0.088 0.080 0.353 58 T 0.027 0.745 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.049 0.021 0.130 59 Y 0.019 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.017 0.131 60 Q 0.015 0.707 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.071 0.022 0.139 61 Q 0.007 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.013 0.082 62 V 0.022 0.866 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.008 0.070 63 Y 0.021 0.837 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.010 0.081 64 D 0.051 0.591 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.108 0.026 0.167 65 A 0.097 0.535 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.058 0.036 0.229 66 L 0.124 0.464 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.048 0.036 0.280 67 L 0.042 0.310 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.051 0.058 0.480 68 G 0.077 0.172 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.056 0.065 0.533 69 F 0.073 0.042 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.072 0.076 0.668 70 L 0.057 0.011 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.050 0.083 0.727 71 E 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.027 0.068 0.839 72 E 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.020 0.077 0.862