# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.260 0.136 0.061 0.140 0.106 0.093 0.092 0.050 0.036 0.018 0.008 2 L 0.086 0.034 0.021 0.040 0.050 0.068 0.156 0.161 0.169 0.130 0.085 3 N 0.164 0.483 0.092 0.128 0.061 0.034 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 4 R 0.152 0.191 0.081 0.182 0.149 0.107 0.070 0.032 0.021 0.010 0.004 5 E 0.643 0.126 0.051 0.075 0.046 0.026 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 6 E 0.117 0.159 0.197 0.302 0.127 0.054 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 7 S 0.050 0.063 0.050 0.098 0.090 0.127 0.208 0.127 0.097 0.057 0.032 8 I 0.024 0.026 0.068 0.097 0.118 0.177 0.218 0.117 0.085 0.048 0.022 9 R 0.047 0.095 0.541 0.164 0.075 0.039 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 10 R 0.018 0.060 0.176 0.247 0.172 0.137 0.109 0.037 0.025 0.013 0.006 11 F 0.018 0.015 0.026 0.029 0.027 0.041 0.110 0.132 0.211 0.211 0.180 12 K 0.053 0.085 0.179 0.228 0.183 0.128 0.091 0.028 0.015 0.007 0.003 13 A 0.040 0.076 0.335 0.134 0.099 0.090 0.100 0.051 0.039 0.023 0.012 14 I 0.044 0.047 0.062 0.104 0.096 0.110 0.187 0.112 0.110 0.077 0.050 15 G 0.145 0.197 0.074 0.111 0.080 0.084 0.109 0.063 0.063 0.046 0.029 16 V 0.063 0.059 0.063 0.115 0.114 0.119 0.148 0.097 0.097 0.071 0.055 17 A 0.273 0.123 0.117 0.092 0.075 0.072 0.101 0.054 0.045 0.028 0.020 18 D 0.105 0.232 0.135 0.255 0.126 0.071 0.045 0.015 0.009 0.004 0.002 19 I 0.067 0.065 0.052 0.071 0.057 0.072 0.141 0.117 0.153 0.121 0.083 20 E 0.260 0.126 0.140 0.169 0.126 0.084 0.056 0.019 0.012 0.005 0.002 21 E 0.105 0.165 0.312 0.214 0.093 0.050 0.035 0.013 0.008 0.004 0.002 22 M 0.052 0.046 0.066 0.080 0.077 0.111 0.192 0.124 0.121 0.080 0.052 23 L 0.043 0.040 0.066 0.060 0.050 0.077 0.160 0.128 0.150 0.133 0.093 24 D 0.048 0.150 0.248 0.172 0.129 0.092 0.080 0.036 0.027 0.014 0.005 25 P 0.360 0.150 0.165 0.136 0.068 0.046 0.037 0.015 0.012 0.007 0.003 26 Y 0.136 0.057 0.037 0.084 0.088 0.107 0.177 0.118 0.102 0.063 0.030 27 L 0.029 0.029 0.028 0.059 0.064 0.084 0.153 0.139 0.170 0.136 0.108 28 Q 0.064 0.137 0.216 0.203 0.143 0.101 0.069 0.029 0.022 0.011 0.006 29 K 0.094 0.116 0.176 0.205 0.148 0.109 0.085 0.036 0.020 0.009 0.003 30 G 0.167 0.094 0.056 0.108 0.095 0.108 0.137 0.087 0.075 0.047 0.025 31 L 0.034 0.064 0.059 0.126 0.110 0.118 0.172 0.107 0.098 0.068 0.043 32 F 0.037 0.042 0.051 0.090 0.082 0.083 0.144 0.121 0.138 0.114 0.099 33 L 0.023 0.036 0.050 0.074 0.088 0.109 0.191 0.137 0.137 0.093 0.062 34 D 0.070 0.175 0.144 0.279 0.147 0.082 0.058 0.021 0.014 0.006 0.003 35 L 0.028 0.022 0.016 0.038 0.046 0.066 0.148 0.149 0.183 0.165 0.138 36 E 0.285 0.259 0.139 0.152 0.077 0.041 0.029 0.009 0.006 0.002 0.001 37 S 0.188 0.171 0.077 0.168 0.119 0.090 0.089 0.041 0.032 0.017 0.009 38 G 0.452 0.141 0.055 0.093 0.066 0.054 0.053 0.026 0.025 0.019 0.015 39 R 0.176 0.180 0.077 0.190 0.135 0.095 0.080 0.034 0.019 0.009 0.005 40 K 0.300 0.193 0.112 0.132 0.091 0.066 0.058 0.023 0.014 0.007 0.003 41 S 0.164 0.377 0.095 0.144 0.079 0.055 0.041 0.019 0.014 0.008 0.005 42 E 0.243 0.120 0.082 0.167 0.156 0.113 0.073 0.024 0.014 0.006 0.002 43 E 0.538 0.162 0.131 0.103 0.037 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 44 E 0.056 0.108 0.254 0.308 0.142 0.073 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 45 F 0.029 0.025 0.031 0.038 0.045 0.096 0.229 0.176 0.162 0.110 0.059 46 R 0.017 0.047 0.195 0.203 0.202 0.177 0.111 0.029 0.014 0.005 0.001 47 T 0.038 0.079 0.624 0.139 0.058 0.030 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 48 E 0.091 0.116 0.165 0.208 0.152 0.125 0.094 0.027 0.014 0.006 0.002 49 L 0.032 0.041 0.064 0.051 0.040 0.057 0.161 0.147 0.179 0.141 0.087 50 S 0.061 0.092 0.194 0.169 0.164 0.141 0.111 0.037 0.021 0.009 0.003 51 R 0.072 0.128 0.413 0.228 0.091 0.038 0.019 0.005 0.003 0.002 0.001 52 Y 0.035 0.047 0.061 0.080 0.106 0.157 0.233 0.120 0.091 0.050 0.021 53 I 0.045 0.051 0.052 0.079 0.067 0.083 0.154 0.124 0.140 0.112 0.092 54 G 0.222 0.187 0.118 0.118 0.097 0.083 0.083 0.038 0.028 0.016 0.010 55 K 0.235 0.165 0.158 0.191 0.107 0.066 0.044 0.016 0.010 0.005 0.002 56 E 0.309 0.169 0.077 0.143 0.104 0.080 0.065 0.025 0.016 0.008 0.004 57 L 0.036 0.027 0.024 0.053 0.057 0.082 0.171 0.154 0.175 0.128 0.092 58 T 0.098 0.353 0.157 0.167 0.089 0.056 0.043 0.016 0.012 0.005 0.003 59 Y 0.035 0.031 0.028 0.077 0.108 0.150 0.214 0.137 0.114 0.071 0.033 60 Q 0.242 0.136 0.112 0.170 0.137 0.097 0.067 0.019 0.013 0.005 0.003 61 Q 0.052 0.105 0.172 0.284 0.166 0.102 0.073 0.025 0.012 0.006 0.003 62 V 0.015 0.025 0.054 0.055 0.040 0.055 0.138 0.132 0.199 0.172 0.115 63 Y 0.010 0.026 0.102 0.078 0.070 0.112 0.234 0.140 0.121 0.075 0.033 64 D 0.036 0.065 0.464 0.229 0.112 0.051 0.026 0.008 0.005 0.003 0.001 65 A 0.016 0.031 0.106 0.086 0.102 0.149 0.240 0.114 0.080 0.049 0.026 66 L 0.013 0.019 0.081 0.056 0.028 0.033 0.112 0.120 0.207 0.199 0.133 67 L 0.013 0.033 0.136 0.092 0.094 0.136 0.203 0.102 0.089 0.064 0.039 68 G 0.044 0.095 0.476 0.164 0.090 0.054 0.038 0.016 0.012 0.007 0.005 69 F 0.033 0.042 0.073 0.071 0.072 0.104 0.219 0.132 0.122 0.085 0.047 70 L 0.047 0.051 0.059 0.070 0.057 0.071 0.149 0.122 0.149 0.130 0.096 71 E 0.193 0.211 0.200 0.162 0.100 0.062 0.039 0.014 0.010 0.005 0.003 72 E 0.393 0.171 0.136 0.124 0.066 0.044 0.033 0.013 0.010 0.006 0.003