# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.086 0.073 0.004 0.021 0.057 0.074 0.108 0.005 0.001 0.042 0.529 2 L 0.026 0.072 0.002 0.026 0.050 0.057 0.113 0.007 0.001 0.033 0.612 3 N 0.146 0.212 0.005 0.014 0.023 0.031 0.081 0.008 0.003 0.092 0.385 4 R 0.113 0.497 0.007 0.011 0.008 0.011 0.045 0.013 0.002 0.055 0.239 5 E 0.078 0.513 0.003 0.007 0.008 0.015 0.040 0.007 0.001 0.029 0.300 6 E 0.054 0.540 0.008 0.015 0.020 0.026 0.043 0.006 0.002 0.054 0.231 7 S 0.038 0.658 0.003 0.008 0.020 0.023 0.035 0.010 0.001 0.024 0.181 8 I 0.085 0.663 0.005 0.008 0.016 0.019 0.024 0.011 0.001 0.024 0.144 9 R 0.066 0.540 0.005 0.015 0.025 0.035 0.047 0.008 0.002 0.044 0.214 10 R 0.046 0.537 0.012 0.016 0.013 0.027 0.051 0.009 0.005 0.047 0.237 11 F 0.166 0.297 0.034 0.023 0.024 0.026 0.065 0.023 0.010 0.079 0.252 12 K 0.155 0.264 0.006 0.030 0.028 0.047 0.070 0.015 0.003 0.059 0.322 13 A 0.073 0.145 0.004 0.027 0.020 0.036 0.082 0.004 0.002 0.041 0.567 14 I 0.032 0.119 0.007 0.066 0.034 0.050 0.132 0.009 0.002 0.052 0.496 15 G 0.048 0.319 0.003 0.031 0.033 0.038 0.089 0.009 0.001 0.031 0.398 16 V 0.126 0.390 0.005 0.017 0.023 0.030 0.056 0.011 0.001 0.017 0.323 17 A 0.019 0.446 0.002 0.021 0.011 0.018 0.046 0.005 0.001 0.023 0.406 18 D 0.032 0.795 0.014 0.003 0.004 0.005 0.019 0.006 0.008 0.037 0.076 19 I 0.243 0.592 0.025 0.003 0.002 0.002 0.013 0.026 0.007 0.031 0.055 20 E 0.294 0.424 0.004 0.004 0.004 0.008 0.023 0.033 0.003 0.027 0.178 21 E 0.300 0.089 0.001 0.010 0.007 0.015 0.066 0.002 0.001 0.028 0.481 22 M 0.009 0.188 0.007 0.043 0.014 0.032 0.110 0.001 0.002 0.022 0.573 23 L 0.011 0.379 0.005 0.006 0.016 0.012 0.066 0.005 0.001 0.009 0.489 24 D 0.163 0.721 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.043 0.001 0.006 0.045 25 P 0.110 0.620 0.004 0.004 0.001 0.003 0.020 0.006 0.002 0.053 0.178 26 Y 0.103 0.205 0.143 0.008 0.005 0.013 0.056 0.005 0.048 0.161 0.254 27 L 0.368 0.151 0.007 0.006 0.008 0.010 0.054 0.026 0.003 0.081 0.289 28 Q 0.215 0.079 0.005 0.010 0.007 0.010 0.076 0.011 0.004 0.053 0.528 29 K 0.023 0.058 0.001 0.043 0.012 0.024 0.119 0.003 0.001 0.021 0.695 30 G 0.013 0.064 0.002 0.039 0.022 0.062 0.121 0.004 0.001 0.056 0.617 31 L 0.034 0.105 0.003 0.069 0.119 0.103 0.120 0.008 0.001 0.085 0.352 32 F 0.038 0.102 0.004 0.128 0.057 0.150 0.080 0.004 0.001 0.073 0.365 33 L 0.025 0.052 0.004 0.119 0.074 0.111 0.072 0.003 0.001 0.084 0.453 34 D 0.060 0.068 0.019 0.127 0.049 0.089 0.105 0.009 0.012 0.179 0.282 35 L 0.337 0.052 0.014 0.040 0.025 0.035 0.066 0.012 0.007 0.097 0.314 36 E 0.160 0.027 0.003 0.029 0.017 0.036 0.083 0.007 0.002 0.049 0.587 37 S 0.042 0.014 0.001 0.017 0.017 0.037 0.105 0.003 0.001 0.030 0.735 38 G 0.031 0.024 0.002 0.019 0.026 0.044 0.102 0.004 0.001 0.037 0.709 39 R 0.050 0.029 0.002 0.010 0.055 0.045 0.114 0.005 0.001 0.033 0.656 40 K 0.045 0.093 0.002 0.015 0.019 0.028 0.103 0.005 0.001 0.028 0.660 41 S 0.112 0.487 0.003 0.008 0.009 0.012 0.053 0.014 0.001 0.028 0.272 42 E 0.182 0.564 0.003 0.006 0.003 0.005 0.029 0.010 0.001 0.021 0.177 43 E 0.059 0.183 0.003 0.018 0.015 0.021 0.067 0.005 0.001 0.258 0.371 44 E 0.016 0.423 0.006 0.014 0.019 0.027 0.060 0.005 0.001 0.132 0.298 45 F 0.088 0.612 0.010 0.008 0.010 0.010 0.031 0.020 0.002 0.030 0.180 46 R 0.107 0.291 0.011 0.018 0.019 0.022 0.048 0.012 0.004 0.178 0.290 47 T 0.052 0.440 0.003 0.008 0.010 0.021 0.057 0.006 0.002 0.069 0.332 48 E 0.093 0.503 0.019 0.012 0.007 0.017 0.039 0.027 0.006 0.045 0.233 49 L 0.091 0.486 0.021 0.014 0.013 0.016 0.053 0.019 0.009 0.040 0.239 50 S 0.143 0.151 0.007 0.010 0.017 0.028 0.103 0.008 0.005 0.047 0.484 51 R 0.094 0.146 0.008 0.023 0.014 0.022 0.097 0.011 0.003 0.047 0.535 52 Y 0.191 0.061 0.013 0.024 0.017 0.031 0.139 0.013 0.006 0.059 0.446 53 I 0.096 0.138 0.004 0.035 0.015 0.031 0.106 0.010 0.002 0.032 0.530 54 G 0.083 0.068 0.005 0.022 0.016 0.027 0.108 0.005 0.002 0.092 0.572 55 K 0.026 0.206 0.005 0.044 0.075 0.091 0.095 0.012 0.001 0.082 0.365 56 E 0.059 0.244 0.005 0.028 0.031 0.071 0.066 0.007 0.002 0.039 0.450 57 L 0.032 0.310 0.006 0.049 0.090 0.069 0.051 0.005 0.002 0.041 0.344 58 T 0.036 0.537 0.002 0.019 0.027 0.040 0.045 0.008 0.001 0.048 0.238 59 Y 0.040 0.674 0.004 0.015 0.017 0.018 0.023 0.010 0.001 0.040 0.157 60 Q 0.026 0.720 0.005 0.016 0.013 0.018 0.026 0.005 0.001 0.041 0.129 61 Q 0.015 0.838 0.003 0.005 0.007 0.008 0.015 0.004 0.001 0.027 0.077 62 V 0.020 0.853 0.006 0.004 0.005 0.005 0.011 0.012 0.001 0.018 0.063 63 Y 0.057 0.764 0.005 0.006 0.004 0.005 0.014 0.011 0.002 0.064 0.069 64 D 0.061 0.500 0.023 0.012 0.006 0.009 0.037 0.008 0.011 0.160 0.173 65 A 0.106 0.444 0.022 0.013 0.006 0.010 0.064 0.017 0.007 0.077 0.234 66 L 0.143 0.430 0.014 0.017 0.008 0.015 0.058 0.020 0.007 0.050 0.237 67 L 0.117 0.198 0.007 0.020 0.010 0.022 0.104 0.008 0.004 0.051 0.459 68 G 0.076 0.100 0.008 0.031 0.018 0.049 0.124 0.009 0.004 0.080 0.500 69 F 0.111 0.057 0.012 0.026 0.015 0.036 0.132 0.009 0.005 0.080 0.518 70 L 0.172 0.053 0.007 0.031 0.015 0.030 0.102 0.007 0.004 0.056 0.524 71 E 0.122 0.037 0.004 0.019 0.012 0.025 0.095 0.004 0.002 0.042 0.637 72 E 0.043 0.016 0.003 0.018 0.014 0.028 0.101 0.006 0.001 0.033 0.737